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UNIVERSIDAD DE SONORA

DEPARTAMENTO DE AGRICULTURA Y GANADERÍA

BIOINFORMATICA
MAESTRO JESÚS ARTURO VAZQUEZ ESPINOZA

PROYECTO FINAL
“FACTORES DE RIESGO DEL CÁNCER CERVICOUTERINO”

ALUMNA:
MARTÍNEZ PADILLA XÓCHITL YUVINIA

DICIEMBRE 01 DE 2023. HERMOSILLO, SONORA.

Resumen(Abstract)

El Virus del Papiloma Humano (VPH) es responsable del cáncer cervical y existen varios factores de riesgo los cuales son considerados principales en un posible contagio de VPH. Existen más de 200 genotipos de VPH, solamente unos pocos llegan a desarrollar cáncer cervical. Se estima que en México alrededor del 80% de la población esta contagiada con algun tipo de VPH, por lo que conocer los factores de riesgo y las medidas de precaución necesarias es de ayuda para evitar un posible contagio.

## [1] "C:/Users/xpadi/OneDrive/Escritorio/Universidad/2023-2/Bioinformatica"
## [1] "C:/Users/xpadi/OneDrive/Escritorio/Universidad/2023-2/Bioinformatica"

Introducción

El virus del papiloma humano (VPH) es un virus de pequeño tamaño, sin envoltura lipídica, con una cápside icosaédrica y una doble cadena de ADN circular de 7,500 a 8,000 pares de bases (pb). Este virus pertenece a la familia de los Papovaviridae, incluida en el género Papilomavirus (Chávez, et al 2020). La infección por el VPH es una preocupación de salud global debido a su asociación con varios tipos de cánceres, en particular el cáncer cervicouterino. Comprender los factores de riesgo asociados con su tramnsimisión y persistencia es escencial para la prevención y el manejo efectivos de esta infección viral.

La Organización Mundial de la Salud (OMS) estima que hay 470 mil nuevos casos de cáncer de cuello uterino (CCU) cada año, el 80% de los cuales ocurren en países en desarrollo. Se estima que 630 millones de personas en todo el mundo pueden estar infectadas con el VPH. Existen más de 200 tipos. Cerca de 40 tipos de ellos afectan a los genitales y solo algunos tipos son más propensos a desarrollar cáncer, mientras que los otros son del tipo de bajo riesgo. (Rodríguez, et al 2012)

En la actualidad existen pocas medidas de salud pública estructuradas para educar a la población sobre la asociación del VPH y CCU, por ello resulta de alta importancia conocer los factores de riesgo que aumentan la probabilidad de infectarse de VPH. Algunos factores de riesgo aumentan la probabilidad de que una persona infectada por un VPH de riesgo alto en el cuello uterino presente cáncer en este órgano.

Estos factores de riesgo incluyen tener un sistema inmune debil ya que esto disminuye la capacidad del cuerpo para combatir una infección por el VPH. Es más probable que las infecciones persistan y se conviertan en cáncer en personas con inmunodeficiencia que en aquellas con un sistema inmunitario normal. Fumar cigarrilos o estar expuesto de manera pasiva al humo del tabaco es considerado un factor de riesgo debido a que aumenta el riesgo en cuanto más fume una persona y cuanto más expuesta esté al humo de segunda mano. El uso de anticonceptivos hormonales se relaciona con un riesgo de alto de CCU, si bien las causas de esto no están claras.

La prueba del VPH y la citología cervical, cervicovaginal o vaginal (colpocitología, frotis de Pap, prueba de Papanicolaou) son 2 exámenes de detección que se usan para la detección de distintos tipos del VPH. Estos exámenes ayudan a encontrar las infecciones por un VPH de riesgo alto y cambios anormales y precancerosos en las células que se pueden tratar antes que se conviertan en cáncer.

