clearning後の解析
Nakamura
2023-10-06
### データクリーニング前のスクリプトは別にしておく。
pacman::p_load(tidyverse , RSQLite , lubridate, tableone, skimr,rms,ggplot2,
gtsummary,summarytools,naniar,mice,readr,gridExtra,dplyr,
corrplot)
# 2.変数の尺度の変換
df <- read.csv("df_cleaning.csv", na = c("", " ", "NA"),fileEncoding = "Shift-JIS")
# 2-1. 欠測がゼロを表す変数の変換
variable_zero<-
c("妊娠前喫煙","妊娠中喫煙","飲酒","パートナー喫煙","パートナー飲酒","X.分娩.分娩方法","X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血." ,
"X.産科合併症.尿路感染症","X.産科合併症.歯周病","X.産科合併症.重症悪阻","X.産科合併症.妊娠貧血","X.産科合併症.切迫早産",
"X.産科合併症.頸管無力症","X.産科合併症.頸管長短縮","X.産科合併症.腟内胎胞形成","X.産科合併症.縫縮術施行","X.産科合併症.常位胎盤早期剥離",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群","X.産科合併症.FGR","X.産科合併症.GDM","X.産科合併症.overt.DM","X.産科合併症.前置胎盤",
"X.産科合併症.低置胎盤","X.産科合併症.羊水過多","X.産科合併症.羊水過少","X.産科合併症.DVT",
"X.母処置.母転帰","X.児.児転帰","X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血","X.母体産科既往歴.切迫流産","X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮.",
"X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮.","X.母体産科既往歴.頸管手術.leep.","X.母体産科既往歴.頸管手術.conization.",
"X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離","X.母体産科既往歴.前置胎盤","X.母体産科既往歴.pPROM","X.母体産科既往歴.生殖器感染症",
"X.母体産科既往歴.死産","X.母体産科既往歴.FGR","X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM","X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患.",
"X.母体基礎疾患.呼吸器","X.母体基礎疾患.消化器","X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎.","X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎.",
"X.母体基礎疾患.肝.肝炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎.",
"X.母体基礎疾患.血液","X.母体基礎疾患.心","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症.","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症.",
"X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病.","X.母体基礎疾患.骨","X.母体基礎疾患.筋肉","X.母体基礎疾患.子宮奇形",
"X.母体基礎疾患.子宮筋腫","X.母体基礎疾患.外傷.中毒","X.母体基礎疾患.精神疾患","X.母体基礎疾患.自己免疫疾患",
"X.母体基礎疾患.本態性高血圧","X.母体感染症.クラミジアPCR","X.母体感染症.梅毒","X.母体感染症.HBｓ抗原",
"X.母体感染症.HCV抗体","X.母体感染症.トキソプラスマIgM","X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.",
"X.母体感染症.HTLV.1.WB.","X.母体感染症.HIV","X.母体感染症.パルボB19","X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.",
"X.母体感染症.インフルエンザ","X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド","X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬","X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン",
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"X.母体使用薬剤.アスピリン","X.母体使用薬剤.ヘパリン","X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン","X.母体使用薬剤.向精神薬",
"X.母体使用薬剤.Caブロッカー","X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症","早産歴あり","多胎妊娠","痩せ","肥満","経産婦",
"不妊治療","X.母体産科既往歴.頸部切除術")
# for (variable in variable_zero) {
# df[[variable]] <- ifelse(is.na(df[[variable]]), 0, df[[variable]])
# }
# 2-2 factor変数を変換
df[variable_zero] <- lapply(df[variable_zero], as.factor)
sapply(df,class)## 年
## "integer"
## 施設の所在地
## "character"
## 施設別通し番号
## "integer"
## 整理番号
## "integer"
## 不妊治療
## "factor"
## 経妊回数
## "integer"
## 経産回数
## "integer"
## 早産回数
## "integer"
## 帝王切開回数
## "integer"
## 自然流産回数
## "integer"
## 人工妊娠中絶回数
## "integer"
## 母身長.cm.
## "numeric"
## 非妊時体重.kg.
## "numeric"
## 分娩時体重.kg.
## "numeric"
## 妊娠前喫煙
## "factor"
## 妊娠中喫煙
## "factor"
## 飲酒
## "factor"
## パートナー喫煙
## "factor"
## パートナー飲酒
## "factor"
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## "integer"
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## "integer"
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## "integer"
## X.分娩.分娩方法
## "factor"
## X.分娩.分娩時出血量.ml.
## "numeric"
## X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血.
## "factor"
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## "factor"
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## X.産科合併症.重症悪阻
## "factor"
## X.産科合併症.妊娠貧血
## "factor"
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## "factor"
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## "factor"
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## "factor"
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## "factor"
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## "factor"
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## "factor"
## X.産科合併症.妊娠高血圧症候群
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## "factor"
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## "factor"
## X.母処置.母転帰
## "factor"
## X.児.胎数
## "integer"
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## "numeric"
## X.児.児転帰
## "factor"
## X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血
## "factor"
## X.母体産科既往歴.切迫流産
## "factor"
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## "factor"
## X.母体産科既往歴.頸管手術.leep.
## "factor"
## X.母体産科既往歴.頸管手術.conization.
## "factor"
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## "factor"
## X.母体産科既往歴.前置胎盤
## "factor"
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## "factor"
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## X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.呼吸器
## "factor"
## X.母体基礎疾患.消化器
## "factor"
## X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.肝.肝炎.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器
## "factor"
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.血液
## "factor"
## X.母体基礎疾患.心
## "factor"
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病.
## "factor"
## X.母体基礎疾患.骨
## "factor"
## X.母体基礎疾患.筋肉
## "factor"
## X.母体基礎疾患.子宮奇形
## "factor"
## X.母体基礎疾患.子宮筋腫
## "factor"
## X.母体基礎疾患.外傷.中毒
## "factor"
## X.母体基礎疾患.精神疾患
## "factor"
## X.母体基礎疾患.自己免疫疾患
## "factor"
## X.母体基礎疾患.本態性高血圧
## "factor"
## X.母体感染症.クラミジアPCR
## "factor"
## X.母体感染症.梅毒
## "factor"
## X.母体感染症.HBｓ抗原
## "factor"
## X.母体感染症.HCV抗体
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## "factor"
## X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.
## "factor"
## X.母体感染症.HTLV.1.WB.
## "factor"
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## "factor"
## X.母体感染症.パルボB19
## "factor"
## X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.
## "factor"
## X.母体感染症.インフルエンザ
## "factor"
## X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド
## "factor"
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## "factor"
## X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン
## "factor"
## X.母体使用薬剤.インスリン
## "factor"
## X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム
## "factor"
## X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠.
## "factor"
## X.母体使用薬剤.アスピリン
## "factor"
## X.母体使用薬剤.ヘパリン
## "factor"
## X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン
## "factor"
## X.母体使用薬剤.向精神薬
## "factor"
## X.母体使用薬剤.Caブロッカー
## "factor"
## X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症
## "factor"
## 早産歴あり
## "factor"
## 多胎妊娠
## "factor"
## X.母体産科既往歴.頸部切除術
## "factor"
## 経産婦
## "factor"
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## "numeric"
## 痩せ
## "factor"
## 肥満
## "factor"
## X.分娩.妊娠.週日.
## "numeric"
## 年度
## "integer"# 2-3 numeric変数を変換
df[c("母身長.cm.","非妊時体重.kg.","分娩時体重.kg.","X.分娩.分娩時出血量.ml.","X.児.出生体重.g.")] <-
lapply(df[c("母身長.cm.","非妊時体重.kg.","分娩時体重.kg.","X.分娩.分娩時出血量.ml.","X.児.出生体重.g.")], as.numeric)
df[c("年","整理番号","経妊回数","経産回数","早産回数","帝王切開回数","自然流産回数","人工妊娠中絶回数",
"X.分娩.妊娠.週.","X.分娩.妊娠.日.","X.分娩.分娩時年齢","X.児.胎数","不妊治療")] <-
lapply(df[c("年","整理番号","経妊回数","経産回数","早産回数","帝王切開回数","自然流産回数","人工妊娠中絶回数",
"X.分娩.妊娠.週.","X.分娩.妊娠.日.","X.分娩.分娩時年齢","X.児.胎数","不妊治療")], as.integer)
sapply(df,class)## 年
## "integer"
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## "character"
## 施設別通し番号
## "integer"
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## "integer"
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## "integer"
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## "integer"
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## "factor"
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## "factor"
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## 妊娠前BMI
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## X.分娩.妊娠.週日.
## "numeric"
## 年度
## "integer"#2-4 妊娠週数+日を、新規変数で作る
df$X.分娩.妊娠.週日. <- df$X.分娩.妊娠.週. + (df$X.分娩.妊娠.日. / 7)
summary(df$X.分娩.妊娠.週日.)## Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. NA's
## 22.00 37.71 38.86 38.49 40.00 45.29 1150#2-5 dfのcsv出力
### write.csv(df, "df_cleaning.csv", fileEncoding = "SHIFT-JIS",row.names = FALSE)
colnames(df)## [1] "年"
## [2] "施設の所在地"
## [3] "施設別通し番号"
## [4] "整理番号"
## [5] "不妊治療"
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## [32] "X.産科合併症.頸管長短縮"
## [33] "X.産科合併症.腟内胎胞形成"
## [34] "X.産科合併症.縫縮術施行"
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## [74] "X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症."
## [75] "X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病."
## [76] "X.母体基礎疾患.骨"
## [77] "X.母体基礎疾患.筋肉"
## [78] "X.母体基礎疾患.子宮奇形"
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## [93] "X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点."
