Baca Data

birthweight <- read.csv("birthweight.csv")

4. DASAR TYPE DATA

Kami telah mengatakan bahwa nilai logika dapat digunakan untuk membuat subset bingkai data, dan semua nilai dalam kolom tertentu pada bingkai data harus bertipe atau kelas yang sama . Tapi apa artinya ini?

4.1 Kelas pemahaman

R memiliki kelas data dasar berikut:

numerik (termasuk bilangan bulat dan ganda) karakter logis kompleks mentah Umumnya, dalam bioinformatika, nilai termasuk dalam salah satu dari tiga kelas pertama. Baca selengkapnya tentang tipe data kompleks dan mentah di sini .

class(birthweight$birthweight)
## [1] "numeric"
class(birthweight$smoker)
## [1] "character"
class(birthweight$geriatric.pregnancy)
## [1] "logical"

Kategori numerik cukup jelas. Apa yang dimaksud dengan karakter dan logika?

Nilai karakter persis seperti bunyinya: karakter yang disimpan (huruf dan/atau angka). Pada tabel berat lahir, kolom “tanggal lahir” dan “lokasi” berisi nilai karakter.

head(birthweight$location)
## [1] "General"     "Silver Hill" "Silver Hill" "Silver Hill" "Memorial"   
## [6] "Memorial"

Karakter dapat dikenali dari tanda kutip yang muncul di sekitarnya pada keluaran. R tidak dapat melakukan operasi matematika pada angka yang disimpan sebagai karakter.

##1 + "1"

Nilai logikanya adalah TRUE, FALSE, atau NA (hilang). Nilai logika merupakan hasil perbandingan satu item dengan item lainnya dengan operator relasional .

Operator relasional di R adalah:

lebih besar dari =lebih dari atau sama dengan <kurang dari <=kurang dari atau sama dengan ==sama dengan !=tidak sama dengan

birthweight[birthweight$head.circumference > 35, c("length", "weeks.gestation", "maternal.height", "paternal.height")]
##    length weeks.gestation maternal.height paternal.height
## 1      52              38             164              NA
## 4      53              41             161             175
## 7      52              40             170             181
## 15     53              40             171             183
## 16     53              40             170             185
## 18     49              40             152             170
## 20     58              41             173             180
## 21     54              38             172             172
## 23     52              39             170             178
## 25     51              38             165              NA
## 31     58              41             172             185
## 33     51              40             168             181
## 34     51              39             157              NA
## 35     54              42             175             184
## 42     53              44             174             189
birthweight[birthweight$maternal.age <= 20, c("location", "maternal.age", "paternal.age")]
##       location maternal.age paternal.age
## 11    Memorial           20           22
## 14    Memorial           19           20
## 15 Silver Hill           19           19
## 16    Memorial           20           24
## 21 Silver Hill           18           20
## 22 Silver Hill           20           23
## 26     General           20           23
## 28     General           20           20
## 37 Silver Hill           20           20
## 39     General           19           NA
## 42 Silver Hill           20           26

Perhatikan bahwa ketika R diminta untuk melakukan perbandingan antara angka dan nilai yang hilang, hasilnya adalah nilai yang hilang.

birthweight[birthweight$paternal.education == 10, c(1,13:16)]
##        ID paternal.age paternal.education paternal.cigarettes paternal.height
## NA     NA           NA                 NA                  NA              NA
## NA.1   NA           NA                 NA                  NA              NA
## 7     365           30                 10                  25             181
## 24    321           39                 10                   0             171
## NA.2   NA           NA                 NA                  NA              NA
## 26   1360           23                 10                  35             179
## 28   1363           20                 10                  35             185
## NA.3   NA           NA                 NA                  NA              NA
## 36   1191           21                 10                  25             185
## 37    431           20                 10                  35             180
## NA.4   NA           NA                 NA                  NA              NA

Tabel 4.3: Hasil berat lahir[berat lahir$pendidikan ayah == 10, c(1,13:16)].

birthweight[birthweight$weeks.gestation != 40, "weeks.gestation"]
##  [1] 38 39 41 41 39 39 34 38 38 38 41 37 39 41 38 35 39 37 38 44 41 37 41 41 35
## [26] 39 42 42 33 33 39 45 44
birthweight[birthweight$location == "General",]
##      ID birth.date location length birthweight head.circumference
## 1  1107  1/25/1967  General     52        3.23                 36
## 17  820  10/7/1967  General     52        3.77                 34
## 18  752 10/19/1967  General     49        3.32                 36
## 26 1360  2/16/1968  General     56        4.55                 34
## 28 1363   4/2/1968  General     48        2.37                 30
## 33 1088  7/24/1968  General     51        3.27                 36
## 36 1191   9/7/1968  General     53        3.65                 33
## 39 1600  10/9/1968  General     53        2.90                 34
## 40  532 10/25/1968  General     53        3.59                 34
## 41  223 12/11/1968  General     50        3.87                 33
##    weeks.gestation smoker maternal.age maternal.cigarettes maternal.height
## 1               38     no           31                   0             164
## 17              40     no           24                   0             157
## 18              40    yes           27                  12             152
## 26              44     no           20                   0             162
## 28              37    yes           20                   7             163
## 33              40     no           24                   0             168
## 36              42     no           21                   0             165
## 39              39     no           19                   0             165
## 40              40    yes           31                  12             163
## 41              45    yes           28                  25             163
##    maternal.prepregnant.weight paternal.age paternal.education
## 1                           57           NA                 NA
## 17                          50           31                 16
## 18                          48           37                 12
## 26                          57           23                 10
## 28                          47           20                 10
## 33                          53           29                 16
## 36                          61           21                 10
## 39                          57           NA                 NA
## 40                          49           41                 12
## 41                          54           30                 16
##    paternal.cigarettes paternal.height low.birthweight geriatric.pregnancy
## 1                   NA              NA               0               FALSE
## 17                   0             173               0               FALSE
## 18                  25             170               0               FALSE
## 26                  35             179               0               FALSE
## 28                  35             185               1               FALSE
## 33                   0             181               0               FALSE
## 36                  25             185               0               FALSE
## 39                  NA              NA               0               FALSE
## 40                  50             191               0               FALSE
## 41                   0             183               0               FALSE
is.numeric(birthweight$ID)
## [1] TRUE
is.numeric(birthweight$smoker)
## [1] FALSE

4.2 Pemaksaan: perpindahan antar kelas

Kerangka data berat lahir memiliki tiga kolom yang mungkin merupakan nilai logis: “perokok”, “berat lahir rendah”, dan “geriatri.kehamilan”. Semua ini adalah pertanyaan yang bisa dijawab dengan BENAR/SALAH. Namun, hanya “geriatric.pregnancy” yang disimpan sebagai nilai logika. Menyimpan “smoker” dan “low.birthweight” sebagai nilai logis akan lebih berguna, karena memungkinkan kita untuk membuat subset frame data dengan lebih mudah.

