Graunt의 생명표
graunt <- data.frame(x = c(0, 6, 16, 26, 36, 46, 56, 66, 76), lx.17th = c(100, 64, 40, 25, 16, 10, 6, 3, 1))
us.93 <- data.frame(x = graunt$x, lx.93 = c(100, 99, 99, 98, 97, 95, 92, 84, 70))
graunt.us <- data.frame(graunt, lx.93 = us.93$lx)
graunt.us
## x lx.17th lx.93
## 1 0 100 100
## 2 6 64 99
## 3 16 40 99
## 4 26 25 98
## 5 36 16 97
## 6 46 10 95
## 7 56 6 92
## 8 66 3 84
## 9 76 1 70
- Graunt 생명표로부터 개략의 생존함수 도시
plot(graunt$x,graunt$lx.17th, ann=F, xaxt="n", yaxt="n", type="b")
axis(side=1, at=graunt$x, labels=graunt$x)
axis(side=2, at=graunt$lx.17th, labels=graunt$lx.17th)
abline(v=c(0, 76), lty=2)
plot(graunt$x, graunt$lx.17th, ann=F, xaxt="n", yaxt="n", type="b")
axis(side=1, at=graunt$x, labels=graunt$x)
axis(side=2, at=graunt$lx.17th, labels=graunt$lx.17th)
abline(v=c(0, 76), lty=2)
graunt.x<-c(graunt$x, rev(graunt$x))
graunt.y<-c(rep(0, length(graunt$x)), rev(graunt$lx.17th))
polygon(graunt.x, graunt.y, density=15)
plot(graunt$x, graunt$lx.17th, ann=F, xaxt="n", yaxt="n", type="b")
axis(side=1, at=graunt$x, labels=graunt$x)
axis(side=2, at=graunt$lx.17th, labels=graunt$lx.17th)
abline(v=c(0, 76), lty=2)
graunt.x<-c(graunt$x, rev(graunt$x))
graunt.y<-c(rep(0, length(graunt$x)), rev(graunt$lx.17th))
polygon(graunt.x, graunt.y, density=15)
abline(v=graunt$x,lty=2)
plot(graunt$x, graunt$lx.17th, ann=F, xaxt="n", yaxt="n", type="b")
axis(side=1, at=graunt$x, labels=graunt$x)
axis(side=2, at=graunt$lx.17th, labels=graunt$lx.17th)
abline(v=c(0, 76), lty=2)
graunt.x<-c(graunt$x, rev(graunt$x))
graunt.y<-c(rep(0, length(graunt$x)), rev(graunt$lx.17th))
polygon(graunt.x, graunt.y,density=15)
abline(v=graunt$x, lty=2)
title(main="John Graunt의 생존 곡선", xlab="연령(세)", ylab="생존률(%)")
1993년 미국의 생명표와 비교
- 1993년 미국의 생존함수와 비교하기 위하여
lines()에 type="b"로 설정. \(y\) 축의 70% 가 어떤 의미인지 음미할 것.
plot(graunt$x, graunt$lx.17th, ann=F, xaxt="n", yaxt="n", type="b")
axis(side=1, at=graunt$x, labels=graunt$x)
axis(side=2, at=graunt$lx.17th, labels=graunt$lx.17th)
abline(v=c(0, 76), lty=2)
lines(us.93$x, us.93$lx.93, type="b")
axis(side=2, at=70, labels=70)
abline(h=70, lty=2)
text(x=66, y=95, labels="미국 1993년")
- Graunt의 생존곡선과 1993년 미국 생존곡선 사이의 빗금친 부분은 무엇을 상징하는가?