## [94] "X.母体感染症.インフルエンザ"
## [95] "X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド"
## [96] "X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬"
## [97] "X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン"
## [98] "X.母体使用薬剤.インスリン"
## [99] "X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム"
## [100] "X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠."
## [101] "X.母体使用薬剤.アスピリン"
## [102] "X.母体使用薬剤.ヘパリン"
## [103] "X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン"
## [104] "X.母体使用薬剤.向精神薬"
## [105] "X.母体使用薬剤.Caブロッカー"
## [106] "X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症"
## [107] "早産歴あり"
## [108] "多胎妊娠"
## [109] "X.母体産科既往歴.頸部切除術"
## [110] "経産婦"
## [111] "妊娠前BMI"
## [112] "痩せ"
## [113] "肥満"
## [114] "X.分娩.妊娠.週日."
## [115] "年度"#3 データの要約
variable_factor<-
c("妊娠前喫煙","妊娠中喫煙","飲酒","パートナー喫煙","パートナー飲酒","X.分娩.分娩方法","X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血." ,
"X.産科合併症.尿路感染症","X.産科合併症.歯周病","X.産科合併症.重症悪阻","X.産科合併症.妊娠貧血","X.産科合併症.切迫早産",
"X.産科合併症.頸管無力症","X.産科合併症.頸管長短縮","X.産科合併症.腟内胎胞形成","X.産科合併症.縫縮術施行","X.産科合併症.常位胎盤早期剥離",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群","X.産科合併症.FGR","X.産科合併症.GDM","X.産科合併症.overt.DM","X.産科合併症.前置胎盤",
"X.産科合併症.低置胎盤","X.産科合併症.羊水過多","X.産科合併症.羊水過少","X.産科合併症.DVT",
"X.母処置.母転帰","X.児.児転帰","X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血","X.母体産科既往歴.切迫流産","X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮.",
"X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮.","X.母体産科既往歴.頸管手術.leep.","X.母体産科既往歴.頸管手術.conization.",
"X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離","X.母体産科既往歴.前置胎盤","X.母体産科既往歴.pPROM","X.母体産科既往歴.生殖器感染症",
"X.母体産科既往歴.死産","X.母体産科既往歴.FGR","X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM","X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患.",
"X.母体基礎疾患.呼吸器","X.母体基礎疾患.消化器","X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎.","X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎.",
"X.母体基礎疾患.肝.肝炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎.",
"X.母体基礎疾患.血液","X.母体基礎疾患.心","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症.","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症.",
"X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病.","X.母体基礎疾患.骨","X.母体基礎疾患.筋肉","X.母体基礎疾患.子宮奇形",
"X.母体基礎疾患.子宮筋腫","X.母体基礎疾患.外傷.中毒","X.母体基礎疾患.精神疾患","X.母体基礎疾患.自己免疫疾患",
"X.母体基礎疾患.本態性高血圧","X.母体感染症.クラミジアPCR","X.母体感染症.梅毒","X.母体感染症.HBｓ抗原",
"X.母体感染症.HCV抗体","X.母体感染症.トキソプラスマIgM","X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.",
"X.母体感染症.HTLV.1.WB.","X.母体感染症.HIV","X.母体感染症.パルボB19","X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.",
"X.母体感染症.インフルエンザ","X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド","X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬","X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン",
"X.母体使用薬剤.インスリン","X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム","X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠.",
"X.母体使用薬剤.アスピリン","X.母体使用薬剤.ヘパリン","X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン","X.母体使用薬剤.向精神薬",
"X.母体使用薬剤.Caブロッカー","X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症","早産歴あり","多胎妊娠","痩せ","肥満","経産婦",
"不妊治療","X.母体産科既往歴.頸部切除術")
variable_numeric<-
c("母身長.cm.","非妊時体重.kg.","分娩時体重.kg.","X.分娩.分娩時出血量.ml.","年","整理番号","経妊回数","経産回数","早産回数","帝王切開回数","自然流産回数","人工妊娠中絶回数",
"X.分娩.妊娠.週.","X.分娩.妊娠.日.","X.分娩.分娩時年齢","X.児.胎数","妊娠前BMI","X.分娩.妊娠.週日.")
variables<-
c("母身長.cm.","非妊時体重.kg.","分娩時体重.kg.","X.分娩.分娩時出血量.ml.","年","整理番号","経妊回数","経産回数","早産回数","帝王切開回数","自然流産回数","人工妊娠中絶回数",
"X.分娩.妊娠.週.","X.分娩.妊娠.日.","X.分娩.分娩時年齢","X.児.胎数","不妊治療","妊娠前BMI","X.分娩.妊娠.週日.",
"妊娠前喫煙","妊娠中喫煙","飲酒","パートナー喫煙","パートナー飲酒","X.分娩.分娩方法","X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血." ,
"X.産科合併症.尿路感染症","X.産科合併症.歯周病","X.産科合併症.重症悪阻","X.産科合併症.妊娠貧血","X.産科合併症.切迫早産",
"X.産科合併症.頸管無力症","X.産科合併症.頸管長短縮","X.産科合併症.腟内胎胞形成","X.産科合併症.縫縮術施行","X.産科合併症.常位胎盤早期剥離",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群","X.産科合併症.FGR","X.産科合併症.GDM","X.産科合併症.overt.DM","X.産科合併症.前置胎盤",
"X.産科合併症.低置胎盤","X.産科合併症.羊水過多","X.産科合併症.羊水過少","X.産科合併症.DVT",
"X.母処置.母転帰","X.児.児転帰","X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血","X.母体産科既往歴.切迫流産","X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮.",
"X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮.","X.母体産科既往歴.頸管手術.leep.","X.母体産科既往歴.頸管手術.conization.",
"X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離","X.母体産科既往歴.前置胎盤","X.母体産科既往歴.pPROM","X.母体産科既往歴.生殖器感染症",
"X.母体産科既往歴.死産","X.母体産科既往歴.FGR","X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM","X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患.",
"X.母体基礎疾患.呼吸器","X.母体基礎疾患.消化器","X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎.","X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎.",
"X.母体基礎疾患.肝.肝炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎.",
"X.母体基礎疾患.血液","X.母体基礎疾患.心","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症.","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症.",
"X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病.","X.母体基礎疾患.骨","X.母体基礎疾患.筋肉","X.母体基礎疾患.子宮奇形",
"X.母体基礎疾患.子宮筋腫","X.母体基礎疾患.子宮.その他.","X.母体基礎疾患.外傷.中毒","X.母体基礎疾患.精神疾患","X.母体基礎疾患.自己免疫疾患",
"X.母体基礎疾患.本態性高血圧","X.母体感染症.クラミジアPCR","X.母体感染症.梅毒","X.母体感染症.HBｓ抗原",
"X.母体感染症.HCV抗体","X.母体感染症.風疹IgM","X.母体感染症.トキソプラスマIgM","X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.",
"X.母体感染症.HTLV.1.WB.","X.母体感染症.HIV","X.母体感染症.パルボB19","X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.",
"X.母体感染症.インフルエンザ","X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド","X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬","X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン",
"X.母体使用薬剤.インスリン","X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム","X.母体使用薬剤.UTI","X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠.",
"X.母体使用薬剤.アスピリン","X.母体使用薬剤.ヘパリン","X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン","X.母体使用薬剤.向精神薬",
"X.母体使用薬剤.Caブロッカー","X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症","早産歴あり","多胎妊娠","痩せ","肥満","経産婦",
"X.母体産科既往歴.頸部切除術")
Table1<-CreateTableOne(vars = variables, factorVars = variable_factor, data = df) ## Warning in ModuleReturnVarsExist(vars, data): The data frame does not have:
## X.母体基礎疾患.子宮.その他. X.母体感染症.風疹IgM X.母体使用薬剤.UTI DroppedTable1_csv<-print(Table1, missing =T , test = F, explain = T) ##
## Overall
## n 1053942
## 母身長.cm. (mean (SD)) 158.39 (5.51)
## 非妊時体重.kg. (mean (SD)) 54.09 (9.95)
## 分娩時体重.kg. (mean (SD)) 63.70 (10.04)
## X.分娩.分娩時出血量.ml. (mean (SD)) 624.19 (525.21)
## 年 (mean (SD)) 2018.02 (1.43)
## 整理番号 (mean (SD)) 80221.28 (3665013.24)
## 経妊回数 (mean (SD)) 1.96 (1.31)
## 経産回数 (mean (SD)) 0.68 (0.86)
## 早産回数 (mean (SD)) 0.06 (0.26)
## 帝王切開回数 (mean (SD)) 0.23 (0.53)
## 自然流産回数 (mean (SD)) 0.42 (0.74)
## 人工妊娠中絶回数 (mean (SD)) 0.26 (0.60)
## X.分娩.妊娠.週. (mean (SD)) 38.08 (2.44)
## X.分娩.妊娠.日. (mean (SD)) 2.90 (2.00)
## X.分娩.分娩時年齢 (mean (SD)) 32.51 (5.37)
## X.児.胎数 (mean (SD)) 1.06 (0.25)
## 不妊治療 (%)
## 1 874284 (83.0)
## 2 85396 ( 8.1)
## 3 94262 ( 8.9)
## 妊娠前BMI (mean (SD)) 21.54 (3.73)
## X.分娩.妊娠.週日. (mean (SD)) 38.49 (2.43)
## 妊娠前喫煙 = 1 (%) 138639 (13.2)
## 妊娠中喫煙 = 1 (%) 35847 ( 3.4)
## 飲酒 = 1 (%) 43555 ( 4.1)
## パートナー喫煙 = 1 (%) 150115 (14.2)
## パートナー飲酒 = 1 (%) 198055 (18.8)
## X.分娩.分娩方法 = 1 (%) 358363 (34.0)
## X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血. = 1 (%) 13612 ( 1.3)
## X.産科合併症.尿路感染症 = 1 (%) 837 ( 0.1)
## X.産科合併症.歯周病 = 1 (%) 866 ( 0.1)
## X.産科合併症.重症悪阻 = 1 (%) 10983 ( 1.0)
## X.産科合併症.妊娠貧血 = 1 (%) 122986 (11.7)
## X.産科合併症.切迫早産 = 1 (%) 178158 (16.9)
## X.産科合併症.頸管無力症 = 1 (%) 9915 ( 0.9)
## X.産科合併症.頸管長短縮 = 1 (%) 46700 ( 4.4)
## X.産科合併症.腟内胎胞形成 = 1 (%) 3762 ( 0.4)
## X.産科合併症.縫縮術施行 = 1 (%) 10658 ( 1.0)
## X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 9895 ( 0.9)
## X.産科合併症.妊娠高血圧症候群 = 1 (%) 63729 ( 6.0)
## X.産科合併症.FGR = 1 (%) 40838 ( 3.9)
## X.産科合併症.GDM = 1 (%) 75598 ( 7.2)
## X.産科合併症.overt.DM = 1 (%) 7107 ( 0.7)
## X.産科合併症.前置胎盤 = 1 (%) 15007 ( 1.4)
## X.産科合併症.低置胎盤 = 1 (%) 9674 ( 0.9)
## X.産科合併症.羊水過多 = 1 (%) 6610 ( 0.6)
## X.産科合併症.羊水過少 = 1 (%) 17301 ( 1.6)
## X.産科合併症.DVT = 1 (%) 1025 ( 0.1)
## X.母処置.母転帰 = 1 (%) 80 ( 0.0)
## X.児.児転帰 = 1 (%) 7661 ( 0.7)
## X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 = 1 (%) 1816 ( 0.2)
## X.母体産科既往歴.切迫流産 = 1 (%) 7092 ( 0.7)
## X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. = 1 (%) 27434 ( 2.6)
## X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. = 1 (%) 16038 ( 1.5)
## X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. = 1 (%) 1018 ( 0.1)
## X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. = 1 (%) 4680 ( 0.4)
## X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 4549 ( 0.4)
## X.母体産科既往歴.