Matriz de Información

library(readr)
library(kableExtra)
load("C:/Users/yamis/Desktop/MAE/6-2.RData")
Datos<-X6_2
Mat_X<-Datos

Mat_X %>% head() %>% 
  kable(caption ="Matriz de información:" ,align = "c",digits = 6) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif")

Matriz de información:
V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
4	1	4	3	3	2	4	4	4	4
5	5	4	4	3	3	4	1	1	3
2	1	3	1	4	2	1	5	4	5
1	1	1	1	4	4	2	5	5	4
1	1	2	1	5	5	4	3	3	2
5	5	5	5	3	3	4	2	2	1

a) Calcula la matriz de varianza covarianza para la batería de indicadores:

1. De forma “manual”

library(dplyr)
library(kableExtra)
centrado<-function(x){
  x-mean(x)
}
Xcentrada<-apply(X = Mat_X,MARGIN = 2,centrado)
Xcentrada %>% head() %>% 
  kable(caption ="Matriz de Variables centradas:",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif")

Matriz de Variables centradas:
V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
0.3	-2.4	0.5	0.2	-0.7	-1.7	0.35	1.15	1.2	1.35
1.3	1.6	0.5	1.2	-0.7	-0.7	0.35	-1.85	-1.8	0.35
-1.7	-2.4	-0.5	-1.8	0.3	-1.7	-2.65	2.15	1.2	2.35
-2.7	-2.4	-2.5	-1.8	0.3	0.3	-1.65	2.15	2.2	1.35
-2.7	-2.4	-1.5	-1.8	1.3	1.3	0.35	0.15	0.2	-0.65
1.3	1.6	1.5	2.2	-0.7	-0.7	0.35	-0.85	-0.8	-1.65

n_obs<-nrow(Mat_X)
Mat_V<-t(Xcentrada)%*%Xcentrada/(n_obs-1) 
Mat_V %>% kable(caption ="Cálculo de V(X) forma manual:" ,
                align = "c",
                digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

Cálculo de V(X) forma manual:
	V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
V1	1.80	1.92	1.32	1.73	-0.62	-0.31	0.36	-1.21	-1.27	-0.90
V2	1.92	2.67	1.42	2.14	-0.66	-0.14	0.52	-1.78	-1.81	-1.54
V3	1.32	1.42	1.42	1.53	-0.53	-0.32	0.29	-0.92	-1.11	-0.87
V4	1.73	2.14	1.53	2.48	-0.80	-0.48	0.35	-1.61	-1.83	-1.39
V5	-0.62	-0.66	-0.53	-0.80	0.85	0.80	0.21	0.37	0.46	0.15
V6	-0.31	-0.14	-0.32	-0.48	0.80	1.38	0.63	0.22	0.09	-0.37
V7	0.36	0.52	0.29	0.35	0.21	0.63	1.61	-0.53	-0.34	-0.71
V8	-1.21	-1.78	-0.92	-1.61	0.37	0.22	-0.53	1.92	1.81	1.37
V9	-1.27	-1.81	-1.11	-1.83	0.46	0.09	-0.34	1.81	2.17	1.56
V10	-0.90	-1.54	-0.87	-1.39	0.15	-0.37	-0.71	1.37	1.56	1.82

2. Usando el comando cov de R base.

library(dplyr)
library(kableExtra)
cov(Mat_X) %>% 
  
  kable(caption="Cálculo de V(X) a través de R base",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

Cálculo de V(X) a través de R base
	V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
V1	1.80	1.92	1.32	1.73	-0.62	-0.31	0.36	-1.21	-1.27	-0.90
V2	1.92	2.67	1.42	2.14	-0.66	-0.14	0.52	-1.78	-1.81	-1.54
V3	1.32	1.42	1.42	1.53	-0.53	-0.32	0.29	-0.92	-1.11	-0.87
V4	1.73	2.14	1.53	2.48	-0.80	-0.48	0.35	-1.61	-1.83	-1.39
V5	-0.62	-0.66	-0.53	-0.80	0.85	0.80	0.21	0.37	0.46	0.15
V6	-0.31	-0.14	-0.32	-0.48	0.80	1.38	0.63	0.22	0.09	-0.37
V7	0.36	0.52	0.29	0.35	0.21	0.63	1.61	-0.53	-0.34	-0.71
V8	-1.21	-1.78	-0.92	-1.61	0.37	0.22	-0.53	1.92	1.81	1.37
V9	-1.27	-1.81	-1.11	-1.83	0.46	0.09	-0.34	1.81	2.17	1.56
V10	-0.90	-1.54	-0.87	-1.39	0.15	-0.37	-0.71	1.37	1.56	1.82

b) Calcula la matriz de correlación para la batería de indicadores:

