#0-1 必要パッケージ読みこみ
pacman::p_load(tidyverse , RSQLite , lubridate, tableone, skimr,rms,ggplot2,
gtsummary,summarytools,naniar,mice,readr,gridExtra,dplyr,
corrplot)
#0-2 データ読み込み
df2016 <- read.csv("PER2016.csv", na = c("", " ", "NA"),fileEncoding = "Shift-JIS")
df2017 <- read.csv("PER2017.csv", na = c("", " ", "NA"),fileEncoding = "Shift-JIS")
## Warning in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,
## : クオートで囲まれた文字列中にEOFがあります
df2018 <- read.csv("PER2018.csv", na = c("", " ", "NA"),fileEncoding = "Shift-JIS")
df2019 <- read.csv("PER2019.csv", na = c("", " ", "NA"),fileEncoding = "Shift-JIS")
df2020 <- read.csv("PER2020.csv", na = c("", " ", "NA"),fileEncoding = "Shift-JIS")
df2021 <- read.csv("PER2021.csv", na = c("", " ", "NA"),fileEncoding = "Shift-JIS")
### 【重要】2020以降は、データの入力形式が変更されてしまっているため、大幅な編集が必要
#0-3 変数名の確認
colnames_2016 <- colnames(df2016)
colnames_2017 <- colnames(df2017)
colnames_2018 <- colnames(df2018)
colnames_2019 <- colnames(df2019)
colnames_2020 <- colnames(df2020)
colnames_2021 <- colnames(df2021)
all(colnames_2016 == colnames_2017) # 2016と2017の列名が一致するか
all(colnames_2016 == colnames_2018) # 2016と2018の列名が一致するか
all(colnames_2016 == colnames_2019) # 2016と2019の列名が一致するか
all(colnames_2020 == colnames_2021) # 2020と2021の列名が一致するか
### 2016, 2017, 2018,2019の変数名は全て一致しているが、2020と2021の変数の数と名前が異なる。
### 「2016～2019の表記に、2020、2021を合わせる」という方針で。
#0-4 原本データ編集
## 2016-2019の明らかに不要なデータの削除
## 分娩時の合併症、産後の合併症、出生した時点で判明する児の異常等は全て削除する
df2016 <- df2016 %>%
select(-c("母の氏名", "母生年月日", "母入院番号","児入院番号","入院理由",
"母体紹介.有無.","母体紹介.理由.","X.分娩.分娩.日.","X.分娩.分娩.時.",
"X.分娩.分娩.分.","X.分娩.分娩胎位","X.分娩.TOLAC","X.分娩.麻酔","X.分娩.子宮切開法",
"X.分娩.誘導.陣痛促進","X.分娩.器械処置","X.分娩.心拍レベル分類",
"X.分娩.心拍パターン.細変動.","X.分娩.心拍パターン.異常.","X.分娩.胎児機能不全",
"X.産科合併症.有無","X.産科合併症.常位胎盤早期剥離.所見.",
"X.産科合併症.overt.DM.タイプ.","X.産科合併症.前置胎盤.所見.",
"X.産科合併症.臨床的CAM","X.産科合併症.子癇","X.産科合併症.肺水腫","X.産科合併症.j急性妊娠脂肪肝",
"X.産科合併症.HELLP症候群",
"X.産科合併症.回旋異常","X.産科合併症.頸管裂傷","X.産科合併症.弛緩出血",
"X.産科合併症.癒着胎盤","X.産科合併症.胎盤遺残","X.産科合併症.羊水塞栓",
"X.産科合併症.肺塞栓","X.産科合併症.微弱陣痛","X.産科合併症.過強陣痛",
"X.産科合併症.分娩停止","X.産科合併症.CPD","X.産科合併症.分娩遷延",
"X.産科合併症.臍帯脱出","X.産科合併症.臍帯下垂","X.産科合併症.産褥熱",
"X.産科合併症.他", "X.母処置.有無", "X.母処置.酸素投与","X.母処置.胎盤用手剥離",
"X.母処置.血腫処置","X.母処置.子宮摘出",
"X.母処置.輸血","X.母処置.輸血.種類.","X.母処置.子宮双手圧迫",
"X.母処置.会陰切開","X.母処置.産道裂傷.縫合","X.母処置.会陰裂傷.縫合",
"X.母処置.子宮弛緩処置","X.母処置.他",
"X.母処置.母死亡.日.","X.母処置.母死亡.時.","X.母処置.母死亡.分.","X.母処置.母死因",
"X.児.多胎の場合の順位","X.児.胎児治療",
"X.児.性別","X.児.児身長.cm.","X.児.頭囲.cm.","X.児.APGAR.1分","X.児.APGAR.5分",
"X.児.臍帯動脈pH","X.児.児診断.形態異常.","X.児.児診断.胎児水腫.",
"X.児.児診断.新生児仮死.","X.児.児診断.LFD.SGA.","X.児.児診断.HFD.LGA.",
"X.児.児診断.TTTS.","X.児.児診断.TTTS.供血児.","X.児.児診断.他.",
"X.児.児入院施設名","X.児.児蘇生術","X.児.児処置.他.",
"X.胎児付属物.胎盤重量","X.胎児付属物.臍帯長","X.胎児付属物.羊水混濁",
"X.胎児付属物.単一臍帯動脈","X.胎児付属物.臍帯付着異常","X.胎児付属物.臍帯血管吻合",
"X.胎児付属物.胎盤病理提出","X.胎児付属物.Blanc分類","X.胎児付属物.臍帯炎",
"X.胎児付属物.他","妊娠分娩コメント","X.母体産科既往歴.有無","X.母体基礎疾患.有無",
"X.母体基礎疾患.他","X.母体感染症.有無","X.母体感染症.GBS","X.母体感染症.インフルエンザ.型.",
"X.母体感染症.他","X.母体使用薬剤.有無","X.母体使用薬剤.ステロイド投与回数",
"X.母体使用薬剤.ステロイド娩出時間","X.母体使用薬剤.ステロイド種類","X.母体使用薬剤.ステロイド量",
"X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン.方法.","X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム.目的." ,
"X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン.投与時期.","X.母体使用薬剤.向精神薬.種類.",
"X.母体使用薬剤.Caブロッカー.投与法." ,"X.母体使用薬剤.他","X.胎児治療.胎児診断名" ,
"X.胎児治療.診断時期週数","X.胎児治療.分娩日吸引","X.胎児治療.胎児治療1を行った年月日",
"X.胎児治療.治療1" ,"X.胎児治療.治療1開始時期週数","X.胎児治療.治療方法1",
"X.胎児治療.治療1効果","X.胎児治療.治療1判定根拠","X.胎児治療.治療2",
"X.胎児治療.治療2開始時期週数","X.胎児治療.治療方法2","X.胎児治療.治療2効果",
"X.胎児治療.治療2判定根拠","X.胎児治療.治療3","X.胎児治療.治療3開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法3","X.胎児治療.治療3効果","X.胎児治療.治療3判定根拠",
"X.胎児治療.治療4","X.胎児治療.治療4開始時期週数","X.胎児治療.治療方法4",
"X.胎児治療.治療4判定根拠","X.胎児治療.治療5","X.胎児治療.治療5開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法5","X.胎児治療.治療5効果","X.胎児治療.治療5判定根拠",
"X.胎児治療.分娩様式","X.胎児治療.娩出時の生死","X.胎児治療.分娩後24時間の状況",
"X.胎児治療.分娩後1週の状況","X.胎児治療.分娩後1ヶ月の状況","X.胎児治療.調査時点の状況",
"X.胎児治療.調査時現在年月日","X.胎児治療.死亡年齢","X.胎児治療.死亡時病名",
"X.胎児治療.調査時疾病名","X.胎児治療.正常だが気になる状況","X.胎児治療.現在の主たる管理施設",
"X.胎児治療.治療施行の説明","X.胎児治療.備考","X.児死亡.臨床死因分類","X.児死亡.死因",
"X.児死亡.死因ICD.9","X.児死亡.剖検","X.児死亡.剖検所見","X.児死亡.剖検所見ICD.9",
"X.児死亡.死亡時期","X.児死亡.死亡日","X.児死亡.死亡時","X.児死亡.死亡分",
"X.児死亡.児診断.IUGR.","X.児死亡.児診断.高ビリルビン血症.","X.児死亡.児診断.低血糖.",
"X.児死亡.児診断.新生児一過性多呼吸.","X.児死亡.児診断.ICD.","X.児死亡.児処置.光線療法.",
"X.児死亡.児処置.保温クベース.","X.児死亡.児処置.輸液.","X.児死亡.児処置.輸血.",
"X.児死亡.児処置.人工換気日数.","X.児死亡.児処置.人工肺サーファクタント補充.",
"X.児死亡.児処置.PDA治療.","X.児死亡.児処置.ICD.9.",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Eo", "X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Lo",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群S","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群H",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群h","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群P",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群p","X.産科合併症.縫縮術施行.予防的.治療的.",
