Introducción a la Estadística en R

1. Resumen Estadístico

Jesús Turpín

¿Qué es la estadística?

Rama de las matemáticas
Enfocada en la recogida y análisis de datos
Un informe estadístico nos permite obtener un resumen de la información que contienen los datos

¿Qué nos permite la estadística en la práctica?

Proporciona una serie de herramientas necesarias para explorar, resumir y poder así explotar grandes conjuntos de datos.

Conocer las probabilidades de que alguien compre un producto.
Averiguar si es más probable que compren usando un método de pago u otro.
Poder estimar cuántos huéspedes tendrá un hotel y qué decisiones en cuanto a precio y/o servicios es la óptima teniendo en cuenta lo anterior.
Saber cuántas tallas de pantalón distintas hay que fabricar para el 95 % de la población, y cuántas unidades de cada talla deben producirse.
A/B test: saber qué anuncio publicitario es más persuasivo para un producto concreto.

¿Hasta dónde no podemos llegar con la estadística en la práctica?

Saber la razón de la enorme popularidad de Juego de Tronos.
Sabemos que la violencia ayuda pero ¿es la verdadera razón del éxito de la serie?
Podríamos preguntar a todos los espectadores, pero pueden mentir o que su respuesta no revele la verdadera razón. Fiabilidad. No podemos afirmar que haya una relación directa entre el nivel de violencia y la audiencia

Tipos de estadística

Descriptiva

Describe y resume todos los datos disponibles. Ejemplo:

Ejemplo Google Curso IA/BD (Privado)

Inferencial

En una muestra grande, podemos hacer inferencias sobre la población total a partir de una muestra significativa.

Ejemplos: Audímetros TV, estudios científicos basados en encuestas

Tipos de datos

Numéricos (cuantitativos)

Contínuos

Medidas (tiempo, velocidad, longitud, …)

Discretos

Cantidad o recuentos (número de pedidos, número de aciertos, …)

Los datos numéricos pueden ser categorizados

Categóricos (cualitativos)

Nominales (sin orden)

Estado civil
País
…

Ordinales

Respuesta a una encuesta gradual (muy en desacuerdo, en desacuerdo, de acuerdo, muy de acuerdo, …)

Los datos categóricos se pueden representar como números o como texto

La importancia de los tipos de datos

Ser capaz de identificar el tipo de dato, nos permitirá saber qué tipo de gráficas o resúmenes representa mejor la información

Ejemplo: Resumen o estadístico:

# Autonomía media del conjunto mtcars
mean(mtcars$mpg)

[1] 20.09062

La importancia de los tipos de datos

Ejemplo: Representaciones gráficas

library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(mpg, wt))+
  geom_point()

La importancia de los tipos de datos

Ejemplo: Tabla

library(kableExtra)
library(tidyverse)
mtcars %>%
  head(4) %>%
  kbl() %>%
  kable_styling()

	mpg	cyl	disp	hp	drat	wt	qsec	vs	am	gear	carb
Mazda RX4	21.0	6	160	110	3.90	2.620	16.46	0	1	4	4
Mazda RX4 Wag	21.0	6	160	110	3.90	2.875	17.02	0	1	4	4
Datsun 710	22.8	4	108	93	3.85	2.320	18.61	1	1	4	1
Hornet 4 Drive	21.4	6	258	110	3.08	3.215	19.44	1	0	3	1