Mengubah kelas data dikenal sebagai paksaan .

as.logical(birthweight$low.birthweight)
##  [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE
## [25] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
## [37]  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
as.logical(birthweight$smoker)
##  [1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [26] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

Fungsi tersebut as.logical()mengonversi “low.birthweight” menjadi vektor logis, tetapi tidak dapat mengonversi “perokok”, dan mengembalikan vektor data yang hilang yang dilambangkan dengan NA. Kenapa ini?

Aturan paksaan di R adalah sebagai berikut:

logika > bilangan bulat > numerik > kompleks > karakter

R dapat mengonversi nilai logika menjadi bilangan bulat, menyimpan bilangan bulat sebagai tipe numerik yang lebih umum, atau mewakili data numerik sebagai karakter, namun operasi pemaksaan ini tidak selalu dapat dibalik tanpa kehilangan informasi.

as.numeric(birthweight$geriatric.pregnancy)
##  [1] 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
## [39] 0 0 0 0

Fungsi ini as.logical()hanya beroperasi pada “low.birthweight” sesuai keinginan kita karena datanya dikodekan sebagai 0 dan 1. Jika ada nomor lain yang digunakan, hasilnya mungkin tidak terduga.

as.logical(birthweight$maternal.age)
##  [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
## [16] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
## [31] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE

Mari kita ubah kolom “low.birthweight” menjadi logis.