plot(graunt$x, graunt$lx.17th, ann=F, xaxt="n", yaxt="n", type="b")
axis(side=1, at=graunt$x, labels=graunt$x)
axis(side=2, at=graunt$lx, labels=graunt$lx.17th)
abline(v=c(0, 76), lty=2)
lines(us.93$x, us.93$lx.93, type="b")
axis(side=2, at=70, labels=70, las=1)
abline(h=70, lty=2)
graunt.x<-c(graunt$x, rev(graunt$x))
graunt.y<-c(rep(0, length(graunt$x)), rev(graunt$lx.17th))
us.y <- c(graunt$lx, rev(us.93$lx.93))
polygon(graunt.x, us.y, density=15, col="red", border=NA)
abline(v=graunt$x,lty=2)
title(main="Graunt와 1993년 미국의 생존 곡선", xlab="연령(세)", ylab="생존률(%)")
ggplot 으로 그려본다면
graunt 와 us.93 하나의 데이터 프레임으로 통합
graunt.us <- data.frame(graunt, lx.93 = us.93$lx.93)
graunt.us
## x lx.17th lx.93
## 1 0 100 100
## 2 6 64 99
## 3 16 40 99
## 4 26 25 98
## 5 36 16 97
## 6 46 10 95
## 7 56 6 92
## 8 66 3 84
## 9 76 1 70
str(graunt.us)
## 'data.frame': 9 obs. of 3 variables:
## $ x : num 0 6 16 26 36 46 56 66 76
## $ lx.17th: num 100 64 40 25 16 10 6 3 1
## $ lx.93 : num 100 99 99 98 97 95 92 84 70
- wide format을 long format으로 바꾸기 위해서 ‘reshape2’ 패키지 등록
library(reshape2)
melt() 함수의 사용법에 대하여 도움말 요청
?melt
graunt.melt<-melt(graunt.us, id.vars = "x", measure.vars = c("lx.17th", "lx.93"), value.name="lx")
graunt.melt
## x variable lx
## 1 0 lx.17th 100
## 2 6 lx.17th 64
## 3 16 lx.17th 40
## 4 26 lx.17th 25
## 5 36 lx.17th 16
## 6 46 lx.17th 10
## 7 56 lx.17th 6
## 8 66 lx.17th 3
## 9 76 lx.17th 1
## 10 0 lx.93 100
## 11 6 lx.93 99
## 12 16 lx.93 99
## 13 26 lx.93 98
## 14 36 lx.93 97
## 15 46 lx.93 95
## 16 56 lx.93 92
## 17 66 lx.93 84
## 18 76 lx.93 70
str(graunt.melt)
## 'data.frame': 18 obs. of 3 variables:
## $ x : num 0 6 16 26 36 46 56 66 76 0 ...
## $ variable: Factor w/ 2 levels "lx.17th","lx.93": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 ...
## $ lx : num 100 64 40 25 16 10 6 3 1 100 ...
- 17세기 생명표와 1993년 생명표를
times factor로 구분
graunt.melt$times <- factor(graunt.melt$variable, labels = c("17th", "1993"))
str(graunt.melt)
## 'data.frame': 18 obs. of 4 variables:
## $ x : num 0 6 16 26 36 46 56 66 76 0 ...
## $ variable: Factor w/ 2 levels "lx.17th","lx.93": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 ...
## $ lx : num 100 64 40 25 16 10 6 3 1 100 ...
## $ times : Factor w/ 2 levels "17th","1993": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 ...
library(ggplot2)
- ggplot의 구조를 이해하기 쉽도록 가능한 단계별로 작업하고 저장.
g1 <- ggplot(graunt.melt, aes(x = x, y = lx, colour = times)) + geom_point()
g1
g2 <- g1 + geom_line()
g2
g3 <- g2 + theme_bw()
g3
- polygon 으로 두 생명곡선의 차이를 드러내기 위해서는 polygon의 좌표를 나타내는 별도의 데이터 프레임이 필요함.
graunt.poly <- data.frame(x=graunt.melt[c(1:9, 18:10), 1], y=graunt.melt[c(1:9, 18:10), 3])
graunt.poly
## x y
## 1 0 100
## 2 6 64
## 3 16 40
## 4 26 25
## 5 36 16
## 6 46 10
## 7 56 6
## 8 66 3
## 9 76 1
## 10 76 70
## 11 66 84
## 12 56 92
## 13 46 95
## 14 36 97
## 15 26 98
## 16 16 99
## 17 6 99
## 18 0 100
- 점들을 선으로 이어주기 위하여
geom_line()를 사용하면 원하지 않는 결과를 얻게 됨. geom_path()를 사용하여야 함.
p1 <- ggplot(graunt.poly, aes(x=x, y=y)) + geom_point()
p1
p2 <- p1 + geom_path()
p2
p3 <- p2 + geom_polygon(alpha=0.3, fill="red")
p3
p4 <- p3 + theme_bw()
p4
- 타이틀과 자막에 한글을 넣는 방법은 다음 시간에^^