Ejercicios: Identifica el tipo de estadística

Página 153

Medidas estadísticas de centralidad

Dataset de ejemplo: “Mammal sleep data” (ggplot2)

library(ggplot2)
msleep

# A tibble: 83 × 11
   name   genus vore  order conservation sleep_total sleep_rem sleep_cycle awake
   <chr>  <chr> <chr> <chr> <chr>              <dbl>     <dbl>       <dbl> <dbl>
 1 Cheet… Acin… carni Carn… lc                  12.1      NA        NA      11.9
 2 Owl m… Aotus omni  Prim… <NA>                17         1.8      NA       7  
 3 Mount… Aplo… herbi Rode… nt                  14.4       2.4      NA       9.6
 4 Great… Blar… omni  Sori… lc                  14.9       2.3       0.133   9.1
 5 Cow    Bos   herbi Arti… domesticated         4         0.7       0.667  20  
 6 Three… Brad… herbi Pilo… <NA>                14.4       2.2       0.767   9.6
 7 North… Call… carni Carn… vu                   8.7       1.4       0.383  15.3
 8 Vespe… Calo… <NA>  Rode… <NA>                 7        NA        NA      17  
 9 Dog    Canis carni Carn… domesticated        10.1       2.9       0.333  13.9
10 Roe d… Capr… herbi Arti… lc                   3        NA        NA      21  
# ℹ 73 more rows
# ℹ 2 more variables: brainwt <dbl>, bodywt <dbl>

Estructura del data frame:

str(msleep)

tibble [83 × 11] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
 $ name        : chr [1:83] "Cheetah" "Owl monkey" "Mountain beaver" "Greater short-tailed shrew" ...
 $ genus       : chr [1:83] "Acinonyx" "Aotus" "Aplodontia" "Blarina" ...
 $ vore        : chr [1:83] "carni" "omni" "herbi" "omni" ...
 $ order       : chr [1:83] "Carnivora" "Primates" "Rodentia" "Soricomorpha" ...
 $ conservation: chr [1:83] "lc" NA "nt" "lc" ...
 $ sleep_total : num [1:83] 12.1 17 14.4 14.9 4 14.4 8.7 7 10.1 3 ...
 $ sleep_rem   : num [1:83] NA 1.8 2.4 2.3 0.7 2.2 1.4 NA 2.9 NA ...
 $ sleep_cycle : num [1:83] NA NA NA 0.133 0.667 ...
 $ awake       : num [1:83] 11.9 7 9.6 9.1 20 9.6 15.3 17 13.9 21 ...
 $ brainwt     : num [1:83] NA 0.0155 NA 0.00029 0.423 NA NA NA 0.07 0.0982 ...
 $ bodywt      : num [1:83] 50 0.48 1.35 0.019 600 ...

Resumen estadístico del data frame:

summary(msleep)

     name              genus               vore              order          
 Length:83          Length:83          Length:83          Length:83         
 Class :character   Class :character   Class :character   Class :character  
 Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character   Mode  :character  
                                                                            
                                                                            
                                                                            
                                                                            
 conservation        sleep_total      sleep_rem      sleep_cycle    
 Length:83          Min.   : 1.90   Min.   :0.100   Min.   :0.1167  
 Class :character   1st Qu.: 7.85   1st Qu.:0.900   1st Qu.:0.1833  
 Mode  :character   Median :10.10   Median :1.500   Median :0.3333  
                    Mean   :10.43   Mean   :1.875   Mean   :0.4396  
                    3rd Qu.:13.75   3rd Qu.:2.400   3rd Qu.:0.5792  
                    Max.   :19.90   Max.   :6.600   Max.   :1.5000  
                                    NA's   :22      NA's   :51      
     awake          brainwt            bodywt        
 Min.   : 4.10   Min.   :0.00014   Min.   :   0.005  
 1st Qu.:10.25   1st Qu.:0.00290   1st Qu.:   0.174  
 Median :13.90   Median :0.01240   Median :   1.670  
 Mean   :13.57   Mean   :0.28158   Mean   : 166.136  
 3rd Qu.:16.15   3rd Qu.:0.12550   3rd Qu.:  41.750  
 Max.   :22.10   Max.   :5.71200   Max.   :6654.000  
                 NA's   :27

Histograma

Un histograma es una representación gráfica de la distribución de frecuencias de una variable aleatoria. Consiste en una sucesión de rectángulos levantados sobre un eje x que representa los valores de la variable y la altura representa el número de apariciones de dicho valor.