birthweight$low.birthweight <- as.logical(birthweight$low.birthweight)
birthweight
##      ID birth.date    location length birthweight head.circumference
## 1  1107  1/25/1967     General     52        3.23                 36
## 2   697   2/6/1967 Silver Hill     48        3.03                 35
## 3  1683  2/14/1967 Silver Hill     53        3.35                 33
## 4    27   3/9/1967 Silver Hill     53        3.55                 37
## 5  1522  3/13/1967    Memorial     50        2.74                 33
## 6   569  3/23/1967    Memorial     50        2.51                 35
## 7   365  4/23/1967    Memorial     52        3.53                 37
## 8   808   5/5/1967 Silver Hill     48        2.92                 33
## 9  1369   6/4/1967 Silver Hill     49        3.18                 34
## 10 1023   6/7/1967    Memorial     52        3.00                 35
## 11  822  6/14/1967    Memorial     50        3.42                 35
## 12 1272  6/20/1967    Memorial     53        2.75                 32
## 13 1262  6/25/1967 Silver Hill     53        3.19                 34
## 14  575  7/12/1967    Memorial     50        2.78                 30
## 15 1016  7/13/1967 Silver Hill     53        4.32                 36
## 16  792   9/7/1967    Memorial     53        3.64                 38
## 17  820  10/7/1967     General     52        3.77                 34
## 18  752 10/19/1967     General     49        3.32                 36
## 19  619  11/1/1967    Memorial     52        3.41                 33
## 20 1764  12/7/1967 Silver Hill     58        4.57                 39
## 21 1081 12/14/1967 Silver Hill     54        3.63                 38
## 22  516   1/8/1968 Silver Hill     47        2.66                 33
## 23  272  1/10/1968    Memorial     52        3.86                 36
## 24  321  1/21/1968 Silver Hill     48        3.11                 33
## 25 1636   2/2/1968 Silver Hill     51        3.93                 38
## 26 1360  2/16/1968     General     56        4.55                 34
## 27 1388  2/22/1968    Memorial     51        3.14                 33
## 28 1363   4/2/1968     General     48        2.37                 30
## 29 1058  4/24/1968 Silver Hill     53        3.15                 34
## 30  755  4/25/1968    Memorial     53        3.20                 33
## 31  462  6/19/1968 Silver Hill     58        4.10                 39
## 32  300  7/18/1968 Silver Hill     46        2.05                 32
## 33 1088  7/24/1968     General     51        3.27                 36
## 34   57  8/12/1968    Memorial     51        3.32                 38
## 35  553  8/17/1968 Silver Hill     54        3.94                 37
## 36 1191   9/7/1968     General     53        3.65                 33
## 37  431  9/16/1968 Silver Hill     48        1.92                 30
## 38 1313  9/27/1968 Silver Hill     43        2.65                 32
## 39 1600  10/9/1968     General     53        2.90                 34
## 40  532 10/25/1968     General     53        3.59                 34
## 41  223 12/11/1968     General     50        3.87                 33
## 42 1187 12/19/1968 Silver Hill     53        4.07                 38
##    weeks.gestation smoker maternal.age maternal.cigarettes maternal.height
## 1               38     no           31                   0             164
## 2               39     no           27                   0             162
## 3               41     no           27                   0             164
## 4               41    yes           37                  25             161
## 5               39    yes           21                  17             156
## 6               39    yes           22                   7             159
## 7               40    yes           26                  25             170
## 8               34     no           26                   0             167
## 9               38    yes           31                  25             162
## 10              38    yes           30                  12             165
## 11              38     no           20                   0             157
## 12              40    yes           37                  50             168
## 13              41    yes           27                  35             163
## 14              37    yes           19                   7             165
## 15              40     no           19                   0             171
## 16              40    yes           20                   2             170
## 17              40     no           24                   0             157
## 18              40    yes           27                  12             152
## 19              39    yes           23                  25             181
## 20              41    yes           32                  12             173
## 21              38     no           18                   0             172
## 22              35    yes           20                  35             170
## 23              39    yes           30                  25             170
## 24              37     no           28                   0             158
## 25              38     no           29                   0             165
## 26              44     no           20                   0             162
## 27              41    yes           22                   7             160
## 28              37    yes           20                   7             163
## 29              40     no           29                   0             167
## 30              41     no           21                   0             155
## 31              41     no           35                   0             172
## 32              35    yes           41                   7             166
## 33              40     no           24                   0             168
## 34              39    yes           23                  17             157
## 35              42     no           24                   0             175
## 36              42     no           21                   0             165
## 37              33    yes           20                   7             161
## 38              33     no           24                   0             149
## 39              39     no           19                   0             165
## 40              40    yes           31                  12             163
## 41              45    yes           28                  25             163
## 42              44     no           20                   0             174
##    maternal.prepregnant.weight paternal.age paternal.education
## 1                           57           NA                 NA
## 2                           62           27                 14
## 3                           62           37                 14
## 4                           66           46                 NA
## 5                           53           24                 12
## 6                           52           23                 14
## 7                           62           30                 10
## 8                           64           25                 12
## 9                           57           32                 16
## 10                          64           38                 14
## 11                          48           22                 14
## 12                          61           31                 16
## 13                          51           31                 16
## 14                          60           20                 14
## 15                          62           19                 12
## 16                          59           24                 12
## 17                          50           31                 16
## 18                          48           37                 12
## 19                          69           23                 16
## 20                          70           38                 14
## 21                          50           20                 12
## 22                          57           23                 12
## 23                          78           40                 16
## 24                          54           39                 10
## 25                          61           NA                 NA
## 26                          57           23                 10
## 27                          53           24                 16
## 28                          47           20                 10
## 29                          60           30                 16
## 30                          55           25                 14
## 31                          58           31                 16
## 32                          57           37                 14
## 33                          53           29                 16
## 34                          48           NA                 NA
## 35                          66           30                 12
## 36                          61           21                 10
## 37                          50           20                 10
## 38                          45           26                 16
## 39                          57           NA                 NA
## 40                          49           41                 12
## 41                          54           30                 16
## 42                          68           26                 14
##    paternal.cigarettes paternal.height low.birthweight geriatric.pregnancy
## 1                   NA              NA           FALSE               FALSE
## 2                    0             178           FALSE               FALSE
## 3                    0             170           FALSE               FALSE
## 4                    0             175           FALSE                TRUE
## 5                    7             179           FALSE               FALSE
## 6                   25              NA            TRUE               FALSE
## 7                   25             181           FALSE               FALSE
## 8                   25             175           FALSE               FALSE
## 9                   50             194           FALSE               FALSE
## 10                  50             180           FALSE               FALSE
## 11                   0             179           FALSE               FALSE
## 12                   0             173           FALSE                TRUE
## 13                  25             185           FALSE               FALSE
## 14                   0             183           FALSE               FALSE
## 15                   0             183           FALSE               FALSE
## 16                  12             185           FALSE               FALSE
## 17                   0             173           FALSE               FALSE
## 18                  25             170           FALSE               FALSE
## 19                   2             181           FALSE               FALSE
## 20                  25             180           FALSE               FALSE
## 21                   7             172           FALSE               FALSE
## 22                  50             186            TRUE               FALSE
## 23                  50             178           FALSE               FALSE
## 24                   0             171           FALSE               FALSE
## 25                  NA              NA           FALSE               FALSE
## 26                  35             179           FALSE               FALSE
## 27                  12             176           FALSE               FALSE
## 28                  35             185            TRUE               FALSE
## 29                  NA             182           FALSE               FALSE
## 30                  25             183           FALSE               FALSE
## 31                  25             185           FALSE                TRUE
## 32                  25             173            TRUE                TRUE
## 33                   0             181           FALSE               FALSE
## 34                  NA              NA           FALSE               FALSE
## 35                   0             184           FALSE               FALSE
## 36                  25             185           FALSE               FALSE
## 37                  35             180            TRUE               FALSE
## 38                   0             169            TRUE               FALSE
## 39                  NA              NA           FALSE               FALSE
## 40                  50             191           FALSE               FALSE
## 41                   0             183           FALSE               FALSE
## 42                  25             189           FALSE               FALSE

4.3 Latihan 2: mengubah “perokok” dari karakter menjadi logis

Pemaksaan sederhana tidak akan mengubah kolom “perokok” dari karakter menjadi logis.