"X.産科合併症.前期破水.週.","X.産科合併症.前期破水","X.産科合併症.血液型不適合",
"X.産科合併症.脳出血","X.産科合併症.DIC","X.産科合併症.DIC.スコア.","X.産科合併症.子宮破裂",
"X.母体産科既往歴.頸管裂傷","X.胎児治療.治療4効果" ))
df2017 <- df2017 %>%
select(-c("母の氏名", "母生年月日", "母入院番号","児入院番号","入院理由",
"母体紹介.有無.","母体紹介.理由.","X.分娩.分娩.日.","X.分娩.分娩.時.",
"X.分娩.分娩.分.","X.分娩.分娩胎位","X.分娩.TOLAC","X.分娩.麻酔","X.分娩.子宮切開法",
"X.分娩.誘導.陣痛促進","X.分娩.器械処置","X.分娩.心拍レベル分類",
"X.分娩.心拍パターン.細変動.","X.分娩.心拍パターン.異常.","X.分娩.胎児機能不全",
"X.産科合併症.有無","X.産科合併症.常位胎盤早期剥離.所見.",
"X.産科合併症.overt.DM.タイプ.","X.産科合併症.前置胎盤.所見.",
"X.産科合併症.臨床的CAM","X.産科合併症.子癇","X.産科合併症.肺水腫","X.産科合併症.j急性妊娠脂肪肝",
"X.産科合併症.HELLP症候群",
"X.産科合併症.回旋異常","X.産科合併症.頸管裂傷","X.産科合併症.弛緩出血",
"X.産科合併症.癒着胎盤","X.産科合併症.胎盤遺残","X.産科合併症.羊水塞栓",
"X.産科合併症.肺塞栓","X.産科合併症.微弱陣痛","X.産科合併症.過強陣痛",
"X.産科合併症.分娩停止","X.産科合併症.CPD","X.産科合併症.分娩遷延",
"X.産科合併症.臍帯脱出","X.産科合併症.臍帯下垂","X.産科合併症.産褥熱",
"X.産科合併症.他", "X.母処置.有無", "X.母処置.酸素投与","X.母処置.胎盤用手剥離",
"X.母処置.血腫処置","X.母処置.子宮摘出",
"X.母処置.輸血","X.母処置.輸血.種類.","X.母処置.子宮双手圧迫",
"X.母処置.会陰切開","X.母処置.産道裂傷.縫合","X.母処置.会陰裂傷.縫合",
"X.母処置.子宮弛緩処置","X.母処置.他",
"X.母処置.母死亡.日.","X.母処置.母死亡.時.","X.母処置.母死亡.分.","X.母処置.母死因",
"X.児.多胎の場合の順位","X.児.胎児治療",
"X.児.性別","X.児.児身長.cm.","X.児.頭囲.cm.","X.児.APGAR.1分","X.児.APGAR.5分",
"X.児.臍帯動脈pH","X.児.児診断.形態異常.","X.児.児診断.胎児水腫.",
"X.児.児診断.新生児仮死.","X.児.児診断.LFD.SGA.","X.児.児診断.HFD.LGA.",
"X.児.児診断.TTTS.","X.児.児診断.TTTS.供血児.","X.児.児診断.他.",
"X.児.児入院施設名","X.児.児蘇生術","X.児.児処置.他.",
"X.胎児付属物.胎盤重量","X.胎児付属物.臍帯長","X.胎児付属物.羊水混濁",
"X.胎児付属物.単一臍帯動脈","X.胎児付属物.臍帯付着異常","X.胎児付属物.臍帯血管吻合",
"X.胎児付属物.胎盤病理提出","X.胎児付属物.Blanc分類","X.胎児付属物.臍帯炎",
"X.胎児付属物.他","妊娠分娩コメント","X.母体産科既往歴.有無","X.母体基礎疾患.有無",
"X.母体基礎疾患.他","X.母体感染症.有無","X.母体感染症.GBS","X.母体感染症.インフルエンザ.型.",
"X.母体感染症.他","X.母体使用薬剤.有無","X.母体使用薬剤.ステロイド投与回数",
"X.母体使用薬剤.ステロイド娩出時間","X.母体使用薬剤.ステロイド種類","X.母体使用薬剤.ステロイド量",
"X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン.方法.","X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム.目的." ,
"X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン.投与時期.","X.母体使用薬剤.向精神薬.種類.",
"X.母体使用薬剤.Caブロッカー.投与法." ,"X.母体使用薬剤.他","X.胎児治療.胎児診断名" ,
"X.胎児治療.診断時期週数","X.胎児治療.分娩日吸引","X.胎児治療.胎児治療1を行った年月日",
"X.胎児治療.治療1" ,"X.胎児治療.治療1開始時期週数","X.胎児治療.治療方法1",
"X.胎児治療.治療1効果","X.胎児治療.治療1判定根拠","X.胎児治療.治療2",
"X.胎児治療.治療2開始時期週数","X.胎児治療.治療方法2","X.胎児治療.治療2効果",
"X.胎児治療.治療2判定根拠","X.胎児治療.治療3","X.胎児治療.治療3開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法3","X.胎児治療.治療3効果","X.胎児治療.治療3判定根拠",
"X.胎児治療.治療4","X.胎児治療.治療4開始時期週数","X.胎児治療.治療方法4",
"X.胎児治療.治療4判定根拠","X.胎児治療.治療5","X.胎児治療.治療5開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法5","X.胎児治療.治療5効果","X.胎児治療.治療5判定根拠",
"X.胎児治療.分娩様式","X.胎児治療.娩出時の生死","X.胎児治療.分娩後24時間の状況",
"X.胎児治療.分娩後1週の状況","X.胎児治療.分娩後1ヶ月の状況","X.胎児治療.調査時点の状況",
"X.胎児治療.調査時現在年月日","X.胎児治療.死亡年齢","X.胎児治療.死亡時病名",
"X.胎児治療.調査時疾病名","X.胎児治療.正常だが気になる状況","X.胎児治療.現在の主たる管理施設",
"X.胎児治療.治療施行の説明","X.胎児治療.備考","X.児死亡.臨床死因分類","X.児死亡.死因",
"X.児死亡.死因ICD.9","X.児死亡.剖検","X.児死亡.剖検所見","X.児死亡.剖検所見ICD.9",
"X.児死亡.死亡時期","X.児死亡.死亡日","X.児死亡.死亡時","X.児死亡.死亡分",
"X.児死亡.児診断.IUGR.","X.児死亡.児診断.高ビリルビン血症.","X.児死亡.児診断.低血糖.",
"X.児死亡.児診断.新生児一過性多呼吸.","X.児死亡.児診断.ICD.","X.児死亡.児処置.光線療法.",
"X.児死亡.児処置.保温クベース.","X.児死亡.児処置.輸液.","X.児死亡.児処置.輸血.",
"X.児死亡.児処置.人工換気日数.","X.児死亡.児処置.人工肺サーファクタント補充.",
"X.児死亡.児処置.PDA治療.","X.児死亡.児処置.ICD.9.",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Eo", "X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Lo",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群S","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群H",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群h","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群P",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群p","X.産科合併症.縫縮術施行.予防的.治療的.",
"X.産科合併症.前期破水.週.","X.産科合併症.前期破水","X.産科合併症.血液型不適合",
"X.産科合併症.脳出血","X.産科合併症.DIC","X.産科合併症.DIC.スコア.","X.産科合併症.子宮破裂",
"X.母体産科既往歴.頸管裂傷","X.胎児治療.治療4効果" ))
df2018 <- df2018 %>%
select(-c("母の氏名", "母生年月日", "母入院番号","児入院番号","入院理由",
"母体紹介.有無.","母体紹介.理由.","X.分娩.分娩.日.","X.分娩.分娩.時.",
"X.分娩.分娩.分.","X.分娩.分娩胎位","X.分娩.TOLAC","X.分娩.麻酔","X.分娩.子宮切開法",
"X.分娩.誘導.陣痛促進","X.分娩.器械処置","X.分娩.心拍レベル分類",
"X.分娩.心拍パターン.細変動.","X.分娩.心拍パターン.異常.","X.分娩.胎児機能不全",
"X.産科合併症.有無","X.産科合併症.常位胎盤早期剥離.所見.",
"X.産科合併症.overt.DM.タイプ.","X.産科合併症.前置胎盤.所見.",
"X.産科合併症.臨床的CAM","X.産科合併症.子癇","X.産科合併症.肺水腫","X.産科合併症.j急性妊娠脂肪肝",
"X.産科合併症.HELLP症候群",
"X.産科合併症.回旋異常","X.産科合併症.頸管裂傷","X.産科合併症.弛緩出血",
"X.産科合併症.癒着胎盤","X.産科合併症.胎盤遺残","X.産科合併症.羊水塞栓",
"X.産科合併症.肺塞栓","X.産科合併症.微弱陣痛","X.産科合併症.過強陣痛",
"X.産科合併症.分娩停止","X.産科合併症.CPD","X.産科合併症.分娩遷延",
"X.産科合併症.臍帯脱出","X.産科合併症.臍帯下垂","X.産科合併症.産褥熱",
"X.産科合併症.他", "X.母処置.有無", "X.母処置.酸素投与","X.母処置.胎盤用手剥離",
"X.母処置.血腫処置","X.母処置.子宮摘出",
"X.母処置.輸血","X.母処置.輸血.種類.","X.母処置.子宮双手圧迫",
"X.母処置.会陰切開","X.母処置.産道裂傷.縫合","X.母処置.会陰裂傷.縫合",
"X.母処置.子宮弛緩処置","X.母処置.他",
"X.母処置.母死亡.日.","X.母処置.母死亡.時.","X.母処置.母死亡.分.","X.母処置.母死因",
"X.児.多胎の場合の順位","X.児.胎児治療",
"X.児.性別","X.児.児身長.cm.","X.児.頭囲.cm.","X.児.APGAR.1分","X.児.APGAR.5分",
