В каждой ценопопуляции случайным образом закладывали квадратную рамку размером 1x1 метр. В границах рамки случайным образом выбирали экземпляр растения, у которого аккуратно с помощью пинцета удаляли все листья вместе с черешком. Само растение из почвы не выкапывали. Листья собирали в конверты, а экземпляры таких растений помечали пластиковой лентой для лёгкой идентификации. В это же время в границах той же рамки случайным образом выбирали второй экземпляр растений, который выкапывали из почвы вместе с небольшим земляным комом, чтобы не повредить корневую систему. У собранных растений корневую систему очищали от почвы и растения гербаризировали. Эта контрольная выборка позволит оценить развитие микоризы в ценопопуляции в момент постановки эксперимента. Таким образом в каждой ценопопуляции было выкопано по 50 контрольных экземпляров растений и у 50 экземпляров растений были удалены листья.
Ранжирование особей можно осуществлять на основе одномерного или двумерного ранжирования. На графике представлен способ одномерного ранжирования и по преобладанию особей класса “с” (низшие), однако оценка ценопопуляции по одному лишь признаку может вносить существенные искажения
library(dplyr)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
# Одномерное ранжирование -------------------------------------------------
frequency_df1 <- df1 %>%
filter(df1$name == "M") %>%
group_by(class) %>%
summarise(count = n()) %>%
mutate(frequency = count / sum(count))
ggplot(frequency_df1, aes(x = class, y = frequency, fill = class)) +
geom_bar(stat = "identity", color = "black") +
labs(title = "Одномерное ранжирование для M. discoidea", x = "Класс", y = "Частота встречаемости") +
theme_light()+
theme(legend.position = "none")+
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
frequency_df1 <- df1 %>%
filter(df1$name == "L") %>%
group_by(class) %>%
summarise(count = n()) %>%
mutate(frequency = count / sum(count))
ggplot(frequency_df1, aes(x = class, y = frequency, fill = class)) +
geom_bar(stat = "identity", color = "black") +
labs(title = "Одномерное ранжирование для L. vulgare", x = "Класс", y = "Частота встречаемости") +
theme_light()+
theme(legend.position = "none")+
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
поэтому было проведено двумерное ранжирование по параметрам W и A (площадь листовой поверхности). Двумерный подход основывается на двух морфометрических признаках состояния особей. Группировка их осуществляется в пространстве осей этих признаков.
frequency_df2 <- df2 %>%
filter(df2$name == "M") %>%
group_by(class) %>%
summarise(count = n()) %>%
mutate(frequency = count / sum(count))
ggplot(frequency_df2, aes(x = class, y = frequency, fill = class)) +
geom_bar(stat = "identity", color = "black") +
labs(title = "Двумерное ранжирование для M. discoidea", x = "Класс", y = "Частота встречаемости") +
theme_light()+
theme(legend.position = "none")+
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
frequency_df2 <- df2 %>%
filter(df2$name == "L") %>%
group_by(class) %>%
summarise(count = n()) %>%
mutate(frequency = count / sum(count))
ggplot(frequency_df2, aes(x = class, y = frequency, fill = class)) +
geom_bar(stat = "identity", color = "black",) +
labs(title = "Двумерное ранжирование для L. vulgare", x = "Класс", y = "Частота встречаемости") +
theme_light()+
theme(legend.position = "none")+
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
arbuscul <- df %>%
group_by(name) %>%
summarise(proportion = mean(Fa))
ggplot(arbuscul, aes(x = name, y = proportion, fill = name)) +
geom_bar(stat = "identity", color = "black",) +
labs(title = "Процент арбускул в разных выборках", x = "", y = "") +
theme_light()+
theme(legend.position = "none")+
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
knitr::kable(
head(arbuscul[, 1:2], 6), booktabs = TRUE,
caption = 'Таблица полученных значений')
| name | proportion |
|---|---|
| L | 4.347826 |
| LA | 14.040816 |
| LB | 16.693333 |
| M | 17.750000 |
| Ma | 24.979592 |
| Mb | 27.520000 |