load RxODE package

library(rxode2)

## rxode2 2.1.1 using 2 threads (see ?getRxThreads)
##   no cache: create with `rxCreateCache()`

library(pksensi)

Define the ode system

ode <- "
   C2 = centr/V2;
   C3 = peri/V3;
   d/dt(depot) =-KA*depot;
   d/dt(centr) = KA*depot - CL*C2 - Q*C2 + Q*C3;
   d/dt(peri)  =                    Q*C2 - Q*C3;
   d/dt(eff)  = Kin*(1-C2/(EC50+C2)) - Kout*eff;
"

Compile the model

mod1 <- RxODE(model = ode, modName = "mod1")

Define parameters

theta <- 
  c(KA=2.94E-01, CL=1.86E+01, V2=4.02E+01, # central 
    Q=1.05E+01,  V3=2.97E+02,              # peripheral
    Kin=1, Kout=1, EC50=200)               # effects

par <- names(theta)

Define initial conditions

inits <- c(depot=0, centr=0, peri=0, eff=1)

Set parameter distributions

q <- "qunif"
q.arg <- list(list(min = theta["KA"] / 2, max = theta["KA"] * 2),
              list(min = theta["CL"] / 2, max = theta["CL"] * 2),
              list(min = theta["V2"] / 2, max = theta["V2"] * 2),
              list(min = theta["Q"] / 2, max = theta["Q"] * 2),
              list(min = theta["V3"] / 2, max = theta["V3"] * 2),
              list(min = theta["Kin"] / 2, max = theta["Kin"] * 2),
              list(min = theta["Kout"] / 2, max = theta["Kout"] * 2),
              list(min = theta["EC50"] / 2, max = theta["EC50"] * 2))

set a parameter matrix

set.seed(1234)
params <- c("KA", "CL", "V2", "Q", "V3", "Kin", "Kout", "EC50")
pmat <- rfast99(params, n = 200, q = q, q.arg = q.arg, replicate = 10) # update replication

Conduct simulations

ev <- eventTable()
ev$add.dosing(dose=10000, nbr.doses=1)
ev$add.sampling(c(0.1, 0.5, 1, 2, 3, 4, 6, 8, 12, 24)) # update time steps
ev$time

##  [1]  0.0  0.1  0.5  1.0  2.0  3.0  4.0  6.0  8.0 12.0 24.0

nobs <- ev$get.nobs()
nsub = dim(pmat$a)[1]
nrep = dim(pmat$a)[2]
column.names <- c("depot", "centr", "peri", "eff", "C2", "C3")
nvars <- length(column.names)
cp.all <- array(dim=c(nsub,nrep,nobs,nvars), NA, dimnames=list(NULL, NULL, NULL, column.names))
for (i in 1:nrep) {
  for (j in 1:nsub) {
    theta <-pmat$a[j,i,]
    xout <- mod1$solve(theta, ev, inits=inits)
    cp.all[j,i,,] <- c(xout[,"depot"], xout[,"centr"], xout[,"peri"], xout[,"eff"], xout[,"C2"], xout[,"C3"]) 
  }
}

dim(cp.all)

## [1] 1600   10   10    6

Uncertainty analysis

dimnames(cp.all)[[3]] <- c(0.1, 0.5, 1, 2, 3, 4, 6 ,8, 12, 24) # add time steps
pksim(cp.all)

Integrate input matrix (pmat) and output (cp.all)

cp.all.out <- tell2(pmat, cp.all)