"X.児.臍帯動脈pH","X.児.児診断.形態異常.","X.児.児診断.胎児水腫.",
"X.児.児診断.新生児仮死.","X.児.児診断.LFD.SGA.","X.児.児診断.HFD.LGA.",
"X.児.児診断.TTTS.","X.児.児診断.TTTS.供血児.","X.児.児診断.他.",
"X.児.児入院施設名","X.児.児蘇生術","X.児.児処置.他.",
"X.胎児付属物.胎盤重量","X.胎児付属物.臍帯長","X.胎児付属物.羊水混濁",
"X.胎児付属物.単一臍帯動脈","X.胎児付属物.臍帯付着異常","X.胎児付属物.臍帯血管吻合",
"X.胎児付属物.胎盤病理提出","X.胎児付属物.Blanc分類","X.胎児付属物.臍帯炎",
"X.胎児付属物.他","妊娠分娩コメント","X.母体産科既往歴.有無","X.母体基礎疾患.有無",
"X.母体基礎疾患.他","X.母体感染症.有無","X.母体感染症.GBS","X.母体感染症.インフルエンザ.型.",
"X.母体感染症.他","X.母体使用薬剤.有無","X.母体使用薬剤.ステロイド投与回数",
"X.母体使用薬剤.ステロイド娩出時間","X.母体使用薬剤.ステロイド種類","X.母体使用薬剤.ステロイド量",
"X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン.方法.","X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム.目的." ,
"X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン.投与時期.","X.母体使用薬剤.向精神薬.種類.",
"X.母体使用薬剤.Caブロッカー.投与法." ,"X.母体使用薬剤.他","X.胎児治療.胎児診断名" ,
"X.胎児治療.診断時期週数","X.胎児治療.分娩日吸引","X.胎児治療.胎児治療1を行った年月日",
"X.胎児治療.治療1" ,"X.胎児治療.治療1開始時期週数","X.胎児治療.治療方法1",
"X.胎児治療.治療1効果","X.胎児治療.治療1判定根拠","X.胎児治療.治療2",
"X.胎児治療.治療2開始時期週数","X.胎児治療.治療方法2","X.胎児治療.治療2効果",
"X.胎児治療.治療2判定根拠","X.胎児治療.治療3","X.胎児治療.治療3開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法3","X.胎児治療.治療3効果","X.胎児治療.治療3判定根拠",
"X.胎児治療.治療4","X.胎児治療.治療4開始時期週数","X.胎児治療.治療方法4",
"X.胎児治療.治療4判定根拠","X.胎児治療.治療5","X.胎児治療.治療5開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法5","X.胎児治療.治療5効果","X.胎児治療.治療5判定根拠",
"X.胎児治療.分娩様式","X.胎児治療.娩出時の生死","X.胎児治療.分娩後24時間の状況",
"X.胎児治療.分娩後1週の状況","X.胎児治療.分娩後1ヶ月の状況","X.胎児治療.調査時点の状況",
"X.胎児治療.調査時現在年月日","X.胎児治療.死亡年齢","X.胎児治療.死亡時病名",
"X.胎児治療.調査時疾病名","X.胎児治療.正常だが気になる状況","X.胎児治療.現在の主たる管理施設",
"X.胎児治療.治療施行の説明","X.胎児治療.備考","X.児死亡.臨床死因分類","X.児死亡.死因",
"X.児死亡.死因ICD.9","X.児死亡.剖検","X.児死亡.剖検所見","X.児死亡.剖検所見ICD.9",
"X.児死亡.死亡時期","X.児死亡.死亡日","X.児死亡.死亡時","X.児死亡.死亡分",
"X.児死亡.児診断.IUGR.","X.児死亡.児診断.高ビリルビン血症.","X.児死亡.児診断.低血糖.",
"X.児死亡.児診断.新生児一過性多呼吸.","X.児死亡.児診断.ICD.","X.児死亡.児処置.光線療法.",
"X.児死亡.児処置.保温クベース.","X.児死亡.児処置.輸液.","X.児死亡.児処置.輸血.",
"X.児死亡.児処置.人工換気日数.","X.児死亡.児処置.人工肺サーファクタント補充.",
"X.児死亡.児処置.PDA治療.","X.児死亡.児処置.ICD.9.",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Eo", "X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Lo",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群S","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群H",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群h","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群P",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群p","X.産科合併症.縫縮術施行.予防的.治療的.",
"X.産科合併症.前期破水.週.","X.産科合併症.前期破水","X.産科合併症.血液型不適合",
"X.産科合併症.脳出血","X.産科合併症.DIC","X.産科合併症.DIC.スコア.","X.産科合併症.子宮破裂",
"X.母体産科既往歴.頸管裂傷","X.胎児治療.治療4効果" ))
df2019 <- df2019 %>%
select(-c("母の氏名", "母生年月日", "母入院番号","児入院番号","入院理由",
"母体紹介.有無.","母体紹介.理由.","X.分娩.分娩.日.","X.分娩.分娩.時.",
"X.分娩.分娩.分.","X.分娩.分娩胎位","X.分娩.TOLAC","X.分娩.麻酔","X.分娩.子宮切開法",
"X.分娩.誘導.陣痛促進","X.分娩.器械処置","X.分娩.心拍レベル分類",
"X.分娩.心拍パターン.細変動.","X.分娩.心拍パターン.異常.","X.分娩.胎児機能不全",
"X.産科合併症.有無","X.産科合併症.常位胎盤早期剥離.所見.",
"X.産科合併症.overt.DM.タイプ.","X.産科合併症.前置胎盤.所見.",
"X.産科合併症.臨床的CAM","X.産科合併症.子癇","X.産科合併症.肺水腫","X.産科合併症.j急性妊娠脂肪肝",
"X.産科合併症.HELLP症候群",
"X.産科合併症.回旋異常","X.産科合併症.頸管裂傷","X.産科合併症.弛緩出血",
"X.産科合併症.癒着胎盤","X.産科合併症.胎盤遺残","X.産科合併症.羊水塞栓",
"X.産科合併症.肺塞栓","X.産科合併症.微弱陣痛","X.産科合併症.過強陣痛",
"X.産科合併症.分娩停止","X.産科合併症.CPD","X.産科合併症.分娩遷延",
"X.産科合併症.臍帯脱出","X.産科合併症.臍帯下垂","X.産科合併症.産褥熱",
"X.産科合併症.他", "X.母処置.有無", "X.母処置.酸素投与","X.母処置.胎盤用手剥離",
"X.母処置.血腫処置","X.母処置.子宮摘出",
"X.母処置.輸血","X.母処置.輸血.種類.","X.母処置.子宮双手圧迫",
"X.母処置.会陰切開","X.母処置.産道裂傷.縫合","X.母処置.会陰裂傷.縫合",
"X.母処置.子宮弛緩処置","X.母処置.他",
"X.母処置.母死亡.日.","X.母処置.母死亡.時.","X.母処置.母死亡.分.","X.母処置.母死因",
"X.児.多胎の場合の順位","X.児.胎児治療",
"X.児.性別","X.児.児身長.cm.","X.児.頭囲.cm.","X.児.APGAR.1分","X.児.APGAR.5分",
"X.児.臍帯動脈pH","X.児.児診断.形態異常.","X.児.児診断.胎児水腫.",
"X.児.児診断.新生児仮死.","X.児.児診断.LFD.SGA.","X.児.児診断.HFD.LGA.",
"X.児.児診断.TTTS.","X.児.児診断.TTTS.供血児.","X.児.児診断.他.",
"X.児.児入院施設名","X.児.児蘇生術","X.児.児処置.他.",
"X.胎児付属物.胎盤重量","X.胎児付属物.臍帯長","X.胎児付属物.羊水混濁",
"X.胎児付属物.単一臍帯動脈","X.胎児付属物.臍帯付着異常","X.胎児付属物.臍帯血管吻合",
"X.胎児付属物.胎盤病理提出","X.胎児付属物.Blanc分類","X.胎児付属物.臍帯炎",
"X.胎児付属物.他","妊娠分娩コメント","X.母体産科既往歴.有無","X.母体基礎疾患.有無",
"X.母体基礎疾患.他","X.母体感染症.有無","X.母体感染症.GBS","X.母体感染症.インフルエンザ.型.",
"X.母体感染症.他","X.母体使用薬剤.有無","X.母体使用薬剤.ステロイド投与回数",
"X.母体使用薬剤.ステロイド娩出時間","X.母体使用薬剤.ステロイド種類","X.母体使用薬剤.ステロイド量",
"X.母体使用薬剤.塩酸リトドリン.方法.","X.母体使用薬剤.硫酸マグネシウム.目的." ,
"X.母体使用薬剤.抗Dグロブリン.投与時期.","X.母体使用薬剤.向精神薬.種類.",
"X.母体使用薬剤.Caブロッカー.投与法." ,"X.母体使用薬剤.他","X.胎児治療.胎児診断名" ,
"X.胎児治療.診断時期週数","X.胎児治療.分娩日吸引","X.胎児治療.胎児治療1を行った年月日",
"X.胎児治療.治療1" ,"X.胎児治療.治療1開始時期週数","X.胎児治療.治療方法1",
"X.胎児治療.治療1効果","X.胎児治療.治療1判定根拠","X.胎児治療.治療2",
"X.胎児治療.治療2開始時期週数","X.胎児治療.治療方法2","X.胎児治療.治療2効果",
"X.胎児治療.治療2判定根拠","X.胎児治療.治療3","X.胎児治療.治療3開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法3","X.胎児治療.治療3効果","X.胎児治療.治療3判定根拠",
"X.胎児治療.治療4","X.胎児治療.治療4開始時期週数","X.胎児治療.治療方法4",
"X.胎児治療.治療4判定根拠","X.胎児治療.治療5","X.胎児治療.治療5開始時期週数",
"X.胎児治療.治療方法5","X.胎児治療.治療5効果","X.胎児治療.治療5判定根拠",