Cada rectángulo tiene un área proporcional a la frecuencia de valores observada en el intervalo sobre el que se levanta. En esta sección aprenderemos a construir un histograma con R.

Histograma: variable sleep_total

ggplot(msleep, aes(x=sleep_total)) +
  geom_histogram(bins=10)

¿Cuántas horas duermen diariamente los mamíferos? ¿Según el histograma, dónde está el centro de los datos?

ggplot(msleep, aes(x=sleep_total)) +
  geom_histogram(binwidth = 1)

Medidas de centralidad: media

Página 160: Parámetros estadísticos - Libro marea verde (adultos)

La media y la mediana en R

media <- mean(msleep$sleep_total)
media

[1] 10.43373

mediana <- median(msleep$sleep_total)
mediana

[1] 10.1

La moda en R

La moda es una medida de centralidad para variable categórica. Representa la categoría más frecuente. Si contamos la frecuencia con la que aparece cada valor de sleep_total

# La moda:
msleep %>% 
  count(sleep_total, sort = TRUE) %>%
  head(1)

# A tibble: 1 × 2
  sleep_total     n
        <dbl> <int>
1        12.5     4

La moda en R

tabla_frecuencias <- table(msleep$sleep_total)
moda <- as.numeric(names(tabla_frecuencias)[which.max(tabla_frecuencias)])
moda

[1] 12.5

La moda en R

# install.packages("DescTools")
library(DescTools)
DescTools::Mode(msleep$sleep_total)

[1] 12.5
attr(,"freq")
[1] 4

# install.packages("prettyR")
library(prettyR)
prettyR::Mode(msleep$sleep_total)

[1] "12.5"

La moda en R

Para un valor numérico, generalmente no es una medida de centralidad que aporte información relevante. Sin embargo, si queremos analizar en nuestro data frame por la categoría “vore”, vemos que si tiene sentido:

msleep %>% 
  count(vore, sort = TRUE)

# A tibble: 5 × 2
  vore        n
  <chr>   <int>
1 herbi      32
2 omni       20
3 carni      19
4 <NA>        7
5 insecti     5

La moda en R

Vemos que el valor más frecuente en los datos estudiados en cuanto a la variable categórica “vore” es “herbi”

Como hemos podido ver en el histograma y en el cálculo de la media y la mediana, observamos que la media y la mediana e incluso la moda, son valores que se están en el centro de nuestra distribución de datos.

Sin embargo, si filtramos la distribución por los insectívoros:

msleep_insect <- msleep %>%
  filter(vore == "insecti")
msleep_insect

# A tibble: 5 × 11
  name    genus vore  order conservation sleep_total sleep_rem sleep_cycle awake
  <chr>   <chr> <chr> <chr> <chr>              <dbl>     <dbl>       <dbl> <dbl>
1 Big br… Epte… inse… Chir… lc                  19.7       3.9       0.117   4.3
2 Little… Myot… inse… Chir… <NA>                19.9       2         0.2     4.1
3 Giant … Prio… inse… Cing… en                  18.1       6.1      NA       5.9
4 Easter… Scal… inse… Sori… lc                   8.4       2.1       0.167  15.6
5 Short-… Tach… inse… Mono… <NA>                 8.6      NA        NA      15.4
# ℹ 2 more variables: brainwt <dbl>, bodywt <dbl>

Calculando de nuevo la media y la mediana:

msleep_insect %>%
  summarize(media = mean(sleep_total), mediana = median(sleep_total))

# A tibble: 1 × 2
  media mediana
  <dbl>   <dbl>
1  14.9    18.1

Observamos como ambos valores se alejan. En general, para datos simétricos, la media es mejor, aunque es muy sensible a valores extremos. Si los datos no son simétricos, la mediana es la medida de centralidad apropiada.