1. De forma “manual”

Zx<-scale(x = Mat_X,center =TRUE)
Zx %>% head() %>% 
  kable(caption ="Matriz de Variables Estandarizadas:",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif")

Matriz de Variables Estandarizadas:
V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
0.22	-1.47	0.42	0.13	-0.76	-1.45	0.28	0.83	0.81	1.00
0.97	0.98	0.42	0.76	-0.76	-0.60	0.28	-1.33	-1.22	0.26
-1.27	-1.47	-0.42	-1.14	0.32	-1.45	-2.09	1.55	0.81	1.74
-2.01	-1.47	-2.10	-1.14	0.32	0.26	-1.30	1.55	1.49	1.00
-2.01	-1.47	-1.26	-1.14	1.41	1.11	0.28	0.11	0.14	-0.48
0.97	0.98	1.26	1.40	-0.76	-0.60	0.28	-0.61	-0.54	-1.22

n_obs<-nrow(Mat_X)
mat_R<-t(Zx)%*%Zx/(n_obs-1) 
mat_R %>% kable(caption ="Cálculo de R(X) forma manual:" ,
                align = "c",
                digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

Cálculo de R(X) forma manual:
	V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
V1	1.00	0.87	0.82	0.82	-0.50	-0.19	0.21	-0.65	-0.64	-0.50
V2	0.87	1.00	0.73	0.83	-0.44	-0.07	0.25	-0.78	-0.75	-0.70
V3	0.82	0.73	1.00	0.81	-0.48	-0.23	0.19	-0.56	-0.63	-0.54
V4	0.82	0.83	0.81	1.00	-0.55	-0.26	0.17	-0.74	-0.79	-0.65
V5	-0.50	-0.44	-0.48	-0.55	1.00	0.74	0.18	0.29	0.34	0.12
V6	-0.19	-0.07	-0.23	-0.26	0.74	1.00	0.42	0.13	0.05	-0.24
V7	0.21	0.25	0.19	0.17	0.18	0.42	1.00	-0.30	-0.18	-0.41
V8	-0.65	-0.78	-0.56	-0.74	0.29	0.13	-0.30	1.00	0.89	0.73
V9	-0.64	-0.75	-0.63	-0.79	0.34	0.05	-0.18	0.89	1.00	0.78
V10	-0.50	-0.70	-0.54	-0.65	0.12	-0.24	-0.41	0.73	0.78	1.00

2. Usando el comando cor de R base.

library(dplyr)
library(kableExtra)
cor(Mat_X) %>% 
  kable(caption="Cálculo de R(X) a través de R base",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

Cálculo de R(X) a través de R base
	V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
V1	1.00	0.87	0.82	0.82	-0.50	-0.19	0.21	-0.65	-0.64	-0.50
V2	0.87	1.00	0.73	0.83	-0.44	-0.07	0.25	-0.78	-0.75	-0.70
V3	0.82	0.73	1.00	0.81	-0.48	-0.23	0.19	-0.56	-0.63	-0.54
V4	0.82	0.83	0.81	1.00	-0.55	-0.26	0.17	-0.74	-0.79	-0.65
V5	-0.50	-0.44	-0.48	-0.55	1.00	0.74	0.18	0.29	0.34	0.12
V6	-0.19	-0.07	-0.23	-0.26	0.74	1.00	0.42	0.13	0.05	-0.24
V7	0.21	0.25	0.19	0.17	0.18	0.42	1.00	-0.30	-0.18	-0.41
V8	-0.65	-0.78	-0.56	-0.74	0.29	0.13	-0.30	1.00	0.89	0.73
V9	-0.64	-0.75	-0.63	-0.79	0.34	0.05	-0.18	0.89	1.00	0.78
V10	-0.50	-0.70	-0.54	-0.65	0.12	-0.24	-0.41	0.73	0.78	1.00

3. Presenta la matriz de correlación de forma gráfica (las dos versiones propuestas en clase)

Usando el paquete PerformanceAnalytics

library(PerformanceAnalytics)
chart.Correlation(as.matrix(Mat_X),histogram = TRUE,pch=12)

Usando el paquete corrplot

library(corrplot)
library(grDevices)
library(Hmisc)
Mat_R<-rcorr(as.matrix(Mat_X))
corrplot(Mat_R$r,
         p.mat = Mat_R$r,
         type="upper",
         tl.col="blue",
         tl.srt = 20,
         pch.col = "black",
         insig = "p-value",
         sig.level = -1,
         col = terrain.colors(100))

c) Realiza un análisis de componentes principales, y con base en los criterios vistos en clase:

a. ¿Cuántas Componentes habría que retener?