Check result

cp.all.out

## 
## Call:
## rfast99(params = params, n = 200, q = q, q.arg = q.arg, replicate = 10)
## 
## Model runs: 1600 
## 
## 
## ==================================
## Sensitivity Indices 
## 
## first order: 
## , , depot
## 
##         KA    CL    V2     Q    V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.9977 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 0.5 0.9977 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 1   0.9977 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 2   0.9973 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 3   0.9967 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.9958 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.9929 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.9883 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 12  0.9735 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 24  0.8893 2e-04 2e-04 2e-04 2e-04 2e-04 2e-04 2e-04
## 
## , , centr
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.9936 0.0007 0.0024 0.0002 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00
## 0.5 0.9104 0.0167 0.0543 0.0052 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00
## 1   0.7255 0.0569 0.1735 0.0170 0.0001 1e-04 1e-04 1e-04
## 2   0.3658 0.1492 0.3986 0.0403 0.0001 1e-04 0e+00 1e-04
## 3   0.1460 0.2216 0.5184 0.0540 0.0004 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.0417 0.2707 0.5598 0.0579 0.0010 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.0183 0.3167 0.5353 0.0469 0.0041 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.0777 0.3310 0.4696 0.0265 0.0111 0e+00 0e+00 0e+00
## 12  0.1474 0.3570 0.3579 0.0014 0.0403 1e-04 1e-04 1e-04
## 24  0.0372 0.4562 0.2130 0.1070 0.0651 1e-04 1e-04 1e-04
## 
## , , peri
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.2561 0.0002 0.3481 0.2619 0.0004 4e-04 3e-04 4e-04
## 0.5 0.2870 0.0032 0.3176 0.2922 0.0002 2e-04 2e-04 2e-04
## 1   0.3157 0.0121 0.2785 0.3273 0.0002 1e-04 1e-04 1e-04
## 2   0.3380 0.0454 0.2052 0.3846 0.0008 0e+00 0e+00 0e+00
## 3   0.3235 0.0957 0.1447 0.4218 0.0025 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.2869 0.1583 0.0983 0.4404 0.0053 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.1908 0.2982 0.0412 0.4381 0.0145 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.1060 0.4232 0.0155 0.4051 0.0277 0e+00 0e+00 0e+00
## 12  0.0205 0.5737 0.0017 0.3082 0.0633 0e+00 0e+00 1e-04
## 24  0.0065 0.6439 0.0002 0.1117 0.1965 1e-04 1e-04 1e-04
## 
## , , eff
## 
##         KA     CL     V2      Q    V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0002 0.0000 0.0002 0.0000 0e+00 0.4909 0.5089 0.0002
## 0.5 0.0021 0.0001 0.0022 0.0000 0e+00 0.4627 0.5316 0.0028
## 1   0.0045 0.0003 0.0037 0.0001 1e-04 0.4366 0.5408 0.0068
## 2   0.0056 0.0016 0.0030 0.0005 2e-04 0.4080 0.5379 0.0119
## 3   0.0038 0.0032 0.0013 0.0009 3e-04 0.3980 0.5302 0.0130
## 4   0.0019 0.0043 0.0005 0.0011 3e-04 0.3954 0.5249 0.0116
## 6   0.0006 0.0045 0.0005 0.0009 4e-04 0.3942 0.5232 0.0068
## 8   0.0008 0.0034 0.0006 0.0007 5e-04 0.3921 0.5271 0.0034
## 12  0.0009 0.0018 0.0006 0.0006 5e-04 0.3884 0.5350 0.0009
## 24  0.0006 0.0009 0.0005 0.0006 5e-04 0.3861 0.5406 0.0002
## 
## , , C2
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.4021 0.0006 0.5283 0.0006 0.0005 5e-04 5e-04 5e-04
## 0.5 0.4594 0.0119 0.4648 0.0039 0.0002 2e-04 2e-04 2e-04
## 1   0.5009 0.0537 0.3639 0.0169 0.0001 1e-04 0e+00 1e-04
## 2   0.4622 0.2490 0.1514 0.0718 0.0002 0e+00 0e+00 0e+00
## 3   0.2547 0.5142 0.0261 0.1248 0.0012 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.0719 0.6835 0.0092 0.1421 0.0034 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.0491 0.7084 0.0601 0.0991 0.0112 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.1590 0.6344 0.0747 0.0433 0.0245 0e+00 1e-04 0e+00
## 12  0.2331 0.5715 0.0464 0.0035 0.0668 1e-04 1e-04 1e-04
## 24  0.0538 0.6409 0.0028 0.1639 0.0847 1e-04 1e-04 1e-04
## 
## , , C3
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.2289 0.0002 0.2829 0.1878 0.2690 2e-04 3e-04 5e-04