Medidas de dispersión

La varianza poblacional

$\sigma^{2} = {\frac{\sum_{i=1}^{n} (x_i - \mu)^2}{n}}$
Libro marea verde. Página 161
Libro Adymer. Página 71-71 (87 pdf)(

La varianza muestral

$s^{2} = {\frac{\sum_{i=1}^{n} (x_i - \mu)^2}{n-1}}$

La varianza

Calculamos la distancia media de cada uno de los valores respecto a la media:

dists <- msleep$sleep_total - mean(msleep$sleep_total)
dists

 [1]  1.66626506  6.56626506  3.96626506  4.46626506 -6.43373494  3.96626506
 [7] -1.73373494 -3.43373494 -0.33373494 -7.43373494 -5.13373494 -1.03373494
[13] -0.43373494  2.06626506 -0.13373494 -2.13373494 -1.33373494  6.96626506
[19] -5.13373494  7.56626506 -6.53373494  9.26626506 -7.53373494 -7.33373494
[25] -0.33373494  0.46626506  4.46626506  2.06626506 -0.63373494 -8.53373494
[31] -7.73373494 -4.23373494 -4.13373494 -2.43373494 -0.93373494 -7.13373494
[37]  8.96626506 -0.33373494  3.76626506  3.86626506  2.36626506  2.06626506
[43]  9.46626506  4.16626506  0.56626506 -2.73373494  4.06626506 -2.03373494
[49] -6.63373494 -0.73373494  5.36626506 -0.03373494  3.06626506 -1.03373494
[55] -0.13373494  0.56626506  1.06626506  3.26626506 -6.93373494 -4.83373494
[61]  0.66626506  7.66626506 -5.03373494  2.56626506 -1.73373494 -0.83373494
[67] -2.03373494  0.86626506  0.16626506  6.16626506  3.36626506  5.46626506
[73]  2.36626506 -1.33373494 -1.83373494  5.36626506 -6.03373494  5.16626506
[79] -1.53373494 -5.23373494 -4.13373494  2.06626506 -0.63373494

La varianza

Elevamos al cuadrado:

squared_dists <- dists**2

Calculamos el sumatorio:

sum_sq_dists <- sum(squared_dists)

La varianza

Dividimos entre n:

sum_sq_dists / nrow(msleep)

[1] 19.56705

Usando la función de R:

varianza_R <- var(msleep$sleep_total)
varianza_R

[1] 19.80568

¿Por qué esta diferencia?

La varianza

sum_sq_dists / (nrow(msleep)-1)

[1] 19.80568

sum_sq_dists / (nrow(msleep)-1)

[1] 19.80568

varianza_R * (((nrow(msleep)) - 1) / (nrow(msleep)))

[1] 19.56705

La desviación estándar o desviación típica

$s=\sqrt{{\frac{{\sum_{i=1}^{n}\left(x_{i}-\mu\right)^{2}}}{n-1}}}$

$\sigma=\sqrt{{\frac{{\sum_{i=1}^{n}\left(x_{i}-\mu\right)^{2}}}{n}}}$

sqrt(var(msleep$sleep_total))

[1] 4.450357

sd(msleep$sleep_total)

[1] 4.450357

sqrt((sum((msleep$sleep_total - mean(msleep$sleep_total))**2))/(nrow(msleep)))

[1] 4.423466

Rango

$R= max\{xi\}-min\{xi\}$

max(msleep$sleep_total) - min(msleep$sleep_total)

[1] 18

En R nos devuelve un vector de 2 elementos, mínimo y máximo.

range(msleep$sleep_total)

[1]  1.9 19.9

Haciendo la diferencia:

range(msleep$sleep_total)[2]- range(msleep$sleep_total)[1]

[1] 18

EAM. Error absoluto medio (MAE en inglés)

También conocido como desviación media absoluta.

$R={\frac{{\sum_{i=1}^{n} | x_{i}-\mu |}}{n}}$

Creamos la función error medio y calculamos el error medio de sleep_total:

mi_eam <- function(vect) {
  dm <- vect - mean(vect)
  errror <- mean(abs(dm))
  return(errror)
}
mi_eam(msleep$sleep_total)

[1] 3.566701

EAM. Error absoluto medio (MAE en inglés)

La desviación estándar penaliza más los valores atípicos que los valores medios, mientras que el error medio penaliza las distancias por igual. Esto es debido a las distancias al cuadrado.

