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1.-Investiga, ¿Cuál es la situación actual de COVID-19 a nivel mundial, en México, en tu estado de origen y en tu municipio, alcaldía o colonia?

Este análisis utiliza una media móvil de 7 días para visualizar el número de nuevos casos de COVID-19 y calcular la tasa de cambio.En el siguiente grafico se muestra el número diario de nuevos casos en los países más afectados, basándose en la media móvil del número de nuevos casos diarios de COVID-19 notificados y con más de 1 millón de habitantes.

knitr::include_graphics("mundial_casos.png")

2.-¿Cuál fue la primera variante del virus que se propagó a todo el mundo? Alpha (B.1.1.7) Se estimó que era entre un 40 y un 80% más transmisible que el SARS-CoV-2 de tipo salvaje. La variante empezó a propagarse rápidamente a mediados de diciembre, más o menos al mismo tiempo que aumentaban las infecciones. Una mutación que la define es la N501Y, que mejora el enlace entre la proteína spike y los receptores celulares, haciéndola más contagiosa. Otra mutación fue la D614G, que ayuda con la replicación.

3.-¿Cuáles son las otras variantes del virus que existen en otras regiones del mundo? La variante Beta (B.1.351) es una variante mutada del SARS-CoV-2. La variante se detectó por primera vez en el área metropolitana de Nelson Mandela Bay de la provincia de Eastern Cape en Sudáfrica La variante delta del SARS-CoV-2:Entre las características que han sido descritas en la literatura científica y por instituciones biomédicas se halla una mayor contagiosidad y una acción más severa de la enfermedad en pacientes sin vacunar respecto al resto de variantes. La variante ómicron: la variante tiene un número inusualmente grande de mutaciones, varias de las cuales nuevas y algunas de ellas (concretamente treinta y dos) afectan a la proteína de la espícula utilizada en la mayoría de las vacunas actuales. Este nivel de variación tiene efectos preocupantes respecto a la transmisibilidad, evasión del sistema inmunológico y resistencia ante las vacunas contra la infección asociada al SARS-CoV-2.

4.-¿Cómo buscarías información de la variante del virus en tu país? la Secretaria de salud de Mexico es un sitio que ofrece informacion sobre el virus asi como articulos cientificos y cursos de capacitacion,otra opcion seria visitar la pagina de johns hopkins university of medicine y registra datos a nivel mundial aunque dejo de registrar en marzo

5.-Imagina que te encuentras en una situación similar a la de Li Wenliang, médico chino que intentó alertar sobre el brote de coronavirus en su país, pero fue detenido por las autoridades y obligado a retractarse, ¿qué harías en su caso? aunque es dificil que las demas personas crean algo yo intentaria recurrir a mas cientificos que entiedan la gravedad del asunto y tengan la obligacion de sacar a la luz toda la informacion donde el publico pueda informarse y optar por medidas sanitarias

PARTE 2

library("seqinr")
library("ggplot2")

1.-Obtén las secuencias de las variantes de SARS-CoV-2 desde el NCBILinks to an external site. o el buscador de virus del NCBI

alfa <- read.fasta("Alpha.fasta")
beta <- read.fasta("beta.fasta")
gamma <-  read.fasta("Gamma.fasta")
delta <- read.fasta("Delta.fasta")
epsilon <- read.fasta("Epsilon.fasta")
omicron <- read.fasta("Omicron.fasta")

2.-Calcula la longitud de las secuencias de cada variante.

#longitud de la variante alfa
length(alfa[[1]])
## [1] 29758
#longitud de la variante beta
length(beta[[1]])
## [1] 29758
#longitud de la variante gamma
length(gamma[[1]])
## [1] 29849
#longitud de la variante delta
length(delta[[1]])
## [1] 29789
#longitud de la variante epsilon
length(epsilon[[1]])
## [1] 29782
#longitud de la variante omicron
length(omicron[[1]])
## [1] 29843

3.-Crea una gráfica donde compares las bases de ADN que componen a cada una de las variantes del virus.

tabla<-data.frame(
  Virus=rep(c("Alfa", "Beta", "Gamma", "Delta", "Epsilon", "Omicron"), each=4),
  Nucleotido = rep(c("Adenina", "Citosina", "Guanina", "Timina"), 6),
  Frecuencia = c(count(alfa[[1]], 1), count(beta[[1]], 1), count(gamma[[1]], 1), count(delta[[1]], 1), count(epsilon[[1]], 1), count(omicron[[1]],1)
)
)

ggplot(data = tabla) + geom_bar(aes(x = Virus, y = Frecuencia, fill = Nucleotido), position = "dodge", stat = "identity")

Los virus cambian constantemente a través de mutaciones y estas mutaciones suelen dar lugar a una nueva variante del virus. Algunas modificaciones y mutaciones permiten que el virus se propague con mayor facilidad o se vuelva resistente a los tratamientos o vacunas

En el interior de una molécula de ADN de doble cadena, las bases de guanina de una hebra se emparejan con las bases de citosina de la hebra opuesta. La adenina enlaza con la timina, mediante dos puentes de hidrógeno, mientras que la citosina enlaza con la guanina, mediante tres puentes de hidrógeno.

Estas variantes tienen una composicion similar y tienen un muy bajo contenido de citosina y guanina por lo que las hebras pueden separarse mas facil es por eso que el virus puede replicarse ya que no necesita tanta energia.

4.-¿Cuál es el %GC de cada variante?

gcp<- function(x) {
  GC(x[[1]]) * 100
}
#%GC de la variante alfa
gcp(alfa)
## [1] 37.97634
#%GC de la variante beta
gcp(beta)
## [1] 37.8602
#%GC de la variante gamma
gcp(gamma)
## [1] 37.95102
#%GC de la variante delta
gcp(delta)
## [1] 37.96703
#%GC de la variante epsilon
gcp(epsilon)
## [1] 37.96219
#%GC de la variante omicron
gcp(omicron)
## [1] 37.91266

5.-Crea las secuencias contrasentido de cada variante.

complementaria <- function(secuencia){
  secuencia[[1]][c(1:10,(length(secuencia[[1]])-10):length(secuencia[[1]]))]
  comp(secuencia[[1]])[c(1:10,(length(secuencia[[1]])-10):length(secuencia[[1]]))]
}

#contrasentido de la variante alfa
rev(complementaria(alfa))
##  [1] "t" "a" "c" "t" "a" "a" "a" "a" "t" "t" "a" "a" "g" "a" "t" "c" "t" "a" "c"
## [20] "a" "a"
#contrasentido de la variante beta
rev(complementaria(beta))
##  [1] "a" "c" "t" "a" "a" "a" "a" "t" "t" "a" "a" "a" "g" "a" "t" "c" "t" "a" "c"
## [20] "a" "a"
#contrasentido de la variante gamma
rev(complementaria(gamma))
##  [1] "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "g" "t" "t" "t" "g" "g" "t" "t" "t" "g"
## [20] "t" "t"
#contrasentido de la variante delta
rev(complementaria(delta))
##  [1] "a" "a" "c" "t" "a" "a" "a" "a" "t" "t" "a" "t" "t" "g" "g" "t" "t" "t" "g"
## [20] "t" "t"
#contrasentido de la variante epsilon
rev(complementaria(epsilon))
##  [1] "g" "g" "a" "t" "a" "g" "c" "a" "c" "t" "a" "g" "a" "a" "c" "a" "g" "a" "t"
## [20] "c" "t"
#contrasentido de la variante omicron
rev(complementaria(omicron))
##  [1] "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "t" "g" "t" "t" "g" "g" "t" "t" "g"
## [20] "g" "t"