## 0.5 0.2320 0.0027 0.2507 0.2000 0.3066 2e-04 2e-04 3e-04
## 1   0.2275 0.0097 0.2111 0.2119 0.3497 1e-04 2e-04 2e-04
## 2   0.2041 0.0335 0.1416 0.2254 0.4191 1e-04 1e-04 1e-04
## 3   0.1748 0.0640 0.0901 0.2283 0.4664 1e-04 1e-04 1e-04
## 4   0.1455 0.0956 0.0556 0.2249 0.4959 1e-04 1e-04 1e-04
## 6   0.0940 0.1547 0.0202 0.2112 0.5183 1e-04 1e-04 1e-04
## 8   0.0552 0.2082 0.0072 0.1968 0.5107 1e-04 1e-04 1e-04
## 12  0.0128 0.3080 0.0008 0.1710 0.4547 0e+00 1e-04 0e+00
## 24  0.0069 0.6028 0.0003 0.0895 0.2243 0e+00 1e-04 1e-04
## 
## 
## interaction: 
## , , depot
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0023 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 0.5 0.0023 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 1   0.0023 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 2   0.0026 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 3   0.0032 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002
## 4   0.0041 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002
## 6   0.0067 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004
## 8   0.0110 0.0006 0.0007 0.0007 0.0007 0.0006 0.0007 0.0007
## 12  0.0246 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016
## 24  0.1012 0.0092 0.0093 0.0093 0.0093 0.0090 0.0093 0.0093
## 
## , , centr
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0027 0.0003 0.0006 0.0002 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 0.5 0.0106 0.0036 0.0089 0.0018 0.0007 0.0007 0.0008 0.0007
## 1   0.0253 0.0083 0.0208 0.0039 0.0013 0.0015 0.0016 0.0014
## 2   0.0415 0.0142 0.0290 0.0070 0.0017 0.0021 0.0019 0.0018
## 3   0.0376 0.0223 0.0298 0.0113 0.0017 0.0019 0.0017 0.0017
## 4   0.0258 0.0346 0.0349 0.0169 0.0019 0.0017 0.0016 0.0016
## 6   0.0075 0.0629 0.0588 0.0285 0.0032 0.0016 0.0017 0.0017
## 8   0.0074 0.0868 0.0862 0.0352 0.0067 0.0018 0.0020 0.0021
## 12  0.0285 0.1099 0.1147 0.0301 0.0235 0.0029 0.0030 0.0030
## 24  0.0187 0.1235 0.0996 0.0409 0.0561 0.0053 0.0040 0.0040
## 
## , , peri
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0804 0.0033 0.0919 0.0804 0.0069 0.0070 0.0066 0.0076
## 0.5 0.0710 0.0050 0.0720 0.0676 0.0045 0.0048 0.0042 0.0050
## 1   0.0609 0.0098 0.0548 0.0557 0.0028 0.0031 0.0026 0.0031
## 2   0.0460 0.0209 0.0357 0.0402 0.0016 0.0015 0.0012 0.0014
## 3   0.0362 0.0290 0.0267 0.0311 0.0016 0.0009 0.0008 0.0008
## 4   0.0294 0.0331 0.0217 0.0252 0.0022 0.0008 0.0007 0.0007
## 6   0.0199 0.0324 0.0150 0.0187 0.0043 0.0008 0.0008 0.0007
## 8   0.0134 0.0267 0.0101 0.0168 0.0070 0.0010 0.0010 0.0009
## 12  0.0062 0.0178 0.0048 0.0200 0.0128 0.0015 0.0017 0.0013
## 24  0.0043 0.0166 0.0024 0.0305 0.0275 0.0033 0.0046 0.0021
## 
## , , eff
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016 0.0015 0.0025 0.0026 0.0012
## 0.5 0.0024 0.0019 0.0023 0.0019 0.0018 0.0072 0.0071 0.0017
## 1   0.0034 0.0025 0.0031 0.0026 0.0023 0.0173 0.0170 0.0024
## 2   0.0050 0.0044 0.0044 0.0042 0.0037 0.0375 0.0381 0.0036
## 3   0.0063 0.0065 0.0055 0.0057 0.0053 0.0511 0.0532 0.0044
## 4   0.0072 0.0081 0.0063 0.0069 0.0065 0.0589 0.0621 0.0046
## 6   0.0082 0.0099 0.0074 0.0083 0.0079 0.0655 0.0696 0.0041
## 8   0.0088 0.0104 0.0082 0.0089 0.0086 0.0677 0.0720 0.0032
## 12  0.0095 0.0103 0.0089 0.0095 0.0092 0.0689 0.0735 0.0022
## 24  0.0096 0.0101 0.0091 0.0098 0.0096 0.0693 0.0740 0.0016
## 
## , , C2
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0643 0.0034 0.0685 0.0080 0.0079 0.0080 0.0078 0.0079
