R Markdown
Datos_Inoculo<- read_excel("C:/Users/JuanSebH2/Downloads/Universidad/Fitopato/Datos Inoculo .xlsx",
sheet = "Datos_R")
DI=data.frame(Datos_Inoculo);DI
## Dia.despues.de.inocular TRAT REPL Area.afectada
## 1 0 Rosa Control Ambiente 1 0.000
## 2 0 Rosa Control Ambiente 2 0.000
## 3 0 Rosa Control Ambiente 3 0.000
## 4 0 Rosa Control Ambiente 4 0.000
## 5 0 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 6 0 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 7 0 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 8 0 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 9 0 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 10 0 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 11 0 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 12 0 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 13 0 Cala Control 4°C 1 0.000
## 14 0 Cala Control 4°C 2 0.000
## 15 0 Cala Control 4°C 3 0.000
## 16 0 Cala Control 4°C 4 0.000
## 17 0 Rosa Incoculo Ambiente 1 0.000
## 18 0 Rosa Incoculo Ambiente 2 0.000
## 19 0 Rosa Incoculo Ambiente 3 0.000
## 20 0 Rosa Incoculo Ambiente 4 0.000
## 21 0 Cala Inoculo Ambiente 1 0.000
## 22 0 Cala Inoculo Ambiente 2 0.000
## 23 0 Cala Inoculo Ambiente 3 0.000
## 24 0 Cala Inoculo Ambiente 4 0.000
## 25 0 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 26 0 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 27 0 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 28 0 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 29 0 Cala Inoculo 4°C 1 0.000
## 30 0 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 31 0 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 32 0 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
## 33 1 Rosa Control Ambiente 1 0.000
## 34 1 Rosa Control Ambiente 2 0.000
## 35 1 Rosa Control Ambiente 3 0.000
## 36 1 Rosa Control Ambiente 4 0.000
## 37 1 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 38 1 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 39 1 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 40 1 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 41 1 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 42 1 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 43 1 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 44 1 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 45 1 Cala Control 4°C 1 0.000
## 46 1 Cala Control 4°C 2 0.000
## 47 1 Cala Control 4°C 3 0.000
## 48 1 Cala Control 4°C 4 0.000
## 49 1 Rosa Incoculo Ambiente 1 0.000
## 50 1 Rosa Incoculo Ambiente 2 0.000
## 51 1 Rosa Incoculo Ambiente 3 0.000
## 52 1 Rosa Incoculo Ambiente 4 0.000
## 53 1 Cala Inoculo Ambiente 1 0.000
## 54 1 Cala Inoculo Ambiente 2 0.000
## 55 1 Cala Inoculo Ambiente 3 0.000
## 56 1 Cala Inoculo Ambiente 4 0.000
## 57 1 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 58 1 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 59 1 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 60 1 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 61 1 Cala Inoculo 4°C 1 0.000
## 62 1 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 63 1 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 64 1 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
## 65 2 Rosa Control Ambiente 1 0.000
## 66 2 Rosa Control Ambiente 2 0.000
## 67 2 Rosa Control Ambiente 3 0.000
## 68 2 Rosa Control Ambiente 4 0.000
## 69 2 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 70 2 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 71 2 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 72 2 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 73 2 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 74 2 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 75 2 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 76 2 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 77 2 Cala Control 4°C 1 0.000
## 78 2 Cala Control 4°C 2 0.000
## 79 2 Cala Control 4°C 3 0.000
## 80 2 Cala Control 4°C 4 0.000
## 81 2 Rosa Incoculo Ambiente 1 0.408
## 82 2 Rosa Incoculo Ambiente 2 0.000
## 83 2 Rosa Incoculo Ambiente 3 0.517
## 84 2 Rosa Incoculo Ambiente 4 0.000
## 85 2 Cala Inoculo Ambiente 1 0.000
## 86 2 Cala Inoculo Ambiente 2 0.000
## 87 2 Cala Inoculo Ambiente 3 0.593
## 88 2 Cala Inoculo Ambiente 4 0.000
## 89 2 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 