Sofar as of 7.12.23
Grace Guinan
2023-07-12
CODE for SOFAR
ALL code
X <- read_csv("HRMS and FDOM data BATS ALOHA.xlsx - HRMS data.csv")
Y <- read_csv("HRMS and FDOM data BATS ALOHA.xlsx - FDOM data.csv")
# make id number column in HRMS data
X2 <- X
v <- as.character(X2[1,])
names(X2) <- v
X2 <- X2[-1,]
colnames(X2)[1] <- "Sample"
colnames(X2)[2] <- "Location"
colnames(X2)[3] <- "Depth"
idlist <- list()
for (i in 1:145){
q<-str_sub(X2$Sample[i], -1, -1)
idlist[[length(idlist)+1]] <-q
}
X2$Profile <-idlist
X2 <-X2[,c(6153, 1:6152)]
colnames(Y)[3] <- "Depth"
# merge data together
x3 <- merge(X2,Y[,c("Profile","Depth","Location")],by=c("Profile","Depth","Location"))
y3 <- merge(Y,x3[,c("Profile","Depth","Location")],by=c("Profile","Depth","Location"))
# edit and log transform
x31 <- x3[,-c(1:4)]
y31 <- y3[,-c(1:3)]
x311 <- log(x31, base= 10)+1
x311[x31 == 0] <-0
#run SOFAR
y31 = as.matrix(y31)
x311 = as.matrix(x311)
fit <- sofar(y31, x311, nrank = 3,control=list(lam.min.factor=1e-10,lam.max.factor=5),ic.type="BIC")
save(fit,file="sofarFit2ALL_log.rData")BATS code
X <- read_csv("HRMS and FDOM data BATS ALOHA.xlsx - HRMS data.csv")
Y <- read_csv("HRMS and FDOM data BATS ALOHA.xlsx - FDOM data.csv")
# make id number column in HRMS data
X2 <- X
v <- as.character(X2[1,])
names(X2) <- v
X2 <- X2[-1,]
colnames(X2)[1] <- "Sample"
colnames(X2)[2] <- "Location"
colnames(X2)[3] <- "Depth"
idlist <- list()
for (i in 1:145){
q<-str_sub(X2$Sample[i], -1, -1)
idlist[[length(idlist)+1]] <-q
}
X2$Profile <-idlist
X2 <-X2[,c(6153, 1:6152)]
colnames(Y)[3] <- "Depth"
# merge data together
x3 <- merge(X2,Y[,c("Profile","Depth","Location")],by=c("Profile","Depth","Location"))
y3 <- merge(Y,x3[,c("Profile","Depth","Location")],by=c("Profile","Depth","Location"))
#select only BATS location from both datasets
x3 <- filter(x3, Location == "BATS")
y3 <- filter(y3, Location == "BATS")
# edit and log transform
x31 <- x3[,-c(1:4)]
y31 <- y3[,-c(1:3)]
x311 <- log(x31, base= 10)+1
x311[x31 == 0] <-0
y31 = as.matrix(y31)
x311 = as.matrix(x311)
#SOFAR
fit <- sofar(y31, x311, nrank = 3,control=list(lam.min.factor=1e-10,lam.max.factor=5),ic.type="BIC")
fitBATS <-fit
save(fitBATS,file="sofarFit2BATS_log.rData")ALOHA code
X <- read_csv("HRMS and FDOM data BATS ALOHA.xlsx - HRMS data.csv")
Y <- read_csv("HRMS and FDOM data BATS ALOHA.xlsx - FDOM data.csv")
# make id number column in HRMS data
X2 <- X
v <- as.character(X2[1,])
names(X2) <- v
X2 <- X2[-1,]
colnames(X2)[1] <- "Sample"
colnames(X2)[2] <- "Location"
colnames(X2)[3] <- "Depth"
idlist <- list()
for (i in 1:145){
q<-str_sub(X2$Sample[i], -1, -1)
idlist[[length(idlist)+1]] <-q
}
X2$Profile <-idlist
X2 <-X2[,c(6153, 1:6152)]
colnames(Y)[3] <- "Depth"
# merge data together
x3 <- merge(X2,Y[,c("Profile","Depth","Location")],by=c("Profile","Depth","Location"))
y3 <- merge(Y,x3[,c("Profile","Depth","Location")],by=c("Profile","Depth","Location"))
#select only ALOHA location from both datasets
x3 <- filter(x3, Location == "ALOHA")
y3 <- filter(y3, Location == "ALOHA")
# edit and log transform
x31 <- x3[,-c(1:4)]
y31 <- y3[,-c(1:3)]
x311 <- log(x31, base= 10)+1
x311[x31 == 0] <-0
y31 = as.matrix(y31)
x311 = as.matrix(x311)
#SOFAR
fit <- sofar(y31, x311, nrank = 3,control=list(lam.min.factor=1e-10,lam.max.factor=5),ic.type="BIC")
fitALOHA <-fit
save(fitALOHA,file="sofarFit2ALOHA_log.rData")SOFAR on ALL dataset – log transformed
Fitted Values
load(file="sofarFit2ALL_log.rData")
fitted_sofar <- function(x){
with(x,X%*%U%*%diag(D)%*%t(V))
}
yhat <- fitted_sofar(fit)
## R-square
totalVar <- function(x){
sum(diag(crossprod(x)))
}
var <- 1-totalVar(fit$Y-yhat)/totalVar(fit$Y)
print(paste("All r-squared value =", var))## [1] "All r-squared value = 0.967601183084574"## plot fitted versus observed
# i is the row in Y dataset -- can be used to link back to depth and location
linkY <- y3[c(1:3)]
linkY$i <- as.numeric(row.names(linkY))
data_ <- data.frame(
y=c(fit$Y),
fit=c(yhat),
i=c(row(fit$Y)),
j=c(col(fit$Y))
)
data_1 <- full_join(linkY, data_, by = "i")
avgdat <- aggregate(cbind(y, fit)~j +Location +Depth, FUN= mean, data = data_1)
#graph with location and depth
ALLPLOT <-ggplot(data =avgdat,aes(y = y, x = Depth, group = Location))+geom_line(linetype=1, aes(color = Location))+
geom_line(aes(x=Depth,y=fit, color=Location),linetype=2)+
facet_wrap(~j,scales = "free")+coord_flip() + scale_x_reverse()+ylim(0,1.3)+scale_color_manual(values = c("red", "blue"))+theme(axis.title.x =element_blank() )
ALLPLOT 
## scatter plot w location and depth
ggplot(avgdat,aes(x=y,y=fit, color = Location))+geom_point()+
facet_wrap(~j,scales="free")+xlab("observed")+ylab("fitted")+scale_color_manual(values = c("red", "blue")) 
Latent Factors
Yl <- with(fit,Y%*%V)
Xl <- with(fit,X%*%U)
plot(Xl[,1],Yl[,1],xlab="latent predictor 1",
ylab="latent response 1")
which(fit$V[,1]!=0)## [1] 5which(fit$U[,1]!=0)## [1] 4 9 11 14 15 18 24 32 39 40 43 44 45 50
## [15] 51 52 53 62 67 69 70 73 75 79 80 81 87 89
## [29] 94 97 100 101 102 105 107 108 110 111 115 117 125 128
## [43] 129 131 132 133 135 136 137 140 141 146 151 153 155 156
## [57] 158 165 167 170 172 173 174 175 176 178 180 181 184 186
## [71] 192 193 195 196 197 198 199 201 204 205 209 210 211 213
## [85] 216 217 218 219 220 225 227 228 232 234 235 236 241 244
## [99] 246 249 251 254 255 256 257 261 263 264 265 266 268 269
## [113] 270 273 274 275 276 277 280 281 282 283 284 286 287 289
## [127] 291 292 293 295 296 299 300 301 302 303 304 305 306 308
## [141] 309 310 311 315 317 318 319 321 323 324 325 328 329 330
## [155] 331 332 334 335 336 337 338 339 340 342 343 344 347 348
## [169] 349 350 351 352 354 355 356 357 358 359 360 361 362 364
## [183] 365 366 367 370 371 372 373 374 376 378 379 380 382 383
## [197] 384 385 386 388 389 390 391 394 395 396 397 398 399 400
## [211] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414
## [225] 415 417 418 419 420 422 424 425 426 427 428 429 430 431
## [239] 432 433 434 435 436 437 438 440 441 442 443 444 445 446
## [253] 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460
## [267] 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 473 474 475
## [281] 476 477 478 479 480 481 483 484 485 487 488 489 490 491
## [295] 492 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 506 507
## [309] 508 509 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522
## [323] 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536
## [337] 537 538 539 540 541 542 544 545 546 547 548 549 550 551
## [351] 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565
## [365] 566 568 569 570 571 572 574 575 576 577 578 580 581 582
## [379] 583 584 585 587 588 589 590 591 592 593 595 596 597 598
## [393] 600 602 603 604 606 608 609 610 611 612 613 614 615 616
## [407] 618 619 620 621 622 623 625 628 629 630 632 633 635 638
## [421] 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653
## [435] 654 655 656 658 659 660 662 664 666 667 668 671 673 675
## [449] 677 681 682 683 685 686 687 688 690 693 695 696 697 698
## [463] 699 700 701 703 704 705 706 708 709 710 711 712 713 716
## [477] 717 718 719 723 724 726 728 730 732 733 734 735 736 737
## [491] 738 739 740 743 744 745 746 747 749 750 751 754 756 757
## [505] 760 761 762 764 765 767 768 770 771 774 791 801 807 809
## [519] 819 834 843 879 883 888 896 909 916 920 926 939 940 946
## [533] 956 957 958 959 961 967 968 973 979 981 985 993 997 998
## [547] 999 1001 1002 1003 1004 1005 1007 1008 1015 1019 1021 1022 1024 1025
## [561] 1026 1032 1034 1036 1039 1049 1050 1051 1054 1056 1058 1059 1061 1064