## 0.5 0.0504 0.0095 0.0568 0.0068 0.0043 0.0045 0.0041 0.0043
## 1   0.0374 0.0261 0.0539 0.0101 0.0020 0.0021 0.0018 0.0020
## 2   0.0279 0.0614 0.0573 0.0220 0.0009 0.0007 0.0009 0.0008
## 3   0.0348 0.0730 0.0464 0.0322 0.0018 0.0011 0.0014 0.0011
## 4   0.0357 0.0648 0.0295 0.0393 0.0031 0.0015 0.0016 0.0014
## 6   0.0218 0.0528 0.0223 0.0473 0.0058 0.0019 0.0016 0.0016
## 8   0.0164 0.0547 0.0330 0.0531 0.0100 0.0020 0.0020 0.0017
## 12  0.0219 0.0586 0.0395 0.0463 0.0266 0.0026 0.0027 0.0025
## 24  0.0147 0.0835 0.0061 0.0381 0.0551 0.0037 0.0035 0.0034
## 
## , , C3
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0827 0.0040 0.0994 0.0873 0.1187 0.0071 0.0060 0.0078
## 0.5 0.0760 0.0058 0.0798 0.0765 0.1092 0.0054 0.0044 0.0057
## 1   0.0686 0.0104 0.0621 0.0665 0.0994 0.0042 0.0034 0.0043
## 2   0.0559 0.0203 0.0408 0.0538 0.0846 0.0030 0.0027 0.0033
## 3   0.0448 0.0274 0.0286 0.0457 0.0744 0.0026 0.0026 0.0032
## 4   0.0351 0.0320 0.0206 0.0396 0.0672 0.0024 0.0026 0.0032
## 6   0.0202 0.0381 0.0110 0.0297 0.0589 0.0022 0.0025 0.0033
## 8   0.0109 0.0430 0.0062 0.0219 0.0555 0.0021 0.0024 0.0032
## 12  0.0046 0.0521 0.0028 0.0123 0.0558 0.0018 0.0023 0.0027
## 24  0.0068 0.0697 0.0026 0.0161 0.0649 0.0020 0.0023 0.0022
## 
## 
## total order: 
## , , depot
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 1.0000 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 0.5 1.0000 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 1   1.0000 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 2   1.0000 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 3   0.9999 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002
## 4   0.9998 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002 0.0002
## 6   0.9996 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004 0.0004
## 8   0.9992 0.0007 0.0007 0.0007 0.0007 0.0006 0.0007 0.0007
## 12  0.9981 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016 0.0016
## 24  0.9905 0.0094 0.0095 0.0095 0.0095 0.0092 0.0095 0.0095
## 
## , , centr
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.9963 0.0010 0.0030 0.0004 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 0.5 0.9210 0.0203 0.0632 0.0070 0.0007 0.0007 0.0008 0.0007
## 1   0.7508 0.0652 0.1942 0.0208 0.0014 0.0015 0.0016 0.0015
## 2   0.4072 0.1634 0.4276 0.0473 0.0018 0.0022 0.0020 0.0019
## 3   0.1836 0.2439 0.5482 0.0653 0.0021 0.0019 0.0017 0.0017
## 4   0.0675 0.3053 0.5948 0.0748 0.0029 0.0017 0.0016 0.0016
## 6   0.0258 0.3796 0.5941 0.0753 0.0073 0.0016 0.0017 0.0018
## 8   0.0852 0.4178 0.5557 0.0618 0.0179 0.0019 0.0021 0.0021
## 12  0.1758 0.4669 0.4727 0.0315 0.0638 0.0030 0.0030 0.0031
## 24  0.0559 0.5797 0.3126 0.1478 0.1213 0.0054 0.0041 0.0041
## 
## , , peri
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.3365 0.0035 0.4400 0.3423 0.0073 0.0073 0.0069 0.0080
## 0.5 0.3580 0.0082 0.3896 0.3598 0.0047 0.0050 0.0044 0.0053
## 1   0.3765 0.0220 0.3332 0.3830 0.0030 0.0032 0.0027 0.0033
## 2   0.3840 0.0663 0.2409 0.4248 0.0024 0.0016 0.0012 0.0014
## 3   0.3597 0.1246 0.1715 0.4529 0.0041 0.0010 0.0008 0.0008
## 4   0.3163 0.1914 0.1200 0.4656 0.0076 0.0008 0.0007 0.0007
## 6   0.2107 0.3306 0.0562 0.4569 0.0188 0.0008 0.0008 0.0007
## 8   0.1194 0.4499 0.0256 0.4219 0.0347 0.0011 0.0010 0.0009
## 12  0.0267 0.5914 0.0065 0.3282 0.0761 0.0015 0.0017 0.0013
## 24  0.0108 0.6606 0.0027 0.1421 0.2239 0.0034 0.0047 0.0022
## 
## , , eff
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0018 0.0016 0.0018 0.0016 0.0015 0.4934 0.5114 0.0014