Cuantiles

Los cuantiles son puntos tomados a intervalos regulares de la función de distribución de una variable aleatoria. El cuantil de orden p de una distribución (con 0 < p < 1) es el valor de la variable Xp que marca un corte de modo que una proporción p de valores de la población es menor o igual que Xp.

Los más usados son:

Cuartiles: 0.25, 0.50 y 0.75
Quintiles: 0.20, 0.40, 0.60 y 0,80
Deciles: 0.10, 0.20, … , 0.9
Percentiles: 0.01, 0.02, … 0.98, 0.99

Cuantiles en una distribución de probabilidad

wikipedia

Cuantiles vs cuartiles

La función en R que permite calcular los valores cuantiles es:

quantile(msleep$sleep_total)

   0%   25%   50%   75%  100% 
 1.90  7.85 10.10 13.75 19.90

Por defecto, el vector de cuantiles que se pasa como argumento probs en la función quantile(), es el de los cuartiles:

# Secuencia de 0 a 1 con saltos de 0.25
seq(0, 1, 0.25)

[1] 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00

Cuartiles y deciles

Los cuartiles, dividen los datos en 4 partes iguales, en nuestro caso, el 25 % de los datos se encuentran entre 1.90 y 7.85 horas. El siguiente 25 % de los datos entre 7.85 y 10.1, que se corresponde con la mediana, la cual como sabemos, divide los datos en dos partes iguales. El tercer cuartil corresponde a los datos entre la mediana y 13.75 y por último, entre 13.75 y 19.90.

deciles <- seq(0, 1, 0.1)
quantile(msleep$sleep_total, probs = deciles)

   0%   10%   20%   30%   40%   50%   60%   70%   80%   90%  100% 
 1.90  3.92  6.24  8.52  9.48 10.10 11.14 12.80 14.40 15.88 19.90

Percentiles

percentiles <- seq(0, 1, 0.01)
quantile(msleep$sleep_total, probs = percentiles)

    0%     1%     2%     3%     4%     5%     6%     7%     8%     9%    10% 
 1.900  2.556  2.828  2.946  3.028  3.120  3.284  3.448  3.668  3.838  3.920 
   11%    12%    13%    14%    15%    16%    17%    18%    19%    20%    21% 
 4.008  4.336  4.928  5.248  5.300  5.312  5.394  5.552  5.948  6.240  6.300 
   22%    23%    24%    25%    26%    27%    28%    29%    30%    31%    32% 
 6.328  6.902  7.476  7.850  8.096  8.314  8.396  8.400  8.520  8.642  8.700 
   33%    34%    35%    36%    37%    38%    39%    40%    41%    42%    43% 
 8.712  8.876  9.040  9.100  9.202  9.400  9.400  9.480  9.562  9.644  9.726 
   44%    45%    46%    47%    48%    49%    50%    51%    52%    53%    54% 
 9.800  9.800  9.944 10.054 10.100 10.100 10.100 10.264 10.300 10.346 10.456 
   55%    56%    57%    58%    59%    60%    61%    62%    63%    64%    65% 
10.630 10.876 10.974 11.000 11.038 11.140 11.304 11.468 11.896 12.292 12.500 
   66%    67%    68%    69%    70%    71%    72%    73%    74%    75%    76% 
12.500 12.500 12.500 12.674 12.800 12.844 13.020 13.430 13.636 13.750 13.928 
   77%    78%    79%    80%    81%    82%    83%    84%    85%    86%    87% 
14.214 14.296 14.378 14.400 14.442 14.524 14.618 14.864 14.900 15.264 15.668 
   88%    89%    90%    91%    92%    93%    94%    95%    96%    97%    98% 
15.800 15.800 15.880 16.334 16.776 17.104 17.448 17.940 18.072 18.802 19.508 
   99%   100% 
19.736 19.900

Cálculo vs estimación

Cuartiles

Rango intercuartil (IQR)

El rango intercuartil o IQR, es otra medida de dispersión. Se corresponde con la distancia entre el primer y tercer cuartil, o lo que es lo mismo entre el percentil 25º y 75º. En el diagrama de caja y bigote representa los límites de la caja.