## [575] 1065 1068 1071 1073 1074 1075 1076 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084
## [589] 1086 1088 1089 1091 1092 1093 1094 1095 1097 1099 1102 1106 1110 1111
## [603] 1112 1113 1114 1115 1117 1118 1121 1123 1124 1125 1126 1128 1130 1132
## [617] 1133 1134 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1148 1149
## [631] 1150 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1159 1160 1161 1163 1164 1165 1166
## [645] 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180
## [659] 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1195
## [673] 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1203 1204 1206 1207 1208 1209 1210 1211
## [687] 1212 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227
## [701] 1228 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1243
## [715] 1244 1245 1246 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1257 1258 1259
## [729] 1260 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1270 1271 1272 1273 1276 1277
## [743] 1278 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290 1294 1295 1296
## [757] 1298 1299 1300 1301 1302 1303 1304 1305 1308 1309 1310 1311 1314 1315
## [771] 1316 1317 1318 1319 1320 1321 1322 1324 1325 1327 1328 1329 1330 1332
## [785] 1333 1334 1335 1336 1341 1343 1345 1346 1347 1348 1349 1350 1351 1353
## [799] 1354 1355 1356 1357 1361 1362 1364 1366 1367 1371 1372 1373 1374 1378
## [813] 1379 1380 1383 1384 1385 1388 1390 1397 1402 1404 1408 1410 1411 1417
## [827] 1419 1446 1448 1454 1455 1458 1466 1472 1474 1480 1482 1492 1493 1517
## [841] 1518 1522 1543 1548 1552 1554 1555 1559 1565 1566 1567 1568 1576 1584
## [855] 1585 1586 1587 1599 1625 1631 1633 1634 1637 1641 1649 1661 1662 1663
## [869] 1667 1669 1672 1674 1681 1683 1686 1688 1689 1692 1694 1695 1697 1704
## [883] 1705 1707 1709 1712 1715 1719 1721 1723 1724 1726 1727 1728 1729 1730
## [897] 1731 1732 1735 1739 1742 1743 1745 1746 1747 1748 1749 1751 1753 1756
## [911] 1759 1760 1761 1762 1764 1766 1767 1768 1769 1770 1771 1773 1774 1775
## [925] 1778 1779 1780 1781 1782 1783 1784 1785 1786 1787 1790 1791 1792 1793
## [939] 1795 1796 1797 1798 1799 1801 1803 1804 1805 1806 1809 1811 1812 1813
## [953] 1815 1816 1817 1818 1819 1822 1823 1824 1825 1826 1827 1830 1831 1832
## [967] 1833 1834 1835 1836 1837 1838 1839 1840 1841 1843 1844 1845 1846 1848
## [981] 1849 1850 1852 1853 1854 1855 1857 1858 1859 1860 1862 1863 1864 1865
## [995] 1867 1868 1870 1871 1873 1874 1875 1876 1877 1878 1879 1880 1881 1882
## [1009] 1883 1884 1885 1887 1888 1889 1890 1893 1894 1895 1896 1897 1898 1899
## [1023] 1900 1901 1902 1904 1905 1906 1907 1908 1909 1910 1911 1913 1914 1915
## [1037] 1916 1917 1918 1919 1921 1922 1924 1925 1926 1927 1928 1929 1930 1931
## [1051] 1932 1933 1934 1936 1937 1938 1939 1940 1941 1942 1944 1945 1946 1947
## [1065] 1948 1949 1950 1952 1953 1954 1955 1956 1957 1958 1959 1960 1961 1963
## [1079] 1964 1965 1966 1967 1968 1971 1972 1973 1974 1975 1977 1978 1979 1980
## [1093] 1981 1982 1983 1984 1985 1986 1989 1992 1993 1994 1995 1996 1998 1999
## [1107] 2001 2002 2004 2005 2006 2007 2008 2010 2011 2012 2013 2014 2018 2019
## [1121] 2020 2023 2024 2026 2028 2030 2031 2033 2034 2035 2036 2037 2039 2041
## [1135] 2042 2043 2044 2046 2047 2048 2049 2050 2052 2054 2056 2058 2060 2061
## [1149] 2063 2064 2065 2066 2068 2069 2071 2073 2075 2076 2077 2079 2081 2084
## [1163] 2087 2090 2091 2092 2097 2099 2103 2104 2105 2107 2109 2111 2114 2117
## [1177] 2119 2122 2124 2131 2133 2135 2140 2144 2146 2148 2150 2154 2158 2159
## [1191] 2161 2162 2163 2166 2174 2178 2186 2187 2188 2190 2194 2202 2205 2213
## [1205] 2218 2223 2240 2241 2258 2261 2264 2266 2271 2276 2284 2286 2289 2291
## [1219] 2296 2298 2303 2308 2315 2325 2336 2344 2347 2350 2351 2356 2361 2365
## [1233] 2368 2371 2373 2375 2381 2382 2383 2384 2386 2387 2398 2400 2404 2411
## [1247] 2413 2414 2431 2432 2434 2435 2438 2439 2440 2542 2543 2549 2550 2551
## [1261] 2552 2558 2559 2560 2561 2562 2563 2566 2567 2568 2569 2572 2573 2576
## [1275] 2577 2579 2581 2582 2586 2587 2588 2589 2594 2595 2596 2597 2598 2599
## [1289] 2600 2602 2603 2604 2605 2606 2607 2609 2610 2611 2612 2613 2615 2616
## [1303] 2618 2619 2620 2621 2622 2623 2624 2626 2628 2629 2630 2631 2634 2635
## [1317] 2636 2637 2638 2641 2642 2643 2644 2646 2647 2648 2650 2652 2654 2655
## [1331] 2656 2657 2660 2661 2662 2663 2664 2665 2666 2667 2668 2669 2671 2672
## [1345] 2673 2674 2675 2676 2677 2678 2679 2680 2682 2684 2687 2688 2690 2692
## [1359] 2694 2695 2696 2697 2698 2699 2700 2701 2702 2704 2705 2706 2708 2709
## [1373] 2710 2711 2713 2715 2716 2718 2720 2723 2724 2725 2726 2729 2730 2732
## [1387] 2733 2734 2736 2738 2739 2740 2741 2742 2743 2744 2745 2746 2747 2748
## [1401] 2749 2750 2753 2754 2755 2756 2757 2762 2763 2765 2766 2768 2770 2771
## [1415] 2772 2774 2775 2776 2777 2778 2780 2781 2782 2784 2785 2789 2790 2791
## [1429] 2792 2793 2794 2796 2797 2798 2800 2801 2802 2804 2805 2807 2808 2809
## [1443] 2812 2813 2814 2815 2816 2818 2820 2822 2823 2824 2825 2826 2828 2830
## [1457] 2832 2833 2834 2836 2837 2838 2839 2840 2841 2842 2844 2845 2846 2848
## [1471] 2849 2851 2852 2854 2855 2857 2858 2860 2862 2863 2865 2867 2868 2869
## [1485] 2871 2872 2873 2874 2876 2877 2878 2879 2880 2881 2883 2884 2885 2886
## [1499] 2887 2888 2889 2890 2891 2892 2893 2895 2896 2899 2900 2903 2905 2906
## [1513] 2907 2909 2910 2911 2912 2913 2914 2915 2917 2918 2919 2921 2922 2923
## [1527] 2924 2925 2927 2928 2929 2930 2931 2932 2933 2935 2936 2937 2939 2940
## [1541] 2941 2942 2943 2944 2946 2947 2948 2949 2951 2952 2953 2954 2955 2956
## [1555] 2959 2960 2961 2962 2963 2964 2965 2967 2968 2969 2971 2972 2973 2974
## [1569] 2975 2977 2978 2980 2981 2982 2983 2985 2986 2987 2988 2989 2990 2991
## [1583] 2993 2995 2996 2997 2998 2999 3001 3002 3003 3004 3005 3006 3007 3008
## [1597] 3009 3010 3013 3015 3016 3017 3018 3019 3020 3021 3022 3023 3027 3028
## [1611] 3031 3032 3034 3035 3036 3037 3038 3039 3040 3041 3042 3043 3044 3045
## [1625] 3046 3047 3048 3049 3050 3051 3052 3053 3054 3055 3056 3057 3058 3059
## [1639] 3060 3061 3062 3063 3065 3066 3067 3069 3070 3071 3072 3073 3075 3076
## [1653] 3077 3078 3079 3080 3082 3085 3086 3090 3091 3092 3093 3095 3096 3097
## [1667] 3098 3099 3100 3103 3104 3107 3108 3109 3110 3111 3112 3114 3115 3116
## [1681] 3117 3118 3119 3120 3121 3122 3123 3125 3126 3127 3128 3129 3130 3131
## [1695] 3132 3133 3134 3136 3137 3138 3139 3140 3141 3142 3143 3144 3146 3147
## [1709] 3148 3149 3150 3151 3153 3154 3155 3157 3158 3159 3160 3162 3163 3165
## [1723] 3166 3168 3170 3171 3172 3173 3174 3175 3176 3177 3178 3179 3180 3181
## [1737] 3184 3185 3186 3188 3189 3191 3192 3193 3194 3195 3196 3197 3198 3199
## [1751] 3200 3202 3203 3204 3205 3207 3208 3209 3210 3211 3212 3214 3215 3217
## [1765] 3218 3219 3221 3222 3223 3224 3225 3226 3227 3228 3229 3230 3231 3233
## [1779] 3234 3235 3236 3237 3238 3239 3240 3241 3242 3243 3244 3246 3247 3248
## [1793] 3249 3250 3251 3252 3253 3254 3255 3256 3257 3258 3259 3260 3261 3262
## [1807] 3263 3264 3265 3268 3269 3271 3272 3274 3275 3276 3277 3278 3280 3281
## [1821] 3282 3283 3284 3285 3286 3287 3288 3290 3291 3292 3294 3295 3296 3297
## [1835] 3298 3299 3300 3301 3302 3303 3304 3305 3308 3309 3311 3312 3313 3314
## [1849] 3315 3316 3317 3318 3319 3321 3323 3324 3326 3329 3330 3331 3334 3336
## [1863] 3339 3341 3342 3343 3344 3345 3346 3347 3348 3349 3350 3352 3353 3354
## [1877] 3356 3357 3358 3359 3360 3361 3362 3363 3364 3365 3366 3368 3369 