## 0.5 0.0045 0.0019 0.0045 0.0020 0.0018 0.4699 0.5387 0.0046
## 1   0.0079 0.0028 0.0068 0.0027 0.0023 0.4538 0.5578 0.0091
## 2   0.0107 0.0060 0.0074 0.0046 0.0039 0.4455 0.5760 0.0155
## 3   0.0102 0.0097 0.0069 0.0066 0.0055 0.4491 0.5834 0.0174
## 4   0.0091 0.0124 0.0069 0.0079 0.0068 0.4543 0.5870 0.0162
## 6   0.0087 0.0144 0.0079 0.0092 0.0084 0.4597 0.5927 0.0109
## 8   0.0097 0.0138 0.0088 0.0096 0.0091 0.4598 0.5991 0.0066
## 12  0.0104 0.0121 0.0095 0.0100 0.0097 0.4573 0.6085 0.0031
## 24  0.0102 0.0110 0.0096 0.0105 0.0101 0.4554 0.6146 0.0017
## 
## , , C2
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.4664 0.0040 0.5968 0.0086 0.0084 0.0085 0.0083 0.0083
## 0.5 0.5098 0.0214 0.5216 0.0107 0.0045 0.0047 0.0043 0.0045
## 1   0.5383 0.0798 0.4178 0.0270 0.0021 0.0022 0.0018 0.0020
## 2   0.4901 0.3104 0.2087 0.0937 0.0012 0.0007 0.0009 0.0009
## 3   0.2895 0.5872 0.0725 0.1571 0.0030 0.0011 0.0015 0.0012
## 4   0.1076 0.7484 0.0387 0.1814 0.0064 0.0016 0.0016 0.0015
## 6   0.0709 0.7612 0.0824 0.1465 0.0170 0.0019 0.0017 0.0016
## 8   0.1754 0.6891 0.1078 0.0964 0.0345 0.0020 0.0020 0.0018
## 12  0.2550 0.6301 0.0860 0.0497 0.0934 0.0027 0.0028 0.0025
## 24  0.0685 0.7243 0.0090 0.2020 0.1398 0.0038 0.0036 0.0035
## 
## , , C3
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.3116 0.0043 0.3823 0.2752 0.3877 0.0073 0.0063 0.0082
## 0.5 0.3080 0.0085 0.3305 0.2764 0.4159 0.0056 0.0046 0.0060
## 1   0.2961 0.0201 0.2733 0.2784 0.4492 0.0043 0.0036 0.0045
## 2   0.2600 0.0538 0.1824 0.2791 0.5037 0.0031 0.0029 0.0035
## 3   0.2196 0.0913 0.1187 0.2739 0.5408 0.0027 0.0027 0.0033
## 4   0.1806 0.1276 0.0762 0.2644 0.5631 0.0025 0.0027 0.0033
## 6   0.1142 0.1928 0.0313 0.2409 0.5772 0.0023 0.0026 0.0034
## 8   0.0661 0.2512 0.0134 0.2188 0.5663 0.0021 0.0025 0.0033
## 12  0.0174 0.3601 0.0036 0.1833 0.5105 0.0018 0.0023 0.0028
## 24  0.0137 0.6725 0.0029 0.1057 0.2893 0.0021 0.0023 0.0023
## 
## 
## 
## =================================
## Convergence Indices 
## 
## first order: 
## , , depot
## 
##         KA CL V2 Q V3 Kin Kout EC50
## 0.1 0.0003  0  0 0  0   0    0    0
## 0.5 0.0003  0  0 0  0   0    0    0
## 1   0.0004  0  0 0  0   0    0    0
## 2   0.0008  0  0 0  0   0    0    0
## 3   0.0013  0  0 0  0   0    0    0
## 4   0.0020  0  0 0  0   0    0    0
## 6   0.0038  0  0 0  0   0    0    0
## 8   0.0065  0  0 0  0   0    0    0
## 12  0.0149  0  0 0  0   0    0    0
## 24  0.0612  0  0 0  0   0    0    0
## 
## , , centr
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.0016 0.0001 0.0001 0.0001 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00
## 0.5 0.0167 0.0040 0.0066 0.0021 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00
## 1   0.0176 0.0176 0.0278 0.0058 0.0001 1e-04 0e+00 0e+00
## 2   0.0742 0.0424 0.0704 0.0165 0.0003 1e-04 0e+00 0e+00
## 3   0.0665 0.0641 0.0912 0.0253 0.0007 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.0268 0.0973 0.1013 0.0264 0.0010 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.0215 0.0784 0.1025 0.0109 0.0024 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.0908 0.0798 0.0682 0.0150 0.0082 0e+00 1e-04 0e+00
## 12  0.1836 0.2233 0.1403 0.0013 0.0285 1e-04 1e-04 1e-04
## 24  0.0541 0.2299 0.1074 0.0888 0.0247 2e-04 2e-04 1e-04
## 
## , , peri
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.0297 0.0005 0.0274 0.0346 0.0005 5e-04 4e-04 4e-04