Bagaimana Anda bisa mengatasi masalah ini? JAWAB Baca Data

birthweight <- read.csv("birthweight.csv")
birthweight
##      ID birth.date    location length birthweight head.circumference
## 1  1107  1/25/1967     General     52        3.23                 36
## 2   697   2/6/1967 Silver Hill     48        3.03                 35
## 3  1683  2/14/1967 Silver Hill     53        3.35                 33
## 4    27   3/9/1967 Silver Hill     53        3.55                 37
## 5  1522  3/13/1967    Memorial     50        2.74                 33
## 6   569  3/23/1967    Memorial     50        2.51                 35
## 7   365  4/23/1967    Memorial     52        3.53                 37
## 8   808   5/5/1967 Silver Hill     48        2.92                 33
## 9  1369   6/4/1967 Silver Hill     49        3.18                 34
## 10 1023   6/7/1967    Memorial     52        3.00                 35
## 11  822  6/14/1967    Memorial     50        3.42                 35
## 12 1272  6/20/1967    Memorial     53        2.75                 32
## 13 1262  6/25/1967 Silver Hill     53        3.19                 34
## 14  575  7/12/1967    Memorial     50        2.78                 30
## 15 1016  7/13/1967 Silver Hill     53        4.32                 36
## 16  792   9/7/1967    Memorial     53        3.64                 38
## 17  820  10/7/1967     General     52        3.77                 34
## 18  752 10/19/1967     General     49        3.32                 36
## 19  619  11/1/1967    Memorial     52        3.41                 33
## 20 1764  12/7/1967 Silver Hill     58        4.57                 39
## 21 1081 12/14/1967 Silver Hill     54        3.63                 38
## 22  516   1/8/1968 Silver Hill     47        2.66                 33
## 23  272  1/10/1968    Memorial     52        3.86                 36
## 24  321  1/21/1968 Silver Hill     48        3.11                 33
## 25 1636   2/2/1968 Silver Hill     51        3.93                 38
## 26 1360  2/16/1968     General     56        4.55                 34
## 27 1388  2/22/1968    Memorial     51        3.14                 33
## 28 1363   4/2/1968     General     48        2.37                 30
## 29 1058  4/24/1968 Silver Hill     53        3.15                 34
## 30  755  4/25/1968    Memorial     53        3.20                 33
## 31  462  6/19/1968 Silver Hill     58        4.10                 39
## 32  300  7/18/1968 Silver Hill     46        2.05                 32
## 33 1088  7/24/1968     General     51        3.27                 36
## 34   57  8/12/1968    Memorial     51        3.32                 38
## 35  553  8/17/1968 Silver Hill     54        3.94                 37
## 36 1191   9/7/1968     General     53        3.65                 33
## 37  431  9/16/1968 Silver Hill     48        1.92                 30
## 38 1313  9/27/1968 Silver Hill     43        2.65                 32
## 39 1600  10/9/1968     General     53        2.90                 34
## 40  532 10/25/1968     General     53        3.59                 34
## 41  223 12/11/1968     General     50        3.87                 33
## 42 1187 12/19/1968 Silver Hill     53        4.07                 38
##    weeks.gestation smoker maternal.age maternal.cigarettes maternal.height
## 1               38     no           31                   0             164
## 2               39     no           27                   0             162
## 3               41     no           27                   0             164
## 4               41    yes           37                  25             161
## 5               39    yes           21                  17             156
## 6               39    yes           22                   7             159
## 7               40    yes           26                  25             170
## 8               34     no           26                   0             167
## 9               38    yes           31                  25             162
## 10              38    yes           30                  12             165
## 11              38     no           20                   0             157
## 12              40    yes           37                  50             168
## 13              41    yes           27                  35             163
## 14              37    yes           19                   7             165
## 15              40     no           19                   0             171
## 16              40    yes           20                   2             170
## 17              40     no           24                   0             157
## 18              40    yes           27                  12             152
## 19              39    yes           23                  25             181
## 20              41    yes           32                  12             173
## 21              38     no           18                   0             172
## 22              35    yes           20                  35             170
## 23              39    yes           30                  25             170
## 24              37     no           28                   0             158
## 25              38     no           29                   0             165
## 26              44     no           20                   0             162
## 27              41    yes           22                   7             160
## 28              37    yes           20                   7             163
## 29              40     no           29                   0             167
## 30              41     no           21                   0             155
## 31              41     no           35                   0             172
## 32              35    yes           41                   7             166
## 33              40     no           24                   0             168
## 34              39    yes           23                  17             157
## 35              42     no           24                   0             175
## 36              42     no           21                   0             165
## 37              33    yes           20                   7             161
## 38              33     no           24                   0             149
## 39              39     no           19                   0             165
## 40              40    yes           31                  12             163
## 41              45    yes           28                  25             163
## 42              44     no           20                   0             174
##    maternal.prepregnant.weight paternal.age paternal.education
## 1                           57           NA                 NA
## 2                           62           27                 14
## 3                           62           37                 14
## 4                           66           46                 NA
## 5                           53           24                 12
## 6                           52           23                 14
## 7                           62           30                 10
## 8                           64           25                 12
## 9                           57           32                 16
## 10                          64           38                 14
## 11                          48           22                 14
## 12                          61           31                 16
## 13                          51           31                 16
## 14                          60           20                 14
## 15                          62           19                 12
## 16                          59           24                 12
## 17                          50           31                 16
## 18                          48           37                 12
## 19                          69           23                 16
## 20                          70           38                 14
## 21                          50           20                 12
## 22                          57           23                 12
## 23                          78           40                 16
## 24                          54           39                 10
## 25                          61           NA                 NA
## 26                          57           23                 10
## 27                          53           24                 16
## 28                          47           20                 10
## 29                          60           30                 16
## 30                          55           25                 14
## 31                          58           31                 16
## 32                          57           37                 14
## 33                          53           29                 16
## 34                          48           NA                 NA
## 35                          66           30                 12
## 36                          61           21                 10
## 37                          50           20                 10
## 38                          45           26                 16
## 39                          57           NA                 NA
## 40                          49           41                 12
## 41                          54           30                 16
## 42                          68           26                 14
##    paternal.cigarettes paternal.height low.birthweight geriatric.pregnancy
## 1                   NA              NA               0               FALSE
## 2                    0             178               0               FALSE
## 3                    0             170               0               FALSE
## 4                    0             175               0                TRUE
## 5                    7             179               0               FALSE
## 6                   25              NA               1               FALSE
## 7                   25             181               0               FALSE
## 8                   25             175               0               FALSE
## 9                   50             194               0               FALSE
## 10                  50             180               0               FALSE
## 11                   0             179               0               FALSE
## 12                   0             173               0                TRUE
## 13                  25             185               0               FALSE
## 14                   0             183               0               FALSE
## 15                   0             183               0               FALSE
## 16                  12             185               0               FALSE
## 17                   0             173               0               FALSE
## 18                  25             170               0               FALSE
## 19                   2             181               0               FALSE
## 20                  25             180               0               FALSE
## 21                   7             172               0               FALSE
## 22                  50             186               1               FALSE
## 23                  50             178               0               FALSE
## 24                   0             171               0               FALSE
## 25                  NA              NA               0               FALSE
## 26                  35             179               0               FALSE
## 27                  12             176               0               FALSE
## 28                  35             185               1               FALSE
## 29                  NA             182               0               FALSE
## 30                  25             183               0               FALSE
## 31                  25             185               0                TRUE
## 32                  25             173               1                TRUE
## 33                   0             181               0               FALSE
## 34                  NA              NA               0               FALSE
## 35                   0             184               0               FALSE
## 36                  25             185               0               FALSE
## 37                  35             180               1               FALSE
## 38                   0             169               1               FALSE
## 39                  NA              NA               0               FALSE
## 40                  50             191               0               FALSE
## 41                   0             183               0               FALSE
## 42                  25             189               0               FALSE