前置胎盤 = 1 (%) 3284 ( 0.3)
## X.母体産科既往歴.pPROM = 1 (%) 8696 ( 0.8)
## X.母体産科既往歴.生殖器感染症 = 1 (%) 1648 ( 0.2)
## X.母体産科既往歴.死産 = 1 (%) 9866 ( 0.9)
## X.母体産科既往歴.FGR = 1 (%) 9081 ( 0.9)
## X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM = 1 (%) 3695 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. = 1 (%) 12525 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.呼吸器 = 1 (%) 31093 ( 3.0)
## X.母体基礎疾患.消化器 = 1 (%) 13325 ( 1.3)
## X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. = 1 (%) 3958 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. = 1 (%) 2138 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.肝.肝炎. = 1 (%) 4160 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 = 1 (%) 10747 ( 1.0)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. = 1 (%) 2350 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. = 1 (%) 2210 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.血液 = 1 (%) 9068 ( 0.9)
## X.母体基礎疾患.心 = 1 (%) 13026 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. = 1 (%) 11618 ( 1.1)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. = 1 (%) 23051 ( 2.2)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. = 1 (%) 15650 ( 1.5)
## X.母体基礎疾患.骨 = 1 (%) 5725 ( 0.5)
## X.母体基礎疾患.筋肉 = 1 (%) 1015 ( 0.1)
## X.母体基礎疾患.子宮奇形 = 1 (%) 4350 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.子宮筋腫 = 1 (%) 56952 ( 5.4)
## X.母体基礎疾患.外傷.中毒 = 1 (%) 553 ( 0.1)
## X.母体基礎疾患.精神疾患 = 1 (%) 34841 ( 3.3)
## X.母体基礎疾患.自己免疫疾患 = 1 (%) 9648 ( 0.9)
## X.母体基礎疾患.本態性高血圧 = 1 (%) 8891 ( 0.8)
## X.母体感染症.クラミジアPCR = 1 (%) 11288 ( 1.1)
## X.母体感染症.梅毒 = 1 (%) 1273 ( 0.1)
## X.母体感染症.HBｓ抗原 = 1 (%) 3415 ( 0.3)
## X.母体感染症.HCV抗体 = 1 (%) 1896 ( 0.2)
## X.母体感染症.トキソプラスマIgM = 1 (%) 2068 ( 0.2)
## X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染. = 1 (%) 1545 ( 0.1)
## X.母体感染症.HTLV.1.WB. = 1 (%) 1711 ( 0.2)
## X.母体感染症.HIV = 1 (%) 142 ( 0.0)
## X.母体感染症.パルボB19 = 1 (%) 814 ( 0.1)
## X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点. = 1 (%) 10051 ( 1.0)
## X.母体感染症.インフルエンザ = 1 (%) 4285 ( 0.4)
## X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド = 1 (%) 34408 ( 3.3)
## X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬 = 1 (%) 24442 ( 2.3)
## X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン = 1 (%) 198751 (18.9)
## X.母体使用薬剤.インスリン = 1 (%) 30859 ( 2.9)
## X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム = 1 (%) 42716 ( 4.1)
## X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠. = 1 (%) 5593 ( 0.5)
## X.母体使用薬剤.アスピリン = 1 (%) 11498 ( 1.1)
## X.母体使用薬剤.ヘパリン = 1 (%) 14828 ( 1.4)
## X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン = 1 (%) 5002 ( 0.5)
## X.母体使用薬剤.向精神薬 = 1 (%) 11287 ( 1.1)
## X.母体使用薬剤.Caブロッカー = 1 (%) 25188 ( 2.4)
## X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 = 1 (%) 22663 ( 2.2)
## 早産歴あり = 1 (%) 28835 ( 2.7)
## 多胎妊娠 = 1 (%) 65141 ( 6.2)
## 痩せ = 1 (%) 140253 (13.3)
## 肥満 = 1 (%) 118584 (11.3)
## 経産婦 = 1 (%) 510445 (48.4)
## X.母体産科既往歴.頸部切除術 = 1 (%) 5662 ( 0.5)
##
## Missing
## n
## 母身長.cm. (mean (SD)) 11.0
## 非妊時体重.kg. (mean (SD)) 15.3
## 分娩時体重.kg. (mean (SD)) 24.7
## X.分娩.分娩時出血量.ml. (mean (SD)) 1.0
## 年 (mean (SD)) 0.0
## 整理番号 (mean (SD)) 0.0
## 経妊回数 (mean (SD)) 0.1
## 経産回数 (mean (SD)) 0.2
## 早産回数 (mean (SD)) 47.5
## 帝王切開回数 (mean (SD)) 43.6
## 自然流産回数 (mean (SD)) 42.7
## 人工妊娠中絶回数 (mean (SD)) 46.6
## X.分娩.妊娠.週. (mean (SD)) 0.0
## X.分娩.妊娠.日. (mean (SD)) 0.1
## X.分娩.分娩時年齢 (mean (SD)) 0.2
## X.児.胎数 (mean (SD)) 0.1
## 不妊治療 (%) 0.0
## 1
## 2
## 3
## 妊娠前BMI (mean (SD)) 16.0
## X.分娩.妊娠.週日. (mean (SD)) 0.1
## 妊娠前喫煙 = 1 (%) 0.0
## 妊娠中喫煙 = 1 (%) 0.0
## 飲酒 = 1 (%) 0.0
## パートナー喫煙 = 1 (%) 0.0
## パートナー飲酒 = 1 (%) 0.0
## X.分娩.分娩方法 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血. = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.尿路感染症 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.歯周病 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.重症悪阻 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.妊娠貧血 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.切迫早産 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.頸管無力症 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.頸管長短縮 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.腟内胎胞形成 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.縫縮術施行 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.妊娠高血圧症候群 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.FGR = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.GDM = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.overt.DM = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.前置胎盤 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.低置胎盤 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.羊水過多 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.羊水過少 = 1 (%) 0.0
## X.産科合併症.DVT = 1 (%) 0.0
## X.母処置.母転帰 = 1 (%) 0.0
## X.児.児転帰 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.切迫流産 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.前置胎盤 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.pPROM = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.生殖器感染症 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.死産 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.FGR = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.呼吸器 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.消化器 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.肝.肝炎. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.血液 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.心 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.骨 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.筋肉 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.子宮奇形 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.子宮筋腫 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.外傷.中毒 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.精神疾患 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.自己免疫疾患 = 1 (%) 0.0
## X.母体基礎疾患.本態性高血圧 = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.クラミジアPCR = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.梅毒 = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.HBｓ抗原 = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.HCV抗体 = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.トキソプラスマIgM = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染. = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.HTLV.1.WB. = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.HIV = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.パルボB19 = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点. = 1 (%) 0.0
## X.母体感染症.インフルエンザ = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬 = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.インスリン = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠. = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.アスピリン = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.ヘパリン = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.向精神薬 = 1 (%) 0.0
## X.母体使用薬剤.Caブロッカー = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 = 1 (%) 0.0
## 早産歴あり = 1 (%) 0.0
## 多胎妊娠 = 1 (%) 0.0
## 痩せ = 1 (%) 0.0
## 肥満 = 1 (%) 0.0
## 経産婦 = 1 (%) 0.0
## X.母体産科既往歴.頸部切除術 = 1 (%) 0.0colnames(Table1_csv) <- iconv(colnames(Table1_csv), from = "UTF-8", to = "CP932", sub = " ")
### write.csv(Table1_csv, file = "table1_summary.csv", fileEncoding = "SHIFT-JIS")
#4 データの分布の確認
## 2016-2019と、2020のデータ間で分布の偏りが無いかどうかしらべる
## 2016-2019年のデータを1、2020年のデータを0として分類
df$年度 <- ifelse(df$年 %in% c(2016, 2017, 2018, 2019), 1, 0)
Table2<-CreateTableOne(vars = variables,
factorVars = variable_factor, testNonNormal = kruskal.test,
strata = "年度",data = df) ## Warning in ModuleReturnVarsExist(vars, data): The data frame does not have:
## X.母体基礎疾患.子宮.その他. X.母体感染症.風疹IgM X.母体使用薬剤.UTI DroppedTable2_csv<-print(Table2, missing =T , addOverall = T,test = T, explain = T) ## Stratified by 年度
## 0
## n 203607
## 母身長.cm. (mean (SD)) 158.38 (5.53)
## 非妊時体重.kg. (mean (SD)) 54.53 (10.24)
## 分娩時体重.kg. (mean (SD)) 64.09 (10.29)
## X.分娩.分娩時出血量.ml. (mean (SD)) 638.82 (534.21)
## 年 (mean (SD)) 2020.00 (0.00)
## 整理番号 (mean (SD)) 379.53 (365.33)
## 経妊回数 (mean (SD)) 2.11 (1.28)
## 経産回数 (mean (SD)) 0.69 (0.88)
## 早産回数 (mean (SD)) 0.04 (0.21)
## 帝王切開回数 (mean (SD)) 0.15 (0.45)
## 自然流産回数 (mean (SD)) 0.35 (0.70)
## 人工妊娠中絶回数 (mean (SD)) 0.19 (0.52)
## X.分娩.妊娠.週. (mean (SD)) 38.06 (2.44)
## X.分娩.妊娠.日. (mean (SD)) 2.90 (2.00)
## X.分娩.分娩時年齢 (mean (SD)) 32.54 (5.35)
## X.児.胎数 (mean (SD)) 1.07 (0.26)
## 不妊治療 (%)
## 1 168316 (82.7)
## 2 15224 ( 7.5)
## 3 20067 ( 9.9)
## 妊娠前BMI (mean (SD)) 21.72 (3.86)
## X.分娩.妊娠.週日. (mean (SD)) 38.47 (2.43)
## 妊娠前喫煙 = 1 (%) 14414 ( 7.1)
## 妊娠中喫煙 = 1 (%) 4960 ( 2.4)
## 飲酒 = 1 (%) 11921 ( 5.9)
## パートナー喫煙 = 1 (%) 29240 (14.4)
## パートナー飲酒 = 1 (%) 37844 (18.6)
## X.分娩.分娩方法 = 1 (%) 71675 (35.2)
## X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血. = 1 (%) 2743 ( 1.3)
## X.産科合併症.尿路感染症 = 1 (%) 39 ( 0.0)
## X.産科合併症.歯周病 = 1 (%) 2 ( 0.0)
## X.産科合併症.重症悪阻 = 1 (%) 2187 ( 1.1)
## X.産科合併症.妊娠貧血 = 1 (%) 22242 (10.9)
## X.産科合併症.切迫早産 = 1 (%) 29819 (14.6)
## X.産科合併症.頸管無力症 = 1 (%) 1957 ( 1.0)
## X.産科合併症.頸管長短縮 = 1 (%) 7786 ( 3.8)
## X.産科合併症.腟内胎胞形成 = 1 (%) 670 ( 0.3)
## X.産科合併症.縫縮術施行 = 1 (%) 2287 ( 1.1)
## X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 2091 ( 1.0)
## X.産科合併症.妊娠高血圧症候群 = 1 (%) 13313 ( 6.5)
## X.産科合併症.FGR = 1 (%) 8259 ( 4.1)
## X.産科合併症.GDM = 1 (%) 15918 ( 7.8)
## X.産科合併症.overt.DM = 1 (%) 58 ( 0.0)
## X.産科合併症.前置胎盤 = 1 (%) 2886 ( 1.4)
## X.産科合併症.低置胎盤 = 1 (%) 1951 ( 1.0)
## X.産科合併症.羊水過多 = 1 (%) 1230 ( 0.6)
## X.産科合併症.羊水過少 = 1 (%) 3335 ( 1.6)
## X.産科合併症.DVT = 1 (%) 197 ( 0.1)
## X.母処置.母転帰 = 1 (%) 13 ( 0.0)
## X.児.児転帰 = 1 (%) 1424 ( 0.7)
## X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 = 1 (%) 437 ( 0.2)
## X.母体産科既往歴.切迫流産 = 1 (%) 1367 ( 0.7)
## X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. = 1 (%) 5800 ( 2.8)
## X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. = 1 (%) 3375 ( 1.7)
## X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. = 1 (%) 8 ( 0.0)
## X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. = 1 (%) 1319 ( 0.6)
## X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 1279 ( 0.6)
## X.母体産科既往歴.前置胎盤 = 1 (%) 729 ( 0.4)
## X.母体産科既往歴.pPROM = 1 (%) 1641 ( 0.8)
## X.母体産科既往歴.生殖器感染症 = 1 (%) 427 ( 0.2)
## X.母体産科既往歴.死産 = 1 (%) 1981 ( 1.0)
## X.母体産科既往歴.FGR = 1 (%) 1825 ( 0.9)
## X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM = 1 (%) 3525 ( 1.7)
## X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. = 1 (%) 2414 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.呼吸器 = 1 (%) 6486 ( 3.2)
## X.母体基礎疾患.消化器 = 1 (%) 2999 ( 1.5)
## X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. = 1 (%) 937 ( 0.5)
## X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. = 1 (%) 349 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.肝.肝炎. = 1 (%) 1132 ( 0.6)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 = 1 (%) 2373 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. = 1 (%) 360 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. = 1 (%) 442 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.血液 = 1 (%) 2246 ( 1.1)
## X.母体基礎疾患.心 = 1 (%) 2479 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. = 1 (%) 2465 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. = 1 (%) 7147 ( 3.5)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. = 1 (%) 8203 ( 4.0)
## X.母体基礎疾患.骨 = 1 (%) 2005 ( 1.0)
## X.母体基礎疾患.筋肉 = 1 (%) 391 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.子宮奇形 = 1 (%) 907 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.子宮筋腫 = 1 (%) 12066 ( 5.9)
## X.母体基礎疾患.外傷.中毒 = 1 (%) 107 ( 0.1)
## X.母体基礎疾患.精神疾患 = 1 (%) 8319 ( 4.1)
## X.母体基礎疾患.自己免疫疾患 = 1 (%) 2317 ( 1.1)
## X.母体基礎疾患.本態性高血圧 = 1 (%) 1580 ( 0.8)
## X.母体感染症.クラミジアPCR = 1 (%) 2330 ( 1.1)
## X.母体感染症.梅毒 = 1 (%) 291 ( 0.1)
## X.母体感染症.HBｓ抗原 = 1 (%) 586 ( 0.3)
## X.母体感染症.HCV抗体 = 1 (%) 292 ( 0.1)
## X.母体感染症.トキソプラスマIgM = 1 (%) 323 ( 0.2)
## X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染. = 1 (%) 188 ( 0.1)
## X.母体感染症.HTLV.1.WB. = 1 (%) 229 ( 0.1)
## X.母体感染症.HIV = 1 (%) 28 ( 0.0)
## X.母体感染症.パルボB19 = 1 (%) 144 ( 0.1)
## X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点. = 1 (%) 1755 ( 0.9)
## X.母体感染症.インフルエンザ = 1 (%) 532 ( 0.3)
## X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド = 1 (%) 8055 ( 4.0)
## X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬 = 1 (%) 5777 ( 2.8)
## X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン = 1 (%) 34103 (16.7)
## X.母体使用薬剤.インスリン = 1 (%) 5853 ( 2.9)
## X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム = 1 (%) 8844 ( 4.3)
## X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠. = 1 (%) 1378 ( 0.7)
## X.母体使用薬剤.アスピリン = 1 (%) 3499 ( 1.7)
## X.母体使用薬剤.ヘパリン = 1 (%) 2876 ( 1.4)
## X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン = 1 (%) 1031 ( 0.5)
## X.母体使用薬剤.向精神薬 = 1 (%) 2498 ( 1.2)
## X.母体使用薬剤.Caブロッカー = 1 (%) 6646 ( 3.3)
## X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 = 1 (%) 4612 ( 2.3)
## 早産歴あり = 1 (%) 7100 ( 3.5)
## 多胎妊娠 = 1 (%) 13038 ( 6.4)
## 痩せ = 1 (%) 23869 (11.7)
## 肥満 = 1 (%) 23302 (11.4)
## 経産婦 = 1 (%) 99225 (48.7)
## X.母体産科既往歴.頸部切除術 = 1 (%) 1324 ( 0.7)
## Stratified by 年度
## 1
## n 850335
## 母身長.cm. (mean (SD)) 158.40 (5.51)
## 非妊時体重.kg. (mean (SD)) 53.99 (9.88)
## 分娩時体重.kg. (mean (SD)) 63.62 (9.98)
## X.分娩.分娩時出血量.ml. (mean (SD)) 620.69 (522.98)
## 年 (mean (SD)) 2017.55 (1.17)
## 整理番号 (mean (SD)) 99339.08 (4080043.00)
## 経妊回数 (mean (SD)) 1.93 (1.32)
## 経産回数 (mean (SD)) 0.67 (0.86)
## 早産回数 (mean (SD)) 0.07 (0.28)
## 帝王切開回数 (mean (SD)) 0.27 (0.56)
## 自然流産回数 (mean (SD)) 0.45 (0.75)
## 人工妊娠中絶回数 (mean (SD)) 0.28 (0.62)
## X.分娩.妊娠.週. (mean (SD)) 38.08 (2.45)
## X.分娩.妊娠.日. (mean (SD)) 2.90 (2.00)
## X.分娩.分娩時年齢 (mean (SD)) 32.51 (5.37)
## X.児.胎数 (mean (SD)) 1.06 (0.25)
## 不妊治療 (%)
## 1 705968 (83.0)
## 2 70172 ( 8.3)
## 3 74195 ( 8.7)
## 妊娠前BMI (mean (SD)) 21.51 (3.71)
## X.分娩.妊娠.週日. (mean (SD)) 38.49 (2.44)
## 妊娠前喫煙 = 1 (%) 124225 (14.6)
## 妊娠中喫煙 = 1 (%) 30887 ( 3.6)
## 飲酒 = 1 (%) 31634 ( 3.7)
## パートナー喫煙 = 1 (%) 120875 (14.2)
## パートナー飲酒 = 1 (%) 160211 (18.8)
## X.分娩.分娩方法 = 1 (%) 286688 (33.7)
## X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血. = 1 (%) 10869 ( 1.3)
## X.産科合併症.尿路感染症 = 1 (%) 798 ( 0.1)
## X.産科合併症.歯周病 = 1 (%) 864 ( 0.1)
## X.産科合併症.重症悪阻 = 1 (%) 8796 ( 1.0)
## X.産科合併症.妊娠貧血 = 1 (%) 100744 (11.8)
## X.産科合併症.切迫早産 = 1 (%) 148339 (17.4)
## X.産科合併症.頸管無力症 = 1 (%) 7958 ( 0.9)
## X.産科合併症.頸管長短縮 = 1 (%) 38914 ( 4.6)
## X.産科合併症.腟内胎胞形成 = 1 (%) 3092 ( 0.4)
## X.産科合併症.縫縮術施行 = 1 (%) 8371 ( 1.0)
## X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 7804 ( 0.9)
## X.産科合併症.妊娠高血圧症候群 = 1 (%) 50416 ( 5.9)
## X.産科合併症.FGR = 1 (%) 32579 ( 3.8)
## X.産科合併症.GDM = 1 (%) 59680 ( 7.0)
## X.産科合併症.overt.DM = 1 (%) 7049 ( 0.8)
## X.産科合併症.前置胎盤 = 1 (%) 12121 ( 1.4)
## X.産科合併症.低置胎盤 = 1 (%) 7723 ( 0.9)
## X.産科合併症.羊水過多 = 1 (%) 5380 ( 0.6)
## X.産科合併症.羊水過少 = 1 (%) 13966 ( 1.6)
## X.産科合併症.DVT = 1 (%) 828 ( 0.1)
## X.母処置.母転帰 = 1 (%) 67 ( 0.0)
## X.児.児転帰 = 1 (%) 6237 ( 0.7)
## X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 = 1 (%) 1379 ( 0.2)
## X.母体産科既往歴.切迫流産 = 1 (%) 5725 ( 0.7)
## X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. = 1 (%) 21634 ( 2.5)
## X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. = 1 (%) 12663 ( 1.5)
## X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. = 1 (%) 1010 ( 0.1)
## X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. = 1 (%) 3361 ( 0.4)
## X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) 3270 ( 0.4)
## X.母体産科既往歴.前置胎盤 = 1 (%) 2555 ( 0.3)
## X.母体産科既往歴.pPROM = 1 (%) 7055 ( 0.8)
## X.母体産科既往歴.生殖器感染症 = 1 (%) 1221 ( 0.1)
## X.母体産科既往歴.死産 = 1 (%) 7885 ( 0.9)
## X.母体産科既往歴.FGR = 1 (%) 7256 ( 0.9)
## X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM = 1 (%) 170 ( 0.0)
## X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. = 1 (%) 10111 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.呼吸器 = 1 (%) 24607 ( 2.9)
## X.母体基礎疾患.消化器 = 1 (%) 10326 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. = 1 (%) 3021 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. = 1 (%) 1789 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.肝.肝炎. = 1 (%) 3028 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 = 1 (%) 8374 ( 1.0)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. = 1 (%) 1990 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. = 1 (%) 1768 ( 0.2)
## X.母体基礎疾患.血液 = 1 (%) 6822 ( 0.8)
## X.母体基礎疾患.心 = 1 (%) 10547 ( 1.2)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. = 1 (%) 9153 ( 1.1)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. = 1 (%) 15904 ( 1.9)
## X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. = 1 (%) 7447 ( 0.9)
## X.母体基礎疾患.骨 = 1 (%) 3720 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.筋肉 = 1 (%) 624 ( 0.1)
## X.母体基礎疾患.子宮奇形 = 1 (%) 3443 ( 0.4)
## X.母体基礎疾患.子宮筋腫 = 1 (%) 44886 ( 5.3)
## X.母体基礎疾患.外傷.中毒 = 1 (%) 446 ( 0.1)
## X.母体基礎疾患.精神疾患 = 1 (%) 26522 ( 3.1)
## X.母体基礎疾患.自己免疫疾患 = 1 (%) 7331 ( 0.9)
## X.母体基礎疾患.本態性高血圧 = 1 (%) 7311 ( 0.9)
## X.母体感染症.クラミジアPCR = 1 (%) 8958 ( 1.1)
## X.母体感染症.梅毒 = 1 (%) 982 ( 0.1)
## X.母体感染症.HBｓ抗原 = 1 (%) 2829 ( 0.3)
## X.母体感染症.HCV抗体 = 1 (%) 1604 ( 0.2)
## X.母体感染症.トキソプラスマIgM = 1 (%) 1745 ( 0.2)
## X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染. = 1 (%) 1357 ( 0.2)
## X.母体感染症.HTLV.1.WB. = 1 (%) 1482 ( 0.2)
## X.母体感染症.HIV = 1 (%) 114 ( 0.0)
## X.母体感染症.