Volviendo a nuestro ejemplo, calculamos la diferencia entre los quantiles 0.75 y 0.25

q1 <- quantile(msleep$sleep_total, 0.25)
q3 <- quantile(msleep$sleep_total, 0.75)
iqr <-  q3 - q1 
iqr

75% 
5.9

Valores atípicos (Outliers)

Los valores atípicos se encuentran en el rango que se aleja 1.5 veces el rango intercuartil del primer y tercer cuartil:

Dato < Q1 - 1.5xIQR
Dato > Q3 + 1.5xIQR

Si nos fijamos en la variable peso del data frame: msleep$bodywt y Calculamos q1 y q3

Valores atípicos (Outliers)

q1 <- quantile(msleep$bodywt, 0.25)
q1

  25% 
0.174

q3 <- quantile(msleep$bodywt, 0.75)
q3

  75% 
41.75

iqr <- q3 - q1
iqr

   75% 
41.576

Valores atípicos (Outliers)

atip_bajo <- q1 - 1.5*iqr
atip_bajo

   25% 
-62.19

atip_alto <- q3 + 1.5*iqr
atip_alto

    75% 
104.114

¿Tiene sentido el atípico bajo?

Valores atípicos (Outliers)

msleep %>% filter(bodywt < atip_bajo | bodywt > atip_alto ) %>%
select(name, vore, sleep_total, bodywt) %>%
  head()

# A tibble: 6 × 4
  name           vore  sleep_total bodywt
  <chr>          <chr>       <dbl>  <dbl>
1 Cow            herbi         4     600 
2 Asian elephant herbi         3.9  2547 
3 Horse          herbi         2.9   521 
4 Donkey         herbi         3.1   187 
5 Giraffe        herbi         1.9   900.
6 Pilot whale    carni         2.7   800

Valores atípicos (Outliers)

msleep %>% filter(bodywt < atip_bajo | bodywt > atip_alto ) %>%
select(name, vore, sleep_total, bodywt) %>%
  tail()

# A tibble: 6 × 4
  name                 vore  sleep_total bodywt
  <chr>                <chr>       <dbl>  <dbl>
1 Pilot whale          carni         2.7   800 
2 African elephant     herbi         3.3  6654 
3 Tiger                carni        15.8   163.
4 Lion                 carni        13.5   161.
5 Brazilian tapir      herbi         4.4   208.
6 Bottle-nosed dolphin carni         5.2   173.

Diagramas de caja y bigote (boxplot)

Los diagramas de caja y bigote utilizan los cuartiles para representar gráficamente la dispersión de los datos. La caja muestra los valores comprendidos entre los cuartiles 1 y 3, la línea interna de la caja representa la mediana.

ggplot(msleep, aes(y = sleep_total)) +
geom_boxplot()

Diagramas de caja y bigote (boxplot)

En el diagrama de caja y bigote, los valores fuera del rango intercuartil no considerados atípicos, se representan con una línea superior y otra inferior a continuación de la caja. Los valores considerados atípicos, se representan mediante puntos:

ggplot(msleep, aes(y = bodywt)) +
geom_boxplot()

Diagramas de caja y bigote (boxplot)

Si reducimos la muestra a los mamíferos pequeños (menos de 20kg):

msleep %>% filter(bodywt < 20 ) %>%
ggplot(aes(y = bodywt)) +
geom_boxplot()

Vemos que los datos son mucho menos dispersos y el diagrama se puede visualizar correctamente