Mengubah Data Pada kolom smoker “yes” dan “no”, mengubah “yes” menjadi “TRUE” dan “no” menjadi “FALSE”

birthweight$smoker <- ifelse(birthweight$smoker == "yes", TRUE, FALSE)
birthweight
##      ID birth.date    location length birthweight head.circumference
## 1  1107  1/25/1967     General     52        3.23                 36
## 2   697   2/6/1967 Silver Hill     48        3.03                 35
## 3  1683  2/14/1967 Silver Hill     53        3.35                 33
## 4    27   3/9/1967 Silver Hill     53        3.55                 37
## 5  1522  3/13/1967    Memorial     50        2.74                 33
## 6   569  3/23/1967    Memorial     50        2.51                 35
## 7   365  4/23/1967    Memorial     52        3.53                 37
## 8   808   5/5/1967 Silver Hill     48        2.92                 33
## 9  1369   6/4/1967 Silver Hill     49        3.18                 34
## 10 1023   6/7/1967    Memorial     52        3.00                 35
## 11  822  6/14/1967    Memorial     50        3.42                 35
## 12 1272  6/20/1967    Memorial     53        2.75                 32
## 13 1262  6/25/1967 Silver Hill     53        3.19                 34
## 14  575  7/12/1967    Memorial     50        2.78                 30
## 15 1016  7/13/1967 Silver Hill     53        4.32                 36
## 16  792   9/7/1967    Memorial     53        3.64                 38
## 17  820  10/7/1967     General     52        3.77                 34
## 18  752 10/19/1967     General     49        3.32                 36
## 19  619  11/1/1967    Memorial     52        3.41                 33
## 20 1764  12/7/1967 Silver Hill     58        4.57                 39
## 21 1081 12/14/1967 Silver Hill     54        3.63                 38
## 22  516   1/8/1968 Silver Hill     47        2.66                 33
## 23  272  1/10/1968    Memorial     52        3.86                 36
## 24  321  1/21/1968 Silver Hill     48        3.11                 33
## 25 1636   2/2/1968 Silver Hill     51        3.93                 38
## 26 1360  2/16/1968     General     56        4.55                 34
## 27 1388  2/22/1968    Memorial     51        3.14                 33
## 28 1363   4/2/1968     General     48        2.37                 30
## 29 1058  4/24/1968 Silver Hill     53        3.15                 34
## 30  755  4/25/1968    Memorial     53        3.20                 33
## 31  462  6/19/1968 Silver Hill     58        4.10                 39
## 32  300  7/18/1968 Silver Hill     46        2.05                 32
## 33 1088  7/24/1968     General     51        3.27                 36
## 34   57  8/12/1968    Memorial     51        3.32                 38
## 35  553  8/17/1968 Silver Hill     54        3.94                 37
## 36 1191   9/7/1968     General     53        3.65                 33
## 37  431  9/16/1968 Silver Hill     48        1.92                 30
## 38 1313  9/27/1968 Silver Hill     43        2.65                 32
## 39 1600  10/9/1968     General     53        2.90                 34
## 40  532 10/25/1968     General     53        3.59                 34
## 41  223 12/11/1968     General     50        3.87                 33
## 42 1187 12/19/1968 Silver Hill     53        4.07                 38
##    weeks.gestation smoker maternal.age maternal.cigarettes maternal.height
## 1               38  FALSE           31                   0             164
## 2               39  FALSE           27                   0             162
## 3               41  FALSE           27                   0             164
## 4               41   TRUE           37                  25             161
## 5               39   TRUE           21                  17             156
## 6               39   TRUE           22                   7             159
## 7               40   TRUE           26                  25             170
## 8               34  FALSE           26                   0             167
## 9               38   TRUE           31                  25             162
## 10              38   TRUE           30                  12             165
## 11              38  FALSE           20                   0             157
## 12              40   TRUE           37                  50             168
## 13              41   TRUE           27                  35             163
## 14              37   TRUE           19                   7             165
## 15              40  FALSE           19                   0             171
## 16              40   TRUE           20                   2             170
## 17              40  FALSE           24                   0             157
## 18              40   TRUE           27                  12             152
## 19              39   TRUE           23                  25             181
## 20              41   TRUE           32                  12             173
## 21              38  FALSE           18                   0             172
## 22              35   TRUE           20                  35             170
## 23              39   TRUE           30                  25             170
## 24              37  FALSE           28                   0             158
## 25              38  FALSE           29                   0             165
## 26              44  FALSE           20                   0             162
## 27              41   TRUE           22                   7             160
## 28              37   TRUE           20                   7             163
## 29              40  FALSE           29                   0             167
## 30              41  FALSE           21                   0             155
## 31              41  FALSE           35                   0             172
## 32              35   TRUE           41                   7             166
## 33              40  FALSE           24                   0             168
## 34              39   TRUE           23                  17             157
## 35              42  FALSE           24                   0             175
## 36              42  FALSE           21                   0             165
## 37              33   TRUE           20                   7             161
## 38              33  FALSE           24                   0             149
## 39              39  FALSE           19                   0             165
## 40              40   TRUE           31                  12             163
## 41              45   TRUE           28                  25             163
## 42              44  FALSE           20                   0             174
##    maternal.prepregnant.weight paternal.age paternal.education
## 1                           57           NA                 NA
## 2                           62           27                 14
## 3                           62           37                 14
## 4                           66           46                 NA
## 5                           53           24                 12
## 6                           52           23                 14
## 7                           62           30                 10
## 8                           64           25                 12
## 9                           57           32                 16
## 10                          64           38                 14
## 11                          48           22                 14
## 12                          61           31                 16
## 13                          51           31                 16
## 14                          60           20                 14
## 15                          62           19                 12
## 16                          59           24                 12
## 17                          50           31                 16
## 18                          48           37                 12
## 19                          69           23                 16
## 20                          70           38                 14
## 21                          50           20                 12
## 22                          57           23                 12
## 23                          78           40                 16
## 24                          54           39                 10
## 25                          61           NA                 NA
## 26                          57           23                 10
## 27                          53           24                 16
## 28                          47           20                 10
## 29                          60           30                 16
## 30                          55           25                 14
## 31                          58           31                 16
## 32                          57           37                 14
## 33                          53           29                 16
## 34                          48           NA                 NA
## 35                          66           30                 12
## 36                          61           21                 10
## 37                          50           20                 10
## 38                          45           26                 16
## 39                          57           NA                 NA
## 40                          49           41                 12
## 41                          54           30                 16
## 42                          68           26                 14
##    paternal.cigarettes paternal.height low.birthweight geriatric.pregnancy
## 1                   