3370
## [1891] 3371 3372 3373 3375 3376 3378 3379 3380 3381 3382 3384 3385 3386 3389
## [1905] 3393 3394 3395 3396 3397 3398 3399 3400 3401 3402 3403 3404 3405 3409
## [1919] 3412 3413 3415 3416 3417 3418 3419 3420 3422 3423 3424 3427 3429 3431
## [1933] 3434 3435 3436 3438 3439 3441 3443 3444 3445 3449 3451 3452 3453 3455
## [1947] 3456 3459 3460 3461 3462 3464 3465 3467 3469 3470 3471 3472 3473 3474
## [1961] 3476 3478 3479 3482 3483 3486 3488 3489 3493 3494 3495 3496 3497 3498
## [1975] 3499 3500 3502 3503 3505 3506 3507 3509 3511 3512 3513 3515 3517 3518
## [1989] 3519 3521 3522 3523 3525 3527 3528 3529 3532 3533 3536 3537 3539 3542
## [2003] 3543 3544 3546 3548 3550 3551 3555 3557 3558 3559 3560 3562 3563 3565
## [2017] 3566 3568 3570 3572 3574 3576 3577 3578 3581 3584 3585 3586 3587 3588
## [2031] 3589 3591 3593 3594 3598 3599 3602 3605 3614 3617 3618 3621 3622 3629
## [2045] 3630 3631 3632 3633 3634 3635 3636 3643 3647 3649 3650 3651 3653 3654
## [2059] 3655 3656 3657 3662 3664 3666 3668 3673 3674 3677 3685 3691 3693 3694
## [2073] 3695 3700 3701 3702 3704 3705 3713 3720 3723 3726 3730 3731 3734 3737
## [2087] 3743 3745 3750 3753 3756 3761 3765 3766 3772 3773 3782 3786 3787 3788
## [2101] 3789 3790 3794 3795 3798 3802 3810 3811 3813 3815 3822 3841 3844 3847
## [2115] 3851 3862 3874 3876 3894 3902 3908 4027 4045 4103 4280 4766 4772 4860
## [2129] 5118Association Network
SOFAR on BATS – log transformed
Fitted Values
load(file="sofarFit2BATS_log (1).rData")
Byhat <- fitted_sofar(fitBATS)
varB <- 1-totalVar(fitBATS$Y-Byhat)/totalVar(fitBATS$Y)
print(paste("BATS r-squared value =", varB))## [1] "BATS r-squared value = 0.953912494253512"data_B <- data.frame(
y=c(fitBATS$Y),
fit=c(Byhat),
i=c(row(fitBATS$Y)),
j=c(col(fitBATS$Y))
)
linkYB <- linkY[ linkY$Location =="BATS",]
rownames(linkYB) <- c(1:64)
linkYB$i <-as.numeric(row.names(linkYB))
data_B1 <- full_join(linkYB, data_B, by = "i")
avgdatB <- aggregate(cbind(y, fit)~j +Depth, FUN= mean, data = data_B1)
BPLOT <- ggplot(data =avgdatB,aes(y = y, x = Depth))+geom_line(linetype=1)+
geom_line(aes(x=Depth,y=fit),linetype=2)+
facet_wrap(~j,scales = "free")+coord_flip() + scale_x_reverse()+ylim(0,1.3)+theme(axis.title.x =element_blank() )+ggtitle("BATS")
BPLOT
Latent Factors
Yl <- with(fitBATS,Y%*%V)
Xl <- with(fitBATS,X%*%U)
plot(Xl[,1],Yl[,1],xlab="latent predictor 1",
ylab="latent response 1")
which(fitBATS$V[,1]!=0)## [1] 1 2 3 4 5which(fitBATS$U[,1]!=0)## [1] 1 3 6 11 13 14 16 18 20 28 32 33 38 44
## [15] 49 50 59 61 76 78 80 84 90 93 95 97 101 104
## [29] 106 112 113 118 119 120 125 130 139 140 143 147 149 150
## [43] 152 153 159 161 163 164 167 169 174 178 188 193 194 196
## [57] 198 200 201 202 203 208 209 211 212 215 216 218 219 220
## [71] 222 231 233 236 237 239 240 243 245 247 248 249 250 252
## [85] 253 255 256 260 261 262 263 264 267 271 272 274 275 278
## [99] 280 281 282 283 287 288 290 291 298 299 307 309 311 314
## [113] 316 319 320 321 323 332 333 336 338 341 342 345 348 350
## [127] 352 353 360 362 363 367 369 371 372 373 374 375 376 378
## [141] 379 383 385 387 389 390 391 394 396 398 400 402 408 410
## [155] 416 417 418 419 426 428 429 431 432 437 438 439 441 442
## [169] 444 446 447 448 449 451 453 454 456 458 459 461 462 463
## [183] 464 468 470 471 472 474 477 479 481 482 483 484 486 487
## [197] 489 492 497 499 500 501 502 504 505 507 512 513 514 518
## [211] 522 527 528 530 533 537 539 540 541 543 544 546 548 550
## [225] 551 553 556 557 559 560 561 562 565 567 570 575 576 577
## [239] 579 580 581 584 585 589 590 593 594 595 596 600 602 603
## [253] 605 607 610 612 613 614 617 619 620 621 622 623 627 628
## [267] 629 631 633 634 635 637 640 642 643 644 647 650 652 654
## [281] 655 657 658 662 664 667 671 672 674 676 677 678 680 681
## [295] 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 695 696
## [309] 697 698 699 700 701 702 703 705 708 709 710 711 712 713
## [323] 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 726 727 728
## [337] 729 730 731 733 735 739 741 743 744 745 747 748 749 750
## [351] 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 763 765 767
## [365] 768 769 770 771 772 773 774 776 777 778 779 781 784 788
## [379] 789 790 793 796 797 799 800 802 803 807 808 810 818 819
## [393] 820 821 822 823 826 827 828 829 830 831 835 836 837 839
## [407] 842 843 845 847 848 849 851 852 853 855 856 857 860 861
## [421] 863 864 869 870 872 873 875 876 877 879 881 882 883 885
## [435] 886 887 891 892 893 895 896 897 898 899 900 906 908 910
## [449] 911 912 914 915 916 919 920 921 922 923 924 925 926 928
## [463] 929 930 931 932 936 937 938 940 942 943 944 945 946 948
## [477] 949 953 954 955 957 959 960 963 965 966 967 970 971 975
## [491] 976 977 978 979 980 981 982 983 985 986 987 988 989 990
## [505] 992 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006
## [519] 1007 1008 1009 1010 1013 1014 1016 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024
## [533] 1028 1029 1030 1031 1032 1034 1035 1036 1037 1039 1040 1041 1042 1043
## [547] 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1054 1055 1056 1057 1058 1059
## [561] 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1071 1072 1073 1075 1076
## [575] 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1086 1087 1089 1090 1093 1094 1095 1097
## [589] 1098 1099 1100 1101 1102 1104 1106 1110 1111 1113 1114 1115 1116 1117
## [603] 1118 1120 1121 1122 1123 1125 1127 1128 1129 1132 1133 1134 1135 1136
## [617] 1137 1138 1140 1141 1143 1145 1146 1147 1148 1149 1151 1152 1153 1155
## [631] 1156 1157 1158 1159 1160 1163 1164 1166 1168 1169 1170 1171 1174 1175
## [645] 1176 1178 1179 1182 1183 1184 1185 1186 1188 1189 1192 1193 1194 1195
## [659] 1197 1199 1201 1202 1205 1206 1208 1209 1210 1212 1213 1214 1215 1216
## [673] 1217 1218 1220 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1232 1233 1235
## [687] 1236 1237 1238 1241 1242 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252
## [701] 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260 1261 1263 1264 1267 1268 1269
## [715] 1270 1271 1272 1273 1274 1275 1276 1277 1279 1282 1283 1284 1285 1286
## [729] 1287 1289 1290 1291 1292 1293 1294 1295 1296 1297 1298 1299 1301 1303
## [743] 1304 1305 1306 1307 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317
## [757] 1318 1319 1320 1321 1322 1323 1324 1325 1326 1329 1330 1331 1332 1334
## [771] 1335 1336 1337 1338 1339 1340 1342 1345 1346 1347 1348 1349 1350 1351
## [785] 1352 1353 1354 1355 1356 1357 1358 1359 1361 1362 1363 1364 1366 1367
## [799] 1368 1369 1370 1371 1374 1375 1376 1377 1378 1379 1380 1381 1382 1384
## [813] 1385 1388 1389 1390 1391 1392 1393 1394 1395 1397 1398 1399 1401 1402
## [827] 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 1411 1412 1413 1414 1415 1416
## [841] 1417 1418 1419 1420 1421 1422 1423 1424 1425 1426 1427 1428 1429 1430
## [855] 1431 1432 1433 1434 1435 1436 1437 1438 1439 1440 1441 1442 1443 1444
## [869] 1445 1446 1447 1449 1450 1451 1452 1453 1454 1455 1456 1457 1458 1459
## [883] 1460 1461 1462 1463 1464 1465 1466 1467 1468 1469 1470 1471 1472 1473
## [897] 1474 1475 1476 1478 1479 1480 1481 1482 1483 1484 1485 1486 1487 1488
## [911] 1489 1490 1491 1492 1493 1494 1495 1496 1498 1499 1501 1502 1503 1504
## [925] 1505 1506 1507 1508 1509 1511 1512 1513 1514 1515 1516 1517 1518 1520
## [939] 1521 1522 1523 1524 1525 1526 1527 1528 1530 1533 1534 1535 1536 1537
## [953] 1538 1539 1540 1541 1542 1544 1545 1546 1547 1548 1549 1550 1551 1552
## [967] 1554 1555 1557 1558 1559 1560 1561 1562 1563 