"X.胎児治療.分娩様式","X.胎児治療.娩出時の生死","X.胎児治療.分娩後24時間の状況",
"X.胎児治療.分娩後1週の状況","X.胎児治療.分娩後1ヶ月の状況","X.胎児治療.調査時点の状況",
"X.胎児治療.調査時現在年月日","X.胎児治療.死亡年齢","X.胎児治療.死亡時病名",
"X.胎児治療.調査時疾病名","X.胎児治療.正常だが気になる状況","X.胎児治療.現在の主たる管理施設",
"X.胎児治療.治療施行の説明","X.胎児治療.備考","X.児死亡.臨床死因分類","X.児死亡.死因",
"X.児死亡.死因ICD.9","X.児死亡.剖検","X.児死亡.剖検所見","X.児死亡.剖検所見ICD.9",
"X.児死亡.死亡時期","X.児死亡.死亡日","X.児死亡.死亡時","X.児死亡.死亡分",
"X.児死亡.児診断.IUGR.","X.児死亡.児診断.高ビリルビン血症.","X.児死亡.児診断.低血糖.",
"X.児死亡.児診断.新生児一過性多呼吸.","X.児死亡.児診断.ICD.","X.児死亡.児処置.光線療法.",
"X.児死亡.児処置.保温クベース.","X.児死亡.児処置.輸液.","X.児死亡.児処置.輸血.",
"X.児死亡.児処置.人工換気日数.","X.児死亡.児処置.人工肺サーファクタント補充.",
"X.児死亡.児処置.PDA治療.","X.児死亡.児処置.ICD.9.",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Eo", "X.産科合併症.妊娠高血圧症候群Lo",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群S","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群H",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群h","X.産科合併症.妊娠高血圧症候群P",
"X.産科合併症.妊娠高血圧症候群p","X.産科合併症.縫縮術施行.予防的.治療的.",
"X.産科合併症.前期破水.週.","X.産科合併症.前期破水","X.産科合併症.血液型不適合",
"X.産科合併症.脳出血","X.産科合併症.DIC","X.産科合併症.DIC.スコア.","X.産科合併症.子宮破裂",
"X.母体産科既往歴.頸管裂傷","X.胎児治療.治療4効果" ))
### df2020、df2021も、不要な変数をまずは削除する
colnames(df2020)
df2020 <- df2020 %>%
select(-c("母生年月日","母入院番号","児入院番号","入院理由","母体紹介","母体紹介.理由.",
"母体紹介.搬送あり.内訳.","X.分娩.分娩.日.","X.分娩.分娩.時.","X.分娩.分娩.分.",
"X.分娩.分娩胎位","X.分娩.無痛分娩","X.分娩.TOLAC","X.分娩.帝王切開の適応",
"X.分娩.帝王切開の麻酔","X.分娩.子宮切開法","X.分娩.誘導.陣痛促進","X.分娩.頸管熟化拡張処置",
"X.分娩.頸管熟化拡張処置.その他.","X.分娩.胎児心拍数波形レベル分類","X.分娩.基線細変動",
"X.分娩.一過性徐脈.基線異常","X.分娩.一過性徐脈.基線異常.LD.","X.分娩.一過性徐脈.基線異常.VD.",
"X.分娩.一過性徐脈.基線異常.PD.","X.合併症.産科合併症","X.処置.母処置",
"X.処置.母処置.詳細.","X.処置.血腫除去.詳細.","X.処置.輸血.種類.","X.処置.産道裂傷.縫合.詳細.",
"X.処置.会陰裂傷.縫合.詳細.","X.処置.子宮弛緩処置.詳細.","X.処置.母処置.その他.",
"X.処置.母死亡.日.","X.処置.母死亡.時.","X.処置.母死亡.分.","X.処置.母死因",
"X.児.多胎の場合の順位","X.児.性別","X.児.身長.cm.","X.児.頭囲.cm.","X.児.APGAR.1分",
"X.児.APGAR.5分","X.児.臍帯動脈血pH","X.児.転帰.NICU.","X.児.診断","X.児.診断.形態異常.詳細.",
"X.児.診断.他.","X.児.入院施設名","X.児.入院施設.分娩施設.","X.児.蘇生術",
"X.児.その他の処置","X.胎児付属物.胎盤重量.g.","X.胎児付属物.臍帯長.cm.",
"X.胎児付属物.羊水混濁","X.胎児付属物.単一臍帯動脈","X.胎児付属物.臍帯付着異常",
"X.胎児付属物.臍帯血管吻合","X.胎児付属物.胎盤病理提出","X.胎児付属物.Blanc分類",
"X.胎児付属物.臍帯炎","X.胎児付属物.その他所見","妊娠分娩コメント","X.既往症.母体産科既往症",
"X.基礎疾患.母体基礎疾患","X.感染症.母体感染症","X.使用薬剤.母体使用薬剤","X.使用薬剤.ステロイド投与回数",
"X.使用薬剤.ステロイド投与.娩出までの時間","X.使用薬剤.ステロイド種類","X.使用薬剤.ステロイド総投与量.mg.",
"X.使用薬剤.塩酸リトドリン.方法.","X.使用薬剤.硫酸マグネシウム.目的.","X.使用薬剤.Caブロッカー.方法.",
"X.使用薬剤.プロゲステロン.早産予防目的.の詳細","X.使用薬剤.甲状腺機能改善薬.種類.",
"X.使用薬剤.抗Dヒト免疫グロブリン.投与時期.","X.胎児治療.胎児治療の有無","X.胎児治療.胎児治療.詳細.",
"X.胎児治療.胎児治療.その他.","X.児死亡.臨床死因分類","X.児死亡.死因","X.児死亡.剖検",
"X.児死亡.剖検所見","X.児死亡.死亡時期","X.児死亡.死亡日","X.児死亡.死亡日時.時.","X.児死亡.死亡日時.分.",
"X.児死亡.児診断.処置","X.合併症.HDP診断時週数","X.合併症.早産期前期破水.週.","X.合併症.羊水塞栓"))
df2021 <- df2021 %>%
select(-c("母生年月日","母入院番号","児入院番号","入院理由","母体紹介","母体紹介.理由.",
"母体紹介.搬送あり.内訳.","X.分娩.分娩.日.","X.分娩.分娩.時.","X.分娩.分娩.分.",
"X.分娩.分娩胎位","X.分娩.無痛分娩","X.分娩.TOLAC","X.分娩.帝王切開の適応",
"X.分娩.帝王切開の麻酔","X.分娩.子宮切開法","X.分娩.誘導.陣痛促進","X.分娩.頸管熟化拡張処置",
"X.分娩.頸管熟化拡張処置.その他.","X.分娩.胎児心拍数波形レベル分類","X.分娩.基線細変動",
"X.分娩.一過性徐脈.基線異常","X.分娩.一過性徐脈.基線異常.LD.","X.分娩.一過性徐脈.基線異常.VD.",
"X.分娩.一過性徐脈.基線異常.PD.","X.合併症.産科合併症","X.処置.母処置",
"X.処置.母処置.詳細.","X.処置.血腫除去.詳細.","X.処置.輸血.種類.","X.処置.産道裂傷.縫合.詳細.",
"X.処置.会陰裂傷.縫合.詳細.","X.処置.子宮弛緩処置.詳細.","X.処置.母処置.その他.",
"X.処置.母死亡.日.","X.処置.母死亡.時.","X.処置.母死亡.分.","X.処置.母死因",
"X.児.多胎の場合の順位","X.児.性別","X.児.身長.cm.","X.児.頭囲.cm.","X.児.APGAR.1分",
"X.児.APGAR.5分","X.児.臍帯動脈血pH","X.児.転帰.NICU.","X.児.診断","X.児.診断.形態異常.詳細.",
"X.児.診断.他.","X.児.入院施設名","X.児.入院施設.分娩施設.","X.児.蘇生術",
"X.児.その他の処置","X.胎児付属物.胎盤重量.g.","X.胎児付属物.臍帯長.cm.",
"X.胎児付属物.羊水混濁","X.胎児付属物.単一臍帯動脈","X.胎児付属物.臍帯付着異常",
"X.胎児付属物.臍帯血管吻合","X.胎児付属物.胎盤病理提出","X.胎児付属物.Blanc分類",
"X.胎児付属物.臍帯炎","X.胎児付属物.その他所見","妊娠分娩コメント","X.既往症.母体産科既往症",
"X.基礎疾患.母体基礎疾患","X.感染症.母体感染症","X.使用薬剤.母体使用薬剤","X.使用薬剤.ステロイド投与回数",
"X.使用薬剤.ステロイド投与.娩出までの時間","X.使用薬剤.ステロイド種類","X.使用薬剤.ステロイド総投与量.mg.",
"X.使用薬剤.塩酸リトドリン.方法.","X.使用薬剤.硫酸マグネシウム.目的.","X.使用薬剤.Caブロッカー.方法.",
"X.使用薬剤.プロゲステロン.早産予防目的.の詳細","X.使用薬剤.甲状腺機能改善薬.種類.",
"X.使用薬剤.抗Dヒト免疫グロブリン.投与時期.","X.胎児治療.胎児治療の有無","X.胎児治療.胎児治療.詳細.",
"X.胎児治療.胎児治療.その他.","X.児死亡.臨床死因分類","X.児死亡.死因","X.児死亡.剖検",
"X.児死亡.剖検所見","X.児死亡.死亡時期","X.児死亡.死亡日","X.児死亡.死亡日時.時.","X.児死亡.死亡日時.分.",
"X.児死亡.児診断.処置","X.合併症.HDP診断時週数","X.合併症.早産期前期破水.週.","X.合併症.羊水塞栓"))
#0-5 PER2020,2021の変数名を2016-2019に合わせる
#0-5-1 不妊関連
### まずは"不妊治療"を編集。IVF-ETのとき2を、それ以外の不妊治療のとき1を。
### 不妊治療なしで0と出力される変数にする
unique(df2020$不妊治療)
unique(df2020$不妊治療.詳細.)
unique(df2020$不妊治療.IVF.ET.)
### "不妊治療.IVF.ET." 列に記載があるが、"不妊治療.詳細." が欠損している行を抽出
重複確認 <- df2020[!is.na(df2020$不妊治療.IVF.ET.) & is.na(df2020$不妊治療.詳細.), ]
head(重複確認)
### やはり、IVF-ETをした人は、"不妊治療.詳細."に記載した上で"不妊治療.IVF.ET."でそのうち内訳を示していたようだ。
### ということで、「IVF.ETに記載があれば2、不妊治療詳細
# "不妊治療" を作成し、条件に応じて値を割り当てる
df2020$不妊治療 <- ifelse(!is.na(df2020$不妊治療.IVF.ET.) & !is.na(df2020$不妊治療.詳細.), 2,
ifelse(!is.na(df2020$不妊治療.IVF.ET.) | !is.na(df2020$不妊治療.詳細.), 1,
ifelse(is.na(df2020$不妊治療.IVF.ET.) & is.na(df2020$不妊治療.詳細.), 0, NA)))