NA              NA               0               FALSE
## 2                    0             178               0               FALSE
## 3                    0             170               0               FALSE
## 4                    0             175               0                TRUE
## 5                    7             179               0               FALSE
## 6                   25              NA               1               FALSE
## 7                   25             181               0               FALSE
## 8                   25             175               0               FALSE
## 9                   50             194               0               FALSE
## 10                  50             180               0               FALSE
## 11                   0             179               0               FALSE
## 12                   0             173               0                TRUE
## 13                  25             185               0               FALSE
## 14                   0             183               0               FALSE
## 15                   0             183               0               FALSE
## 16                  12             185               0               FALSE
## 17                   0             173               0               FALSE
## 18                  25             170               0               FALSE
## 19                   2             181               0               FALSE
## 20                  25             180               0               FALSE
## 21                   7             172               0               FALSE
## 22                  50             186               1               FALSE
## 23                  50             178               0               FALSE
## 24                   0             171               0               FALSE
## 25                  NA              NA               0               FALSE
## 26                  35             179               0               FALSE
## 27                  12             176               0               FALSE
## 28                  35             185               1               FALSE
## 29                  NA             182               0               FALSE
## 30                  25             183               0               FALSE
## 31                  25             185               0                TRUE
## 32                  25             173               1                TRUE
## 33                   0             181               0               FALSE
## 34                  NA              NA               0               FALSE
## 35                   0             184               0               FALSE
## 36                  25             185               0               FALSE
## 37                  35             180               1               FALSE
## 38                   0             169               1               FALSE
## 39                  NA              NA               0               FALSE
## 40                  50             191               0               FALSE
## 41                   0             183               0               FALSE
## 42                  25             189               0               FALSE
birthweight$smoker <- as.logical(birthweight$smoker)
birthweight
##      ID birth.date    location length birthweight head.circumference
## 1  1107  1/25/1967     General     52        3.23                 36
## 2   697   2/6/1967 Silver Hill     48        3.03                 35
## 3  1683  2/14/1967 Silver Hill     53        3.35                 33
## 4    27   3/9/1967 Silver Hill     53        3.55                 37
## 5  1522  3/13/1967    Memorial     50        2.74                 33
## 6   569  3/23/1967    Memorial     50        2.51                 35
## 7   365  4/23/1967    Memorial     52        3.53                 37
## 8   808   5/5/1967 Silver Hill     48        2.92                 33
## 9  1369   6/4/1967 Silver Hill     49        3.18                 34
## 10 1023   6/7/1967    Memorial     52        3.00                 35
## 11  822  6/14/1967    Memorial     50        3.42                 35
## 12 1272  6/20/1967    Memorial     53        2.75                 32
## 13 1262  6/25/1967 Silver Hill     53        3.19                 34
## 14  575  7/12/1967    Memorial     50        2.78                 30
## 15 1016  7/13/1967 Silver Hill     53        4.32                 36
## 16  792   9/7/1967    Memorial     53        3.64                 38
## 17  820  10/7/1967     General     52        3.77                 34
## 18  752 10/19/1967     General     49        3.32                 36
## 19  619  11/1/1967    Memorial     52        3.41                 33
## 20 1764  12/7/1967 Silver Hill     58        4.57                 39
## 21 1081 12/14/1967 Silver Hill     54        3.63                 38
## 22  516   1/8/1968 Silver Hill     47        2.66                 33
## 23  272  1/10/1968    Memorial     52        3.86                 36
## 24  321  1/21/1968 Silver Hill     48        3.11                 33
## 25 1636   2/2/1968 Silver Hill     51        3.93                 38
## 26 1360  2/16/1968     General     56        4.55                 34
## 27 1388  2/22/1968    Memorial     51        3.14                 33
## 28 1363   4/2/1968     General     48        2.37                 30
## 29 1058  4/24/1968 Silver Hill     53        3.15                 34
## 30  755  4/25/1968    Memorial     53        3.20                 33
## 31  462  6/19/1968 Silver Hill     58        4.10                 39
## 32  300  7/18/1968 Silver Hill     46        2.05                 32
## 33 1088  7/24/1968     General     51        3.27                 36
## 34   57  8/12/1968    Memorial     51        3.32                 38
## 35  553  8/17/1968 Silver Hill     54        3.94                 37
## 36 1191   9/7/1968     General     53        3.65                 33
## 37  431  9/16/1968 Silver Hill     48        1.92                 30
## 38 1313  9/27/1968 Silver Hill     43        2.65                 32
## 39 1600  10/9/1968     General     53        2.90                 34
## 40  532 10/25/1968     General     53        3.59                 34
## 41  223 12/11/1968     General     50        3.87                 33
## 42 1187 12/19/1968 Silver Hill     53        4.07                 38
##    weeks.gestation smoker maternal.age maternal.cigarettes maternal.height
## 1               38  FALSE           31                   0             164
## 2               39  FALSE           27                   0             162
## 3               41  FALSE           27                   0             164
## 4               41   TRUE           37                  25             161
## 5               39   TRUE           21                  17             156
## 6               39   TRUE           22                   7             159
## 7               40   TRUE           26                  25             170
## 8               34  FALSE           26                   0             167
## 9               38   TRUE           31                  25             162
## 10              38   TRUE           30                  12             165
## 11              38  FALSE           20                   0             157
## 12              40   TRUE           37                  50             168
## 13              41   TRUE           27                  35             163
## 14              37   TRUE           19                   7             165
## 15              40  FALSE           19                   0             171
## 16              40   TRUE           20                   2             170
## 17              40  FALSE           24                   0             157
## 18              40   TRUE           27                  12             152
## 19              39   TRUE           23                  25             181
## 20              41   TRUE           32                  12             173
## 21              38  FALSE           18                   0             172
## 22              35   TRUE           20                  35             170
## 23              39   TRUE           30                  25             170
## 24              37  FALSE           28                   0             158
## 25              38  FALSE           29                   0             165
## 26              44  FALSE           20                   0             162
## 27              41   TRUE           22                   7             160
## 28              37   TRUE           20                   7             163
## 29              40  FALSE           29                   0             167
## 30              41  FALSE           21                   0             155
## 31              41  FALSE           35                   0             172
## 32              35   TRUE           41                   7             166
## 33              40  FALSE           24                   0             168
## 34              39   TRUE           23                  17             157
## 35              42  FALSE           24                   0             175
## 36              42  FALSE           21                   0             165
## 37              33   TRUE           20                   7             161
## 38              33  FALSE           24                   0             149
## 39              39  FALSE           19                   0             165
## 40              40   TRUE           31                  