Según la regla de los 3/4 (Porcentaje Acumulado de la Varianza): Tendriamos que retener los primeros dos componentes dado que estos explican al menos el 75% de la varianza de los datos originales.

Según el criterio de la raiz latente: Tendriamos que retener las primeras dos variables ya que su autovalor es por lo menos de 1.

En conclusión, por el principio de parsimonia, nos quedamos con las primeras dos variables.

b. Incluye las tablas y gráficos vistos en clase.

Cálculo manual de los componentes.

library(dplyr)
library(kableExtra)
library(Hmisc)
Rx<-Mat_X %>% as.matrix() %>% rcorr() 
Rx$r %>% kable(caption="Matriz R(X)",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

Matriz R(X)
	V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
V1	1.00	0.87	0.82	0.82	-0.50	-0.19	0.21	-0.65	-0.64	-0.50
V2	0.87	1.00	0.73	0.83	-0.44	-0.07	0.25	-0.78	-0.75	-0.70
V3	0.82	0.73	1.00	0.81	-0.48	-0.23	0.19	-0.56	-0.63	-0.54
V4	0.82	0.83	0.81	1.00	-0.55	-0.26	0.17	-0.74	-0.79	-0.65
V5	-0.50	-0.44	-0.48	-0.55	1.00	0.74	0.18	0.29	0.34	0.12
V6	-0.19	-0.07	-0.23	-0.26	0.74	1.00	0.42	0.13	0.05	-0.24
V7	0.21	0.25	0.19	0.17	0.18	0.42	1.00	-0.30	-0.18	-0.41
V8	-0.65	-0.78	-0.56	-0.74	0.29	0.13	-0.30	1.00	0.89	0.73
V9	-0.64	-0.75	-0.63	-0.79	0.34	0.05	-0.18	0.89	1.00	0.78
V10	-0.50	-0.70	-0.54	-0.65	0.12	-0.24	-0.41	0.73	0.78	1.00

Rx$P %>% kable(caption="p-values de R(X)",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_classic_2(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

p-values de R(X)
	V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
V1	NA	0.00	0.00	0.00	0.02	0.41	0.37	0.00	0.00	0.03
V2	0.00	NA	0.00	0.00	0.05	0.77	0.29	0.00	0.00	0.00
V3	0.00	0.00	NA	0.00	0.03	0.34	0.42	0.01	0.00	0.01
V4	0.00	0.00	0.00	NA	0.01	0.27	0.46	0.00	0.00	0.00
V5	0.02	0.05	0.03	0.01	NA	0.00	0.46	0.21	0.14	0.61
V6	0.41	0.77	0.34	0.27	0.00	NA	0.06	0.58	0.82	0.32
V7	0.37	0.29	0.42	0.46	0.46	0.06	NA	0.20	0.45	0.07
V8	0.00	0.00	0.01	0.00	0.21	0.58	0.20	NA	0.00	0.00
V9	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.82	0.45	0.00	NA	0.00
V10	0.03	0.00	0.01	0.00	0.61	0.32	0.07	0.00	0.00	NA

library(stargazer)
descomposicion<-eigen(Rx$r)
t(descomposicion$values) %>% kable(caption="Autovalores de R(X)",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_classic_2(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

Autovalores de R(X)
5.7	2.07	0.72	0.55	0.32	0.27	0.15	0.13	0.07	0.03

descomposicion$vectors %>% kable(caption="Autovectores de R(X)",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_classic_2(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))