df2021$不妊治療 <- ifelse(!is.na(df2021$不妊治療.IVF.ET.) & !is.na(df2021$不妊治療.詳細.), 2,
ifelse(!is.na(df2021$不妊治療.IVF.ET.) | !is.na(df2021$不妊治療.詳細.), 1,
ifelse(is.na(df2021$不妊治療.IVF.ET.) & is.na(df2021$不妊治療.詳細.), 0, NA)))
unique(df2020$不妊治療)
### 不妊治療の編集完了
df2020$不妊治療.その他.
unique(df2020$不妊治療.その他.)
### "不妊治療.その他."は、胚盤胞移植か卵子提供かを示しているだけなので削除で良い。
### ついでにもういらない不妊関係の変数削除
df2020 <- df2020 %>%
select(-c("不妊治療.その他.","不妊治療.詳細.","不妊治療.IVF.ET."))
df2021 <- df2021 %>%
select(-c("不妊治療.その他.","不妊治療.詳細.","不妊治療.IVF.ET."))
#0-5-2 変数名を変換する 経妊や経産など
df2020 <- df2020 %>%
rename(経妊回数 = 妊娠回数, 経産回数 = 分娩回数,早産回数=早産.回.,帝王切開回数=帝王切開.回.,
自然流産回数=自然流産.回.,人工妊娠中絶回数=人工妊娠中絶.回.)
df2021 <- df2021 %>%
rename(経妊回数 = 妊娠回数, 経産回数 = 分娩回数,早産回数=早産.回.,帝王切開回数=帝王切開.回.,
自然流産回数=自然流産.回.,人工妊娠中絶回数=人工妊娠中絶.回.)
#0-5-3 喫煙関連の変数変換
### 妊娠前あり(妊娠中無し) が妊娠前の喫煙
df2020$妊娠前喫煙 <- ifelse(df2020$喫煙 == "妊娠前あり（妊娠中無し）", 1,
ifelse(is.na(df2020$喫煙), NA, 0))
df2021$妊娠前喫煙 <- ifelse(df2021$喫煙 == "妊娠前あり（妊娠中無し）", 1,
ifelse(is.na(df2021$喫煙), NA, 0))
table(df2020$妊娠前喫煙)
table(df2021$妊娠前喫煙)
df2020$妊娠中喫煙 <- ifelse(df2020$喫煙 == "妊娠中あり", 1,
ifelse(is.na(df2020$喫煙), NA, 0))
df2021$妊娠中喫煙 <- ifelse(df2021$喫煙 == "妊娠中あり", 1,
ifelse(is.na(df2021$喫煙), NA, 0))
table(df2020$妊娠中喫煙)
table(df2021$妊娠中喫煙)
#0-5-4 産科合併症を分解していく
## "X.合併症.産科合併症.詳細."と"X.合併症.産科合併症.その他."にフリー記載で合併症が収納されている
### 1. 切迫流産
df2020 <- df2020 %>%
rename(X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血.=X.合併症.切迫流産.22週未満の性器出血.)
df2021 <- df2021 %>%
rename(X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血.=X.合併症.切迫流産.22週未満の性器出血.)
table(df2021$X.産科合併症.切迫流産.22週未満性器出血.)
### 2. 尿路感染症
any(grepl("尿路感染症", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.)) |
any(grepl("尿路感染症", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.))
## 尿路感染症、という言葉は含むようだ。
df2020$X.産科合併症.尿路感染症 <- ifelse(
grepl("尿路", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("尿路", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.尿路感染症 <- ifelse(
grepl("尿路", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("尿路", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.尿路感染症)
table(df2021$X.産科合併症.尿路感染症)
### 3. 歯周病
df2020$X.産科合併症.歯周病 <- ifelse(
grepl("歯", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("歯", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.歯周病 <- ifelse(
grepl("歯", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("歯", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.歯周病)
table(df2021$X.産科合併症.歯周病)
### 4. 重症悪阻
any(grepl("悪阻", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.)) |
any(grepl("悪阻", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.))
df2020$X.産科合併症.重症悪阻 <- ifelse(
grepl("悪阻", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("悪阻", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.重症悪阻 <- ifelse(
grepl("悪阻", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("悪阻", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.重症悪阻)
table(df2021$X.産科合併症.重症悪阻)
### 5.妊娠貧血
df2020$X.産科合併症.妊娠貧血 <- ifelse(
grepl("貧血", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("貧血", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.妊娠貧血 <- ifelse(
grepl("貧血", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("貧血", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.妊娠貧血)
table(df2021$X.産科合併症.妊娠貧血)
### 6. 切迫早産
df2020$X.産科合併症.切迫早産 <- ifelse(
grepl("切迫早産", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("切迫早産", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.切迫早産 <- ifelse(
grepl("切迫早産", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("切迫早産", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.切迫早産)
table(df2021$X.産科合併症.切迫早産)
### 7. 頸管無力症
df2020$X.産科合併症.頸管無力症 <- ifelse(
grepl("無力症", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("無力症", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.頸管無力症 <- ifelse(
grepl("無力症", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("無力症", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.頸管無力症)
table(df2021$X.産科合併症.頸管無力症)
### 8. 頸管長短縮
df2020$X.産科合併症.頸管長短縮 <- ifelse(
grepl("頸管長短縮", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("頸管長短縮", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.頸管長短縮 <- ifelse(
grepl("頸管長短縮", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("頸管長短縮", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.頸管長短縮)
table(df2021$X.産科合併症.頸管長短縮)
### 9. 腟内胎胞形成
df2020$X.産科合併症.腟内胎胞形成 <- ifelse(
grepl("胎胞", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("胎胞", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.腟内胎胞形成 <- ifelse(
grepl("胎胞", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) | grepl("胎胞", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.腟内胎胞形成)
table(df2021$X.産科合併症.腟内胎胞形成)
### 10.縫縮術
df2020 <- df2020 %>% rename(X.産科合併症.縫縮術施行=X.合併症.頸管縫縮術.詳細.)
df2021 <- df2021 %>% rename(X.産科合併症.縫縮術施行=X.合併症.頸管縫縮術.詳細.)
