A. Identificacion de clusteres biosinteticos productores de Beauveriolidos en tres especies diferentes de hongos

Ingreso a Kabre

cd
HERRAMIENTAS/PROYECTO 

## Error: <text>:1:4:
unexpected symbol

1: cd HERRAMIENTAS
^

nano beauveria_bedtools.slurm

## Error: <text>:1:6: unexpected symbol
## 1: nano beauveria_bedtools.slurm
##          ^

!/bin/bash SBATCH --job-name=bed SBATCH --output=bedextraccionbeau.txt SBATCH --ntasks=1 SBATCH --time=70:00:00 SBATCH --partition=nu module load gcc/11.1.0 module load bedtools/2.27.1

bedtools getfasta -fi beauveriagenomic.fna -bed beauveriametabolitestab.bed -fo beauveriaseqs.fasta

El archivo beauveriametabolitestab. bed se ve asi: las coordenadas fueron sacadas de AntiSmash

NW_007930867.1 114519 200443

Se utilizo este comando para delimitar el archivo tabularmente

awk -F \t '{print $1, $2, $3}' beauveria_metabolites.txt > beauveria_metabolites_tab.txt

## Error: <text>:1:8: inesperado '\\'
## 1: awk -F \
##            ^

sbatch beauveria_bedtools.slurm

## Error: <text>:1:8: unexpected symbol
## 1: sbatch beauveria_bedtools.slurm
##            ^

**Obtenemos el archivo beauveria_seqs.fasta (igual con las otras dos especies) con la secuencia de nucleotidos para la seccion de interes (BGC)**

Se realizo el mismo proceso para correr el slurm pero esta vez empleando el genoma y el archivo con las coordenadas para B. brogniartii y C. militaris

C. militaristab NW006271969.1 4091976 4173428

B. brogniartii_tab AZHA01000001.1 576725 663265

B. Analisis Filogenetico.

Anotacion a las tres secuencias de BGC productores de Beauveriolidos con Augustus:

nano augustusproyecto.slum

## Error: <text>:1:6: unexpected symbol
## 1: nano augustusproyecto.slum
##          ^

!/bin/bash SBATCH --job-name=augustus !/bin/bash SBATCH --job-name=augustus SBATCH --output=augustus_output SBATCH --ntasks=1 SBATCH --time=70:00:00 SBATCH --partition=dribe module load augustus/3.3

augustus C.militarisBGC.FASTA --strand=both --gff3=on --codingseq=on --species=aspergillusoryzae > Cmilliaugustus.gff3

sbatch augustus.slurm

## Error: <text>:1:8: unexpected symbol
## 1: sbatch augustus.slurm
##            ^

Este paso se repite para las otras dos especies.

Extraer el proteoma a las secuencias de clusters(sec de proteinas)

nano 2getfasta.slurm

## Error: <text>:1:6: unexpected numeric constant
## 1: nano 2
##          ^

!/bin/bash SBATCH --job-name=augustusgetfasta !/bin/bash SBATCH --job-name=augustusgetfasta SBATCH --output=getfasta SBATCH --ntasks=1 SBATCH --time=70:00:00 SBATCH --partition=dribe

module load perl/5.34.0 module load augustus/3.3 perl /opt/tools/augustus-3.3/scripts/getAnnoFasta.pl Cmilli_augustus.gff3 --protein=on --codingseq=on

sbatch 2getfasta.slurm

## Error: <text>:1:8: unexpected numeric constant
## 1: sbatch 2
##            ^

Analisis con OrthoFinder

Mover los proteomas y anotaciones de las tres especies a una misma carpeta

mkdir ORTHOFINDER2/

## Error: <text>:1:7: unexpected symbol
## 1: mkdir ORTHOFINDER2
##           ^

mv Cmilli_augustus3.aa ../ORTHOFINDER2/ 
  
mv Cmilitarisproteoma.FASTA ../ORTHOFINDER2/ 

## Error: <text>:1:4: unexpected symbol
## 1: mv Cmilli_augustus3.aa
##        ^

Ejecutar slurm con los siguientes parametros:

less Porthofinder.slurm

## Error: <text>:1:6: unexpected symbol
## 1: less Porthofinder.slurm
##          ^

!/bin/bash SBATCH --job-name=orthofinderherra SBATCH --output=orthofbbasr SBATCH --ntasks=1 SBATCH --time=70:00:00 SBATCH --partition=dribe

module load miniconda/3 module load miniconda/orthofinder orthofinder -f ORTHOCLUSTERS/ -t 20 -M msa -T fasttree

sbatch Porthofinder.slurm

## Error: <text>:1:8: unexpected symbol
## 1: sbatch Porthofinder.slurm
##            ^

Descargar los arboles construidos a la computadora local

scp -r curso-686@kabre.cenat.ac.cr: /home/curso-686/HERRAMIENTAS/PROYECTO/ORTHOFINDER2/OrthoFinder/Results_Jun10/Species_Tree/ SpeciesTree_rooted_node_labels.txt /c/Users/miran/Downloads

## Error: <text>:1:8: unexpected symbol
## 1: scp -r curso
##            ^

Analizar los resultados desde Itol. https://itol.