Semua fungsi yang digunakan hingga saat ini adalah bagian dari basis R. Fungsi tersebut dibangun ke dalam bahasa R itu sendiri. Basis R sangat kuat, tetapi R juga dapat diperluas . Ada ribuan paket yang tersedia untuk R.
Kesulitan dalam menginstal paket-paket ini sangat bervariasi . Jika memungkinkan, akan lebih mudah untuk menggunakan Bioconductor , gudang perangkat lunak R sumber terbuka gratis untuk bioinformatika, yang diperbarui dua kali setahun, dan menyertakan versi stabil paket R yang berguna untuk proyek biologi dan ilmu data.
Bioconductor sendiri memiliki paket R yang mengatur instalasi dan pembaruan perangkat lunak yang terdapat dalam repositori.
if (!("BiocManager" %in% rownames(installed.packages()))){
install.packages("BiocManager")
}
if (!("ggplot2" %in% rownames(installed.packages()))){
BiocManager::install("ggplot2")
}
if (!("tidyr" %in% rownames(installed.packages()))){
BiocManager::install("tidyr")
}
if (!("dplyr" %in% rownames(installed.packages()))){
BiocManager::install("dplyr")
}
if (!("magrittr" %in% rownames(installed.packages()))){
BiocManager::install("magrittr")
}
if (!("viridis" %in% rownames(installed.packages()))){
BiocManager::install("viridis")
}Referensi :