90 2 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 91 2 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 92 2 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 93 2 Cala Inoculo 4°C 1 0.000
## 94 2 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 95 2 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 96 2 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
## 97 3 Rosa Control Ambiente 1 0.000
## 98 3 Rosa Control Ambiente 2 0.000
## 99 3 Rosa Control Ambiente 3 0.000
## 100 3 Rosa Control Ambiente 4 0.000
## 101 3 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 102 3 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 103 3 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 104 3 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 105 3 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 106 3 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 107 3 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 108 3 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 109 3 Cala Control 4°C 1 0.000
## 110 3 Cala Control 4°C 2 0.000
## 111 3 Cala Control 4°C 3 0.000
## 112 3 Cala Control 4°C 4 0.000
## 113 3 Rosa Incoculo Ambiente 1 1.276
## 114 3 Rosa Incoculo Ambiente 2 0.000
## 115 3 Rosa Incoculo Ambiente 3 2.798
## 116 3 Rosa Incoculo Ambiente 4 1.431
## 117 3 Cala Inoculo Ambiente 1 0.000
## 118 3 Cala Inoculo Ambiente 2 0.000
## 119 3 Cala Inoculo Ambiente 3 1.104
## 120 3 Cala Inoculo Ambiente 4 0.000
## 121 3 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 122 3 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 123 3 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 124 3 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 125 3 Cala Inoculo 4°C 1 0.000
## 126 3 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 127 3 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 128 3 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
## 129 4 Rosa Control Ambiente 1 0.000
## 130 4 Rosa Control Ambiente 2 0.000
## 131 4 Rosa Control Ambiente 3 0.000
## 132 4 Rosa Control Ambiente 4 0.156
## 133 4 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 134 4 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 135 4 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 136 4 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 137 4 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 138 4 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 139 4 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 140 4 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 141 4 Cala Control 4°C 1 0.000
## 142 4 Cala Control 4°C 2 0.000
## 143 4 Cala Control 4°C 3 0.000
## 144 4 Cala Control 4°C 4 0.000
## 145 4 Rosa Incoculo Ambiente 1 10.376
## 146 4 Rosa Incoculo Ambiente 2 0.000
## 147 4 Rosa Incoculo Ambiente 3 20.503
## 148 4 Rosa Incoculo Ambiente 4 1.696
## 149 4 Cala Inoculo Ambiente 1 0.000
## 150 4 Cala Inoculo Ambiente 2 0.000
## 151 4 Cala Inoculo Ambiente 3 10.567
## 152 4 Cala Inoculo Ambiente 4 0.000
## 153 4 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 154 4 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 155 4 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 156 4 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 157 4 Cala Inoculo 4°C 1 0.000
## 158 4 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 159 4 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 160 4 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
## 161 5 Rosa Control Ambiente 1 0.000
## 162 5 Rosa Control Ambiente 2 0.000
## 163 5 Rosa Control Ambiente 3 0.000
## 164 5 Rosa Control Ambiente 4 1.769
## 165 5 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 166 5 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 167 5 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 168 5 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 169 5 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 170 5 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 171 5 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 172 5 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 173 5 Cala Control 4°C 1 0.000
## 174 5 Cala Control 4°C 2 0.000
## 175 5 Cala Control 4°C 3 0.000
## 176 5 Cala Control 4°C 4 0.000
## 177 5 Rosa Incoculo Ambiente 1 22.273
## 178 5 Rosa Incoculo Ambiente 2 0.000