## 0.5 0.0368 0.0036 0.0337 0.0584 0.0004 3e-04 3e-04 2e-04
## 1   0.0558 0.0097 0.0399 0.0855 0.0005 2e-04 2e-04 1e-04
## 2   0.0620 0.0243 0.0424 0.1374 0.0008 1e-04 1e-04 0e+00
## 3   0.0525 0.0353 0.0348 0.1519 0.0022 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.0452 0.0392 0.0265 0.1313 0.0043 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.0432 0.0567 0.0133 0.1011 0.0097 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.0351 0.0806 0.0060 0.1242 0.0126 0e+00 0e+00 0e+00
## 12  0.0121 0.0717 0.0012 0.1216 0.0104 1e-04 1e-04 1e-04
## 24  0.0150 0.0692 0.0005 0.0300 0.0283 4e-04 5e-04 2e-04
## 
## , , eff
## 
##         KA     CL     V2      Q    V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0001 0.0000 0.0001 0.0000 0e+00 0.0166 0.0182 0.0001
## 0.5 0.0012 0.0001 0.0009 0.0001 0e+00 0.0558 0.0575 0.0016
## 1   0.0025 0.0003 0.0018 0.0003 0e+00 0.0721 0.0736 0.0046
## 2   0.0037 0.0011 0.0023 0.0010 1e-04 0.0635 0.0697 0.0101
## 3   0.0033 0.0020 0.0017 0.0016 1e-04 0.0459 0.0495 0.0112
## 4   0.0026 0.0031 0.0008 0.0021 2e-04 0.0310 0.0322 0.0093
## 6   0.0003 0.0045 0.0006 0.0020 4e-04 0.0214 0.0338 0.0048
## 8   0.0016 0.0042 0.0011 0.0014 6e-04 0.0246 0.0317 0.0026
## 12  0.0018 0.0025 0.0008 0.0002 7e-04 0.0225 0.0198 0.0009
## 24  0.0003 0.0010 0.0001 0.0006 4e-04 0.0140 0.0125 0.0002
## 
## , , C2
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.0055 0.0009 0.0126 0.0009 0.0000 0e+00 1e-04 1e-04
## 0.5 0.0357 0.0071 0.0390 0.0033 0.0000 1e-04 1e-04 0e+00
## 1   0.1362 0.0219 0.0555 0.0065 0.0001 0e+00 0e+00 0e+00
## 2   0.3194 0.0712 0.0381 0.0325 0.0004 0e+00 0e+00 0e+00
## 3   0.1879 0.1064 0.0068 0.0354 0.0022 1e-04 1e-04 1e-04
## 4   0.0261 0.1029 0.0057 0.0539 0.0045 1e-04 1e-04 1e-04
## 6   0.0373 0.1506 0.0269 0.0494 0.0086 1e-04 1e-04 1e-04
## 8   0.1587 0.2102 0.0322 0.0242 0.0135 1e-04 1e-04 0e+00
## 12  0.2154 0.3121 0.0462 0.0026 0.0346 1e-04 2e-04 1e-04
## 24  0.1024 0.1940 0.0034 0.0886 0.0217 1e-04 1e-04 1e-04
## 
## , , C3
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.1299 0.0004 0.3718 0.2879 0.2047 5e-04 5e-04 7e-04
## 0.5 0.1402 0.0032 0.3573 0.3159 0.2276 4e-04 4e-04 5e-04
## 1   0.1549 0.0115 0.3258 0.3401 0.2547 2e-04 3e-04 4e-04
## 2   0.1759 0.0413 0.2421 0.3604 0.2774 1e-04 2e-04 2e-04
## 3   0.1798 0.0752 0.1613 0.3545 0.2664 1e-04 1e-04 1e-04
## 4   0.1729 0.0984 0.1003 0.3245 0.2401 1e-04 1e-04 1e-04
## 6   0.1406 0.1029 0.0355 0.2555 0.1975 1e-04 1e-04 1e-04
## 8   0.0990 0.0858 0.0124 0.2003 0.1474 1e-04 1e-04 0e+00
## 12  0.0312 0.0404 0.0017 0.1338 0.0698 1e-04 1e-04 1e-04
## 24  0.0192 0.0902 0.0006 0.0488 0.0328 1e-04 1e-04 1e-04
## 
## 
## interaction: 
## , , depot
## 
##         KA    CL    V2     Q    V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.0003 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 0.5 0.0002 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 1   0.0003 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 2   0.0007 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 3   0.0012 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.0017 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.0033 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.0057 1e-04 1e-04 1e-04 1e-04 0e+00 0e+00 0e+00
## 12  0.0131 1e-04 2e-04 2e-04 1e-04 1e-04 1e-04 1e-04
## 24  0.0532 8e-04 1e-03 1e-03 8e-04 5e-04 6e-04 7e-04
## 
## , , centr
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0004 0.0002 0.0004 0.0002 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 0.5 0.0020 0.0036 0.0044 0.0019 0.0006 0.0005 0.0003 0.0006
## 1   0.0051 0.0082 0.0073 0.0035 0.0011 0.0010 0.0011 0.0009
## 2   0.0100 0.0077 0.0080 0.0059 0.0015 0.0013 0.0019 0.0009
## 3   0.0095 0.0116 0.0054 0.0048 0.0017 0.0012 0.0014 0.0010
## 4   0.0085 0.0162 0.0085 0.0047 0.0015 0.0014 0.0013 0.0011
## 6   0.0047 0.0227 0.0203 0.0127 0.0024 0.0015 0.0016 0.0017
## 8   0.0084 0.0334 0.0321 0.0216 0.0060 0.0013 0.0021 0.0024
## 12  0.0322 0.0411 0.0523 0.0454 0.0208 0.0035 0.0044 0.0035
## 24  0.0459 0.0685 0.0290 0.0299 0.0198 0.0128 0.0071 0.0046
## 
## , , peri
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0218 0.0032 0.0141 0.0333 0.0062 0.0069 0.0053 0.0054
