＜更新停止＞新型コロナウイルス感染症
2022年3月時点の東京都 診療・検査医療機関

1 データ（東京都 診療・検査医療機関）の読み込みと整理

library(readxl)
# 変数名一覧データの読み込み
varname <- read_excel("東京都発熱外来_緯度経度_v1.xlsx",sheet = "var")
# 変数名一覧
col.names<-colnames(varname)

# データ本体の読み込み
clinic_detail <- read_excel("東京都発熱外来_緯度経度_v1.xlsx",skip = 7,col_names=col.names)
clinic_detail$医療機関名2<-NULL
clinic_detail$住所2 <-NULL

# 変数の整理
  clinic_detail$健康観察[is.na(clinic_detail$健康観察)] <-"--"
    clinic_detail$中和抗体薬[is.na(clinic_detail$中和抗体薬)] <-"--"
      clinic_detail$経口治療薬[is.na(clinic_detail$経口治療薬)] <-"--"
      
  clinic_detail$濃厚接触者[is.na(clinic_detail$濃厚接触者)] <-"--"
    clinic_detail$小児[is.na(clinic_detail$小児)] <-"--"
      clinic_detail$妊婦[is.na(clinic_detail$妊婦)] <-"--"

# データの出力
library(openxlsx)
write.xlsx(clinic_detail, file = '東京都発熱外来_緯度経度_v2.xlsx')

2 Google map用にデータ保存

# https://rstudio.github.io/leaflet/

# パッケージの読み込み
library(openxlsx)

clinic_gmap<-clinic_detail
clinic_gmap$出所<-NULL
clinic_gmap$検索key<-NULL

clinic_gmap$処置等 <- paste(sep = "","中和抗体薬", clinic_gmap$中和抗体薬,"、","経口治療薬",clinic_gmap$経口治療薬)
  clinic_gmap$中和抗体薬<-NULL
  clinic_gmap$経口治療薬<-NULL
  
clinic_gmap$対象<-paste(sep="","濃厚接触者",clinic_gmap$濃厚接触者,"、","小児",clinic_gmap$小児,"、","妊婦",clinic_gmap$妊婦)
 clinic_gmap$濃厚接触者 <-NULL
 clinic_gmap$小児 <-NULL
 clinic_gmap$妊婦 <-NULL
 
clinic_gmap$検査 <- paste(sep="","PCR", clinic_gmap$PCR,"、", "抗原定量",clinic_gmap$抗原定量,"、", "抗原定性", clinic_gmap$抗原定性)
  clinic_gmap$PCR<-NULL
  clinic_gmap$抗原定量<-NULL
  clinic_gmap$抗原定性<-NULL

clinic_gmap$月曜 <- paste(sep=" ", "月曜:", "午前",clinic_gmap$`月（午前）`, "午後" ,clinic_gmap$`月（午後）`)
clinic_gmap$火曜 <- paste(sep=" ", "火曜:", "午前",clinic_gmap$`火（午前）`, "午後" ,clinic_gmap$`火（午後）`)
clinic_gmap$水曜 <- paste(sep=" ", "水曜:", "午前",clinic_gmap$`水（午前）`, "午後" ,clinic_gmap$`水（午後）`)
clinic_gmap$木曜 <- paste(sep=" ", "木曜:", "午前",clinic_gmap$`木（午前）`, "午後" ,clinic_gmap$`木（午後）`)
clinic_gmap$金曜 <- paste(sep=" ", "金曜:", "午前",clinic_gmap$`金（午前）`, "午後" ,clinic_gmap$`金（午後）`)
clinic_gmap$土曜 <- paste(sep=" ", "土曜:", "午前",clinic_gmap$`土（午前）`, "午後" ,clinic_gmap$`土（午後）`)
clinic_gmap$日曜 <- paste(sep=" ", "日曜:", "午前",clinic_gmap$`日（午前）`, "午後" ,clinic_gmap$`日（午後）`)