### 11.常位胎盤早期剥離
df2020$X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 <- ifelse(!is.na(df2020$X.合併症.常位胎盤早期剥離.所見.), 1, 0)
df2021$X.産科合併症.常位胎盤早期剥離 <- ifelse(!is.na(df2021$X.合併症.常位胎盤早期剥離.所見.), 1, 0)
table(df2020$X.産科合併症.常位胎盤早期剥離)
table(df2021$X.産科合併症.常位胎盤早期剥離)
df2020$X.合併症.常位胎盤早期剥離.所見. <- NULL
df2021$X.合併症.常位胎盤早期剥離.所見. <- NULL
### 12.妊娠高血圧
### 詳細な分類は2018年を境に変更されており、統合は不可能。
### ありかなしかがわかれば良いとしよう。
df2020<-df2020 %>% rename(X.産科合併症.妊娠高血圧症候群=X.合併症.HDP.詳細.)
df2021<-df2021 %>% rename(X.産科合併症.妊娠高血圧症候群=X.合併症.HDP.詳細.)
table(df2020$X.産科合併症.妊娠高血圧症候群)
table(df2021$X.産科合併症.妊娠高血圧症候群)
### のちにfactorに変換する。
### 13.FGR
### FGRと発育不全と、様々な言い方がありそう。
df2020$X.産科合併症.FGR <- ifelse(grepl("FGR|発育不全", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("FGR|発育不全", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.FGR <- ifelse(grepl("FGR|発育不全", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("FGR|発育不全", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.FGR)
table(df2021$X.産科合併症.FGR)
### 14.GDM
df2020$X.産科合併症.GDM <-
ifelse(grepl("GDM|妊娠糖尿病", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("GDM|妊娠糖尿病", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.GDM <-
ifelse(grepl("GDM|妊娠糖尿病", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("GDM|妊娠糖尿病", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.GDM)
table(df2021$X.産科合併症.GDM)
### 15.overt.DM
df2020$X.産科合併症.overt.DM <-
ifelse(grepl("overt|明らかな", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("overt|明らかな", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.overt.DM <-
ifelse(grepl("overt|明らかな", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("overt|明らかな", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.overt.DM)
table(df2021$X.産科合併症.overt.DM)
table(df2020$X.産科合併症.前置胎盤)
### 16.前置胎盤
df2020<-df2020 %>% rename(X.産科合併症.前置胎盤=X.合併症.前置胎盤.所見.)
df2021<-df2021 %>% rename(X.産科合併症.前置胎盤=X.合併症.前置胎盤.所見.)
df2020$X.産科合併症.前置胎盤 <-
ifelse(grepl("全|部分|辺縁", df2020$X.産科合併症.前置胎盤) |
grepl("全|部分|辺縁", df2020$X.産科合併症.前置胎盤),1,0)
df2021$X.産科合併症.前置胎盤 <-
ifelse(grepl("全|部分|辺縁", df2021$X.産科合併症.前置胎盤) |
grepl("全|部分|辺縁", df2021$X.産科合併症.前置胎盤),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.前置胎盤)
table(df2021$X.産科合併症.前置胎盤)
### 17. 低置胎盤
df2020$X.産科合併症.低置胎盤 <-
ifelse(grepl("低置胎盤", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("低置胎盤", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.低置胎盤 <-
ifelse(grepl("低置胎盤", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("低置胎盤", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.低置胎盤)
table(df2021$X.産科合併症.低置胎盤)
### 18.羊水過多
df2020$X.産科合併症.羊水過多 <-
ifelse(grepl("羊水過多", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("羊水過多", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.羊水過多 <-
ifelse(grepl("羊水過多", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("羊水過多", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.羊水過多)
table(df2021$X.産科合併症.羊水過多)
### 19.羊水過少
df2020$X.産科合併症.羊水過少 <-
ifelse(grepl("羊水過少", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("羊水過少", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.羊水過少 <-
ifelse(grepl("羊水過少", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("羊水過少", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.羊水過少)
table(df2021$X.産科合併症.羊水過少)
### 20.DVT
df2020$X.産科合併症.DVT <-
ifelse(grepl("DVT|下肢", df2020$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("DVT|下肢", df2020$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
df2021$X.産科合併症.DVT <-
ifelse(grepl("DVT|下肢", df2021$X.合併症.産科合併症.詳細.) |
grepl("DVT|下肢", df2021$X.合併症.産科合併症.その他.),1,0)
table(df2020$X.産科合併症.DVT)
table(df2021$X.産科合併症.DVT)
### 21.母転帰
df2020 <- df2020 %>%
rename("X.母処置.母転帰" = "X.処置.母転帰")
df2021 <- df2021 %>%
rename("X.母処置.母転帰" = "X.処置.母転帰")
### 22.多胎の種類
df2020 <- df2020 %>%
rename("X.児.多胎の種類" = "X.児.双胎の種類")
### 23.出生体重
df2020 <- df2020 %>%
rename("X.児.出生体重.g." = "X.児.出産体重.g.")
df2021 <- df2021 %>%
rename("X.児.出生体重.g." = "X.児.出産体重.g.")
summary(df2020$X.児.出生体重.g.)
### 24.児転帰
df2020 <- df2020 %>%
rename("X.児.児転帰" = "X.児.転帰")
df2021 <- df2021 %>%
rename("X.児.児転帰" = "X.児.転帰")
#0-5-5 産科既往歴を分解していく
### 1.性器出血
### 「性器出血」という単語を必ず含む。
df2020$X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 <-
ifelse(grepl("性器出血", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("性器出血", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血 <-
ifelse(grepl("性器出血", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("性器出血", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血)
table(df2021$X.母体産科既往歴.妊娠中の性器出血)
### 2.切迫流産
df2020$X.母体産科既往歴.切迫流産 <-
ifelse(grepl("切迫流産", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("切迫流産", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.切迫流産 <-
ifelse(grepl("切迫流産", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("切迫流産", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.切迫流産)
table(df2021$X.母体産科既往歴.切迫流産)
### 3.切迫早産.子宮収縮あり
df2020$X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. <-
ifelse(grepl("子宮収縮", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("子宮収縮", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮. <-
ifelse(grepl("子宮収縮", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("子宮収縮", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮.)
table(df2021$X.母体産科既往歴.切迫早産.子宮収縮.)
### 4.切迫早産
df2020$X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. <-
ifelse(grepl("頸管長短縮", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("頸管長短縮", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮. <-
ifelse(grepl("頸管長短縮", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("頸管長短縮", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮.)
table(df2021$X.母体産科既往歴.切迫早産.頸管長短縮.)
###5. LEEP
df2020$X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. <-
ifelse(grepl("LEEP|レーザー", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("LEEP|レーザー", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.頸管手術.leep. <-
ifelse(grepl("LEEP|レーザー", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("LEEP|レーザー", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.頸管手術.leep.)
table(df2021$X.母体産科既往歴.頸管手術.leep.)
###6. 円錐切除(conization)
df2020$X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. <-
ifelse(grepl("円錐|conization|頸部切除", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("円錐|conization|頸部切除", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.頸管手術.conization. <-
ifelse(grepl("円錐|conization|頸部切除", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("円錐|conization|頸部切除", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.頸管手術.conization.)
table(df2021$X.母体産科既往歴.頸管手術.conization.)
### のちほど、「頸部切除術後」としてまとめる
### 7.妊娠高血圧
### やはり同様に、詳細な病型分類は不可能。妊娠高血圧かわかれば良い
df2016$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 <- ifelse(!is.na(df2016$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧) |
!is.na(df2016$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧腎症), 1, 0)
df2017$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 <- ifelse(!is.na(df2017$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧) |
!is.na(df2017$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧腎症), 1, 0)
df2018$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 <- ifelse(!is.na(df2018$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧) |
!is.na(df2018$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧腎症), 1, 0)
df2019$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 <- ifelse(!is.na(df2019$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧) |
!is.na(df2019$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧腎症), 1, 0)
unique(df2020$X.既往症.HDP.詳細.)
unique(df2020$X.既往症.HDP.内容.)