12             163
## 41              45   TRUE           28                  25             163
## 42              44  FALSE           20                   0             174
##    maternal.prepregnant.weight paternal.age paternal.education
## 1                           57           NA                 NA
## 2                           62           27                 14
## 3                           62           37                 14
## 4                           66           46                 NA
## 5                           53           24                 12
## 6                           52           23                 14
## 7                           62           30                 10
## 8                           64           25                 12
## 9                           57           32                 16
## 10                          64           38                 14
## 11                          48           22                 14
## 12                          61           31                 16
## 13                          51           31                 16
## 14                          60           20                 14
## 15                          62           19                 12
## 16                          59           24                 12
## 17                          50           31                 16
## 18                          48           37                 12
## 19                          69           23                 16
## 20                          70           38                 14
## 21                          50           20                 12
## 22                          57           23                 12
## 23                          78           40                 16
## 24                          54           39                 10
## 25                          61           NA                 NA
## 26                          57           23                 10
## 27                          53           24                 16
## 28                          47           20                 10
## 29                          60           30                 16
## 30                          55           25                 14
## 31                          58           31                 16
## 32                          57           37                 14
## 33                          53           29                 16
## 34                          48           NA                 NA
## 35                          66           30                 12
## 36                          61           21                 10
## 37                          50           20                 10
## 38                          45           26                 16
## 39                          57           NA                 NA
## 40                          49           41                 12
## 41                          54           30                 16
## 42                          68           26                 14
##    paternal.cigarettes paternal.height low.birthweight geriatric.pregnancy
## 1                   NA              NA               0               FALSE
## 2                    0             178               0               FALSE
## 3                    0             170               0               FALSE
## 4                    0             175               0                TRUE
## 5                    7             179               0               FALSE
## 6                   25              NA               1               FALSE
## 7                   25             181               0               FALSE
## 8                   25             175               0               FALSE
## 9                   50             194               0               FALSE
## 10                  50             180               0               FALSE
## 11                   0             179               0               FALSE
## 12                   0             173               0                TRUE
## 13                  25             185               0               FALSE
## 14                   0             183               0               FALSE
## 15                   0             183               0               FALSE
## 16                  12             185               0               FALSE
## 17                   0             173               0               FALSE
## 18                  25             170               0               FALSE
## 19                   2             181               0               FALSE
## 20                  25             180               0               FALSE
## 21                   7             172               0               FALSE
## 22                  50             186               1               FALSE
## 23                  50             178               0               FALSE
## 24                   0             171               0               FALSE
## 25                  NA              NA               0               FALSE
## 26                  35             179               0               FALSE
## 27                  12             176               0               FALSE
## 28                  35             185               1               FALSE
## 29                  NA             182               0               FALSE
## 30                  25             183               0               FALSE
## 31                  25             185               0                TRUE
## 32                  25             173               1                TRUE
## 33                   0             181               0               FALSE
## 34                  NA              NA               0               FALSE
## 35                   0             184               0               FALSE
## 36                  25             185               0               FALSE
## 37                  35             180               1               FALSE
## 38                   0             169               1               FALSE
## 39                  NA              NA               0               FALSE
## 40                  50             191               0               FALSE
## 41                   0             183               0               FALSE
## 42                  25             189               0               FALSE
birthweight
##      ID birth.date    location length birthweight head.circumference
## 1  1107  1/25/1967     General     52        3.23                 36
## 2   697   2/6/1967 Silver Hill     48        3.03                 35
## 3  1683  2/14/1967 Silver Hill     53        3.35                 33
## 4    27   3/9/1967 Silver Hill     53        3.55                 37
## 5  1522  3/13/1967    Memorial     50        2.74                 33
## 6   569  3/23/1967    Memorial     50        2.51                 35
## 7   365  4/23/1967    Memorial     52        3.53                 37
## 8   808   5/5/1967 Silver Hill     48        2.92                 33
## 9  1369   6/4/1967 Silver Hill     49        3.18                 34
## 10 1023   6/7/1967    Memorial     52        3.00                 35
## 11  822  6/14/1967    Memorial     50        3.42                 35
## 12 1272  6/20/1967    Memorial     53        2.75                 32
## 13 1262  6/25/1967 Silver Hill     53        3.19                 34
## 14  575  7/12/1967    Memorial     50        2.78                 30
## 15 1016  7/13/1967 Silver Hill     53        4.32                 36
## 16  792   9/7/1967    Memorial     53        3.64                 38
## 17  820  10/7/1967     General     52        3.77                 34
## 18  752 10/19/1967     General     49        3.32                 36
## 19  619  11/1/1967    Memorial     52        3.41                 33
## 20 1764  12/7/1967 Silver Hill     58        4.57                 39
## 21 1081 12/14/1967 Silver Hill     54        3.63                 38
## 22  516   1/8/1968 Silver Hill     47        2.66                 33
## 23  272  1/10/1968    Memorial     52        3.86                 36
## 24  321  1/21/1968 Silver Hill     48        3.11                 33
## 25 1636   2/2/1968 Silver Hill     51        3.93                 38
## 26 1360  2/16/1968     General     56        4.55                 34
## 27 1388  2/22/1968    Memorial     51        3.14                 33
## 28 1363   4/2/1968     General     48        2.37                 30
## 29 1058  4/24/1968 Silver Hill     53        3.15                 34
## 30  755  4/25/1968    Memorial     53        3.20                 33
## 31  462  6/19/1968 Silver Hill     58        4.10                 39
## 32  300  7/18/1968 Silver Hill     46        2.05                 32
## 33 1088  7/24/1968     General     51        3.27                 36
## 34   57  8/12/1968    Memorial     51        3.32                 38
## 35  553  8/17/1968 Silver Hill     54        3.94                 37
## 36 1191   9/7/1968     General     53        3.65                 33
## 37  431  9/16/1968 Silver Hill     48        1.92                 30
## 38 1313  9/27/1968 Silver Hill     43        2.65                 32
## 39 1600  10/9/1968     General     53        2.90                 34
## 40  532 10/25/1968     General     53        3.59                 34
## 41  223 12/11/1968     General     50        3.87                 33
## 42 1187 12/19/1968 Silver Hill     53        4.07                 38
##    weeks.gestation smoker maternal.age maternal.cigarettes maternal.height
## 1               38  