## 179 5 Rosa Incoculo Ambiente 3 29.069
## 180 5 Rosa Incoculo Ambiente 4 5.571
## 181 5 Cala Inoculo Ambiente 1 1.054
## 182 5 Cala Inoculo Ambiente 2 1.548
## 183 5 Cala Inoculo Ambiente 3 16.857
## 184 5 Cala Inoculo Ambiente 4 0.915
## 185 5 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 186 5 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 187 5 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 188 5 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 189 5 Cala Inoculo 4°C 1 0.400
## 190 5 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 191 5 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 192 5 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
## 193 6 Rosa Control Ambiente 1 0.612
## 194 6 Rosa Control Ambiente 2 0.478
## 195 6 Rosa Control Ambiente 3 0.461
## 196 6 Rosa Control Ambiente 4 11.150
## 197 6 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 198 6 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 199 6 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 200 6 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 201 6 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 202 6 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 203 6 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 204 6 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 205 6 Cala Control 4°C 1 0.000
## 206 6 Cala Control 4°C 2 0.000
## 207 6 Cala Control 4°C 3 0.000
## 208 6 Cala Control 4°C 4 0.000
## 209 6 Rosa Incoculo Ambiente 1 40.320
## 210 6 Rosa Incoculo Ambiente 2 0.000
## 211 6 Rosa Incoculo Ambiente 3 52.460
## 212 6 Rosa Incoculo Ambiente 4 13.435
## 213 6 Cala Inoculo Ambiente 1 31.760
## 214 6 Cala Inoculo Ambiente 2 15.620
## 215 6 Cala Inoculo Ambiente 3 41.475
## 216 6 Cala Inoculo Ambiente 4 32.075
## 217 6 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 218 6 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 219 6 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 220 6 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 221 6 Cala Inoculo 4°C 1 0.185
## 222 6 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 223 6 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 224 6 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
## 225 7 Rosa Control Ambiente 1 11.761
## 226 7 Rosa Control Ambiente 2 8.736
## 227 7 Rosa Control Ambiente 3 8.052
## 228 7 Rosa Control Ambiente 4 36.649
## 229 7 Cala Control Ambiente 1 0.000
## 230 7 Cala Control Ambiente 2 0.000
## 231 7 Cala Control Ambiente 3 0.000
## 232 7 Cala Control Ambiente 4 0.000
## 233 7 Rosa Control 4°C 1 0.000
## 234 7 Rosa Control 4°C 2 0.000
## 235 7 Rosa Control 4°C 3 0.000
## 236 7 Rosa Control 4°C 4 0.000
## 237 7 Cala Control 4°C 1 0.000
## 238 7 Cala Control 4°C 2 0.000
## 239 7 Cala Control 4°C 3 0.000
## 240 7 Cala Control 4°C 4 0.000
## 241 7 Rosa Incoculo Ambiente 1 79.465
## 242 7 Rosa Incoculo Ambiente 2 1.250
## 243 7 Rosa Incoculo Ambiente 3 142.170
## 244 7 Rosa Incoculo Ambiente 4 98.295
## 245 7 Cala Inoculo Ambiente 1 101.811
## 246 7 Cala Inoculo Ambiente 2 88.476
## 247 7 Cala Inoculo Ambiente 3 125.874
## 248 7 Cala Inoculo Ambiente 4 152.787
## 249 7 Rosa Inoculo 4°C 1 0.000
## 250 7 Rosa Inoculo 4°C 2 0.000
## 251 7 Rosa Inoculo 4°C 3 0.000
## 252 7 Rosa Inoculo 4°C 4 0.000
## 253 7 Cala Inoculo 4°C 1 0.400
## 254 7 Cala Inoculo 4°C 2 0.000
## 255 7 Cala Inoculo 4°C 3 0.000
## 256 7 Cala Inoculo 4°C 4 0.000
datos_resumen= DI |>
group_by(Dia.despues.de.inocular, TRAT, REPL) |>
summarize(media = mean(Area.afectada),
desviacion = sd(Area.afectada),
n = n()) |>
mutate(error = 1.96 * desviacion / sqrt(n))
## `summarise()` has grouped output by 'Dia.despues.de.inocular', 'TRAT'. You can
## override using the `.groups` argument.
datos_resumen$Tratamiento=datos_resumen$TRAT
ggplot(datos_resumen) +
aes(x = Dia.despues.de.inocular, y = media, fill = Tratamiento) +
geom_bar(stat = 'identity', position = 'dodge', color = "black") +
geom_errorbar(aes(ymin = media - error, ymax = media + error),
width = 0.2, position = position_dodge(0.9)) +
#facet_grid(~REPL) +
labs(x = "Dia despues de inocular", y = "Area (cm^2)") +
#theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1, size= 7))+
scale_fill_manual(values = c("#9E3D22", "#2F2F2F", "#418E4D", "#2D5E88","#FE9549" ,"#B254A5","#F5C35C","#9F3632"))+