El CCU se puede prevenir, y además, si se encuentra temprano es curable. La vacuna contra el VPH, los exámenes de detección de rutina y el tratamiento de seguimiento apropiado. La vacunación contra el VPH es una forma segura y eficaz de ayudar a prevenir el CCU. La FDA de los Estados Unidos aprobó el uso de la vacuna Gardasil 9 para la prevención de lesiones precancerosas y cánceres causados por los siete tipos de VPH (16, 18, 31, 33, 45, 52 y 58) a los que va dirigida esta vacuna.

Marco teorico

El cáncer cervical es una enfermedad maligna que afecta el cuello uterino, siendo una de las principales causas de morbilididad y mortalidad en mujeres a nivel mundial. La relación entre la infección por el VPH y el desarrollo del cáncer cervical ha sido ampliamente establecida.

Eñ VPH, especialmente los genotipos de alto riesgo, ha sido reconocido como el principal factor de riesgo para el desarrollo del cáncer cercival. La infección persistente con VPH puede conducir a la progresión de lesiones cervicales precursoras y, eventualmente, al cáncer invasivo.

Dentro de los principales factores de riesgo que se consideran para la infección de VPH es la edad, tabaquismo, inmunodeficiencias, uso de anticonceptivos hormonales.
La investigación se realizará a cabo analizando una base de datos poblacional que incluye información necesaria sobre los factores de riesgo del cáncer cervical, a la cual se le aplicarán técnicas de análisis estadístico, esto para evaluar la asociación entre los factores de riesgo y la incidencia de cáncer cervical.

Métodos

Se selecciono la base de datos “kag_risk_factors_cervical_cancer.csv”, la cual contiene información sobre los factores de riesgo del cáncer cervical, dentro de su análisis se enfoco principalmente en los factores de riesgo anteriormente mencionados, incluyendo la edad, el uso de anticonceptivos hormonales, el ser fumador, un diagnostico positivo de VPH y el desarrollo a neoplasia, estadios tempranos de cáncer cervical.
Se realizaron gráficas representativas de dichos datos para crear una represntación visual fácil de analizar.

Resultados

Se realizo un histograma de las edades de las 858 personas entrevistadas, y se encontro que la mayoría de ella se encuentra en una edad de alrededor de 20 años.

CC %>% tabyl(Age) %>%
  ggplot(aes(x=Age,y=n,fill=Age))+
  geom_col()+
  labs(x="Edades",y="Frecuencia",title = "Edades de los encuestados")

Tomando en cuenta los factores de riesgo predominantes se realizo una gráfica de pastel tanto del uso de métodos anticonceptivos y el fumar por separado para analizar la cantidad de personas que serían consideradas propensas a contagiarse de VPH.

table(CC$Hormonal.Contraceptives)
## 
##   ? 0.0 1.0 
## 108 269 481
CC$Hormonal.Contraceptives[CC$Hormonal.Contraceptives=="?"]="Desconocido"
CC$Hormonal.Contraceptives[CC$Hormonal.Contraceptives=="0.0"]="No"
CC$Hormonal.Contraceptives[CC$Hormonal.Contraceptives=="1.0"]="Si"
UDAH=CC$Hormonal.Contraceptives
pie(table(CC$Hormonal.Contraceptives),main = "Uso de anticonceptivos hormonales")
legend("topleft", legend = c("Desconocido", "No", "Si"),
       fill =  c("white", "lightblue", "mistyrose"))

table(CC$Smokes)
## 
##   ? 0.0 1.0 
##  13 722 123
CC$Smokes[CC$Smokes=="?"]="Desconocido"
CC$Smokes[CC$Smokes=="0.0"]="No"
CC$Smokes[CC$Smokes=="1.0"]="Si"
FUM=CC$Smokes
pie(table(CC$Smokes),main = "Fumadores")
legend("topleft", legend = c("Desconocido", "No", "Si"),
       fill =  c("white", "lightblue", "mistyrose"))

La mayoria de las personas entrevistadas utilizan algun tipo de método anticonceptivo hormonal, pero la mayoria no fuma, al compararlos obtenemos los siguientes resultados. Solamente 68 personas utilizan un método anticonceptivo hormonal y fuman, mientras que 410 personas utilizan algun método anticonceptivo pero no fuman.