## 0.5 0.0183 0.0056 0.0183 0.0241 0.0049 0.0057 0.0045 0.0045
## 1   0.0159 0.0063 0.0191 0.0165 0.0036 0.0047 0.0038 0.0037
## 2   0.0121 0.0046 0.0137 0.0099 0.0018 0.0034 0.0032 0.0023
## 3   0.0108 0.0073 0.0077 0.0089 0.0015 0.0024 0.0029 0.0015
## 4   0.0106 0.0090 0.0039 0.0118 0.0017 0.0019 0.0027 0.0011
## 6   0.0088 0.0114 0.0048 0.0151 0.0026 0.0019 0.0021 0.0006
## 8   0.0074 0.0119 0.0050 0.0126 0.0036 0.0018 0.0017 0.0004
## 12  0.0045 0.0092 0.0044 0.0030 0.0057 0.0021 0.0022 0.0009
## 24  0.0092 0.0073 0.0020 0.0106 0.0112 0.0115 0.0150 0.0025
## 
## , , eff
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0003 0.0001 0.0002 0.0002 0.0001 0.0010 0.0013 0.0006
## 0.5 0.0017 0.0004 0.0009 0.0009 0.0006 0.0053 0.0053 0.0022
## 1   0.0025 0.0007 0.0015 0.0016 0.0010 0.0102 0.0089 0.0039
## 2   0.0039 0.0014 0.0027 0.0030 0.0016 0.0177 0.0135 0.0057
## 3   0.0059 0.0021 0.0037 0.0039 0.0023 0.0243 0.0169 0.0052
## 4   0.0069 0.0040 0.0039 0.0042 0.0031 0.0292 0.0180 0.0036
## 6   0.0052 0.0069 0.0029 0.0042 0.0041 0.0351 0.0195 0.0021
## 8   0.0040 0.0067 0.0023 0.0041 0.0042 0.0374 0.0205 0.0023
## 12  0.0053 0.0036 0.0018 0.0041 0.0038 0.0390 0.0209 0.0019
## 24  0.0041 0.0019 0.0017 0.0038 0.0036 0.0412 0.0203 0.0012
## 
## , , C2
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0174 0.0028 0.0040 0.0029 0.0013 0.0011 0.0006 0.0015
## 0.5 0.0096 0.0072 0.0096 0.0084 0.0013 0.0015 0.0007 0.0012
## 1   0.0117 0.0079 0.0167 0.0095 0.0012 0.0017 0.0013 0.0014
## 2   0.0161 0.0252 0.0219 0.0147 0.0015 0.0010 0.0031 0.0027
## 3   0.0184 0.0501 0.0208 0.0265 0.0026 0.0015 0.0031 0.0017
## 4   0.0319 0.0400 0.0188 0.0297 0.0045 0.0022 0.0020 0.0006
## 6   0.0134 0.0326 0.0161 0.0255 0.0060 0.0047 0.0014 0.0013
## 8   0.0239 0.0275 0.0342 0.0381 0.0057 0.0037 0.0015 0.0010
## 12  0.0242 0.0363 0.0701 0.0569 0.0120 0.0021 0.0031 0.0014
## 24  0.0371 0.0358 0.0057 0.0188 0.0323 0.0041 0.0028 0.0014
## 
## , , C3
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0162 0.0063 0.0556 0.0417 0.0470 0.0135 0.0061 0.0113
## 0.5 0.0138 0.0095 0.0471 0.0367 0.0310 0.0103 0.0048 0.0082
## 1   0.0124 0.0111 0.0372 0.0339 0.0266 0.0074 0.0037 0.0061
## 2   0.0127 0.0157 0.0231 0.0308 0.0289 0.0041 0.0027 0.0042
## 3   0.0131 0.0188 0.0196 0.0275 0.0278 0.0025 0.0028 0.0037
## 4   0.0120 0.0224 0.0160 0.0223 0.0238 0.0021 0.0029 0.0039
## 6   0.0083 0.0306 0.0124 0.0125 0.0149 0.0023 0.0029 0.0053
## 8   0.0042 0.0323 0.0089 0.0071 0.0088 0.0023 0.0030 0.0058
## 12  0.0088 0.0256 0.0043 0.0063 0.0112 0.0019 0.0045 0.0051
## 24  0.0190 0.0129 0.0017 0.0180 0.0262 0.0014 0.0036 0.0031
## 
## 
## total order: 
## , , depot
## 
##         KA    CL     V2     Q    V3   Kin  Kout  EC50
## 0.1 0.0000 0e+00 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 0.5 0.0000 0e+00 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 1   0.0000 0e+00 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 2   0.0001 0e+00 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 3   0.0002 0e+00 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 4   0.0002 0e+00 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 6   0.0004 0e+00 0.0000 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00 0e+00
## 8   0.0008 1e-04 0.0001 1e-04 1e-04 0e+00 0e+00 1e-04
## 12  0.0018 1e-04 0.0002 2e-04 1e-04 1e-04 1e-04 1e-04
## 24  0.0080 9e-04 0.0011 1e-03 8e-04 5e-04 6e-04 7e-04
## 
## , , centr
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0014 0.0003 0.0005 0.0003 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001
