#PLOT BASIS R

Fungsi paling dasar adalah plot. Pada kode di bawah ini, keluarannya ditunjukkan pada Gambar 3.2 , kode tersebut digunakan untuk memplot data dari uji ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay). Pengujian ini digunakan untuk mengukur aktivitas enzim deoksiribonuklease (DNase), yang mendegradasi DNA. Data dikumpulkan dalam objek R DNase, yang dilengkapi dengan basis R. Objek tersebut DNaseadalah kerangka data yang kolomnya adalah Run, pengujian dijalankan; conc, konsentrasi protein yang digunakan; dan density, kerapatan optik yang diukur.

head(DNase)
##   Run       conc density
## 1   1 0.04882812   0.017
## 2   1 0.04882812   0.018
## 3   1 0.19531250   0.121
## 4   1 0.19531250   0.124
## 5   1 0.39062500   0.206
## 6   1 0.39062500   0.215

Plot dasar ini dapat dikustomisasi, misalnya dengan mengubah simbol plot dan label sumbu menggunakan parameter xlab, ylabdan pch(karakter plot), seperti yang ditunjukkan pada Gambar 3.3 . Informasi tentang variabel disimpan dalam objek DNase, dan kita dapat mengaksesnya dengan attrfungsi tersebut.

plot(DNase$conc, DNase$density)

Selain scatterplot, kita juga dapat menggunakan fungsi bawaan untuk membuat histogram dan boxplot ( Gambar 3.4 ).

plot(DNase$conc, DNase$density,
  ylab = attr(DNase, "labels")$y,
  xlab = paste(attr(DNase, "labels")$x, attr(DNase, "units")$x),
  pch = 3,
  col = "blue")

lot kotak berguna untuk menampilkan beberapa distribusi secara bersebelahan dalam ruang yang kompak. Kita akan melihat lebih banyak tentang merencanakan beberapa distribusi univariat di Bagian 3.6 .

Fungsi plot R dasar sangat bagus untuk eksplorasi data interaktif yang cepat; namun kami akan segera menemui keterbatasannya jika kami ingin membuat tampilan yang lebih canggih. Kami akan menggunakan kerangka visualisasi yang disebut tata bahasa grafik, yang diimplementasikan dalam paket ggplot2 , yang memungkinkan konstruksi grafis berkualitas tinggi langkah demi langkah dengan cara yang logis dan elegan. Pertama mari kita perkenalkan dan muat contoh kumpulan data.

hist(DNase$density, breaks=25, main = "")

boxplot(density ~ Run, data = DNase)

#Refrensi : https://www.huber.embl.de/msmb/03-chap.html#base-r-plotting