Autovectores de R(X)
-0.37	-0.07	-0.31	-0.34	0.38	-0.13	0.05	0.14	0.67	-0.10
-0.39	0.04	-0.04	-0.19	0.28	-0.47	-0.33	-0.06	-0.48	0.41
-0.35	-0.08	-0.32	-0.36	-0.31	0.56	-0.11	0.34	-0.32	-0.09
-0.39	-0.08	-0.02	-0.09	-0.14	0.12	0.26	-0.85	-0.03	-0.11
0.22	0.50	0.18	-0.30	0.34	0.50	-0.26	-0.23	0.12	0.27
0.08	0.63	0.00	-0.40	-0.13	-0.33	0.38	0.09	-0.18	-0.36
-0.12	0.47	-0.63	0.57	0.04	0.07	0.08	-0.02	0.00	0.16
0.36	-0.11	-0.33	-0.34	-0.47	-0.17	0.10	-0.10	0.19	0.58
0.37	-0.10	-0.43	-0.10	0.03	-0.14	-0.56	-0.28	-0.08	-0.49
0.32	-0.32	-0.27	-0.11	0.56	0.15	0.51	-0.01	-0.35	0.04

Cálculo usando R

library(dplyr)
library(factoextra)
library(kableExtra)
library(stargazer)
library(ggplot2)
options(scipen = 99999)
PC<-princomp(x = Mat_X,cor = TRUE,fix_sign = FALSE)
factoextra::get_eig(PC) %>% kable(caption="Resumen de PCA",
        align = "c",
        digits = 2) %>% 
  kable_material(html_font = "sans-serif") %>% 
  kable_styling(bootstrap_options = c("hover"))

Resumen de PCA
	eigenvalue	variance.percent	cumulative.variance.percent
Dim.1	5.70	57.01	57.01
Dim.2	2.07	20.69	77.70
Dim.3	0.72	7.20	84.91
Dim.4	0.55	5.48	90.39
Dim.5	0.32	3.16	93.54
Dim.6	0.27	2.71	96.25
Dim.7	0.15	1.46	97.72
Dim.8	0.13	1.28	99.00
Dim.9	0.07	0.68	99.68
Dim.10	0.03	0.32	100.00

fviz_eig(PC,
         choice = "eigenvalue",
         barcolor = "blue",
         barfill = "blue",
         addlabels = TRUE, 
       )+labs(title = "Gráfico de Sedimentación",subtitle = "Usando princomp, con Autovalores")+
  xlab(label = "Componentes")+
  ylab(label = "Autovalores")+geom_hline(yintercept = 1)

Según el criterio de Elbow (codo): Tendriamos que retener los primeros tres componentes porque en el tercer componente ocurre el codo.

fviz_eig(PC,
         choice = "variance",
         barcolor = "purple",
         barfill = "purple",
         addlabels = TRUE,
       )+labs(title = "Gráfico de Sedimentación",
              subtitle = "Usando princomp, con %Varianza Explicada")+
  xlab(label = "Componentes")+
  ylab(label = "%Varianza")

Componentes Principales

JEIMMY YAMILETH SALAZAR CHAVEZ

2023-10-26

Matriz de Información

a) Calcula la matriz de varianza covarianza para la batería de indicadores:

1. De forma “manual”

2. Usando el comando cov de R base.

b) Calcula la matriz de correlación para la batería de indicadores:

1. De forma “manual”

2. Usando el comando cor de R base.

3. Presenta la matriz de correlación de forma gráfica (las dos versiones propuestas en clase)

Usando el paquete PerformanceAnalytics

Usando el paquete corrplot

c) Realiza un análisis de componentes principales, y con base en los criterios vistos en clase:

a. ¿Cuántas Componentes habría que retener?

b. Incluye las tablas y gráficos vistos en clase.

Cálculo manual de los componentes.

Cálculo usando R

V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
4	1	4	3	3	2	4	4	4	4
5	5	4	4	3	3	4	1	1	3
2	1	3	1	4	2	1	5	4	5
1	1	1	1	4	4	2	5	5	4
1	1	2	1	5	5	4	3	3	2
5	5	5	5	3	3	4	2	2	1

V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
4	1	4	3	3	2	4	4	4	4
5	5	4	4	3	3	4	1	1	3
2	1	3	1	4	2	1	5	4	5
1	1	1	1	4	4	2	5	5	4
1	1	2	1	5	5	4	3	3	2
5	5	5	5	3	3	4	2	2	1

V1	V2	V3	V4	V5	V6	V7	V8	V9	V10
4	1	4	3	3	2	4	4	4	4
5	5	4	4	3	3	4	1	1	3
2	1	3	1	4	2	1	5	4	5
1	1	1	1	4	4	2	5	5	4
1	1	2	1	5	5	4	3	3	2
5	5	5	5	3	3	4	2	2	1