### 詳細に、記載があれば1、そうでなければ0とする。
df2020$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 <- ifelse(!is.na(df2020$X.既往症.HDP.詳細.) & df2020$X.既往症.HDP.詳細. != "", 1, 0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症)
df2021$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症 <- ifelse(!is.na(df2021$X.既往症.HDP.詳細.) & df2021$X.既往症.HDP.詳細. != "", 1, 0)
table(df2021$X.母体産科既往歴.妊娠高血圧症)
### 8.常位胎盤早期剥離
df2020$X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 <-
ifelse(grepl("早期剥離|早剥", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("早期剥離|早剥", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離 <-
ifelse(grepl("早期剥離|早剥", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("早期剥離|早剥", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離)
table(df2021$X.母体産科既往歴.常位胎盤早期剥離)
### 9.前置胎盤
df2020$X.母体産科既往歴.前置胎盤 <-
ifelse(grepl("前置胎盤", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("前置胎盤", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.前置胎盤 <-
ifelse(grepl("前置胎盤", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("前置胎盤", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.前置胎盤)
table(df2021$X.母体産科既往歴.前置胎盤)
### 10.pPROM
df2020$X.母体産科既往歴.pPROM <-
ifelse(grepl("pPROM|早産期前期破水", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("pPROM|早産期前期破水", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.pPROM <-
ifelse(grepl("pPROM|早産期前期破水", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("pPROM|早産期前期破水", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.pPROM)
table(df2021$X.母体産科既往歴.pPROM)
### 11.生殖器感染症
df2020$X.母体産科既往歴.生殖器感染症 <-
ifelse(grepl("生殖器感染症", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("生殖器感染症", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.生殖器感染症 <-
ifelse(grepl("生殖器感染症", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("生殖器感染症", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.生殖器感染症)
table(df2021$X.母体産科既往歴.生殖器感染症)
### 12.死産
df2020$X.母体産科既往歴.死産 <-
ifelse(grepl("死産|IUFD", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("死産|IUFD", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.死産 <-
ifelse(grepl("死産|IUFD", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("死産|IUFD", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.死産)
table(df2021$X.母体産科既往歴.死産)
### 13.FGR
df2020$X.母体産科既往歴.FGR <-
ifelse(grepl("FGR|発育不全", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("FGR|発育不全", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.FGR <-
ifelse(grepl("FGR|発育不全", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("FGR|発育不全", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.FGR)
table(df2021$X.母体産科既往歴.FGR)
### 14.糖尿病.GDM
df2020$X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM <-
ifelse(grepl("DM|糖尿病", df2020$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("DM|糖尿病", df2020$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
df2021$X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM <-
ifelse(grepl("DM|糖尿病", df2021$X.既往症.既往症.詳細.) |
grepl("DM|糖尿病", df2021$X.既往症.既往症.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM)
table(df2021$X.母体産科既往歴.糖尿病.GDM)
# 0-5-6 母体基礎疾患を分解
table(df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.)
table(df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)
### X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.でおおまかに分類している
# 1.中神経系
df2020$X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. <-
ifelse(grepl("中枢神経|脳血管", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("中枢神経|脳血管", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患. <-
ifelse(grepl("中枢神経|脳血管", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("中枢神経|脳血管", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.中枢神経系.含む脳血管疾患.)
# 2.呼吸器
df2020$X.母体基礎疾患.呼吸器 <-
ifelse(grepl("呼吸器", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("呼吸器", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.呼吸器 <-
ifelse(grepl("呼吸", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("呼吸", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.呼吸器)
table(df2021$X.母体基礎疾患.呼吸器)
#3. 消化器
df2020$X.母体基礎疾患.消化器 <-
ifelse(grepl("消化器", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("消化器", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.消化器 <-
ifelse(grepl("消化器", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("消化器", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.消化器)
table(df2021$X.母体基礎疾患.消化器)
#4. 消化器.虫垂炎
table(df2020$X.基礎疾患.消化器.詳細.)
## 上記変数内に虫垂炎が含まれる
df2020$X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. <-
ifelse(grepl("虫垂炎", df2020$X.基礎疾患.消化器.詳細.) |
grepl("虫垂炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. <-
ifelse(grepl("虫垂炎", df2021$X.基礎疾患.消化器.詳細.) |
grepl("虫垂炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. )
table(df2021$X.母体基礎疾患.消化器.虫垂炎. )
#5. 消化器.胃腸炎
df2020$X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. <-
ifelse(grepl("胃腸炎", df2020$X.基礎疾患.消化器.詳細.) |
grepl("胃腸炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. <-
ifelse(grepl("胃腸炎", df2021$X.基礎疾患.消化器.詳細.) |
grepl("胃腸炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. )
table(df2021$X.母体基礎疾患.消化器.胃腸炎. )
#6. 肝炎
df2020$X.母体基礎疾患.肝.肝炎. <-
ifelse(grepl("肝炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("肝炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.肝.肝炎. <-
ifelse(grepl("肝炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("肝炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.肝.肝炎.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.肝.肝炎.)
#7. 腎.泌尿器
table(df2020$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.)
## 腎泌尿器詳細に情報は含まれる。
df2020$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 <-
ifelse(grepl("尿路|腎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("尿路|腎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("尿路|腎", df2020$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器 <-
ifelse(grepl("尿路|腎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("尿路|腎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("尿路|腎", df2021$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器)
table(df2021$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器)
#8. 腎炎
df2020$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. <-
ifelse(grepl("慢性腎炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("慢性腎炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("慢性腎炎", df2020$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎. <-
ifelse(grepl("慢性腎炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("慢性腎炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("慢性腎炎", df2021$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎炎.)
#9. 腎盂腎炎
df2020$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. <-
ifelse(grepl("腎炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("腎炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("腎炎", df2020$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎. <-
ifelse(grepl("腎炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("腎炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("腎炎", df2021$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.腎.泌尿器.腎盂腎炎.)
#10. 膀胱炎
df2020$X.母体基礎疾患.腎.膀胱炎 <-
ifelse(grepl("膀胱炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("膀胱炎", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("膀胱炎", df2020$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.腎.膀胱炎 <-
ifelse(grepl("膀胱炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("膀胱炎", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.) |
grepl("膀胱炎", df2021$X.基礎疾患.腎.泌尿器.詳細.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.腎.膀胱炎)
table(df2021$X.母体基礎疾患.腎.膀胱炎)
#11. 血液
df2020$X.母体基礎疾患.血液<-
ifelse(grepl("血液", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("血液", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.血液<-
ifelse(grepl("血液", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("血液", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.血液)
table(df2021$X.母体基礎疾患.血液)
#12. 心
df2020$X.母体基礎疾患.心<-
ifelse(grepl("心血管", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("心血管", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.心<-
ifelse(grepl("心血管", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("心血管", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.心)
table(df2021$X.母体基礎疾患.心)
#13. 甲状腺
df2020$X.基礎疾患.甲状腺 <- ifelse(is.na(df2020$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.), 0, 1)
df2021$X.基礎疾患.甲状腺 <- ifelse(is.na(df2021$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.), 0, 1)
table(df2020$X.基礎疾患.甲状腺)
table(df2021$X.基礎疾患.甲状腺)
#14. 甲状腺機能亢進症
df2020$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. <-
ifelse(grepl("亢進症", df2020$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.)|
grepl("甲状腺機能亢進症", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("甲状腺機能亢進症", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.), 1, 0)
df2021$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症. <-
ifelse(grepl("亢進症", df2021$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.)|
grepl("甲状腺機能亢進症", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("甲状腺機能亢進症", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.), 1, 0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能亢進症.)
#15.甲状腺機能低下症
df2020$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. <-
ifelse(grepl("機能低下症", df2020$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.)|
grepl("甲状腺機能低下症", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("甲状腺機能低下症", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.), 1, 0)
df2021$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症. <-
ifelse(grepl("機能低下症", df2021$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.)|
grepl("甲状腺機能低下症", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("甲状腺機能低下症", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.), 1, 0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.甲状腺.機能低下症.)
#16.橋本病
df2020$X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. <-
ifelse(grepl("機能低下症", df2020$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.)|
grepl("橋本病", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("橋本病", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.), 1, 0)
df2021$X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病. <-
ifelse(grepl("機能低下症", df2021$X.基礎疾患.甲状腺.詳細.)|
grepl("橋本病", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("橋本病", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.), 1, 0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.甲状腺.橋本病.)