FAH=data.frame(CC$Smokes,CC$Hormonal.Contraceptives)
table(FAH)
##              CC.Hormonal.Contraceptives
## CC.Smokes     Desconocido  No  Si
##   Desconocido           5   5   3
##   No                   86 226 410
##   Si                   17  38  68

Con los factores de riesgo principales analizados, procedemos a ver el analisis de pacientes con un diagnostico positivo de VPH, representado en una gráfica de pastel.

table(CC$Dx.HPV)
## 
##   0   1 
## 840  18
CC$Dx.HPV[CC$Dx.HPV=="0"]="VPH negativo"
CC$Dx.HPV[CC$Dx.HPV=="1"]="VPH positivo"
pie(table(CC$Dx.HPV), main = "Diagnostico de VPH")
legend("topleft", legend = c("VPH negativo", "VPH positivo"),
       fill =  c("white", "lightblue"))

El diagnostico positivo de VPH nos ayuda a entender un poco mejor la relación entre los factores de riesgo contemplados y una infección de VPH, pero el diagnostico positivo no es una condena segura de padecer cáncer cervical, por lo que analizar cuantas de las personas evolucionan a neoplasia, la cuál es los primeros pasos hacia el cáncer cervical.

table(CC$Dx.CIN)
## 
##   0   1 
## 849   9
CC$Dx.CIN[CC$Dx.CIN=="0"]="Sin evolución"
CC$Dx.CIN[CC$Dx.CIN=="1"]="Evolución a neoplasia"
pie(table(CC$Dx.CIN), main = "Neoplasia provocada por VPH")
legend("topleft", legend = c("Sin evolución", "Evolución a neoplasia"),
       fill =  c("white", "lightblue"))

De las 858 personas entrevistadas, unicamente 18 cuentan con un diagnostico de VPH positivo, y solamente 9 de ellas evolucionaron a neoplasia, considerando que 68 personas son las que fuman y utilizan métodos anticonceptivos hormonales, por lo que solamente el 26% de las personas consideradas con un factor de riesgo alto fueron infectadas con VPH, y el 13% evoluciono a neoplasia.

Conclusiones

Podemos concluir por los resultados obtenidos, que las personas consideradas con un alto riesgo de contagio, un 26% terminaron infectados de algún genotipo de VPH, si tomamos en cuenta el total de entrevistadas seria unicamente un 2% las personas infectadas. Los factores de riesgo son considerados como tal porque aumentan la probabilidad que tiene una persona ante, este caso, la infección de VPH.

Una infección de VPH puede ser prevenida de diferentes formas, primero con la vacuna preventiva que se ofrece tanto a hombres como mujeres en diferentes paises para disminuir la posibilidad de contagio, la utilización de métodos anticonceptivos de barrera, y en caso de un diagnostico positivo de VPH, estudios de forma periodica para evaluar la necesidad de tratamientos para neoplasias y evitar el desarrollo a cáncer cervical.

Referencias

Alonso, M. (2020) Virus del Papiloma Humano:qué es y como se trata. Recuperado de https://rocclinic.com/blog/virus-papiloma-humano-que-es-como-se-trata/
MedlinePlus. (2022) Virus del papiloma humano. Recuperado de https://medlineplus.gov/spanish/hpv.html
MayoClinic(2022) Infección por VPH. Recuperado de https://www.mayoclinic.org/es/diseases-conditions/hpv-infection/symptoms-causes/syc-20351596

Base de datos

Cervical Cancer Risk Classification
https://www.kaggle.com/datasets/loveall/cervical-cancer-risk-classification