## 0.5 0.0157 0.0076 0.0110 0.0037 0.0006 0.0005 0.0003 0.0006
## 1   0.0129 0.0257 0.0350 0.0089 0.0012 0.0010 0.0011 0.0009
## 2   0.0642 0.0488 0.0775 0.0207 0.0018 0.0013 0.0020 0.0009
## 3   0.0591 0.0727 0.0957 0.0299 0.0023 0.0012 0.0014 0.0010
## 4   0.0200 0.1032 0.1014 0.0283 0.0024 0.0014 0.0013 0.0011
## 6   0.0189 0.0801 0.0919 0.0229 0.0047 0.0015 0.0016 0.0017
## 8   0.0981 0.1003 0.0697 0.0363 0.0141 0.0013 0.0021 0.0024
## 12  0.2158 0.2419 0.1798 0.0450 0.0490 0.0035 0.0045 0.0036
## 24  0.0975 0.1809 0.1058 0.1155 0.0134 0.0129 0.0072 0.0047
## 
## , , peri
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0262 0.0035 0.0274 0.0497 0.0067 0.0074 0.0057 0.0058
## 0.5 0.0250 0.0089 0.0246 0.0625 0.0052 0.0060 0.0047 0.0047
## 1   0.0462 0.0157 0.0270 0.0882 0.0038 0.0049 0.0040 0.0038
## 2   0.0554 0.0272 0.0343 0.1367 0.0026 0.0034 0.0033 0.0023
## 3   0.0467 0.0348 0.0339 0.1524 0.0034 0.0024 0.0029 0.0016
## 4   0.0408 0.0373 0.0277 0.1364 0.0058 0.0019 0.0027 0.0011
## 6   0.0356 0.0589 0.0168 0.0963 0.0113 0.0019 0.0021 0.0006
## 8   0.0294 0.0821 0.0099 0.1166 0.0139 0.0018 0.0017 0.0004
## 12  0.0097 0.0697 0.0051 0.1208 0.0123 0.0022 0.0023 0.0009
## 24  0.0217 0.0658 0.0021 0.0329 0.0395 0.0118 0.0155 0.0027
## 
## , , eff
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0004 0.0001 0.0002 0.0002 0.0001 0.0172 0.0179 0.0007
## 0.5 0.0028 0.0004 0.0017 0.0009 0.0006 0.0563 0.0567 0.0037
## 1   0.0047 0.0008 0.0029 0.0018 0.0010 0.0733 0.0715 0.0083
## 2   0.0070 0.0020 0.0048 0.0039 0.0016 0.0723 0.0635 0.0148
## 3   0.0090 0.0039 0.0053 0.0053 0.0024 0.0622 0.0405 0.0155
## 4   0.0093 0.0069 0.0047 0.0060 0.0031 0.0533 0.0247 0.0124
## 6   0.0054 0.0112 0.0025 0.0059 0.0042 0.0498 0.0272 0.0067
## 8   0.0049 0.0108 0.0021 0.0050 0.0043 0.0504 0.0221 0.0043
## 12  0.0068 0.0061 0.0019 0.0043 0.0040 0.0457 0.0107 0.0025
## 24  0.0043 0.0025 0.0017 0.0041 0.0037 0.0354 0.0099 0.0012
## 
## , , C2
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.0122 0.0037 0.0135 0.0037 0.0013 0.0011 0.0007 0.0015
## 0.5 0.0374 0.0138 0.0321 0.0117 0.0013 0.0016 0.0008 0.0012
## 1   0.1265 0.0245 0.0448 0.0131 0.0012 0.0017 0.0013 0.0014
## 2   0.3033 0.0580 0.0406 0.0191 0.0018 0.0010 0.0031 0.0027
## 3   0.2032 0.1053 0.0236 0.0302 0.0048 0.0015 0.0031 0.0017
## 4   0.0556 0.1149 0.0202 0.0730 0.0086 0.0022 0.0020 0.0006
## 6   0.0380 0.1765 0.0368 0.0572 0.0142 0.0047 0.0014 0.0014
## 8   0.1784 0.2162 0.0600 0.0623 0.0177 0.0038 0.0016 0.0010
## 12  0.2393 0.2852 0.1107 0.0564 0.0446 0.0021 0.0033 0.0014
## 24  0.1328 0.1613 0.0089 0.1003 0.0441 0.0042 0.0028 0.0014
## 
## , , C3
## 
##         KA     CL     V2      Q     V3    Kin   Kout   EC50
## 0.1 0.1216 0.0067 0.3162 0.2521 0.1966 0.0138 0.0066 0.0118
## 0.5 0.1304 0.0116 0.3102 0.2822 0.2132 0.0105 0.0051 0.0087
## 1   0.1438 0.0171 0.2906 0.3083 0.2324 0.0075 0.0039 0.0064
## 2   0.1643 0.0414 0.2289 0.3359 0.2487 0.0041 0.0028 0.0043
## 3   0.1702 0.0685 0.1630 0.3346 0.2388 0.0025 0.0029 0.0038
## 4   0.1654 0.0870 0.1093 0.3108 0.2176 0.0021 0.0030 0.0040
## 6   0.1370 0.0915 0.0464 0.2503 0.1846 0.0023 0.0029 0.0053
## 8   0.0986 0.0732 0.0203 0.1979 0.1425 0.0023 0.0030 0.0058
## 12  0.0399 0.0478 0.0059 0.1370 0.0743 0.0019 0.0045 0.0051
## 24  0.0380 0.0881 0.0017 0.0639 0.0255 0.0015 0.0037 0.0032

plot(cp.all.out, vars="centr")

heat_check(cp.all.out)

## Display 7 influential parameters from all 8 examined parameters.

pksensi in RxODE

2023-12-13

load RxODE package

Define the ode system

Compile the model

Define parameters

Define initial conditions

Set parameter distributions

set a parameter matrix

Conduct simulations

Uncertainty analysis

Integrate input matrix (pmat) and output (cp.all)

Check result