パルボB19 = 1 (%) 670 ( 0.1)
## X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点. = 1 (%) 8296 ( 1.0)
## X.母体感染症.インフルエンザ = 1 (%) 3753 ( 0.4)
## X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド = 1 (%) 26353 ( 3.1)
## X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬 = 1 (%) 18665 ( 2.2)
## X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン = 1 (%) 164648 (19.4)
## X.母体使用薬剤.インスリン = 1 (%) 25006 ( 2.9)
## X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム = 1 (%) 33872 ( 4.0)
## X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠. = 1 (%) 4215 ( 0.5)
## X.母体使用薬剤.アスピリン = 1 (%) 7999 ( 0.9)
## X.母体使用薬剤.ヘパリン = 1 (%) 11952 ( 1.4)
## X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン = 1 (%) 3971 ( 0.5)
## X.母体使用薬剤.向精神薬 = 1 (%) 8789 ( 1.0)
## X.母体使用薬剤.Caブロッカー = 1 (%) 18542 ( 2.2)
## X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 = 1 (%) 18051 ( 2.1)
## 早産歴あり = 1 (%) 21735 ( 2.6)
## 多胎妊娠 = 1 (%) 52103 ( 6.1)
## 痩せ = 1 (%) 116384 (13.7)
## 肥満 = 1 (%) 95282 (11.2)
## 経産婦 = 1 (%) 411220 (48.4)
## X.母体産科既往歴.頸部切除術 = 1 (%) 4338 ( 0.5)
## Stratified by 年度
## p test Missing
## n
## 母身長.cm. (mean (SD)) 0.370 11.0
## 非妊時体重.kg. (mean (SD)) <0.001 15.3
## 分娩時体重.kg. (mean (SD)) <0.001 24.7
## X.分娩.分娩時出血量.ml. (mean (SD)) <0.001 1.0
## 年 (mean (SD)) <0.001 0.0
## 整理番号 (mean (SD)) <0.001 0.0
## 経妊回数 (mean (SD)) <0.001 0.1
## 経産回数 (mean (SD)) <0.001 0.2
## 早産回数 (mean (SD)) <0.001 47.5
## 帝王切開回数 (mean (SD)) <0.001 43.6
## 自然流産回数 (mean (SD)) <0.001 42.7
## 人工妊娠中絶回数 (mean (SD)) <0.001 46.6
## X.分娩.妊娠.週. (mean (SD)) <0.001 0.0
## X.分娩.妊娠.日. (mean (SD)) 0.255 0.1
## X.分娩.分娩時年齢 (mean (SD)) 0.006 0.2
## X.児.胎数 (mean (SD)) <0.001 0.1
## 不妊治療 (%) <0.001 0.0
## 1
## 2
## 3
## 妊娠前BMI (mean (SD)) <0.001 16.0
## X.分娩.妊娠.週日. (mean (SD)) <0.001 0.1
## 妊娠前喫煙 = 1 (%) <0.001 0.0
## 妊娠中喫煙 = 1 (%) <0.001 0.0
## 飲酒 = 1 (%) <0.001 0.0
## パートナー喫煙 = 1 (%) 0.091 0.0
## パートナー飲酒 = 1 (%) 0.008 0.0
## X.分娩.分娩方法 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血. = 1 (%) 0.014 0.0
## X.産科合併症.尿路感染症 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.歯周病 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.重症悪阻 = 1 (%) 0.116 0.0
## X.産科合併症.妊娠貧血 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.切迫早産 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.頸管無力症 = 1 (%) 0.294 0.0
## X.産科合併症.頸管長短縮 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.腟内胎胞形成 = 1 (%) 0.020 0.0
## X.産科合併症.縫縮術施行 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.妊娠高血圧症候群 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.FGR = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.GDM = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.overt.DM = 1 (%) <0.001 0.0
## X.産科合併症.前置胎盤 = 1 (%) 0.792 0.0
## X.産科合併症.低置胎盤 = 1 (%) 0.035 0.0
## X.産科合併症.羊水過多 = 1 (%) 0.146 0.0
## X.産科合併症.羊水過少 = 1 (%) 0.895 0.0
## X.産科合併症.DVT = 1 (%) 0.967 0.0
## X.母処置.母転帰 = 1 (%) 0.580 0.0
## X.児.児転帰 = 1 (%) 0.107 0.0
## X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.切迫流産 = 1 (%) 0.938 0.0
## X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.前置胎盤 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.pPROM = 1 (%) 0.294 0.0
## X.母体産科既往歴.生殖器感染症 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.死産 = 1 (%) 0.056 0.0
## X.母体産科既往歴.FGR = 1 (%) 0.061 0.0
## X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. = 1 (%) 0.907 0.0
## X.母体基礎疾患.呼吸器 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.消化器 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.肝.肝炎. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. = 1 (%) 0.432 0.0
## X.母体基礎疾患.血液 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.心 = 1 (%) 0.409 0.0
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.骨 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.筋肉 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.子宮奇形 = 1 (%) 0.011 0.0
## X.母体基礎疾患.子宮筋腫 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.外傷.中毒 = 1 (%) 1.000 0.0
## X.母体基礎疾患.精神疾患 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.自己免疫疾患 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体基礎疾患.本態性高血圧 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体感染症.クラミジアPCR = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体感染症.梅毒 = 1 (%) 0.002 0.0
## X.母体感染症.HBｓ抗原 = 1 (%) 0.001 0.0
## X.母体感染症.HCV抗体 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体感染症.トキソプラスマIgM = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体感染症.HTLV.1.WB. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体感染症.HIV = 1 (%) 0.989 0.0
## X.母体感染症.パルボB19 = 1 (%) 0.257 0.0
## X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体感染症.インフルエンザ = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.インスリン = 1 (%) 0.114 0.0
## X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠. = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.アスピリン = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.ヘパリン = 1 (%) 0.819 0.0
## X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン = 1 (%) 0.021 0.0
## X.母体使用薬剤.向精神薬 = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体使用薬剤.Caブロッカー = 1 (%) <0.001 0.0
## X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 = 1 (%) <0.001 0.0
## 早産歴あり = 1 (%) <0.001 0.0
## 多胎妊娠 = 1 (%) <0.001 0.0
## 痩せ = 1 (%) <0.001 0.0
## 肥満 = 1 (%) 0.002 0.0
## 経産婦 = 1 (%) 0.002 0.0
## X.母体産科既往歴.頸部切除術 = 1 (%) <0.001 0.0colnames(Table2_csv) <- iconv(colnames(Table2_csv), from = "UTF-8", to = "CP932", sub = " ")
### write.csv(Table2_csv, file = "table2_summary.csv", fileEncoding = "SHIFT-JIS")
#4-1 連続変数のヒストグラムの確認
# 各連続変数に対してヒストグラムを作成する
# for (variable_name in variable_numeric) {
# plot_filename <- paste("histogram_", variable_name, ".png", sep = "")
# p <- ggplot(df, aes(x = df[[variable_name]])) +
# geom_histogram(binwidth = 1, fill = "blue", color = "black") +
# labs(title = paste("ヒストグラム -", variable_name), x = variable_name, y = "頻度")
# ggsave(filename = plot_filename, plot = p, width = 6, height = 4)
# cat("保存されたプロット:", plot_filename, "\n")
# }
#4-2 連続変数の年度毎のヒストグラムを提示する
# 年度ごとにデータを分割
output_directory <- "C:/Users/eishin/Desktop/machine_re"
df_2016_to_2019 <- df[df$年 %in% c(2016, 2017, 2018, 2019), ]
df_2020 <- df[df$年 == 2020, ]
# 各変数に対してループ
# for (variable in variable_numeric) {
# # データをフィルタリングして2つの年度に分割
# df_2016_2019 <- df[df$年 %in% c(2016, 2017, 2018, 2019), ]
# df_2020 <- df[df$年 == 2020, ]
# # ヒストグラムを作成
# histogram_2016_2019 <- ggplot(df_2016_2019, aes(x = df_2016_2019[, variable])) +
# geom_histogram(binwidth = 1, fill = "red", alpha = 0.5) +
# labs(title = paste("ヒストグラム - 2016-2019 -", variable), x = variable, y = "頻度") +
# theme_minimal()
# histogram_2020 <- ggplot(df_2020, aes(x = df_2020[, variable])) +
# geom_histogram(binwidth = 1, fill = "blue", alpha = 0.5) +
# labs(title = paste("ヒストグラム - 2020 -", variable), x = variable, y = "頻度") +
# theme_minimal()
# # 2つのヒストグラムを横に並べる
# combined_histogram <- grid.arrange(histogram_2016_2019, histogram_2020, ncol = 2)
# # ファイル名を設定
# output_filename <- file.path(output_directory, paste(variable, "_histogram.png", sep = ""))
# # ヒストグラムをPNGファイルとして保存
# ggsave(output_filename, plot = combined_histogram, width = 12, height = 6, dpi = 300)
# }
#4-3 質的変数の分布を確認する。
#4-4 質的変数の分布を年度毎に比較する。
# カテゴリ変数ごとに積み上げバープロットを作成
# for (variable in variable_factor) {
# # 年度ごとにデータを分割
# df_2016_to_2019_variable <- df_2016_to_2019 %>%
# group_by({{variable}}) %>%
# summarise(total = n()) %>%
# mutate(percentage = (total / sum(total)) * 100)
# df_2020_variable <- df_2020 %>%
# group_by({{variable}}) %>%
# summarise(total = n()) %>%
# mutate(percentage = (total / sum(total)) * 100)
# # プロットを作成
# p_2016_to_2019 <- df_2016_to_2019_variable %>%
# ggplot(aes(x = as.factor({{variable}}), y = percentage, fill = as.factor({{variable}}))) +
# geom_bar(stat = "identity") +
# labs(title = paste("2016-2019年の", variable, "の割合"), y = "割合") +
# theme_minimal() +
# scale_fill_brewer(palette = "Set1") +
# geom_text(aes(label = paste0(round(percentage, 2), "%"), y = percentage),
# position = position_stack(vjust = 0.5))
# p_2020 <- df_2020_variable %>%
# ggplot(aes(x = as.factor({{variable}}), y = percentage, fill = as.factor({{variable}}))) +
# geom_bar(stat = "identity") +
# labs(title = paste("2020年の", variable, "の割合"), y = "割合") +
# theme_minimal() +
# scale_fill_brewer(palette = "Set1") +
# geom_text(aes(label = paste0(round(percentage, 2), "%"), y = percentage),
# position = position_stack(vjust = 0.5))
# # プロットを横に並べて表示
# grid.arrange(p_2016_to_2019, p_2020, ncol = 2)
# # プロットをPNG形式で保存
# ggsave(paste0("stacked_barplot_", variable, ".png"), device = "png")
# }
# 5 連続変数の多重共線性の確認
## 相関行列の確認
numeric_col <- df %>% select_if(is.numeric)
cor_matrix <- cor(numeric_col, use = "complete.obs")