1564 1566 1567 1568 1571
## [981] 1572 1573 1575 1576 1577 1579 1580 1581 1582 1584 1585 1587 1589 1590
## [995] 1592 1593 1594 1595 1596 1598 1599 1600 1602 1603 1604 1605 1607 1608
## [1009] 1609 1610 1611 1615 1616 1617 1618 1621 1622 1623 1624 1626 1627 1628
## [1023] 1629 1630 1631 1632 1633 1635 1639 1640 1641 1642 1644 1645 1647 1648
## [1037] 1649 1650 1651 1653 1654 1656 1659 1661 1664 1665 1666 1670 1671 1672
## [1051] 1673 1674 1677 1679 1680 1681 1682 1683 1684 1685 1686 1688 1691 1692
## [1065] 1694 1695 1696 1697 1699 1700 1701 1703 1704 1705 1706 1707 1710 1712
## [1079] 1713 1714 1715 1716 1717 1719 1720 1721 1722 1723 1724 1725 1726 1727
## [1093] 1730 1731 1732 1733 1734 1735 1736 1737 1739 1741 1743 1744 1745 1748
## [1107] 1749 1750 1752 1753 1754 1756 1758 1759 1760 1761 1763 1764 1765 1766
## [1121] 1767 1768 1770 1771 1772 1773 1774 1775 1776 1781 1783 1784 1785 1786
## [1135] 1787 1791 1794 1795 1796 1797 1798 1799 1801 1802 1803 1804 1805 1806
## [1149] 1807 1808 1809 1811 1813 1814 1815 1816 1817 1818 1819 1821 1822 1823
## [1163] 1824 1825 1826 1827 1828 1830 1831 1833 1834 1835 1836 1838 1839 1840
## [1177] 1841 1842 1844 1845 1846 1847 1848 1850 1851 1852 1853 1854 1855 1856
## [1191] 1858 1859 1860 1861 1863 1864 1865 1866 1867 1869 1870 1871 1872 1873
## [1205] 1874 1875 1876 1877 1880 1881 1882 1884 1885 1886 1887 1888 1889 1893
## [1219] 1894 1895 1897 1898 1900 1901 1902 1903 1906 1909 1910 1911 1914 1915
## [1233] 1916 1917 1918 1919 1920 1921 1922 1923 1924 1925 1926 1927 1929 1930
## [1247] 1931 1933 1934 1935 1937 1939 1941 1942 1943 1944 1945 1946 1947 1950
## [1261] 1951 1952 1953 1954 1955 1956 1957 1958 1960 1961 1962 1963 1965 1966
## [1275] 1968 1969 1971 1972 1973 1974 1975 1976 1977 1978 1979 1981 1982 1983
## [1289] 1984 1985 1987 1989 1990 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1999 2000 2001
## [1303] 2004 2005 2006 2007 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2016 2017 2018 2019
## [1317] 2022 2023 2024 2027 2028 2029 2031 2033 2034 2035 2036 2037 2038 2039
## [1331] 2040 2041 2042 2043 2044 2045 2046 2047 2048 2050 2051 2052 2056 2057
## [1345] 2058 2059 2062 2063 2064 2065 2066 2067 2069 2070 2071 2072 2075 2077
## [1359] 2078 2080 2081 2082 2083 2084 2085 2086 2087 2088 2089 2090 2091 2093
## [1373] 2094 2095 2098 2099 2100 2101 2103 2104 2105 2106 2107 2108 2110 2111
## [1387] 2112 2115 2116 2117 2118 2119 2120 2121 2124 2125 2126 2127 2128 2129
## [1401] 2130 2131 2132 2133 2134 2135 2136 2137 2138 2139 2140 2142 2143 2146
## [1415] 2147 2148 2149 2150 2152 2153 2154 2155 2156 2157 2158 2159 2160 2161
## [1429] 2162 2163 2164 2165 2166 2167 2168 2169 2170 2171 2172 2173 2174 2175
## [1443] 2176 2177 2178 2179 2180 2181 2182 2183 2184 2185 2186 2187 2188 2189
## [1457] 2190 2191 2192 2193 2194 2195 2196 2197 2198 2199 2200 2201 2202 2203
## [1471] 2204 2205 2206 2207 2208 2209 2210 2211 2212 2213 2214 2215 2216 2217
## [1485] 2218 2219 2220 2221 2222 2223 2224 2225 2226 2227 2228 2229 2230 2231
## [1499] 2232 2233 2234 2235 2236 2237 2238 2239 2241 2242 2243 2244 2245 2246
## [1513] 2247 2248 2249 2250 2251 2252 2253 2254 2255 2256 2257 2258 2259 2260
## [1527] 2261 2262 2263 2264 2265 2266 2267 2268 2269 2270 2271 2272 2273 2274
## [1541] 2275 2276 2277 2278 2279 2280 2281 2282 2283 2284 2285 2286 2287 2288
## [1555] 2290 2291 2292 2293 2294 2295 2297 2298 2299 2300 2301 2302 2303 2304
## [1569] 2305 2307 2308 2309 2310 2311 2312 2313 2314 2315 2317 2318 2319 2320
## [1583] 2321 2322 2326 2328 2329 2330 2331 2332 2333 2334 2335 2336 2337 2338
## [1597] 2339 2340 2341 2342 2343 2344 2345 2346 2349 2350 2352 2353 2354 2356
## [1611] 2357 2358 2359 2360 2361 2362 2363 2364 2365 2366 2368 2369 2372 2373
## [1625] 2374 2375 2376 2377 2378 2379 2380 2381 2382 2383 2384 2385 2386 2388
## [1639] 2389 2391 2392 2395 2397 2398 2399 2400 2401 2402 2403 2405 2406 2407
## [1653] 2408 2409 2411 2412 2413 2414 2417 2418 2419 2430 2431 2432 2433 2434
## [1667] 2435 2437 2438 2439 2440 2441 2442 2443 2444 2445 2446 2447 2448 2449
## [1681] 2450 2451 2452 2453 2454 2455 2456 2457 2458 2459 2460 2461 2462 2463
## [1695] 2464 2465 2466 2467 2468 2469 2470 2471 2472 2473 2474 2475 2476 2477
## [1709] 2478 2479 2480 2481 2482 2483 2484 2485 2486 2487 2488 2489 2490 2491
## [1723] 2492 2493 2494 2495 2496 2497 2498 2499 2500 2501 2502 2503 2504 2505
## [1737] 2506 2507 2508 2509 2510 2511 2512 2513 2514 2515 2516 2517 2518 2519
## [1751] 2520 2521 2522 2523 2524 2525 2526 2527 2528 2529 2530 2531 2532 2533
## [1765] 2534 2535 2536 2537 2538 2539 2540 2542 2543 2544 2545 2546 2547 2548
## [1779] 2549 2550 2551 2552 2553 2554 2555 2556 2557 2558 2559 2560 2561 2562
## [1793] 2563 2564 2565 2566 2567 2568 2569 2570 2571 2572 2573 2574 2575 2576
## [1807] 2577 2578 2579 2580 2581 2582 2584 2586 2587 2588 2592 2593 2594 2595
## [1821] 2597 2598 2600 2601 2602 2603 2604 2605 2606 2607 2609 2611 2612 2613
## [1835] 2614 2615 2617 2618 2619 2620 2621 2622 2623 2624 2626 2627 2628 2630
## [1849] 2632 2634 2635 2636 2637 2638 2640 2641 2642 2643 2644 2645 2646 2647
## [1863] 2648 2649 2650 2651 2652 2653 2654 2655 2657 2658 2659 2660 2661 2662
## [1877] 2663 2664 2665 2666 2667 2668 2669 2670 2671 2672 2674 2675 2676 2677
## [1891] 2679 2680 2681 2683 2684 2685 2686 2687 2688 2689 2690 2691 2692 2693
## [1905] 2694 2695 2696 2697 2698 2699 2701 2702 2704 2706 2707 2708 2709 2710
## [1919] 2712 2713 2716 2717 2720 2722 2723 2724 2725 2727 2728 2730 2732 2733
## [1933] 2734 2735 2736 2737 2738 2739 2740 2741 2742 2743 2744 2745 2746 2749
## [1947] 2750 2751 2752 2753 2756 2757 2758 2759 2760 2761 2762 2763 2764 2765
## [1961] 2766 2767 2768 2769 2770 2771 2773 2774 2775 2776 2777 2778 2779 2780
## [1975] 2781 2782 2783 2784 2785 2786 2787 2789 2790 2791 2792 2793 2794 2795
## [1989] 2796 2797 2798 2799 2800 2802 2803 2804 2805 2806 2807 2809 2810 2811
## [2003] 2813 2814 2815 2817 2818 2819 2820 2821 2822 2823 2824 2825 2827 2829
## [2017] 2830 2833 2834 2836 2839 2840 2841 2842 2843 2844 2846 2847 2848 2849
## [2031] 2850 2851 2852 2853 2854 2856 2857 2858 2860 2861 2864 2865 2866 2867
## [2045] 2868 2869 2870 2871 2872 2873 2874 2875 2876 2878 2880 2881 2882 2883
## [2059] 2885 2886 2887 2888 2889 2890 2892 2893 2894 2895 2897 2898 2899 2900
## [2073] 2901 2902 2903 2904 2905 2906 2907 2909 2910 2911 2912 2913 2914 2915
## [2087] 2916 2917 2919 2920 2921 2922 2923 2924 2926 2928 2929 2930 2931 2932
## [2101] 2933 2934 2935 2936 2937 2938 2939 2940 2941 2943 2945 2946 2947 2948
## [2115] 2949 2950 2951 2952 2955 2957 2958 2959 2960 2962 2963 2964 2965 2966
## [2129] 2967 2968 2969 2971 2972 2973 2974 2975 2976 2977 2980 2981 2984 2985
## [2143] 2986 2987 2988 2989 2991 2992 2993 2994 2995 2996 2997 2998 2999 3000
## [2157] 3001 3002 3003 3004 3007 3008 3010 3011 3012 3014 3015 3017 3018 3019
## [2171] 3020 3021 3022 3023 3024 3025 3026 3028 3029 3030 3031 3032 3033 3034
## [2185] 3035 3036 3037 3038 3040 3041 3042 3043 3044 3045 3046 3048 3050 3051
## [2199] 3052 3053 3054 3055 3056 3058 3059 3060 3061 3062 3063 3064 3065 3066
## [2213] 3067 3068 3069 3071 3073 3074 3075 3076 3078 3079 3084 3085 3089 3090
## [2227] 3091 3092 3093 3094 3095 3096 3097 3098 3099 3100 3103 3104 3106 3107
## [2241] 3108 3110 3111 3112 3113 3114 3117 3118 3119 3120 3121 3122 3123 3124
## [2255] 3125 3126 3127 3129 3130 3133 3134 3137 3138 3139 3140 3142 3144 3145
## [2269] 3147 3148 3149 3151 3152 3153 3154 3155 3156 3157 3158 3159 3160 3161
## [2283] 3162 3163 3166 3167 3171 3172 