A. Identificacion de clusteres biosintéticos productores de Beauveriolidos en tres especies diferentes de hongos

ssh -x

cd HERRAMIENTAS/PROYECTO

nano beauveria_bedtools.slurm

#!/bin/bash

#SBATCH –job-name=bed

#SBATCH –output=bed_extraccion_beau.txt

#SBATCH –ntasks=1

#SBATCH –time=70:00:00

#SBATCH –partition=nu

module load gcc/11.1.0

module load bedtools/2.27.1

bedtools getfasta -fi beauveria_genomic.fna -bed beauveria_metabolites_tab.bed -fo beauveria_seqs.fasta

El archivo beauveria_metabolites_tab. bed se ve asi: las coordenadas fueron sacadas de AntiSmash

NW_007930867.1 114519 200443

Se utilizó este comando para delimitar el archivo tabularmente

awk -F {print $1, $2, $3}’ beauveria_metabolites.txt > beauveria_metabolites_tab.txt

sbatch beauveria_bedtools.slurm

Obtenemos el archivo beauveria_seqs.fasta (igual con las otras dos especies) con la secuencia de nucleótidos para la seccion de interés (BGC)

Se realizó el mismo proceso para correr el slurm pero esta vez empleando el genoma y el archivo con las coordenadas para B. brogniartii y C. militaris

C. militaris_tab

NW_006271969.1 4091976 4173428

B. brogniartii_tab

AZHA01000001.1 576725 663265

Descargar los archivos a usuario local

$ scp -r :/home/curso-684/HERRAMIENTAS/PROYECTO/bassiana_seqs.fasta /c/Users/marja/Desktop

$ scp -r :/home/curso-684/HERRAMIENTAS/PROYECTO/militaris_seqs.fasta /c/Users/marja/Desktop

$ scp -r :/home/curso-684/HERRAMIENTAS/PROYECTO/brogniartii_seqs.fasta /c/Users/marja/Desktop

B. Análisis Filogenético.

Anotación a las tres secuencias de BGC productores de Beauveriolidos

nano augustusproyecto.slum

#!/bin/bash

#SBATCH –job-name=augustus

#!/bin/bash

#SBATCH –job-name=augustus

#SBATCH –output=augustus_output

#SBATCH –ntasks=1

#SBATCH –time=70:00:00

#SBATCH –partition=dribe

module load augustus/3.3

augustus C.militarisBGC.FASTA –strand=both –gff3=on –codingseq=on –species=aspergillus_oryzae > Cmilli_augustus.gff3

sbatch augustus.slurm

Extraer el proteoma a las secuencias de clusters(sec de proteínas)

nano 2getfasta.slurm

#!/bin/bash

#SBATCH –job-name=augustus_getfasta

#!/bin/bash

#SBATCH –job-name=augustus_getfasta

#SBATCH –output=getfasta

#SBATCH –ntasks=1

#SBATCH –time=70:00:00

#SBATCH –partition=dribe

module load perl/5.34.0

module load augustus/3.3

perl /opt/tools/augustus-3.3/scripts/getAnnoFasta.pl Cmilli_augustus.gff3 –protein=on –codingseq=on

sbatch 2getfasta.slurm

Análisis con OrthoFinder

mover los proteomas y anotaciones de las tres especies a la carpeta

mkdir ORTHOFINDER2/

mv Cmilli_augustus3.aa ../ORTHOFINDER2/

mv Cmilitarisproteoma.FASTA ../ORTHOFINDER2/

Ejecutar slurm con los siguientes parámetros:

less Porthofinder.slurm

#!/bin/bash #SBATCH –job-name=orthofinder_herra #SBATCH –output=orthof_bbasr #SBATCH –ntasks=1 #SBATCH –time=70:00:00 #SBATCH –partition=dribe

module load miniconda/3

module load miniconda/orthofinder

orthofinder -f ORTHOCLUSTERS/ -t 20 -M msa -T fasttree

sbatch Porthofinder.slurm

Descargar los árboles construidos a la computadora local

scp -r : /home/curso-686/HERRAMIENTAS/PROYECTO/ORTHOFINDER2/OrthoFinder/Results_Jun10/Species_Tree/ SpeciesTree_rooted_node_labels.txt /c/Users/miran/Downloads

Analizar los resultados desde Itol.

https://itol.