print(cor_matrix)## 年 施設別通し番号 整理番号
## 年 1.0000000000 0.0637863486 -0.0522302045
## 施設別通し番号 0.0637863486 1.0000000000 -0.0850073000
## 整理番号 -0.0522302045 -0.0850073000 1.0000000000
## 不妊治療 0.0264134379 0.0073445880 -0.0141907311
## 経妊回数 -0.0136150397 0.0173624807 0.0089638639
## 経産回数 0.0105139831 0.0644497414 0.0043628878
## 早産回数 -0.0049680962 0.0236060941 -0.0003963581
## 帝王切開回数 0.0040746339 0.0426913849 -0.0104089787
## 自然流産回数 0.0013849222 0.0156627801 -0.0043670503
## 人工妊娠中絶回数 -0.0121862270 0.0140371503 0.0072349463
## 母身長.cm. -0.0048699874 -0.0570241880 0.0013676823
## 非妊時体重.kg. 0.0379294760 -0.0136171824 0.0119966349
## 分娩時体重.kg. 0.0291173712 -0.0101137911 0.0111460293
## X.分娩.妊娠.週. 0.0033456892 -0.0316942883 0.0180322635
## X.分娩.妊娠.日. -0.0001580437 -0.0009363495 -0.0007797345
## X.分娩.分娩時年齢 -0.0091031661 -0.0414391017 -0.0215519566
## X.分娩.分娩時出血量.ml. 0.0143580233 0.0184470694 0.0146527707
## X.児.胎数 -0.0022457776 0.0284089547 -0.0104960734
## X.児.出生体重.g. 0.0077187531 -0.0355984767 0.0133587477
## 妊娠前BMI 0.0422043336 0.0082780192 0.0122741018
## X.分娩.妊娠.週日. 0.0033409770 -0.0319410102 0.0180154955
## 年度 -0.7190749091 -0.0268626910 0.0560427658
## 不妊治療 経妊回数 経産回数 早産回数
## 年 0.0264134379 -0.013615040 0.010513983 -0.0049680962
## 施設別通し番号 0.0073445880 0.017362481 0.064449741 0.0236060941
## 整理番号 -0.0141907311 0.008963864 0.004362888 -0.0003963581
## 不妊治療 1.0000000000 -0.076488584 -0.166937170 -0.0324682648
## 経妊回数 -0.0764885844 1.000000000 0.738635050 0.1838087361
## 経産回数 -0.1669371696 0.738635050 1.000000000 0.2344706625
## 早産回数 -0.0324682648 0.183808736 0.234470662 1.0000000000
## 帝王切開回数 -0.0477469560 0.282417209 0.370148620 0.2150965223
## 自然流産回数 0.1077495247 0.570019019 0.119773744 0.0407228844
## 人工妊娠中絶回数 -0.0575330716 0.455747856 0.121883926 0.0413547634
## 母身長.cm. 0.0458644894 -0.019875038 -0.031825124 -0.0246250455
## 非妊時体重.kg. 0.0044077908 0.061452219 0.058370055 0.0025281589
## 分娩時体重.kg. -0.0165984458 0.049229700 0.039123069 -0.0159494392
## X.分娩.妊娠.週. -0.0316927074 -0.077557248 -0.088820643 -0.1241605130
## X.分娩.妊娠.日. -0.0009049559 -0.012994697 -0.016294407 -0.0107669927
## X.分娩.分娩時年齢 0.2923445945 0.230881046 0.183252400 0.0398520371
## X.分娩.分娩時出血量.ml. 0.1884059562 0.002202477 -0.032895659 0.0053004826
## X.児.胎数 0.1272948723 -0.014814203 -0.018587599 -0.0188927061
## X.児.出生体重.g. -0.0220927943 0.008268073 0.012839694 -0.0844150409
## 妊娠前BMI -0.0125387510 0.073265031 0.074904409 0.0125005652
## X.分娩.妊娠.週日. -0.0319356639 -0.079442485 -0.091148787 -0.1259769690
## 年度 -0.0059362788 -0.050798961 -0.011147663 0.0058339646
## 帝王切開回数 自然流産回数 人工妊娠中絶回数
## 年 0.0040746339 0.0013849222 -0.012186227
## 施設別通し番号 0.0426913849 0.0156627801 0.014037150
## 整理番号 -0.0104089787 -0.0043670503 0.007234946
## 不妊治療 -0.0477469560 0.1077495247 -0.057533072
## 経妊回数 0.2824172088 0.5700190193 0.455747856
## 経産回数 0.3701486200 0.1197737439 0.121883926
## 早産回数 0.2150965223 0.0407228844 0.041354763
## 帝王切開回数 1.0000000000 0.0566100145 0.048571122
## 自然流産回数 0.0566100145 1.0000000000 0.049945329
## 人工妊娠中絶回数 0.0485711220 0.0499453294 1.000000000
## 母身長.cm. -0.0576898314 0.0122444835 -0.015289985
## 非妊時体重.kg. 0.0567615294 0.0340284031 0.026031642
## 分娩時体重.kg. 0.0429166232 0.0203438256 0.046339478
## X.分娩.妊娠.週. -0.1384508995 -0.0252429913 -0.018670307
## X.分娩.妊娠.日. -0.0245842441 -0.0007930488 -0.003760294
## X.分娩.分娩時年齢 0.1118232356 0.2099184059 0.018650607
## X.分娩.分娩時出血量.ml. 0.1265773360 0.0463614663 0.004506252
## X.児.胎数 -0.0330918694 0.0096744360 -0.013151695
## X.児.出生体重.g. -0.0563235109 0.0013990885 -0.001973042
## 妊娠前BMI 0.0839053043 0.0316266363 0.033216998
## X.分娩.妊娠.週日. -0.1419823635 -0.0254451556 -0.019199818
## 年度 0.0005339733 -0.0035289023 0.004003801
## 母身長.cm. 非妊時体重.kg. 分娩時体重.kg.
## 年 -4.869987e-03 0.0379294760 0.029117371
## 施設別通し番号 -5.702419e-02 -0.0136171824 -0.010113791
## 整理番号 1.367682e-03 0.0119966349 0.011146029
## 不妊治療 4.586449e-02 0.0044077908 -0.016598446
## 経妊回数 -1.987504e-02 0.0614522189 0.049229700
## 経産回数 -3.182512e-02 0.0583700552 0.039123069
## 早産回数 -2.462505e-02 0.0025281589 -0.015949439
## 帝王切開回数 -5.768983e-02 0.0567615294 0.042916623
## 自然流産回数 1.224448e-02 0.0340284031 0.020343826
## 人工妊娠中絶回数 -1.528999e-02 0.0260316421 0.046339478
## 母身長.cm. 1.000000e+00 0.3321437136 0.361751192
## 非妊時体重.kg. 3.321437e-01 1.0000000000 0.891946969
## 分娩時体重.kg. 3.617512e-01 0.8919469693 1.000000000
## X.分娩.妊娠.週. 4.037028e-02 0.0053278247 0.097584469
## X.分娩.妊娠.日. -4.061518e-05 0.0007432917 0.002918386
## X.分娩.分娩時年齢 7.377339e-02 0.0909464351 0.041772240
## X.分娩.分娩時出血量.ml. 2.720999e-02 0.0903954292 0.115900974
## X.児.胎数 1.663145e-02 -0.0087284427 0.036659505
## X.児.出生体重.g. 1.278413e-01 0.1396333533 0.242467358
## 妊娠前BMI -4.675000e-02 0.9242451737 0.797303600
## X.分娩.妊娠.週日. 4.053689e-02 0.0054394464 0.098348350
## 年度 3.579421e-03 -0.0323336857 -0.025862982
## X.分娩.妊娠.週. X.分娩.妊娠.日. X.分娩.分娩時年齢
## 年 0.003345689 -1.580437e-04 -0.009103166
## 施設別通し番号 -0.031694288 -9.363495e-04 -0.041439102
## 整理番号 0.018032264 -7.797345e-04 -0.021551957
## 不妊治療 -0.031692707 -9.049559e-04 0.292344595
## 経妊回数 -0.077557248 -1.299470e-02 0.230881046
## 経産回数 -0.088820643 -1.629441e-02 0.183252400
## 早産回数 -0.124160513 -1.076699e-02 0.039852037
## 帝王切開回数 -0.138450899 -2.458424e-02 0.111823236
## 自然流産回数 -0.025242991 -7.930488e-04 0.209918406
## 人工妊娠中絶回数 -0.018670307 -3.760294e-03 0.018650607
## 母身長.cm. 0.040370284 -4.061518e-05 0.073773385
## 非妊時体重.kg. 0.005327825 7.432917e-04 0.090946435
## 分娩時体重.kg. 0.097584469 2.918386e-03 0.041772240
## X.分娩.妊娠.週. 1.000000000 -9.501024e-02 -0.038114599
## X.分娩.妊娠.日. -0.095010243 1.000000e+00 -0.006575570
## X.分娩.分娩時年齢 -0.038114599 -6.575570e-03 1.000000000
## X.分娩.分娩時出血量.ml. -0.163642820 -2.355595e-02 0.116767295
## X.児.胎数 -0.293096215 -2.996762e-02 -0.002981351
## X.児.出生体重.g. 0.753555422 2.060447e-02 0.006886921
## 妊娠前BMI -0.011170558 6.695830e-04 0.068852800
## X.分娩.妊娠.週日. 0.992871890 2.431428e-02 -0.039063763
## 年度 -0.004901373 3.146799e-03 0.009568978
## X.分娩.分娩時出血量.ml. X.児.胎数 X.児.出生体重.g.
## 年 0.014358023 -0.002245778 0.007718753
## 施設別通し番号 0.018447069 0.028408955 -0.035598477
## 整理番号 0.014652771 -0.010496073 0.013358748
## 不妊治療 0.188405956 0.127294872 -0.022092794
## 経妊回数 0.002202477 -0.014814203 0.008268073
## 経産回数 -0.032895659 -0.018587599 0.012839694
## 早産回数 0.005300483 -0.018892706 -0.084415041
## 帝王切開回数 0.126577336 -0.033091869 -0.056323511
## 自然流産回数 0.046361466 0.009674436 0.001399089
## 人工妊娠中絶回数 0.004506252 -0.013151695 -0.001973042
## 母身長.cm. 0.027209995 0.016631452 0.127841336
## 非妊時体重.kg. 0.090395429 -0.008728443 0.139633353
## 分娩時体重.kg. 0.115900974 0.036659505 0.242467358
## X.分娩.妊娠.週. -0.163642820 -0.293096215 0.753555422
## X.分娩.妊娠.日. -0.023555949 -0.029967618 0.020604469
## X.分娩.分娩時年齢 0.116767295 -0.002981351 0.006886921
## X.分娩.分娩時出血量.ml. 1.000000000 0.337159900 -0.056303783
## X.児.胎数 0.337159900 1.000000000 -0.329304837
## X.児.出生体重.g. -0.056303783 -0.329304837 1.000000000
## 妊娠前BMI 0.084749580 -0.016101329 0.095959415
## X.分娩.妊娠.週日. -0.167158166 -0.297929042 0.759222918
## 年度 -0.011139521 0.002093916 -0.008141247
## 妊娠前BMI X.分娩.妊娠.週日. 年度
## 年 0.042204334 0.003340977 -0.7190749091
## 施設別通し番号 0.008278019 -0.031941010 -0.0268626910
## 整理番号 0.012274102 0.018015496 0.0560427658
## 不妊治療 -0.012538751 -0.031935664 -0.0059362788
## 経妊回数 0.073265031 -0.079442485 -0.0507989613
## 経産回数 0.074904409 -0.091148787 -0.0111476634
## 早産回数 0.012500565 -0.125976969 0.0058339646
## 帝王切開回数 0.083905304 -0.141982363 0.0005339733
## 自然流産回数 0.031626636 -0.025445156 -0.0035289023
## 人工妊娠中絶回数 0.033216998 -0.019199818 0.0040038011
## 母身長.cm. -0.046750000 0.040536885 0.0035794206
## 非妊時体重.kg. 0.924245174 0.005439446 -0.0323336857
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## X.分娩.妊娠.週. -0.011170558 0.992871890 -0.0049013731
## X.分娩.妊娠.日. 0.000669583 0.024314284 0.0031467993
## X.分娩.分娩時年齢 0.068852800 -0.039063763 0.0095689777
## X.分娩.分娩時出血量.ml. 0.084749580 -0.167158166 -0.0111395213
## X.児.胎数 -0.016101329 -0.297929042 0.0020939162
## X.児.出生体重.g. 0.095959415 0.759222918 -0.0081412475
## 妊娠前BMI 1.000000000 -0.011137835 -0.0357779625
## X.分娩.妊娠.週日. -0.011137835 1.000000000 -0.0045454305
## 年度 -0.035777963 -0.004545430 1.0000000000corrplot(cor_matrix, method = "color")
png("correlation_heatmap.png", width = 800, height = 800)
### 一部相関の強い変数を認める。例えば、妊娠前BMIと非妊娠時体重等。
# 6 欠測パターンの確認
na.patterns <- naclus(df)
naplot(na.patterns, which=c('na per var'))
missing_data_plot <- plot(na.patterns, which = 'na per var')## Warning in graphics:::plotHclust(n1, merge, height, order(x$order), hang, :
## "which" はグラフィックスパラメータではありません## Warning in graphics:::plotHclust(n1, merge, height, order(x$order), hang, :
## "which" はグラフィックスパラメータではありませんggsave("missing_data_pattern.png",
plot = missing_data_plot, width = 8,
height = 6, dpi = 100)
## 一部欠測が多い
## miceでの補完、欠測は多重代入法で行ってみる
colnames(df)## [1] "年"