3173 3174 3175 3176 3178 3179 3180 3181
## [2297] 3182 3183 3184 3185 3186 3187 3188 3189 3190 3191 3192 3193 3196 3197
## [2311] 3198 3199 3200 3201 3202 3203 3204 3206 3208 3209 3210 3211 3213 3214
## [2325] 3216 3217 3218 3219 3220 3221 3225 3227 3228 3229 3230 3231 3232 3233
## [2339] 3234 3235 3237 3238 3239 3240 3241 3242 3244 3245 3246 3247 3250 3252
## [2353] 3253 3254 3255 3256 3257 3258 3259 3260 3261 3262 3264 3267 3269 3270
## [2367] 3272 3275 3276 3277 3279 3280 3281 3283 3284 3285 3286 3288 3290 3291
## [2381] 3292 3293 3295 3296 3297 3298 3299 3300 3301 3302 3303 3304 3305 3306
## [2395] 3307 3309 3311 3312 3313 3316 3317 3318 3319 3320 3321 3322 3323 3324
## [2409] 3325 3326 3327 3329 3330 3331 3332 3334 3335 3336 3337 3338 3339 3340
## [2423] 3341 3342 3343 3344 3345 3346 3348 3349 3350 3351 3353 3356 3357 3358
## [2437] 3360 3361 3362 3363 3364 3366 3367 3368 3369 3370 3371 3373 3374 3375
## [2451] 3376 3377 3379 3380 3381 3382 3386 3387 3388 3389 3390 3391 3393 3394
## [2465] 3395 3396 3397 3399 3400 3401 3402 3403 3404 3405 3406 3407 3408 3410
## [2479] 3411 3413 3415 3416 3417 3418 3420 3421 3422 3423 3425 3426 3427 3428
## [2493] 3430 3431 3433 3434 3435 3436 3438 3439 3440 3441 3442 3443 3444 3445
## [2507] 3446 3448 3451 3452 3453 3454 3455 3456 3457 3459 3460 3461 3462 3463
## [2521] 3464 3466 3467 3470 3471 3473 3474 3475 3477 3478 3479 3480 3481 3482
## [2535] 3483 3484 3485 3486 3487 3488 3490 3496 3498 3499 3500 3501 3502 3503
## [2549] 3504 3505 3507 3508 3509 3510 3511 3512 3514 3516 3517 3518 3519 3520
## [2563] 3521 3523 3525 3526 3527 3528 3529 3530 3532 3533 3534 3535 3536 3538
## [2577] 3539 3540 3541 3542 3543 3544 3545 3546 3547 3548 3549 3550 3551 3552
## [2591] 3553 3555 3557 3558 3559 3560 3561 3563 3564 3566 3567 3568 3570 3571
## [2605] 3572 3573 3575 3576 3577 3579 3581 3582 3584 3585 3588 3589 3590 3593
## [2619] 3594 3595 3596 3597 3598 3599 3602 3603 3604 3605 3607 3609 3610 3612
## [2633] 3613 3614 3617 3618 3619 3621 3622 3623 3625 3626 3627 3629 3630 3631
## [2647] 3632 3637 3638 3639 3640 3642 3643 3644 3646 3647 3648 3649 3651 3652
## [2661] 3653 3654 3655 3656 3658 3659 3660 3661 3662 3663 3665 3666 3667 3668
## [2675] 3669 3670 3672 3674 3675 3677 3679 3680 3682 3684 3685 3686 3687 3688
## [2689] 3690 3692 3693 3694 3695 3696 3697 3698 3699 3700 3701 3702 3703 3704
## [2703] 3705 3706 3708 3709 3711 3712 3713 3714 3715 3716 3718 3719 3720 3722
## [2717] 3723 3724 3725 3726 3727 3728 3729 3730 3733 3734 3735 3736 3737 3738
## [2731] 3739 3740 3741 3743 3745 3746 3748 3749 3751 3753 3754 3755 3756 3758
## [2745] 3759 3760 3761 3762 3763 3764 3765 3767 3768 3769 3770 3771 3773 3775
## [2759] 3776 3777 3778 3779 3780 3781 3782 3784 3785 3786 3787 3788 3789 3791
## [2773] 3792 3793 3794 3795 3797 3798 3799 3800 3801 3802 3803 3805 3806 3807
## [2787] 3808 3809 3810 3811 3812 3814 3815 3816 3818 3819 3820 3821 3822 3823
## [2801] 3824 3826 3827 3828 3829 3830 3831 3832 3833 3834 3836 3837 3838 3840
## [2815] 3841 3842 3843 3844 3846 3847 3848 3849 3850 3851 3853 3854 3855 3856
## [2829] 3857 3858 3859 3860 3861 3862 3863 3864 3865 3866 3867 3868 3869 3870
## [2843] 3871 3874 3875 3876 3877 3878 3879 3880 3881 3882 3883 3884 3885 3886
## [2857] 3887 3888 3889 3891 3892 3894 3895 3896 3897 3898 3899 3900 3901 3902
## [2871] 3903 3904 3905 3906 3908 3909 3910 3911 3912 3913 3915 3917 3918 3920
## [2885] 3921 3922 3924 3926 3927 3928 3929 3930 3931 3932 3933 3934 3936 3937
## [2899] 3939 3940 3941 3943 3944 3945 3947 3948 3949 3950 3951 3952 3953 3954
## [2913] 3955 3956 3959 3961 3963 3964 3965 3967 3969 3970 3971 3972 3973 3975
## [2927] 3976 3978 3979 3981 3983 3984 3985 3986 3987 3988 3989 3990 3991 3992
## [2941] 3993 3994 3995 3996 3997 3999 4000 4001 4002 4003 4004 4005 4006 4007
## [2955] 4008 4009 4010 4011 4012 4013 4014 4015 4017 4018 4019 4020 4021 4022
## [2969] 4023 4024 4025 4026 4027 4028 4030 4031 4032 4035 4036 4037 4038 4039
## [2983] 4040 4041 4042 4043 4044 4045 4046 4047 4048 4049 4050 4051 4052 4053
## [2997] 4054 4055 4056 4057 4058 4059 4060 4061 4062 4063 4064 4065 4066 4067
## [3011] 4068 4069 4070 4071 4072 4073 4074 4075 4076 4077 4078 4079 4080 4081
## [3025] 4082 4083 4084 4085 4086 4087 4088 4089 4090 4091 4092 4093 4094 4095
## [3039] 4096 4097 4098 4099 4100 4102 4103 4104 4105 4106 4107 4108 4109 4110
## [3053] 4111 4112 4113 4114 4115 4116 4117 4118 4119 4120 4121 4122 4123 4124
## [3067] 4125 4126 4127 4128 4129 4130 4131 4132 4133 4134 4135 4136 4137 4138
## [3081] 4139 4140 4141 4142 4143 4144 4145 4146 4147 4148 4149 4150 4151 4152
## [3095] 4153 4154 4155 4156 4157 4158 4159 4160 4161 4162 4163 4164 4165 4166
## [3109] 4167 4168 4169 4170 4171 4172 4173 4174 4175 4176 4177 4178 4179 4180
## [3123] 4181 4182 4183 4184 4185 4186 4187 4188 4189 4190 4191 4192 4193 4194
## [3137] 4195 4196 4197 4198 4199 4200 4201 4202 4203 4204 4205 4206 4207 4208
## [3151] 4209 4210 4211 4212 4213 4214 4215 4216 4217 4218 4219 4220 4221 4222
## [3165] 4223 4224 4225 4226 4227 4228 4229 4230 4231 4232 4233 4234 4235 4236
## [3179] 4237 4238 4239 4240 4241 4242 4243 4244 4245 4246 4247 4248 4249 4250
## [3193] 4251 4252 4253 4254 4255 4256 4257 4258 4259 4260 4261 4262 4263 4264
## [3207] 4265 4266 4267 4268 4269 4270 4271 4272 4273 4274 4275 4276 4277 4278
## [3221] 4279 4280 4281 4282 4283 4284 4285 4286 4287 4288 4289 4290 4291 4292
## [3235] 4293 4294 4295 4296 4297 4298 4299 4300 4301 4302 4303 4304 4305 4306
## [3249] 4307 4308 4309 4310 4311 4312 4313 4314 4315 4316 4317 4318 4319 4320
## [3263] 4321 4322 4323 4324 4325 4326 4327 4328 4329 4330 4331 4332 4333 4334
## [3277] 4335 4336 4337 4338 4339 4340 4341 4342 4343 4344 4345 4346 4347 4348
## [3291] 4349 4350 4351 4352 4353 4354 4355 4356 4357 4358 4359 4360 4361 4362
## [3305] 4363 4364 4365 4366 4367 4368 4369 4370 4371 4372 4373 4374 4375 4376
## [3319] 4377 4378 4379 4380 4381 4382 4383 4384 4385 4386 4387 4388 4389 4390
## [3333] 4391 4392 4393 4394 4395 4396 4397 4398 4399 4400 4401 4402 4403 4404
## [3347] 4405 4406 4407 4408 4409 4410 4411 4412 4413 4414 4415 4416 4417 4418
## [3361] 4419 4420 4421 4422 4423 4424 4425 4426 4427 4428 4429 4430 4431 4432
## [3375] 4433 4434 4435 4436 4437 4438 4439 4440 4441 4442 4443 4444 4445 4446
## [3389] 4447 4448 4449 4450 4451 4452 4453 4454 4455 4456 4457 4458 4459 4460
## [3403] 4461 4462 4463 4464 4465 4466 4467 4468 4469 4470 4471 4472 4473 4474
## [3417] 4475 4476 4477 4478 4479 4480 4481 4482 4483 4484 4485 4486 4487 4488
## [3431] 4489 4490 4491 4492 4493 4494 4495 4496 4497 4498 4499 4500 4501 4502
## [3445] 4503 4504 4505 4506 4507 4508 4509 4510 4511 4512 4513 4514 4515 4516
## [3459] 4517 4518 4519 4520 4521 4522 4523 4524 4525 4526 4527 4528 4529 4530
## [3473] 4531 4532 4533 4534 4535 4536 4537 4538 4539 4540 4541 4542 4543 4544
## [3487] 4545 4546 4547 4548 4549 4550 4551 4552 4553 4554 4555 4556 4557 4558
## [3501] 4559 4560 4561 4562 4563 4564 4565 4566 4567 4568 4569 4570 4571 4572
## [3515] 4573 4574 4575 4576 4577 4578 4579 4580 4581 4582 4583 4584 4585 4586
## [3529] 4587 4588 4589 4590 4591 4592 4593 4594 4595 4596 4597 4598 4599 4600
## [3543] 4601 4602 4603 4604 4605 4606 4607 4608 4609 4610 4611 4612 4614 4615
## [3557] 4616 4617 4618 4619 4620 4621 4622 4623 4624 4625 4626 4627 4628 4629
## [3571] 4630 4631 4632 4633 4634 4635 4636 4637 4638 4639 4640 4641 4642 4643
## [3585] 4644 4645 4646 4647 4648 4649 4650 4651 4652 4653 4654 4655 4656 4657
## [3599] 4658 4659 4660 4661 4662 4663 4664 4665 4666 4667 4668 4669 4670 