Análises multivariadas

Matheus Maciel

23 de março de 2023

Questão 1

Data Frame

Estacao1 Estacao2 Estacao3 Estacao4 Estacao5
sp1 2 5 4 8 0
sp2 0 1 4 8 1
sp3 2 5 1 4 0
sp4 0 3 2 4 1

Matriz de similaridade´

Bray-curtis

Estima a semelhança/distância entre os dados da matriz, fazendo a comparação entre dois pontos de um plano. Nesse caso foi usado o índice de Bray-Curtis como índice de similaridade, pois expressa a similaridade ou dissimilaridade na abundância das espécies. Esse índice varia de 0 a 1.

##           sp1       sp2       sp3
## sp2 0.2121212                    
## sp3 0.2258065 0.5384615          
## sp4 0.3793103 0.3333333 0.2727273

Distância Euclidiana

Serve para estimar a distância entre os dados da matriz, fazendo a medida entre dois pontos.

##          sp1      sp2      sp3
## sp2 4.582576                  
## sp3 5.000000 6.782330         
## sp4 5.385165 4.898979 3.162278

Dendrograma

Segundo os gráficos, não houve diferenças significativas entre os índices de Bray-curtis e distância Euclidiana.

Bray-curtis

Distância Euclidiana

Questão 2

Data Frame

Estação1 Estação2 Estação3 Estação4
sp1 1 0 0 1
sp2 1 1 1 0
sp3 1 0 1 1
sp4 0 1 1 1

Matriz de similaridade

Jaccard

Serve para estimar a semelhança entre os dados da matriz, fazendo a comparação entre dois pontos. Nesse caso foi usado o índice de Jaccard como índice de similaridade.

##           sp1       sp2       sp3
## sp2 0.7500000                    
## sp3 0.3333333 0.5000000          
## sp4 0.7500000 0.5000000 0.5000000

Sorensen

##           sp1       sp2       sp3
## sp2 0.7500000                    
## sp3 0.3333333 0.5000000          
## sp4 0.7500000 0.5000000 0.5000000

Questão 3

Data Frame

X1986 X1987 X1988 X1989
sp1 0 1 15 2
sp2 4 4 2 2
sp3 0 12 1 10
sp4 25 2 1 4
sp5 2 0 1 5
sp6 7 2 0 0

Bray-Curtis

Matriz de similaridade

Estima a semelhança entre os dados da matriz, fazendo a comparação entre dois pontos. Nesse caso foi usado o índice de Bray-Curtis como índice de similaridade, pois expressa a similaridade ou dissimilaridade na abundância das espécies. Esse índice varia de 0 a 1.

##           sp1       sp2       sp3       sp4       sp5
## sp2 0.6666667                                        
## sp3 0.8048780 0.6000000                              
## sp4 0.8400000 0.5909091 0.7454545                    
## sp5 0.7692308 0.5000000 0.6129032 0.6500000          
## sp6 0.9259259 0.4285714 0.8750000 0.5609756 0.7647059

Dendrograma

Aqui é mostrada a similaridade entre as abundâncias das espécies.

Distância Euclidiana

Matriz de similaridade

Serve para estimar a semelhança entre os dados da matriz, fazendo a comparação entre dois pontos. Nesse caso foi usada a Distância Euclidiana como índice de similaridade, pois expressa a similaridade ou dissimilaridade na abundância das espécies.

##           sp1       sp2       sp3       sp4       sp5
## sp2 13.928388                                        
## sp3 19.519221 12.041595                              
## sp4 28.740216 21.213203 27.586228                    
## sp5 14.491377  5.477226 13.152946 23.108440          
## sp6 16.703293  4.582576 15.811388 18.466185  7.416198

Dendrograma

Aqui podemos ver a distância entre as abundâncias das espécies. Dada a estrutura da base de dados sendo organizada em anos, acredito ser mais viável a utilização de índices que medem distâncias, como a Euclidiana e Manhattan.

Manhattan

Matriz de similaridade

Estima a semelhança entre os dados da matriz, fazendo a comparação entre dois pontos. Nesse caso foi usada a distância de Manhattan como índice de similaridade, pois expressa a similaridade ou dissimilaridade na abundância das espécies.

##     sp1 sp2 sp3 sp4 sp5
## sp2  20                
## sp3  33  21            
## sp4  42  26  41        
## sp5  20  10  19  26    
## sp6  25   9  28  23  13

Dendrograma

Aqui podemos ver a distância entre as abundâncias das espécies. Dada a estrutura da base de dados sendo organizada em anos, acredito ser mais viável a utilização de índices que medem distâncias, como a Euclidiana e Manhattan.

Jaccard

Matriz de similaridade

Serve para estimar a semelhança entre os dados da matriz, fazendo a comparação entre dois pontos. Nesse caso foi usado o índice de Jaccard como índice de similaridade.

##           sp1       sp2       sp3       sp4       sp5
## sp2 0.8000000                                        
## sp3 0.8918919 0.7500000                              
## sp4 0.9130435 0.7428571 0.8541667                    
## sp5 0.8695652 0.6666667 0.7600000 0.7878788          
## sp6 0.9615385 0.6000000 0.9333333 0.7187500 0.8666667

Dendrograma

Aqui é mostrada a similaridade entre as abundâncias das espécies.

Questão 4

A base de dados exerpast.txt não foi encontrada anexada na atividade, impossibilitando a sua realização.

Questão 5

A base de dados biot1.txt não foi encontrada anexada na atividade, impossibilitando a sua realização.

Referências