## 橋本病との区別がつかないため、のちほど機能低下症という項目に合体させる
#17.骨疾患
df2020$X.母体基礎疾患.骨<-
ifelse(grepl("骨", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("骨", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.骨<-
ifelse(grepl("骨", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("骨", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.骨)
table(df2021$X.母体基礎疾患.骨)
#18.筋肉
df2020$X.母体基礎疾患.筋肉<-
ifelse(grepl("筋肉", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("筋肉", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.筋肉<-
ifelse(grepl("筋肉", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("筋肉", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.筋肉)
table(df2021$X.母体基礎疾患.筋肉)
#19.子宮奇形
table(df2020$X.基礎疾患.子宮.その他.)
### 子宮奇形の詳細は、個別に記載されている。子宮奇形は個別に全ての単語を拾う。
df2020$X.母体基礎疾患.子宮奇形<-
ifelse(grepl("子宮奇形", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("子宮奇形", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("子宮奇形", df2020$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.子宮奇形<-
ifelse(grepl("子宮奇形", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("子宮奇形", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("子宮奇形", df2021$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.子宮奇形)
table(df2021$X.母体基礎疾患.子宮奇形)
#20.子宮筋腫
df2020$X.母体基礎疾患.子宮筋腫<-
ifelse(grepl("筋腫", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("筋腫", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("筋腫", df2020$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.子宮筋腫<-
ifelse(grepl("筋腫", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("筋腫", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("筋腫", df2021$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.子宮筋腫)
table(df2021$X.母体基礎疾患.子宮筋腫)
#21.子宮その他(子宮腺筋症)
df2020$X.母体基礎疾患.子宮.その他.<-
ifelse(grepl("腺筋症", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("腺筋症", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("腺筋症", df2020$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.子宮.その他.<-
ifelse(grepl("腺筋症", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("腺筋症", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("腺筋症", df2021$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.子宮.その他.)
table(df2021$X.母体基礎疾患.子宮.その他.)
### 定義があいまいなため、後ほど削除とする。
#22.付属器
df2020$X.母体基礎疾患.付属器<-
ifelse(grepl("付属器", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("付属器", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("付属器", df2020$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.付属器<-
ifelse(grepl("付属器", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("付属器", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.)|
grepl("付属器", df2021$X.基礎疾患.子宮.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.付属器)
table(df2021$X.母体基礎疾患.付属器)
## これものちほど削除
#23.外傷、中毒
df2020$X.母体基礎疾患.外傷.中毒<-
ifelse(grepl("中毒|外傷", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("中毒|外傷", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.外傷.中毒<-
ifelse(grepl("中毒|外傷", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("中毒|外傷", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.外傷.中毒)
table(df2021$X.母体基礎疾患.外傷.中毒)
#24. 精神疾患
df2020$X.母体基礎疾患.精神疾患<-
ifelse(grepl("精神疾患", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("精神疾患", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.精神疾患<-
ifelse(grepl("精神疾患", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("精神疾患", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.精神疾患)
table(df2021$X.母体基礎疾患.精神疾患)
#25. 自己免疫疾患
df2020$X.母体基礎疾患.自己免疫疾患<-
ifelse(grepl("自己免疫疾患", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("自己免疫疾患", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.自己免疫疾患<-
ifelse(grepl("自己免疫疾患", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("自己免疫疾患", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.自己免疫疾患)
table(df2021$X.母体基礎疾患.自己免疫疾患)
#26. 本態性高血圧
df2020$X.母体基礎疾患.本態性高血圧<-
ifelse(grepl("本態性高血圧", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("本態性高血圧", df2020$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
df2021$X.母体基礎疾患.本態性高血圧<-
ifelse(grepl("本態性高血圧", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.詳細.) |
grepl("本態性高血圧", df2021$X.基礎疾患.基礎疾患.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体基礎疾患.本態性高血圧)
table(df2021$X.母体基礎疾患.本態性高血圧)
# 0-5-7 母体感染症
table(df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.)
table(df2020$X.感染症.母体感染症.その他.)
### 感染症その他、はあまりにフリーな記載であり、感染症罹患の有無は全て"詳細"でわかる
#1. クラミジア
df2020$X.母体感染症.クラミジアPCR<-
ifelse(grepl("クラミジア", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.クラミジアPCR<-
ifelse(grepl("クラミジア", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.クラミジアPCR)
table(df2021$X.母体感染症.クラミジアPCR)
#2. 梅毒
df2020$X.母体感染症.梅毒<-
ifelse(grepl("梅毒", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.梅毒<-
ifelse(grepl("梅毒", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.梅毒)
table(df2021$X.母体感染症.梅毒)
#3. HBV
df2020$X.母体感染症.HBｓ抗原<-
ifelse(grepl("HBｓ", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.HBｓ抗原<-
ifelse(grepl("HBｓ", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.HBｓ抗原)
table(df2021$X.母体感染症.HBｓ抗原)
#4. HCV抗体
df2020$X.母体感染症.HCV抗体<-
ifelse(grepl("HCV", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.HCV抗体<-
ifelse(grepl("HCV", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.HCV抗体)
table(df2021$X.母体感染症.HCV抗体)
#5. 風疹
### 「風疹IgMを検査したかどうか」は詳細内に記載しているが、結局その結果はわからない。
### 現実的に妊娠中の風疹感染がそもそも極めて少ないものであり、基本は変数には含めない
df2020$X.母体感染症.風疹IgM<-
ifelse(grepl("風疹", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.風疹IgM<-
ifelse(grepl("風疹", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.風疹IgM)
table(df2021$X.母体感染症.風疹IgM)
#6. トキソプラスマ
df2020$X.母体感染症.トキソプラスマIgM<-
ifelse(grepl("トキソ", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.トキソプラスマIgM<-
ifelse(grepl("トキソ", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.トキソプラスマIgM)
table(df2021$X.母体感染症.トキソプラスマIgM)
#7. サイトメガロ
df2020$X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.<-
ifelse(grepl("サイト", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.<-
ifelse(grepl("サイト", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.)
table(df2021$X.母体感染症.サイトメガロ.妊娠中感染.)
#8. HTLV-1
df2020$X.母体感染症.HTLV.1.WB.<-
ifelse(grepl("HTLV|成人", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.HTLV.1.WB.<-
ifelse(grepl("HTLV|成人", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.HTLV.1.WB.)
table(df2021$X.母体感染症.HTLV.1.WB.)
#9. HIV
df2020$X.母体感染症.HIV<-
ifelse(grepl("HIV", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.HIV<-
ifelse(grepl("HIV", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.HIV)
table(df2021$X.母体感染症.HIV)
#10. パルボB19
df2020$X.母体感染症.パルボB19<-
ifelse(grepl("パルボ", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.パルボB19<-
ifelse(grepl("パルボ", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.パルボB19)
table(df2021$X.母体感染症.パルボB19)
#11. 細菌性膣症
df2020$X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.<-
ifelse(grepl("腟症|膣症", df2020$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
df2021$X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.<-
ifelse(grepl("腟症|膣症", df2021$X.感染症.母体感染症.詳細.) ,1,0)
table(df2020$X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.)
table(df2021$X.母体感染症.細菌性膣症.Nugent.7点.)
#12. インフルエンザ
df2020$X.母体感染症.インフルエンザ<-
ifelse(is.na(df2020$X.感染症.インフルエンザ.詳細.), 0, 1)
df2021$X.母体感染症.インフルエンザ<-
ifelse(is.na(df2021$X.感染症.インフルエンザ.詳細.), 0, 1)
table(df2020$X.母体感染症.インフルエンザ)
table(df2021$X.母体感染症.インフルエンザ)
# 0-5-8 母体使用薬剤
table(df2020$X.使用薬剤.使用薬剤.詳細.)
table(df2020$X.使用薬剤.母体使用薬剤.その他.)
### "X.使用薬剤.使用薬剤.詳細."で薬剤を分類、"~~その他"で商品名やdoseなどを記載している
#1. 肺成熟ステロイド
df2020$X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド<-
ifelse(grepl("肺成熟目的ステロイド", df2020$X.使用薬剤.使用薬剤.詳細.) |
grepl("肺成熟目的ステロイド", df2020$X.使用薬剤.母体使用薬剤.その他.),1,0)
df2021$X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド<-
ifelse(grepl("肺成熟目的ステロイド", df2021$X.使用薬剤.使用薬剤.詳細.) |
grepl("肺成熟目的ステロイド", df2021$X.使用薬剤.母体使用薬剤.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド)
table(df2021$X.母体使用薬剤.肺成熟目的ステロイド)
#2. 甲状腺機能改善薬
df2020$X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬<-
ifelse(grepl("甲状腺", df2020$X.使用薬剤.使用薬剤.詳細.) |
grepl("甲状腺", df2020$X.使用薬剤.母体使用薬剤.その他.),1,0)
df2021$X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬<-
ifelse(grepl("甲状腺", df2021$X.使用薬剤.使用薬剤.詳細.) |
grepl("甲状腺", df2021$X.使用薬剤.母体使用薬剤.その他.),1,0)
table(df2020$X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬)
table(df2021$X.母体使用薬剤.甲状腺機能改善薬)