İLT668, R Markdown Rehberi

class: center, top, title-slide

.title[
# İLT668, R Markdown Rehberi
]
.author[
### Umut Yener Kara
]
.date[
### 5 Mart, 2023<br>Güncelleme: May 22, 2023
]

---

class: inverse

# R Markdown

---
# R Markdown

`.Rmd` uzantılı R Markdown dosyaları metin, kod ve kodların çıktılarını biraraya getiren bir formattır. R'da yapılan analizlerin kodlarıyla birlikte raporlanması, aktarılması ve yayılması için kullanılır.

--
Avantajları:

+ Word veya Powerpoint'e kod ve çıktı yapıştırma zahmetinden kurtarır.
--

+ İnsanlar tarafından scriptlere göre daha rahat okunur bir format.
--

+ İstediğiniz kadar kod gösterebilirsiniz veya gizleyebilirsiniz 
  
--

* Farklı formatta dosyalar yaratabilirsiniz

+ PDF dosyaları
  + HTML web siteleri 
  + Word ve PowerPoint belgeleri  
  + Sunumlar 
  
---

# R Markdown Dosyaları

Bir R Markdown dosyası yaratalım:

1. *File > New File > R Markdown...* seçeneğine tıklayın
2. *HTML Output* seçeneğinin tıklandığından emin olun
3. Dosyayı istediğiniz klasöre kaydedin, adını `ilk_rmd.Rmd` koyun
4. *Knit HTML* düğmesine tıklayın
5. R Markdown panosunda süreci takip edin ve sonuca göz atın.

İsterseniz önizleme ekranında *Open in Browser* düğmesine tıklayarak dosyayı bilgisayarınızın tarayıcısında açabilirsiniz.

---

# R Markdown Başlıkları

Bir `.Rmd` dosyasının başlığı (header) [YAML](http://yaml.org/) (YAML Ain't Markup Language) diye geçen kod bloğudur, diğer her şey belgenin ana gövdesidir.

```{}
---
title: "Untitled"
author: "Umut Yener Kara"
date: "28 Mart 2023"
output: html_document
---
```
--

[Kod bloğunda değişikliklerle](http://rmarkdown.rstudio.com/html_document_format.html) formatı değiştirebilirsiniz.

```{}
output:
  html_document:
    theme: readable
```

---
## R Markdown Sentaksı

.pull-left[
### Sentaks

<pre>
**bold**
*italik*
# Başlık
## Alt-başlık
### Alt-alt-başlık
> Ünlü bir insandan
> alıntı
</pre>
]
.pull-right[

### Çıktı

**bold**

*italik*
# Başlık
## Alt-başlık
### Alt-alt-başlık
> Ünlü bir insandan
> alıntı
]

---

## Daha Fazla R Markdown Sentaksı
.pull-left[

## Sentaks

<pre>
1. Numaralı liste 1
1. Numaralı liste 2
  1. Altliste 1
  1. Altliste 2

* Numarasız liste
* Numarasız liste
  + Alt liste

[URL linki](https://www.hacettepe.edu.tr/)

![Resim](data:image/png;base64,#https://www.evrensel.net/upload/dosya/174945.jpg)
</pre>
]

.pull-left[
### Çıktı

1. Numaralı liste 1
1. Numaralı liste 2
  1. Altliste 1
  1. Altliste 2

* Numarasız liste
* Numarasız liste
  + Alt liste

[URL linki](https://www.hacettepe.edu.tr/)

![Resim](data:image/png;base64,#https://www.evrensel.net/upload/dosya/174945.jpg)
</pre>
]

---

## R Markdown'da R Kodu

RMarkdown dosyalarında, R kod kısımları **chunks** diye geçer. Kod kısımları üç backtick `{r}` ile başlar üç backtick ile biter. Aşağıdaki chunk...

```{r}
    summary(cars)
    ```
Belgede knit edildikten sonra şöyle görünür:

```r
summary(cars)
```

```
##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00
```

---

## Chunk Opsiyonları

Kod chunk'larında R koduyla ne yapılacağıyla ilgili opsiyonlar/argümanlar vardır. Bunlar `{r}` kısmına, küme parantezleri içerisine yazılır.

* `echo=FALSE`: R kodunu belgede göstermez ama çalıştırır ve sonucunu gösterir

* `eval=FALSE`: Kodu belgede gösterir ama çalıştırmaz

* `include=FALSE`: Kodu ve sonucunu belgede göstermez ama çalıştırır (paket yüklediğiniz `setup` chunk'ları için idealdir!)

* `results='hide'`: Kodu çalıştırır ama sonucunu göstermez

* `cache=TRUE`: İşlemlerin sonucunu kaydeder böylece belgeyi her knit ettiğinizde kodu yeniden çalıştırmak zorunda kalmaz. Uzun süren işlemler için kullanılır.

* `fig.height=5, fig.width=5`: Kod grafik çiziyorsa boyutlarını değiştirmek için kullanılır.

Bunların bazıları her chunk içerisindeki  *Modify Chunk Options* isimli çark sembolüne tıklayarak düzenlenebilir. [Sayısız başka opsiyon daha bulunmaktadır](https://yihui.name/knitr/options/).

---

##.left[Chunk opsiyonlarıyla oynamak]

Aynı zamanda `r` sonrasında isim yazarak chunk'ları isimlendirebilirsiniz.

```{r summarize_cars, echo=FALSE}
    summary(cars)
    ```
Chunk'ları isimlendirdikten sonra, chunk'lar editör panelinin sol altında içindekiler listesinde görülecektir.

Aynı zamanda başlık ve alt-başlıklarla navigasyon yapabilirsiniz.

---

## Metinde R kodu

Bazen metne doğrudan kodla işlenmiş bir değer koymak isteyebiliriz.  Bunu `r` sonrasına kod yazarak yapıyoruz
--

10 üssü 3 `r 10^3` eder.
--

10 üssü 3 1000 eder.

Aynı şekilde kaydedilmiş değişkenlere/nesnelere de metinde referans verip işlemler yapabiliriz.

```r
x <- 5.123958
```
--

`r x` tek küsüratlı olacak şekilde yuvarlandığında `r round(x, 1)` olacaktır. 
    
--

5.123958 sayısı tek küsüratlı olacak şekilde yuvarlandığında 5.1 olacaktır.

---

# R Markdown Kaynakları

Daha fazla bilgi için aşağıdaki linklere bakabilirsiniz.

* [Belgenin görünümünü değiştirmek için](http://rmarkdown.rstudio.com/html_document_format.html)
* [Chunk'lar için](http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_basics.html)
* [R Markdown: The Definitive Guide](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/)

---