#scale_x_discrete(labels = labels)+
theme_bw()
tukey=TukeyC(aov(Area.afectada~TRAT+Dia.despues.de.inocular, data=DI));tukey
## Warning in qt(sig.level, aux_mt$coef[, 3]): NaNs produced
## Warning in qt(sig.level, aux_mt$coef[, 3]): NaNs produced
## Warning in qt(sig.level, aux_mt$coef[, 3]): NaNs produced
## Warning in qt(sig.level, aux_mt$coef[, 3]): NaNs produced
## Results
## Means G1 G2
## Cala Inoculo Ambiente 19.45 a
## Rosa Incoculo Ambiente 16.35 a
## Rosa Control Ambiente 2.49 b
## Cala Inoculo 4°C 0.03 b
## Rosa Control 4°C 0.00 b
## Cala Control Ambiente 0.00 b
## Rosa Inoculo 4°C 0.00 b
## Cala Control 4°C 0.00 b
##
## Sig.level
## 0.05
##
## Diff_Prob
## Cala Inoculo Ambiente Rosa Incoculo Ambiente
## Cala Inoculo Ambiente 0.000 3.100
## Rosa Incoculo Ambiente 0.997 0.000
## Rosa Control Ambiente 0.003 0.035
## Cala Inoculo 4°C 0.000 0.005
## Rosa Control 4°C 0.000 0.005
## Cala Control Ambiente 0.000 0.005
## Rosa Inoculo 4°C 0.000 0.005
## Cala Control 4°C 0.000 0.005
## Rosa Control Ambiente Cala Inoculo 4°C Rosa Control 4°C
## Cala Inoculo Ambiente 16.959 19.423 19.454
## Rosa Incoculo Ambiente 13.859 16.323 16.354
## Rosa Control Ambiente 0.000 2.464 2.494
## Cala Inoculo 4°C 0.999 0.000 0.031
## Rosa Control 4°C 0.999 1.000 0.000
## Cala Control Ambiente 0.999 1.000 1.000
## Rosa Inoculo 4°C 0.999 1.000 1.000
## Cala Control 4°C 0.999 1.000 1.000
## Cala Control Ambiente Rosa Inoculo 4°C Cala Control 4°C
## Cala Inoculo Ambiente 19.454 19.454 19.454
## Rosa Incoculo Ambiente 16.354 16.354 16.354
## Rosa Control Ambiente 2.494 2.494 2.494
## Cala Inoculo 4°C 0.031 0.031 0.031
## Rosa Control 4°C 0.000 0.000 0.000
## Cala Control Ambiente 0.000 0.000 0.000
## Rosa Inoculo 4°C 1.000 0.000 0.000
## Cala Control 4°C 1.000 1.000 0.000
##
## MSD
## Cala Inoculo Ambiente Rosa Incoculo Ambiente
## Cala Inoculo Ambiente 0.000 13.316
## Rosa Incoculo Ambiente 13.316 0.000
## Rosa Control Ambiente 13.316 13.316
## Cala Inoculo 4°C 13.316 13.316
## Rosa Control 4°C 13.316 13.316
## Cala Control Ambiente 13.316 13.316
## Rosa Inoculo 4°C 13.316 13.316
## Cala Control 4°C 13.316 13.316
## Rosa Control Ambiente Cala Inoculo 4°C Rosa Control 4°C
## Cala Inoculo Ambiente 13.316 13.316 13.316
## Rosa Incoculo Ambiente 13.316 13.316 13.316
## Rosa Control Ambiente 0.000 13.316 13.316
## Cala Inoculo 4°C 13.316 0.000 13.316
## Rosa Control 4°C 13.316 13.316 0.000
## Cala Control Ambiente 13.316 13.316 13.316
## Rosa Inoculo 4°C 13.316 13.316 13.316
## Cala Control 4°C 13.316 13.316 13.316
## Cala Control Ambiente Rosa Inoculo 4°C Cala Control 4°C
## Cala Inoculo Ambiente 13.316 13.316 13.316
## Rosa Incoculo Ambiente 13.316 13.316 13.316
## Rosa Control Ambiente 13.316 13.316 13.316
## Cala Inoculo 4°C 13.316 13.316 13.316
## Rosa Control 4°C 13.316 13.316 13.316
## Cala Control Ambiente 0.000 13.316 13.316
## Rosa Inoculo 4°C 13.316 0.000 13.316
## Cala Control 4°C 13.316 13.316 0.000
Severidad<- read_excel("C:/Users/JuanSebH2/Downloads/Universidad/Fitopato/Datos Inoculo .xlsx",
sheet = "Severidad R")
Severidad=data.frame(Severidad);Severidad
## TRAT Nivel.de.severidad AF_percent
## 1 Rosa Control Ambiente 0.00 0.000
## 2 Cala Control Ambiente 0.00 0.000
## 3 Rosa Control 4°C 0.00 0.000
## 4 Cala Control 4°C 0.00 0.000
## 5 Rosa Incoculo Ambiente 1.75 29.860
## 6 Cala Inoculo Ambiente 2.00 33.480
## 7 Rosa Inoculo 4°C 0.00 0.000
## 8 Cala Inoculo 4°C 0.00 0.028
Severidad$Tratamiento=Severidad$TRAT
ggplot(Severidad)+
aes(Severidad$Tratamiento,Severidad$Nivel.de.severidad, fill=Tratamiento)+
geom_bar(stat = "identity", position = 'dodge', color = "black")+
ylim(c(0,3))+
ylab("Nivel de severidad")+
xlab("Tratamientos")+
geom_text(aes(label = Severidad$Nivel.de.severidad), vjust = -1, colour = "black")+
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1, size= 7))+
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## Warning: Use of `Severidad$Tratamiento` is discouraged.
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mod1=aov(Nivel.de.severidad~Tratamiento, data = Severidad)
Severidad<- read_excel("C:/Users/JuanSebH2/Downloads/Universidad/Fitopato/Datos Inoculo .xlsx",
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aes(Tratamiento,AF_percent, fill=Tratamiento)+
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mod1=aov(AF_percent~Tratamiento, data = Severidad)