#PENGANTAR R UNTUK BIOINFORMATIKA
Mulailah dengan awal yang baik dalam bioinformatika dengan lokakarya online tiga bagian ini di R. Lokakarya ini meletakkan dasar atau eksperimen bioinformatika yang sukses, termasuk RNA-Seq, RNA-Seq sel tunggal, epigenetik, dan banyak lagi. Tiga sesi tiga jam menggabungkan kuliah dan latihan dalam survei dasar-dasar R untuk bioinformatika. Penyelesaian materi ini akan memungkinkan peserta untuk mendapatkan hasil maksimal dari lokakarya yang berpusat pada eksperimen kami yang lain. Kami merekomendasikan kursus ini untuk semua pemula.
Kursus ini akan fokus terutama pada penggunaan praktis R, daripada fondasi teoretisnya. Namun, dasar-dasar pemrograman sangat penting untuk pemahaman yang lebih dalam tentang R. Saat kami sampai pada setiap konsep baru, kami akan berhenti sejenak untuk mengeksplorasi dan berdiskusi.
R adalah bahasa dan lingkungan untuk komputasi statistik dan grafik yang dikembangkan pada awal 1990-an. Ini menyediakan berbagai macam teknik statistik dan grafis, termasuk pemodelan linier dan nonlinier, tes statistik, analisis deret waktu, klasifikasi, dan pengelompokan, di antara banyak lainnya. • Gratis! • Apakah sumber terbuka dan sangat dapat diperluas, yang berarti bahwa komunitas pengguna dapat (dan memang) menulis alat R baru • Membuat angka kualitas publikasi, termasuk simbol dan rumus matematika • Mengkompilasi dan berjalan di Windows, MacOS, dan berbagai macam sistem UNIX dan Linux • Memiliki komunitas pengguna yang besar dan aktif Ada banyak cara untuk menggunakan R: dari baris perintah, dari skrip, atau dalam antarmuka grafis, seperti RStudio. RStudio RStudio adalah lingkungan pengembangan terintegrasi (IDE), yang menawarkan: • Penyorotan sintaksis • Penyelesaian kode • Indentasi cerdas • Peramban ruang kerja • Penampil data • Plot tertanam • Buku catatan yang menghasilkan hasil PDF atau HTML • Manajemen paket Tim di belakang RStudio juga merupakan penulis rangkaian paket R untuk ilmu data dan visualisasi yang secara kolektif dikenal sebagai “tidyverse.” Kami akan menggunakan paket plot mereka yang sangat populer, ggplot2, serta beberapa paket lain dari rangkaian tidyverse nanti di kursus ini.