4671
## [3613] 4672 4673 4674 4675 4676 4677 4678 4679 4680 4681 4682 4683 4684 4685
## [3627] 4686 4687 4688 4689 4690 4691 4692 4693 4694 4695 4696 4697 4698 4699
## [3641] 4700 4701 4702 4703 4704 4705 4706 4707 4708 4709 4710 4711 4712 4713
## [3655] 4714 4715 4716 4717 4718 4719 4720 4721 4722 4723 4724 4725 4726 4727
## [3669] 4728 4729 4730 4731 4732 4733 4734 4735 4736 4737 4738 4739 4740 4741
## [3683] 4742 4743 4744 4746 4747 4748 4749 4750 4751 4752 4753 4754 4755 4756
## [3697] 4757 4758 4759 4760 4761 4762 4763 4765 4766 4767 4768 4769 4770 4771
## [3711] 4772 4774 4775 4776 4777 4778 4780 4781 4782 4783 4784 4785 4786 4787
## [3725] 4788 4789 4790 4791 4792 4793 4794 4795 4796 4797 4798 4799 4800 4801
## [3739] 4802 4803 4804 4805 4806 4807 4808 4809 4810 4811 4812 4813 4814 4815
## [3753] 4816 4817 4818 4819 4820 4821 4822 4823 4824 4825 4826 4827 4828 4829
## [3767] 4830 4831 4832 4833 4834 4835 4836 4837 4838 4839 4840 4841 4842 4843
## [3781] 4844 4845 4846 4847 4848 4849 4850 4851 4852 4853 4854 4855 4856 4857
## [3795] 4858 4859 4860 4861 4862 4863 4864 4865 4866 4867 4868 4869 4870 4871
## [3809] 4872 4873 4874 4875 4876 4877 4878 4879 4880 4881 4882 4883 4884 4885
## [3823] 4886 4887 4888 4889 4890 4891 4893 4894 4895 4896 4897 4898 4899 4900
## [3837] 4901 4902 4903 4904 4905 4906 4907 4908 4909 4910 4911 4912 4913 4914
## [3851] 4915 4916 4917 4918 4919 4920 4921 4922 4923 4924 4925 4926 4927 4928
## [3865] 4929 4930 4931 4932 4933 4934 4935 4936 4937 4938 4939 4940 4941 4942
## [3879] 4943 4944 4945 4946 4947 4948 4949 4950 4951 4952 4953 4954 4955 4956
## [3893] 4957 4958 4959 4960 4961 4962 4963 4964 4965 4966 4967 4968 4969 4970
## [3907] 4971 4972 4973 4974 4975 4976 4977 4978 4980 4981 4983 4984 4985 4986
## [3921] 4987 4988 4989 4990 4991 4992 4993 4994 4995 4996 4997 4998 4999 5000
## [3935] 5003 5005 5006 5007 5008 5009 5010 5011 5012 5013 5014 5015 5016 5017
## [3949] 5018 5019 5020 5021 5022 5023 5024 5025 5026 5027 5028 5029 5030 5031
## [3963] 5035 5036 5037 5038 5039 5040 5041 5042 5043 5044 5045 5046 5047 5048
## [3977] 5049 5050 5051 5052 5053 5054 5055 5056 5057 5058 5059 5060 5061 5062
## [3991] 5063 5064 5065 5066 5067 5068 5069 5070 5071 5072 5073 5074 5075 5076
## [4005] 5077 5078 5080 5081 5082 5083 5084 5085 5086 5087 5088 5089 5090 5091
## [4019] 5092 5093 5094 5095 5096 5097 5098 5099 5100 5101 5102 5103 5104 5105
## [4033] 5106 5107 5108 5109 5110 5111 5112 5113 5114 5115 5116 5117 5118 5119
## [4047] 5120 5121 5122 5123 5124 5125 5126 5127 5128 5129 5130 5131 5132 5133
## [4061] 5134 5135 5136 5137 5138 5139 5140 5141 5142 5143 5144 5145 5146 5147
## [4075] 5148 5149 5150 5151 5152 5153 5154 5155 5156 5157 5158 5159 5160 5161
## [4089] 5162 5163 5164 5165 5166 5167 5168 5169 5170 5171 5172 5173 5174 5175
## [4103] 5176 5177 5178 5179 5180 5181 5182 5183 5184 5185 5186 5187 5188 5189
## [4117] 5190 5191 5192 5193 5194 5195 5196 5197 5198 5199 5200 5201 5202 5203
## [4131] 5204 5205 5206 5207 5208 5209 5210 5211 5212 5213 5214 5215 5216 5217
## [4145] 5218 5219 5220 5221 5222 5223 5224 5225 5226 5227 5228 5229 5230 5231
## [4159] 5232 5233 5234 5235 5236 5237 5238 5239 5240 5241 5242 5243 5244 5245
## [4173] 5246 5247 5248 5249 5250 5251 5252 5253 5254 5255 5256 5257 5258 5259
## [4187] 5260 5261 5262 5263 5264 5265 5266 5267 5268 5269 5270 5271 5272 5273
## [4201] 5274 5275 5276 5277 5278 5279 5280 5281 5282 5283 5284 5285 5286 5287
## [4215] 5288 5289 5290 5291 5292 5293 5294 5295 5296 5297 5298 5299 5300 5301
## [4229] 5302 5303 5304 5305 5306 5307 5308 5309 5310 5311 5312 5313 5314 5315
## [4243] 5316 5317 5318 5319 5320 5321 5322 5323 5324 5325 5326 5327 5328 5329
## [4257] 5330 5331 5332 5333 5334 5335 5336 5337 5338 5339 5340 5341 5342 5343
## [4271] 5344 5345 5346 5347 5348 5349 5350 5351 5352 5353 5354 5355 5356 5357
## [4285] 5358 5359 5360 5361 5362 5363 5364 5365 5366 5367 5368 5369 5370 5371
## [4299] 5372 5373 5374 5375 5376 5377 5378 5379 5380 5381 5382 5383 5384 5385
## [4313] 5386 5387 5388 5389 5390 5391 5392 5393 5394 5395 5396 5397 5398 5399
## [4327] 5400 5401 5402 5403 5404 5405 5406 5407 5408 5409 5410 5411 5412 5413
## [4341] 5414 5415 5416 5417 5418 5419 5420 5421 5422 5423 5424 5425 5426 5427
## [4355] 5428 5429 5430 5431 5432 5433 5434 5435 5436 5437 5438 5439 5440 5441
## [4369] 5442 5443 5444 5445 5446 5447 5448 5449 5450 5451 5452 5453 5454 5455
## [4383] 5456 5457 5458 5459 5460 5461 5462 5463 5464 5465 5466 5467 5468 5469
## [4397] 5470 5471 5472 5473 5474 5475 5476 5477 5478 5479 5480 5481 5482 5483
## [4411] 5484 5485 5486 5487 5488 5489 5490 5491 5492 5493 5494 5495 5496 5497
## [4425] 5498 5499 5500 5501 5502 5503 5504 5505 5506 5507 5508 5509 5510 5511
## [4439] 5512 5513 5514 5515 5516 5517 5518 5519 5520 5521 5522 5523 5524 5525
## [4453] 5526 5527 5528 5529 5530 5531 5532 5533 5534 5535 5536 5537 5538 5539
## [4467] 5540 5541 5542 5543 5544 5545 5546 5547 5548 5549 5550 5551 5552 5553
## [4481] 5554 5555 5556 5557 5558 5559 5560 5561 5562 5563 5564 5565 5566 5567
## [4495] 5568 5569 5570 5571 5572 5573 5574 5575 5576 5577 5578 5579 5580 5581
## [4509] 5582 5583 5584 5585 5586 5587 5588 5589 5590 5591 5592 5593 5594 5595
## [4523] 5596 5597 5598 5599 5600 5601 5602 5603 5604 5605 5606 5607 5608 5609
## [4537] 5610 5611 5612 5613 5614 5615 5616 5617 5618 5619 5620 5621 5622 5623
## [4551] 5624 5625 5626 5627 5628 5629 5630 5631 5632 5633 5634 5635 5636 5637
## [4565] 5638 5639 5640 5641 5642 5643 5644 5645 5646 5647 5648 5649 5650 5651
## [4579] 5652 5653 5654 5655 5656 5657 5658 5659 5660 5661 5662 5663 5664 5665
## [4593] 5666 5667 5668 5669 5670 5671 5672 5673 5674 5675 5676 5677 5678 5679
## [4607] 5680 5681 5682 5683 5684 5685 5686 5687 5688 5689 5690 5691 5692 5693
## [4621] 5694 5695 5696 5697 5698 5699 5700 5701 5702 5703 5704 5705 5706 5707
## [4635] 5708 5709 5710 5711 5712 5713 5714 5715 5716 5717 5718 5719 5720 5721
## [4649] 5722 5723 5724 5725 5726 5727 5728 5729 5730 5731 5732 5733 5734 5735
## [4663] 5736 5737 5738 5739 5740 5741 5742 5743 5744 5745 5746 5747 5748 5749
## [4677] 5750 5751 5752 5753 5754 5755 5756 5757 5758 5759 5760 5761 5762 5763
## [4691] 5764 5765 5766 5767 5768 5769 5770 5771 5772 5773 5774 5775 5776 5777
## [4705] 5778 5779 5780 5781 5782 5783 5784 5785 5786 5787 5788 5789 5790 5791
## [4719] 5792 5793 5794 5795 5796 5797 5798 5799 5800 5801 5802 5803 5804 5805
## [4733] 5806 5807 5808 5809 5810 5811 5812 5813 5814 5815 5816 5817 5818 5819
## [4747] 5820 5821 5822 5823 5824 5825 5826 5827 5828 5829 5830 5831 5832 5833
## [4761] 5834 5835 5836 5837 5838 5839 5840 5841 5842 5843 5844 5845 5846 5847
## [4775] 5848 5849 5850 5851 5852 5853 5854 5855 5856 5857 5858 5859 5860 5861
## [4789] 5862 5863 5864 5865 5866 5867 5868 5869 5870 5871 5872 5873 5874 5875
## [4803] 5876 5877 5878 5879 5880 5881 5882 5883 5884 5885 5886 5887 5888 5889
## [4817] 5890 5891 5892 5893 5894 5895 5896 5897 5898 5899 5900 5901 5902 5903
## [4831] 5904 5905 5906 5907 5908 5909 5910 5911 5912 5913 5914 5915 5916 5917
## [4845] 5918 5919 5920 5921 5922 5923 5924 5925 5926 5927 5928 5929 5930 5931
## [4859] 5932 5933 5934 5935 5936 5937 5938 5939 5940 5941 5942 5943 5944 5945
## [4873] 5946 5947 5948 5949 5950 5951 5952 5953 5954 5955 5956 5957 5958 5959
## [4887] 5960 5961 5962 5963 5964 5965 5966 5967 5968 5969 5970 5971 5972 5973
## [4901] 5974 5975 5976 5977 5978 5979 5980 5981 5982 5983 5984 5985 5986 5987
## [4915] 5988 5989 5990 5991 5992 5993 5994 5995 5996 5997 5998 5999 6000 6001
## [4929] 6002 6003 6004 6005 6006 6007 6008 6009 6010 6011 6012 6013 6014 6015
## [4943] 6016 6017 6018 6019 6020 6021 6022 6023 6024 6025 6026 6027 6028 6029
## [4957] 6030 6031 6032 6033 6034 6035 6036 6037 6038 6039 6040 6041 6042 6043
## [4971] 6044 6045 6046 6047 6048 6049 6050 6051 6052 6053 6054 6055 6056 6057
## [4985] 6058 6059 6060 6061 6062 6063 6064 6065 6066 6067 6068 6069 6070 6071
## [4999] 6072 6073 6074 6075 6076 6077 6078 6079 6080 6081 6082 6083 6084 6085
## [5013] 6086 6087 6088 6089 6090 6091 6092 6093 6094 6095 6096 6097 6098 6099
## [5027] 6100 6101 6102 6103 6104 6105 6106 6107 6108 6109 6110 6111 6112 6113
## [5041] 6114 6115 6116 6117 6118 6119 6120 6121 6122 6123 6124 6125 6126 6127
## [5055] 6128 6129 6130 6131 6132 6133 6134 6135 6136 6137 6138 6139 6140 6141
## [5069] 6142 6143 6144 6145 6146 6147 6148 6149Association Network
SOFAR on ALOHA – log transformed