#改行削除
clinic_gmap$月曜 <-gsub("\r\n", "",clinic_gmap$月曜)
clinic_gmap$火曜 <-gsub("\r\n", "",clinic_gmap$火曜)
clinic_gmap$水曜 <-gsub("\r\n", "",clinic_gmap$水曜)
clinic_gmap$木曜 <-gsub("\r\n", "",clinic_gmap$木曜)
clinic_gmap$金曜 <-gsub("\r\n", "",clinic_gmap$金曜)
clinic_gmap$土曜 <-gsub("\r\n", "",clinic_gmap$土曜)
clinic_gmap$日曜 <-gsub("\r\n", "",clinic_gmap$日曜)

  clinic_gmap$`月（午前）`<-NULL
  clinic_gmap$`月（午後）`<-NULL
      clinic_gmap$`火（午前）`<-NULL
      clinic_gmap$`火（午後）`<-NULL
          clinic_gmap$`水（午前）`<-NULL
          clinic_gmap$`水（午後）`<-NULL
              clinic_gmap$`木（午前）`<-NULL
              clinic_gmap$`木（午後）`<-NULL
                  clinic_gmap$`金（午前）`<-NULL
                  clinic_gmap$`金（午後）`<-NULL
                      clinic_gmap$`土（午前）`<-NULL
                      clinic_gmap$`土（午後）`<-NULL
                        clinic_gmap$`日（午前）`<-NULL
                        clinic_gmap$`日（午後）`<-NULL

clinic_gmap$発熱患者等に対応する時間 <-paste(sep = "  ",clinic_gmap$月曜,"\r\n", clinic_gmap$火曜,"\r\n",clinic_gmap$水曜,"\r\n",clinic_gmap$木曜,"\r\n",clinic_gmap$金曜,"\r\n",clinic_gmap$土曜,"\r\n",clinic_gmap$日曜)

  clinic_gmap$月曜<-NULL
  clinic_gmap$火曜<-NULL
  clinic_gmap$水曜<-NULL
  clinic_gmap$木曜<-NULL
  clinic_gmap$金曜<-NULL
  clinic_gmap$土曜<-NULL
  clinic_gmap$日曜<-NULL


かかりつけ以外可能<-subset(clinic_gmap,clinic_gmap$かかりつけ以外の患者対応=="かかりつけ患者以外も対応可" )
かかりつけ以外可能_健康観察あり<-subset(かかりつけ以外可能,かかりつけ以外可能$健康観察=="〇")
かかりつけ以外可能_健康観察なし<-subset(かかりつけ以外可能,かかりつけ以外可能$健康観察!="〇")

かかりつけ患者のみ<-subset(clinic_gmap,clinic_gmap$かかりつけ以外の患者対応=="かかりつけ患者のみ" )
かかりつけ患者のみ_健康観察あり<-subset(かかりつけ患者のみ,かかりつけ患者のみ$健康観察=="〇")
かかりつけ患者のみ_健康観察なし<-subset(かかりつけ患者のみ,かかりつけ患者のみ$健康観察!="〇")
  

write.xlsx(かかりつけ以外可能_健康観察あり, file = 'かかりつけ以外可能_健康観察あり.xlsx')
write.xlsx(かかりつけ以外可能_健康観察なし, file = 'かかりつけ以外可能_健康観察なし.xlsx')

write.xlsx(かかりつけ患者のみ_健康観察あり, file = 'かかりつけ患者のみ_健康観察あり.xlsx')
write.xlsx(かかりつけ患者のみ_健康観察なし, file = 'かかりつけ患者のみ_健康観察なし.xlsx')

#Tokyo1 <-clinic_gmap[c(1:2000),]
#Tokyo2 <-clinic_gmap[c(2001:nrow(clinic)),]

3 Leaflet用にラベル作成

nrow(clinic_detail)

## [1] 4526

clinic_detail$content<- paste(sep = "<br/>",
                 clinic_detail$医療機関名,
                 clinic_detail$かかりつけ以外の患者対応
)

#save.image("clinic.Rdata")

4 地図表示

• 新型コロナウイルス感染症が疑われる症状がある場合の受診先の地図。

# パッケージの読み込み
library(leaflet)

# 病院の表示 (中心は国会議事堂)
leaflet(data = clinic_detail) %>% addTiles() %>% 
  setView(lng = 139.7450316, lat = 35.6759323 , zoom = 10) %>% 
  addMarkers(~long, ~lat, popup = ~as.character(content), label = ~as.character(医療機関名),
             clusterOptions = TRUE)