Guía 2 - Introducción a las Herramientas Bioinformáticas y su Integración con R

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1. Introducción

Esta actividad está concebida para familiarizar al estudiantado con herramientas clásicas de bioinformática, permitiéndoles comprender los desafíos específicos que estas abordan. Además, se explorará cómo estas herramientas pueden ser integradas y aprovechadas en el entorno de R, específicamente a través de Bioconductor, que fue abordado en la actividad previa. En cuanto a los resultados de aprendizaje, se espera que el estudiantado logre:

  1. Identificar problemas comunes en bioinformática y las herramientas que abordan estos problemas.
  2. Utilizar herramientas clásicas de bioinformática con exactitud y precisión.
  3. Comprender cómo R y Bioconductor pueden ser utilizados en conjunto con estas herramientas clásicas.

2. Actividad guiada

Realice las siguientes actividades para cada una de las herramientas indicadas.

BLAST

  • Problema que aborda. Investigue y defina el problema principal que BLAST resuelve. Busque tres artículos científicos en los que se haya utilizado esta herramienta y señale el propósito de su uso en cada estudio.
  • Integración con R/Bioconductor. Investigue y documente cómo se puede utilizar la biblioteca Biostrings de Bioconductor en relación con BLAST dentro del entorno R.

Cluster OMEGA

  • Problema que aborda. Investigue y defina el problema principal que Clustal Omega resuelve. Busque tres artículos científicos en los que se haya utilizado esta herramienta y señale el propósito de su uso en cada estudio.
  • Integración con R/Bioconductor. Investigue y documente cómo se puede utilizar la biblioteca msa de Bioconductor en relación con Clustal Omega dentro del entorno R.

UCSC Genome Browser

  • Problema que aborda. Investigue y defina el problema principal que el UCSC Genome Browser resuelve. Busque tres artículos científicos en los que se haya utilizado el esta herramienta y señale el propósito de su uso en cada estudio.
  • Integración con R/Bioconductor. Investigue y documente cómo las bibliotecas como rtracklayer y GenomicFeatures de Bioconductor pueden vincularse con las funciones y datos del UCSC Genome Browser dentro del entorno R.

PhyML

  • Problema que aborda. Investigue y defina el problema principal que PhyML resuelve. Busque tres artículos científicos en los que se haya utilizado PhyML y señale el propósito de su uso en cada estudio.
  • Integración con R/Bioconductor. Investigue y documente cómo la biblioteca ape en R puede ser utilizado en relación con PhyML para la manipulación y visualización de árboles filogenéticos.

BEDTools

  • Problema que aborda. Investigue y defina el problema principal que BEDTools resuelve. Busque tres artículos científicos en los que se haya utilizado BEDTools y señale el propósito de su uso en cada estudio.
  • Integración con R/Bioconductor. Investigue y documente cómo las bibliotecas como GenomicRanges y otros relacionados en Bioconductor pueden ser utilizados en relación con BEDTools para manipular y analizar datos genómicos dentro del entorno R.

Desafío
Redacta un reporte en RMarkdown que proporcione un resumen conciso de cada herramienta estudiada. Asegúrate de no exceder las 300 palabras por herramienta, con un límite total de 1500 palabras para todo el reporte.