Fitted Values
load(file ="sofarFit2ALOHA_log.rData")
Ayhat <- fitted_sofar(fitALOHA)
varA <- 1-totalVar(fitALOHA$Y-Ayhat)/totalVar(fitALOHA$Y)
print(paste("ALOHA r-squared value =", varA))## [1] "ALOHA r-squared value = 0.944116139548301"data_A <- data.frame(
y=c(fitALOHA$Y),
fit=c(Ayhat),
i=c(row(fitALOHA$Y)),
j=c(col(fitALOHA$Y))
)
linkYA <- linkY[ linkY$Location =="ALOHA",]
rownames(linkYA) <- c(1:72)
linkYA$i <-as.numeric(row.names(linkYA))
data_A1 <- full_join(linkYA, data_A, by = "i")
avgdatA <- aggregate(cbind(y, fit)~j +Depth, FUN= mean, data = data_A1)
APLOT <-ggplot(data =avgdatA,aes(y = y, x = Depth))+geom_line(linetype=1)+
geom_line(aes(x=Depth,y=fit),linetype=2)+
facet_wrap(~j,scales = "free")+coord_flip() + scale_x_reverse()+ylim(0,1.3)+theme(axis.title.x =element_blank() )+ggtitle("ALOHA")
APLOT
Latent Factors
Yl <- with(fitALOHA,Y%*%V)
Xl <- with(fitALOHA,X%*%U)
plot(Xl[,1],Yl[,1],xlab="latent predictor 1",
ylab="latent response 1")
which(fitALOHA$V[,1]!=0)## [1] 5which(fitALOHA$U[,1]!=0)## [1] 4 9 11 24 40 43 44 45 52 53 57 62 67 69
## [15] 70 73 75 76 79 80 81 84 86 97 100 102 105 107
## [29] 110 111 115 117 128 129 131 132 133 135 136 140 141 151
## [43] 155 158 159 165 167 170 173 174 175 176 181 184 186 192
## [57] 196 197 198 199 201 204 210 211 213 217 218 219 225 227
## [71] 228 229 230 232 234 235 238 241 244 246 249 251 254 255
## [85] 256 257 261 265 266 269 270 274 275 276 277 280 283 284
## [99] 286 291 292 293 295 296 297 299 300 301 302 304 305 306
## [113] 308 309 310 311 317 318 319 321 323 324 325 326 328 329
## [127] 330 331 332 334 335 336 337 338 339 340 342 343 344 347
## [141] 348 349 351 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364
## [155] 365 366 367 370 371 373 374 376 378 379 380 382 384 385
## [169] 386 388 390 391 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404
## [183] 405 406 407 410 411 412 413 414 415 416 417 419 420 421
## [197] 422 424 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 437 438
## [211] 439 440 441 442 443 444 445 447 448 449 451 452 453 454
## [225] 455 456 457 458 460 461 462 463 464 465 466 467 469 470
## [239] 471 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485
## [253] 487 488 489 490 491 492 495 496 497 498 499 500 501 502
## [267] 503 504 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517
## [281] 519 520 521 522 523 524 525 526 527 529 530 531 532 533
## [295] 534 535 536 537 538 539 540 541 542 544 545 546 547 548
## [309] 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562
## [323] 563 564 565 566 568 569 570 571 572 574 575 576 577 578
## [337] 580 581 582 583 584 585 588 589 590 591 592 593 595 596
## [351] 597 598 600 602 603 604 606 608 609 610 611 612 613 614
## [365] 615 618 619 621 622 628 629 630 632 633 635 638 640 641
## [379] 642 644 645 646 647 649 650 651 652 653 654 655 656 658
## [393] 659 660 664 667 668 671 672 675 677 681 682 686 687 688
## [407] 690 691 693 695 696 697 698 703 704 705 709 711 718 720
## [421] 724 726 727 730 732 733 734 735 736 737 739 743 744 745
## [435] 747 751 754 755 756 757 758 760 761 765 767 770 771 772
## [449] 791 801 807 809 838 888 896 916 926 956 979 993 997 998
## [463] 1004 1005 1006 1007 1011 1015 1019 1021 1022 1025 1034 1036 1049 1050
## [477] 1056 1058 1061 1064 1065 1068 1073 1074 1075 1076 1079 1080 1081 1082
## [491] 1083 1084 1088 1089 1091 1093 1097 1099 1100 1102 1110 1112 1114 1115
## [505] 1117 1121 1123 1124 1125 1126 1128 1130 1131 1132 1133 1134 1136 1139
## [519] 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1148 1149 1150 1152 1153 1154 1155 1156
## [533] 1157 1159 1160 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173
## [547] 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1184 1185 1186 1187 1188 1189
## [561] 1190 1191 1192 1193 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1204 1205 1206
## [575] 1207 1209 1211 1212 1213 1214 1215 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223
## [589] 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237
## [603] 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251
## [617] 1252 1253 1254 1255 1257 1258 1259 1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267
## [631] 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1276 1277 1278 1282 1283 1284 1285
## [645] 1286 1287 1288 1289 1290 1291 1294 1295 1296 1298 1299 1300 1301 1302
## [659] 1303 1304 1305 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317 1318
## [673] 1322 1324 1325 1328 1329 1330 1332 1333 1336 1337 1341 1345 1351 1355
## [687] 1357 1360 1362 1364 1365 1366 1367 1370 1372 1373 1374 1376 1381 1385
## [701] 1397 1448 1480 1482 1500 1553 1554 1559 1565 1566 1567 1585 1587 1596
## [715] 1633 1637 1641 1662 1663 1665 1668 1672 1675 1683 1686 1697 1698 1705
## [729] 1715 1716 1719 1723 1724 1726 1728 1729 1731 1732 1735 1740 1742 1746
## [743] 1747 1748 1751 1753 1755 1756 1758 1759 1760 1761 1764 1766 1767 1768
## [757] 1769 1770 1771 1773 1774 1775 1778 1779 1780 1782 1783 1784 1785 1786
## [771] 1788 1789 1791 1792 1793 1794 1795 1796 1797 1798 1799 1802 1803 1804
## [785] 1805 1806 1809 1811 1812 1815 1816 1817 1818 1819 1820 1822 1823 1824
## [799] 1825 1826 1832 1833 1835 1836 1837 1838 1839 1842 1843 1844 1845 1848
## [813] 1849 1850 1853 1854 1855 1857 1858 1859 1860 1861 1862 1863 1865 1868
## [827] 1869 1870 1871 1873 1874 1875 1877 1878 1879 1880 1881 1884 1885 1886
## [841] 1887 1888 1889 1890 1893 1894 1896 1897 1898 1900 1901 1902 1903 1904
## [855] 1905 1906 1907 1908 1909 1910 1911 1913 1914 1915 1916 1917 1918 1919
## [869] 1921 1922 1923 1924 1925 1926 1927 1928 1929 1930 1931 1933 1934 1935
## [883] 1936 1937 1939 1940 1941 1942 1944 1945 1946 1947 1948 1949 1951 1953
## [897] 1954 1955 1956 1957 1958 1959 1960 1961 1963 1964 1965 1966 1967 1968
## [911] 1969 1970 1971 1972 1973 1974 1975 1977 1978 1979 1980 1981 1982 1983
## [925] 1984 1985 1986 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998
## [939] 2001 2002 2003 2004 2005 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2014 2018 2019
## [953] 2020 2022 2023 2024 2025 2026 2028 2029 2030 2031 2032 2033 2035 2037
## [967] 2038 2041 2042 2043 2044 2045 2049 2050 2054 2056 2058 2060 2063 2064
## [981] 2066 2067 2068 2075 2077 2079 2084 2087 2090 2092 2097 2103 2104 2109
## [995] 2110 2116 2119 2131 2276 2286 2303 2344 2351 2361 2363 2365 2373 2381
## [1009] 2383 2384 2386 2398 2404 2411 2412 2414 2431 2432 2435 2436 2438 2439
## [1023] 2440 2541 2542 2550 2551 2552 2559 2560 2561 2563 2564 2566 2568 2571
## [1037] 2576 2577 2579 2582 2586 2587 2588 2589 2592 2594 2595 2598 2599 2600
## [1051] 2602 2603 2607 2609 2610 2611 2612 