## [2] "施設の所在地"
## [3] "施設別通し番号"
## [4] "整理番号"
## [5] "不妊治療"
## [6] "経妊回数"
## [7] "経産回数"
## [8] "早産回数"
## [9] "帝王切開回数"
## [10] "自然流産回数"
## [11] "人工妊娠中絶回数"
## [12] "母身長.cm."
## [13] "非妊時体重.kg."
## [14] "分娩時体重.kg."
## [15] "妊娠前喫煙"
## [16] "妊娠中喫煙"
## [17] "飲酒"
## [18] "パートナー喫煙"
## [19] "パートナー飲酒"
## [20] "X.分娩.妊娠.週."
## [21] "X.分娩.妊娠.日."
## [22] "X.分娩.分娩時年齢"
## [23] "X.分娩.分娩方法"
## [24] "X.分娩.分娩時出血量.ml."
## [25] "X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血."
## [26] "X.産科合併症.尿路感染症"
## [27] "X.産科合併症.歯周病"
## [28] "X.産科合併症.重症悪阻"
## [29] "X.産科合併症.妊娠貧血"
## [30] "X.産科合併症.切迫早産"
## [31] "X.産科合併症.頸管無力症"
## [32] "X.産科合併症.頸管長短縮"
## [33] "X.産科合併症.腟内胎胞形成"
## [34] "X.産科合併症.縫縮術施行"
## [35] "X.産科合併症.常位胎盤早期剥離"
## [36] "X.産科合併症.妊娠高血圧症候群"
## [37] "X.産科合併症.FGR"
## [38] "X.産科合併症.GDM"
## [39] "X.産科合併症.overt.DM"
## [40] "X.産科合併症.前置胎盤"
## [41] "X.産科合併症.低置胎盤"
## [42] "X.産科合併症.羊水過多"
## [43] "X.産科合併症.羊水過少"
## [44] "X.産科合併症.DVT"
## [45] "X.母処置.母転帰"
## [46] "X.児.胎数"
## [47] "X.児.出生体重.g."
## [48] "X.児.児転帰"
## [49] "X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血"
## [50] "X.母体産科既往歴.切迫流産"
## [51] "X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮."
## [52] "X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮."
## [53] "X.母体産科既往歴.頸管手術.leep."
## [54] "X.母体産科既往歴.頸管手術.conization."
## [55] "X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離"
## [56] "X.母体産科既往歴.前置胎盤"
## [57] "X.母体産科既往歴.pPROM"
## [58] "X.母体産科既往歴.生殖器感染症"
## [59] "X.母体産科既往歴.死産"
## [60] "X.母体産科既往歴.FGR"
## [61] "X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM"
## [62] "X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患."
## [63] "X.母体基礎疾患.呼吸器"
## [64] "X.母体基礎疾患.消化器"
## [65] "X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎."
## [66] "X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎."
## [67] "X.母体基礎疾患.肝.肝炎."
## [68] "X.母体基礎疾患.腎.泌尿器"
## [69] "X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎."
## [70] "X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎."
## [71] "X.母体基礎疾患.血液"
## [72] "X.母体基礎疾患.心"
## [73] "X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症."
## [74] "X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症."
## [75] "X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病."
## [76] "X.母体基礎疾患.骨"
## [77] "X.母体基礎疾患.筋肉"
## [78] "X.母体基礎疾患.子宮奇形"
## [79] "X.母体基礎疾患.子宮筋腫"
## [80] "X.母体基礎疾患.外傷.中毒"
## [81] "X.母体基礎疾患.精神疾患"
## [82] "X.母体基礎疾患.自己免疫疾患"
## [83] "X.母体基礎疾患.本態性高血圧"
## [84] "X.母体感染症.クラミジアPCR"
## [85] "X.母体感染症.梅毒"
## [86] "X.母体感染症.HBｓ抗原"
## [87] "X.母体感染症.HCV抗体"
## [88] "X.母体感染症.トキソプラスマIgM"
## [89] "X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染."
## [90] "X.母体感染症.HTLV.1.WB."
## [91] "X.母体感染症.HIV"
## [92] "X.母体感染症.パルボB19"
## [93] "X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点."
## [94] "X.母体感染症.インフルエンザ"
## [95] "X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド"
## [96] "X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬"
## [97] "X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン"
## [98] "X.母体使用薬剤.インスリン"
## [99] "X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム"
## [100] "X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠."
## [101] "X.母体使用薬剤.アスピリン"
## [102] "X.母体使用薬剤.ヘパリン"
## [103] "X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン"
## [104] "X.母体使用薬剤.向精神薬"
## [105] "X.母体使用薬剤.Caブロッカー"
## [106] "X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症"
## [107] "早産歴あり"
## [108] "多胎妊娠"
## [109] "X.母体産科既往歴.頸部切除術"
## [110] "経産婦"
## [111] "妊娠前BMI"
## [112] "痩せ"
## [113] "肥満"
## [114] "X.分娩.妊娠.週日."
## [115] "年度"skim(df)| Name | df |
| Number of rows | 1053942 |
| Number of columns | 115 |
| _______________________ | |
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| character | 1 |
| factor | 92 |
| numeric | 22 |
| ________________________ | |
| Group variables | None |
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| skim_variable | n_missing | complete_rate | min | max | empty | n_unique | whitespace |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 施設の所在地 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 47 | 0 |
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| skim_variable | n_missing | complete_rate | ordered | n_unique | top_counts |
|---|---|---|---|---|---|
| 妊娠前喫煙 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 915303, 1: 138639 |
| 妊娠中喫煙 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1018095, 1: 35847 |
| 飲酒 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1010387, 1: 43555 |
| パートナー喫煙 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 903827, 1: 150115 |
| パートナー飲酒 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 855887, 1: 198055 |
| X.分娩.分娩方法 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 695579, 1: 358363 |
| X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1040330, 1: 13612 |
| X.産科合併症.尿路感染症 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1053105, 1: 837 |
| X.産科合併症.歯周病 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1053076, 1: 866 |
| X.産科合併症.重症悪阻 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1042959, 1: 10983 |
| X.産科合併症.妊娠貧血 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 930956, 1: 122986 |
| X.産科合併症.切迫早産 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 875784, 1: 178158 |
| X.産科合併症.頸管無力症 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1044027, 1: 9915 |
| X.産科合併症.頸管長短縮 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1007242, 1: 46700 |
| X.産科合併症.腟内胎胞形成 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1050180, 1: 3762 |
| X.産科合併症.縫縮術施行 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1043284, 1: 10658 |
| X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1044047, 1: 9895 |
| X.産科合併症.妊娠高血圧症候群 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 990213, 1: 63729 |
| X.産科合併症.FGR | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1013104, 1: 40838 |
| X.産科合併症.GDM | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 978344, 1: 75598 |
| X.産科合併症.overt.DM | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1046835, 1: 7107 |
| X.産科合併症.前置胎盤 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1038935, 1: 15007 |
| X.産科合併症.低置胎盤 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1044268, 1: 9674 |
| X.産科合併症.羊水過多 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1047332, 1: 6610 |
| X.産科合併症.羊水過少 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1036641, 1: 17301 |
| X.産科合併症.DVT | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052917, 1: 1025 |
| X.母処置.母転帰 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1053862, 1: 80 |
| X.児.児転帰 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1046281, 1: 7661 |
| X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052126, 1: 1816 |
| X.母体産科既往歴.切迫流産 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1046850, 1: 7092 |
| X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1026508, 1: 27434 |
| X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1037904, 1: 16038 |
| X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052924, 1: 1018 |
| X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1049262, 1: 4680 |
| X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1049393, 1: 4549 |
| X.母体産科既往歴.前置胎盤 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1050658, 1: 3284 |
| X.母体産科既往歴.pPROM | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1045246, 1: 8696 |
| X.母体産科既往歴.生殖器感染症 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052294, 1: 1648 |
| X.母体産科既往歴.死産 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1044076, 1: 9866 |
| X.母体産科既往歴.FGR | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1044861, 1: 9081 |
| X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1050247, 1: 3695 |
| X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1041417, 1: 12525 |
| X.母体基礎疾患.呼吸器 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1022849, 1: 31093 |
| X.母体基礎疾患.消化器 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1040617, 1: 13325 |
| X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1049984, 1: 3958 |
| X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1051804, 1: 2138 |
| X.母体基礎疾患.肝.肝炎. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1049782, 1: 4160 |
| X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1043195, 1: 10747 |
