##chargement des packages----
library(questionr)
library(tidyverse)
## ── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
## ✔ dplyr     1.1.1     ✔ readr     2.1.4
## ✔ forcats   1.0.0     ✔ stringr   1.5.0
## ✔ ggplot2   3.4.2     ✔ tibble    3.2.1
## ✔ lubridate 1.9.2     ✔ tidyr     1.3.0
## ✔ purrr     1.0.1     
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
## ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors
library(tableone)
library(labelled)
library(gtsummary)
library(GGally)
## Registered S3 method overwritten by 'GGally':
##   method from   
##   +.gg   ggplot2
library(readxl)
library(effects)
## Le chargement a nécessité le package : carData
## lattice theme set by effectsTheme()
## See ?effectsTheme for details.
library(survival)
library(survminer)
## Le chargement a nécessité le package : ggpubr
## 
## Attachement du package : 'survminer'
## 
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:survival':
## 
##     myeloma
library(ggplot2)
##chargement des données 

mathilde_ <- read_excel("Y:/fp/FAC/2022-2023/Thèses/Mathilde Del rio/mathilde_.xlsx")




##tableau descriptif pharmacies----
tbl_summary(
  mathilde_, include = c("Environnement", "Nbre ph", "Qui réalise", "Formation spé", "Ph référent onco", "Qui réalise", "Formation spé"),
  digits=all_categorical()~ c(0,1)
)
Characteristic N = 111
Environnement
    rural 4 (36.4%)
    semi-urbain 3 (27.3%)
    urbain 4 (36.4%)
Nbre ph
    >5 2 (18.2%)
    2 1 (9.1%)
    3 5 (45.5%)
    4 3 (27.3%)
Qui réalise
    adjoint 4 (36.4%)
    titulaire 2 (18.2%)
    Titulaire/adjoint 4 (36.4%)
    titulaires 1 (9.1%)
Formation spé
    non 2 (18.2%)
    oui 9 (81.8%)
Ph référent onco
    non 3 (27.3%)
    oui 8 (72.7%)
1 n (%) 
##tableau descriptif préparation/organisation entretien 
tbl_summary(
  mathilde_, include = c("Lieu dédié à", "Tps prépa", "Prépa sur tps de travail","ameli", "inca", "oncolien sfpo","Onco-occitanie", "Historique pharmacie", "classeur papier patient", "DCC", "Type de patient plus favorables", "ciblage populat°/médicamts", "Difficultés rencontrées"),
  digits=all_categorical()~ c(0,1)
)
Characteristic N = 111
Lieu dédié à
    Aux EP uniquement 1 (9.1%)
    EP uniquement 2 (18.2%)
    plusieurs actes 8 (72.7%)
Tps prépa
    > 60 min 1 (9.1%)
    15-30 min 4 (36.4%)
    15 min/variable 1 (9.1%)
    30-45 min 3 (27.3%)
    30 min 1 (9.1%)
    45-60 min 1 (9.1%)
Prépa sur tps de travail
    non 1 (9.1%)
    oui 9 (81.8%)
    Oui + en dehors 1 (9.1%)
ameli
    non 7 (63.6%)
    oui 4 (36.4%)
inca
    non 9 (81.8%)
    oui 2 (18.2%)
oncolien sfpo
    oui 11 (100.0%)
Onco-occitanie
    non 2 (18.2%)
    oui 9 (81.8%)
Historique pharmacie
    non 1 (9.1%)
    oui 10 (90.9%)
classeur papier patient
    non 3 (27.3%)
    oui 8 (72.7%)
DCC
    non 5 (45.5%)
    oui 5 (45.5%)
    rarement 1 (9.1%)
Type de patient plus favorables
    non 10 (90.9%)
    oui 60-70 ans 1 (9.1%)
ciblage populat°/médicamts
    Hormonothérapie 1 (9.1%)
    non 10 (90.9%)
Difficultés rencontrées
    0 1 (9.1%)
    autre : manque d’outil centralisé fiable englobant tout 1 (9.1%)
    facturation 1 (9.1%)
    facturation (+ se sentir à l‘aise/légitime) 1 (9.1%)
    facturation (+ trame ameli pas adaptée) 1 (9.1%)
    manque de temps 3 (27.3%)
    manque de temps (+ manque communication aux patients) 1 (9.1%)
    manque de temps + patients 1 (9.1%)
    pb organisation équipe + manque de temps 1 (9.1%)
1 n (%) 
##tableau descriptif réalisation
tbl_summary(
  mathilde_, include = c("Support", "Durée d’1 EP", "Durée optimale","Infos EP partagées avec l’équipe", "Recrutement", "Prise de rdv"),
  digits=all_categorical()~ c(0,1)
)
Characteristic N = 111
Support
    non 2 (18.2%)
    oui (ameli + fiche EI onco-occitanie) 1 (9.1%)
    oui (ameli) 5 (45.5%)
    oui (bimedoc) 1 (9.1%)
    oui (bimedoc/ameli) 1 (9.1%)
    oui (perso) 1 (9.1%)
Durée d’1 EP
    15-45 min 1 (9.1%)
    30-45 min 6 (54.5%)
    30-60 min 1 (9.1%)
    45-60 min 2 (18.2%)
    variable 1 (9.1%)
Durée optimale
    < 30 min 1 (9.1%)
    15-20 min 1 (9.1%)
    20-30 min 1 (9.1%)
    30-45 min 1 (9.1%)
    30 min 4 (36.4%)
    40 min 1 (9.1%)
    45 min 1 (9.1%)
    variable 1 (9.1%)
Infos EP partagées avec l’équipe
    non 4 (36.4%)
    oui (classeur + fiche informatique) 1 (9.1%)
    oui (classeur + message fiche patient lgo) 1 (9.1%)
    oui (classeur ou oral) 1 (9.1%)
    oui (classeur) 1 (9.1%)
    oui (fiche logiciel) 1 (9.1%)
    oui (oral + message fiche patient lgo) 1 (9.1%)
    oui (oral) 1 (9.1%)
Recrutement
    au comptoir 11 (100.0%)
Prise de rdv
    en pharmacie 10 (90.9%)
    en pharmacie + tel 1 (9.1%)
1 n (%)