2614 2615 2617 2619 2620 2621 2626
## [1065] 2629 2630 2635 2640 2641 2642 2643 2644 2645 2646 2647 2648 2650 2652
## [1079] 2655 2656 2657 2658 2659 2660 2663 2664 2665 2666 2667 2671 2672 2673
## [1093] 2675 2676 2677 2678 2679 2680 2682 2684 2685 2687 2688 2690 2691 2692
## [1107] 2694 2695 2696 2697 2700 2701 2702 2703 2704 2705 2706 2709 2710 2713
## [1121] 2716 2718 2719 2721 2723 2724 2725 2726 2727 2729 2732 2733 2734 2737
## [1135] 2738 2739 2740 2741 2742 2744 2745 2746 2747 2748 2749 2753 2754 2755
## [1149] 2757 2762 2763 2765 2766 2768 2770 2771 2772 2773 2774 2776 2778 2779
## [1163] 2780 2781 2782 2789 2790 2792 2793 2796 2797 2801 2803 2804 2805 2806
## [1177] 2807 2808 2809 2810 2812 2813 2814 2815 2816 2818 2819 2820 2821 2822
## [1191] 2823 2824 2825 2826 2827 2828 2833 2834 2836 2837 2840 2841 2843 2844
## [1205] 2845 2846 2848 2849 2851 2852 2854 2856 2857 2858 2859 2860 2862 2863
## [1219] 2865 2867 2868 2869 2870 2871 2874 2877 2878 2880 2881 2883 2884 2885
## [1233] 2886 2887 2888 2889 2890 2892 2893 2894 2895 2896 2897 2898 2899 2900
## [1247] 2901 2903 2905 2906 2907 2909 2910 2911 2912 2913 2914 2915 2917 2919
## [1261] 2921 2923 2924 2925 2926 2927 2928 2929 2930 2931 2932 2933 2935 2936
## [1275] 2937 2939 2942 2943 2944 2947 2948 2949 2952 2953 2954 2956 2957 2960
## [1289] 2961 2963 2964 2965 2966 2967 2968 2969 2971 2972 2973 2974 2975 2977
## [1303] 2978 2980 2981 2982 2985 2988 2989 2990 2991 2992 2993 2995 2996 2997
## [1317] 2998 2999 3001 3002 3003 3004 3006 3009 3010 3012 3015 3016 3017 3018
## [1331] 3019 3020 3021 3022 3023 3024 3027 3028 3030 3031 3032 3033 3035 3036
## [1345] 3037 3038 3039 3040 3041 3042 3043 3044 3045 3046 3047 3048 3049 3050
## [1359] 3051 3052 3053 3054 3055 3056 3057 3058 3059 3060 3061 3062 3063 3065
## [1373] 3066 3067 3069 3070 3071 3072 3073 3075 3076 3077 3078 3079 3080 3082
## [1387] 3084 3085 3086 3090 3091 3093 3095 3096 3097 3098 3099 3100 3103 3105
## [1401] 3107 3108 3109 3110 3111 3112 3113 3114 3115 3117 3118 3119 3120 3121
## [1415] 3122 3123 3125 3127 3128 3129 3130 3131 3132 3133 3134 3136 3138 3139
## [1429] 3141 3142 3143 3144 3146 3147 3148 3150 3151 3154 3155 3157 3158 3159
## [1443] 3160 3161 3162 3163 3164 3165 3166 3168 3170 3171 3172 3173 3174 3175
## [1457] 3176 3177 3178 3179 3180 3181 3182 3184 3185 3186 3187 3189 3191 3192
## [1471] 3193 3194 3195 3196 3197 3198 3199 3200 3201 3202 3203 3204 3207 3208
## [1485] 3209 3210 3211 3212 3214 3215 3217 3218 3219 3220 3221 3222 3223 3224
## [1499] 3225 3226 3227 3228 3229 3230 3231 3234 3235 3236 3238 3239 3240 3241
## [1513] 3242 3243 3244 3247 3248 3249 3250 3251 3252 3253 3254 3255 3256 3257
## [1527] 3258 3261 3263 3264 3265 3268 3272 3273 3274 3275 3276 3277 3278 3281
## [1541] 3283 3284 3285 3286 3287 3289 3290 3291 3292 3294 3295 3296 3297 3298
## [1555] 3300 3301 3302 3303 3304 3305 3308 3309 3311 3312 3313 3314 3315 3316
## [1569] 3317 3319 3321 3324 3325 3326 3329 3330 3331 3332 3334 3336 3338 3339
## [1583] 3344 3345 3346 3347 3348 3349 3350 3352 3353 3354 3356 3358 3359 3360
## [1597] 3362 3363 3364 3365 3367 3369 3370 3372 3373 3374 3375 3378 3379 3380
## [1611] 3381 3385 3387 3389 3390 3391 3394 3395 3397 3398 3400 3401 3403 3404
## [1625] 3405 3407 3409 3411 3412 3415 3416 3417 3418 3419 3420 3423 3426 3427
## [1639] 3428 3429 3431 3432 3434 3435 3436 3438 3439 3441 3443 3444 3445 3448
## [1653] 3449 3451 3452 3459 3460 3462 3464 3466 3467 3470 3471 3472 3474 3476
## [1667] 3478 3479 3482 3483 3489 3494 3495 3497 3500 3502 3505 3506 3511 3512
## [1681] 3513 3515 3517 3519 3521 3522 3523 3525 3527 3528 3529 3532 3533 3535
## [1695] 3536 3537 3538 3539 3543 3544 3547 3548 3555 3557 3558 3559 3560 3562
## [1709] 3565 3566 3568 3570 3576 3577 3578 3584 3586 3587 3588 3589 3590 3591
## [1723] 3593 3594 3602 3605 3611 3614 3617 3618 3629 3631 3633 3634 3635 3636
## [1737] 3643 3647 3649 3650 3651 3653 3654 3655 3656 3657 3662 3664 3666 3668
## [1751] 3673 3677 3691 3694 3695 3701 3705 3717 3723 3726 3730 3731 3734 3743
## [1765] 3750 3761 3765 3773 3782 3795 3798 3811 3815 3844 3894 4103 4280 4766Association Network
COMBINE AND COMPARE:
PCA of Metadata
Variance Results
metadat <- read_excel("BATS_HOT_2022_FTMS data_for stats.xlsx")
metadat1 <- metadat[,c(1:8)]
ymeta <- metadat1[,c(3:7)]
meta.rda <- rda(ymeta)
pVar_ <- (meta.rda$CA$eig)/sum(meta.rda$CA$eig)
barplot(100*pVar_,main="variance (%)")
head(pVar_)## PC1 PC2 PC3 PC4 PC5
## 0.9081489788 0.0666317502 0.0205773940 0.0041160211 0.0005258559Visualizing Compounds & Vectors
ggdata_ <- data.frame(score_$sites,
metadat1[,c("ID")])
ggplot(ggdata_, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point()+ggtitle("Compounds PCA-arranged")+xlab(paste0("PC1 (", round(100*pVar_[1],1), ")%"))+ylab(paste0("PC2 (", round(100*pVar_[2],1), ")%"))
ggdata_2<-data.frame(score_$species, x0=0, y0=0, id = row.names(score_$species))
ggplot(ggdata_2, aes(col = id))+ geom_segment(aes(x=x0, y=y0, xend = PC1, yend = PC2, color = id))+ggtitle("Element Vectors")+xlab(paste0("PC1 (", round(100*pVar_[1],1), ")%"))+ylab(paste0("PC2 (", round(100*pVar_[2],1), ")%"))
Coloring by Compound
ggdata_elements <- merge(ggdata_,metadat1, by = "ID" )
Hplot <- ggplot(ggdata_elements, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = H))
Cplot <- ggplot(ggdata_elements, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = C))
Oplot <- ggplot(ggdata_elements, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = O))
Nplot <- ggplot(ggdata_elements, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = N))
Splot <-ggplot(ggdata_elements, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = S))
grid.arrange(Hplot, Cplot, Oplot, Nplot, Splot)
Coloring by Layer
fivelist <-list()
for (i in 1:6149){
if (fit$U[i,1]!=0){
fivelist[[length(fivelist)+1]] <-1} else {fivelist[[length(fivelist)+1]] <-0}
}
onetwofourlist <-list()
for (i in 1:6149){
if (fit$U[i,2]!=0){
onetwofourlist[[length(onetwofourlist)+1]] <-1} else {onetwofourlist[[length(onetwofourlist)+1]] <-0}
}
threelist <-list()
for (i in 1:6149){
if (fit$U[i,3]!=0){
threelist[[length(threelist)+1]] <-1} else {threelist[[length(threelist)+1]] <-0}
} layer1<- unlist(fivelist)
layer2<-unlist(onetwofourlist)
layer3<-unlist(threelist)
ID <- as.numeric(X[1,])
ID <-ID[-c(1:3)]
layerdata <- data.frame(ID, layer1, layer2, layer3)
gglayerdat1 <-merge(ggdata_, layerdata, by = "ID")
gglayerdat1 <- gglayerdat1[rowSums(gglayerdat1[,4:6])!= 0,]gglayerdat1$layer1 = as.factor(gglayerdat1$layer1)
gglayerdat1$layer2 = as.factor(gglayerdat1$layer2)
gglayerdat1$layer3 = as.factor(gglayerdat1$layer3)
layer1plot <- ggplot(gglayerdat1, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = layer1), alpha = .4, size = 1)+scale_color_manual(values = c("0" = "grey", "1"= "darkorchid4"))+ggtitle("Component 5")+theme(axis.title.x = element_blank())+theme(legend.position = c(.8,1.2), legend.direction = "horizontal", legend.title = element_blank() )
#layer1plot
layer2plot <- ggplot(gglayerdat1, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = layer2),alpha = .4, size = 1)+scale_color_manual(values = c("0" = "grey", "1"= "darkorchid4"))+ggtitle("Components 1,2,4")+theme(axis.title.x = element_blank())+theme(legend.position = "none")
#layer2plot
layer3plot <- ggplot(gglayerdat1, aes(x = PC1, y = PC2))+ geom_point(aes(color = layer3), alpha = .4, size = 1)+ggtitle("Component 3")+scale_color_manual(values = c("0" = "grey", "1"= "darkorchid4"))+theme(legend.position = "none")
#layer3plot
grid.arrange(layer1plot, layer2plot, layer3plot)