FALSE           31                   0             164
## 2               39  FALSE           27                   0             162
## 3               41  FALSE           27                   0             164
## 4               41   TRUE           37                  25             161
## 5               39   TRUE           21                  17             156
## 6               39   TRUE           22                   7             159
## 7               40   TRUE           26                  25             170
## 8               34  FALSE           26                   0             167
## 9               38   TRUE           31                  25             162
## 10              38   TRUE           30                  12             165
## 11              38  FALSE           20                   0             157
## 12              40   TRUE           37                  50             168
## 13              41   TRUE           27                  35             163
## 14              37   TRUE           19                   7             165
## 15              40  FALSE           19                   0             171
## 16              40   TRUE           20                   2             170
## 17              40  FALSE           24                   0             157
## 18              40   TRUE           27                  12             152
## 19              39   TRUE           23                  25             181
## 20              41   TRUE           32                  12             173
## 21              38  FALSE           18                   0             172
## 22              35   TRUE           20                  35             170
## 23              39   TRUE           30                  25             170
## 24              37  FALSE           28                   0             158
## 25              38  FALSE           29                   0             165
## 26              44  FALSE           20                   0             162
## 27              41   TRUE           22                   7             160
## 28              37   TRUE           20                   7             163
## 29              40  FALSE           29                   0             167
## 30              41  FALSE           21                   0             155
## 31              41  FALSE           35                   0             172
## 32              35   TRUE           41                   7             166
## 33              40  FALSE           24                   0             168
## 34              39   TRUE           23                  17             157
## 35              42  FALSE           24                   0             175
## 36              42  FALSE           21                   0             165
## 37              33   TRUE           20                   7             161
## 38              33  FALSE           24                   0             149
## 39              39  FALSE           19                   0             165
## 40              40   TRUE           31                  12             163
## 41              45   TRUE           28                  25             163
## 42              44  FALSE           20                   0             174
##    maternal.prepregnant.weight paternal.age paternal.education
## 1                           57           NA                 NA
## 2                           62           27                 14
## 3                           62           37                 14
## 4                           66           46                 NA
## 5                           53           24                 12
## 6                           52           23                 14
## 7                           62           30                 10
## 8                           64           25                 12
## 9                           57           32                 16
## 10                          64           38                 14
## 11                          48           22                 14
## 12                          61           31                 16
## 13                          51           31                 16
## 14                          60           20                 14
## 15                          62           19                 12
## 16                          59           24                 12
## 17                          50           31                 16
## 18                          48           37                 12
## 19                          69           23                 16
## 20                          70           38                 14
## 21                          50           20                 12
## 22                          57           23                 12
## 23                          78           40                 16
## 24                          54           39                 10
## 25                          61           NA                 NA
## 26                          57           23                 10
## 27                          53           24                 16
## 28                          47           20                 10
## 29                          60           30                 16
## 30                          55           25                 14
## 31                          58           31                 16
## 32                          57           37                 14
## 33                          53           29                 16
## 34                          48           NA                 NA
## 35                          66           30                 12
## 36                          61           21                 10
## 37                          50           20                 10
## 38                          45           26                 16
## 39                          57           NA                 NA
## 40                          49           41                 12
## 41                          54           30                 16
## 42                          68           26                 14
##    paternal.cigarettes paternal.height low.birthweight geriatric.pregnancy
## 1                   NA              NA               0               FALSE
## 2                    0             178               0               FALSE
## 3                    0             170               0               FALSE
## 4                    0             175               0                TRUE
## 5                    7             179               0               FALSE
## 6                   25              NA               1               FALSE
## 7                   25             181               0               FALSE
## 8                   25             175               0               FALSE
## 9                   50             194               0               FALSE
## 10                  50             180               0               FALSE
## 11                   0             179               0               FALSE
## 12                   0             173               0                TRUE
## 13                  25             185               0               FALSE
## 14                   0             183               0               FALSE
## 15                   0             183               0               FALSE
## 16                  12             185               0               FALSE
## 17                   0             173               0               FALSE
## 18                  25             170               0               FALSE
## 19                   2             181               0               FALSE
## 20                  25             180               0               FALSE
## 21                   7             172               0               FALSE
## 22                  50             186               1               FALSE
## 23                  50             178               0               FALSE
## 24                   0             171               0               FALSE
## 25                  NA              NA               0               FALSE
## 26                  35             179               0               FALSE
## 27                  12             176               0               FALSE
## 28                  35             185               1               FALSE
## 29                  NA             182               0               FALSE
## 30                  25             183               0               FALSE
## 31                  25             185               0                TRUE
## 32                  25             173               1                TRUE
## 33                   0             181               0               FALSE
## 34                  NA              NA               0               FALSE
## 35                   0             184               0               FALSE
## 36                  25             185               0               FALSE
## 37                  35             180               1               FALSE
## 38                   0             169               1               FALSE
## 39                  NA              NA               0               FALSE
## 40                  50             191               0               FALSE
## 41                   0             183               0               FALSE
## 42                  25             189               0               FALSE

Refrensi :

https://ucdavis-bioinformatics-training.github.io/2022_February_Introduction_to_R_for_Bioinformatics/basic-data-types.html