| X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1051592, 1: 2350 |
| X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1051732, 1: 2210 |
| X.母体基礎疾患.血液 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1044874, 1: 9068 |
| X.母体基礎疾患.心 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1040916, 1: 13026 |
| X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1042324, 1: 11618 |
| X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1030891, 1: 23051 |
| X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1038292, 1: 15650 |
| X.母体基礎疾患.骨 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1048217, 1: 5725 |
| X.母体基礎疾患.筋肉 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052927, 1: 1015 |
| X.母体基礎疾患.子宮奇形 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1049592, 1: 4350 |
| X.母体基礎疾患.子宮筋腫 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 996990, 1: 56952 |
| X.母体基礎疾患.外傷.中毒 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1053389, 1: 553 |
| X.母体基礎疾患.精神疾患 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1019101, 1: 34841 |
| X.母体基礎疾患.自己免疫疾患 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1044294, 1: 9648 |
| X.母体基礎疾患.本態性高血圧 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1045051, 1: 8891 |
| X.母体感染症.クラミジアPCR | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1042654, 1: 11288 |
| X.母体感染症.梅毒 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052669, 1: 1273 |
| X.母体感染症.HBｓ抗原 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1050527, 1: 3415 |
| X.母体感染症.HCV抗体 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052046, 1: 1896 |
| X.母体感染症.トキソプラスマIgM | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1051874, 1: 2068 |
| X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052397, 1: 1545 |
| X.母体感染症.HTLV.1.WB. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1052231, 1: 1711 |
| X.母体感染症.HIV | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1053800, 1: 142 |
| X.母体感染症.パルボB19 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1053128, 1: 814 |
| X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1043891, 1: 10051 |
| X.母体感染症.インフルエンザ | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1049657, 1: 4285 |
| X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1019534, 1: 34408 |
| X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1029500, 1: 24442 |
| X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 855191, 1: 198751 |
| X.母体使用薬剤.インスリン | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1023083, 1: 30859 |
| X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1011226, 1: 42716 |
| X.母体使用薬剤.早産予防目的プロゲステロン.腟錠. | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1048349, 1: 5593 |
| X.母体使用薬剤.アスピリン | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1042444, 1: 11498 |
| X.母体使用薬剤.ヘパリン | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1039114, 1: 14828 |
| X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1048940, 1: 5002 |
| X.母体使用薬剤.向精神薬 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1042655, 1: 11287 |
| X.母体使用薬剤.Caブロッカー | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1028754, 1: 25188 |
| X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1031279, 1: 22663 |
| 早産歴あり | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1025107, 1: 28835 |
| 多胎妊娠 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 988801, 1: 65141 |
| X.母体産科既往歴.頸部切除術 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 1048280, 1: 5662 |
| 経産婦 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 543497, 1: 510445 |
| 痩せ | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 913689, 1: 140253 |
| 肥満 | 0 | 1 | FALSE | 2 | 0: 935358, 1: 118584 |
Variable type: numeric
| skim_variable | n_missing | complete_rate | mean | sd | p0 | p25 | p50 | p75 | p100 | hist |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 年 | 0 | 1.00 | 2018.02 | 1.43 | 2016.00 | 2017.00 | 2018.00 | 2019.00 | 2.020000e+03 | ▇▅▇▇▆ |
| 施設別通し番号 | 0 | 1.00 | 179.86 | 109.06 | 1.00 | 95.00 | 164.00 | 272.00 | 4.080000e+02 | ▆▇▆▅▃ |
| 整理番号 | 10 | 1.00 | 80221.28 | 3665013.24 | 0.00 | 191.00 | 441.00 | 1114.00 | 2.108048e+09 | ▇▁▁▁▁ |
| 不妊治療 | 0 | 1.00 | 1.26 | 0.61 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 3.000000e+00 | ▇▁▁▁▁ |
| 経妊回数 | 1147 | 1.00 | 1.96 | 1.31 | 0.00 | 1.00 | 2.00 | 3.00 | 1.000000e+01 | ▇▂▁▁▁ |
| 経産回数 | 1979 | 1.00 | 0.68 | 0.86 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 1.00 | 1.000000e+01 | ▇▁▁▁▁ |
| 早産回数 | 500348 | 0.53 | 0.06 | 0.26 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 1.000000e+01 | ▇▁▁▁▁ |
| 帝王切開回数 | 459282 | 0.56 | 0.23 | 0.53 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 1.000000e+01 | ▇▁▁▁▁ |
| 自然流産回数 | 449660 | 0.57 | 0.42 | 0.74 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 1.00 | 1.000000e+01 | ▇▁▁▁▁ |
| 人工妊娠中絶回数 | 491400 | 0.53 | 0.26 | 0.60 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 1.000000e+01 | ▇▁▁▁▁ |
| 母身長.cm. | 115877 | 0.89 | 158.39 | 5.51 | 130.00 | 155.00 | 158.00 | 162.00 | 1.890000e+02 | ▁▂▇▁▁ |
| 非妊時体重.kg. | 161696 | 0.85 | 54.09 | 9.95 | 30.00 | 48.00 | 52.00 | 58.00 | 1.486000e+02 | ▇▆▁▁▁ |
| 分娩時体重.kg. | 260634 | 0.75 | 63.70 | 10.04 | 30.00 | 57.00 | 62.20 | 68.60 | 1.499000e+02 | ▁▇▁▁▁ |
| X.分娩.妊娠.週. | 341 | 1.00 | 38.08 | 2.44 | 22.00 | 37.00 | 38.00 | 40.00 | 4.500000e+01 | ▁▁▁▇▁ |
| X.分娩.妊娠.日. | 1109 | 1.00 | 2.90 | 2.00 | 0.00 | 1.00 | 3.00 | 5.00 | 6.000000e+00 | ▇▃▃▃▇ |
| X.分娩.分娩時年齢 | 1641 | 1.00 | 32.51 | 5.37 | 15.00 | 29.00 | 33.00 | 36.00 | 4.900000e+01 | ▁▃▇▅▁ |
| X.分娩.分娩時出血量.ml. | 10683 | 0.99 | 624.19 | 525.21 | 0.00 | 280.00 | 480.00 | 800.00 | 9.835000e+03 | ▇▁▁▁▁ |
| X.児.胎数 | 1450 | 1.00 | 1.06 | 0.25 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 5.000000e+00 | ▇▁▁▁▁ |
| X.児.出生体重.g. | 1315 | 1.00 | 2873.22 | 556.86 | 250.00 | 2624.00 | 2935.00 | 3219.50 | 4.998000e+03 | ▁▁▇▅▁ |
| 妊娠前BMI | 168979 | 0.84 | 21.54 | 3.73 | 10.69 | 19.14 | 20.69 | 22.89 | 7.092000e+01 | ▇▃▁▁▁ |
| X.分娩.妊娠.週日. | 1150 | 1.00 | 38.49 | 2.43 | 22.00 | 37.71 | 38.86 | 40.00 | 4.529000e+01 | ▁▁▁▇▁ |
| 年度 | 0 | 1.00 | 0.81 | 0.39 | 0.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | 1.000000e+00 | ▂▁▁▁▇ |
## 解析に使うデータのみのデータセットを作る。
variable_analysis<-
c("年度","経妊回数","経産回数","自然流産回数","人工妊娠中絶回数","X.分娩.分娩時年齢",
"不妊治療","妊娠前喫煙","妊娠中喫煙","飲酒","パートナー喫煙","パートナー飲酒",
"X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血.","X.産科合併症.尿路感染症","X.産科合併症.歯周病",
"X.産科合併症.重症悪阻","X.産科合併症.妊娠貧血","X.産科合併症.切迫早産",
"X.産科合併症.常位胎盤早期剥離","X.産科合併症.FGR",
"X.産科合併症.GDM","X.産科合併症.前置胎盤","X.産科合併症.羊水過多","X.産科合併症.羊水過少",
"X.産科合併症.DVT","X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血","X.母体産科既往歴.切迫流産",
"X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離","X.母体産科既往歴.前置胎盤","X.母体産科既往歴.pPROM",
"X.母体産科既往歴.生殖器感染症","X.母体産科既往歴.死産","X.母体産科既往歴.FGR",
"X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM","X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患.",
"X.母体基礎疾患.呼吸器","X.母体基礎疾患.消化器","X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎.",
"X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎.","X.母体基礎疾患.肝.肝炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器",
"X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎.","X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎.","X.母体基礎疾患.血液",
"X.母体基礎疾患.心","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症.","X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症.",
"X.母体基礎疾患.骨","X.母体基礎疾患.筋肉","X.母体基礎疾患.子宮奇形","X.母体基礎疾患.子宮筋腫",
"X.母体基礎疾患.精神疾患","X.母体基礎疾患.自己免疫疾患","X.母体基礎疾患.本態性高血圧",
"X.母体感染症.クラミジアPCR","X.母体感染症.梅毒","X.母体感染症.トキソプラスマIgM",
"X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.","X.母体感染症.HTLV.1.WB.","X.母体感染症.パルボB19",
"X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.","X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド",
"X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬","X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン","X.母体使用薬剤.インスリン",
"X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム","X.母体使用薬剤.アスピリン","X.母体使用薬剤.ヘパリン",
"X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン","X.母体使用薬剤.向精神薬","X.母体使用薬剤.Caブロッカー",
"X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症","早産歴あり","多胎妊娠","痩せ","肥満","経産婦","X.母体産科既往歴.頸部切除術")
# df_miced <-
# mice(subset(df,select =variable_analysis,
# m = 3,
# maxit = 3,
# method = "pmm",
# seed = 1234))