Quarto y R Studio

Requisitos

¿Qué es Quarto?

• Quarto es un sistema de publicación científica y técnica de código abierto basado en Pandoc.

• Permite mezclar texto y código para producir resultados con un formato elegante en documentos, páginas web, blogs, libros y más.

Para que sirve Quarto

• Para comunicarse con otr@s cientific@s, gestor@s, clientes, administrativ@s o academic@s que quieren centrarse en conclusiones, no en el código detrás del análisis.

• Para colaborar con otros científic@s de datos que están interesad@s tanto en los resultados y conclusiones como en el código.

• Como un entorno en el que hacer ciencia de datos reproducible, como un cuaderno de laboratorio (notebook) moderno.

Ciencias de datos reproducible

La capacidad de obtener resultados consistentes utilizando los mismos datos de entrada, pasos, métodos, código y condiciones de análisis.

• Garantizar que se pueda confiar en el trabajo científico

• Facilitar el proceso de colaboración y revisión

• Evitar la desinformación

• Evita la duplicación del trabajo

• Garantizar la continuidad

El sucesor de MarkDown

• Quarto es una versión de próxima generación y multilenguaje de R Markdown de RStudio.

• Puede “renderizar” la mayoría de los archivos Rmd existentes sin modificaciones.

Posit el nuevo RStudio

• RStudio is now Posit, our mission continues.

• Embracing R, Python and other programming languages.

Poder de gigantes

Instalación

“Quarto” está incluido en la última versión de RStudio (v2022.07), lo cual permite crear, editar y ver documentos Quarto.

Para descargar, visite: Posit o Rstudio

Requisitos software

```{r}
#| eval: false
pkg_list <- c(
  "tidyverse", "sf", "leaflet", "reticulate", "CopernicusMarine", "palmerpenguins", "sjPlot", "lme4"
)
install.packages(pkg_list)
```

Interfaz de R a Python usando Reticulate

• El paquete reticulate proporciona una interfaz R para módulos, clases y funciones de Python.

https://rstudio.github.io/reticulate/

• El primer paso es instalar Python a traves de por ejemplo Anaconda. https://www.anaconda.com/products/distribution

• Luego instalar el paquete reticulate desde CRAN usando install.packages('reticulate')

```{python}
#| eval: false
!python -m pip install -U matplotlib
```

Como clonar un Github repo

Creating Documents

Use the File : New File : Quarto Document… command to create new Quarto documents:

Hello Quarto

Rendering

Utiliza el botón “Renderizar” en el IDE de RStudio para renderizar el archivo y previsualizar la salida con un solo clic o combinación de teclas (Ctrl) + Shift + K) o (⇧⌘K) .

Rendering alternatives

Alternativamente puedes usar:

• “Renderizar al guardar” en la barra de herramientas del editor.

- Renderizar desde la consola de R a través del paquete quarto:

install.packages("quarto")
quarto::quarto_render("hello.qmd")

Autoring

• RStudio editor: visual (on the left) and source (on the right).

Quarto - Visual Editor

Están disponibles comandos adicionales en los menús de Formato, Insertar y Tabla:

Format	Insert	Table

YAML header

• Un YAML header (encabezado YAML) es una sección de metadatos que se encuentra al comienzo de un archivo YAML, como Quarto.

• Esta delimitado por tres guiones (---) al principio y al final.

title: "Hello, Quarto"
format: html
date: 15-03-2023
editor: visual

YAML header formato mixto

title: "Informe DeepFish2: análisis de datos"
author:
  - name: Javier Atalah 
    url: https://scholar.google.co.nz/citations?user=DsgqR_oAAAAJ&hl=es
    affiliation: Departamento de Ciencias del Mar y Biología Aplicada, Universidad de Alicante
    affiliation-url: https://dcmba.ua.es/
date: "16 March, 2023"
editor: visual
lang: es
bibliography: references.bib
biblio-title: "Referencias"
execute:
  warning: false
  cache: true
format:
  html:
    toc: true
    echo: false
    number-sections: true
    toc-location: left
    fig-dpi: 300
    self-contained: true
  docx:
    toc: true
    echo: false
    cache: false
    number-sections: true
    fig-width: 7
    fig-height: 5
    fig-align: center
    fig-dpi: 300

Anatomia de un code chunk

```{r}
#| eval: false

library(tidyverse)
glimpse(mtcars)
```

• Tiene tres backticks a cada lado

• Coloca el motor (r) entre llaves {r}.

• Coloca las opciones debajo, detrás del #| (tubería de hash): #| opción1: valor

Chunk de R

La Figura 1 que explora el efecto de la temperatura en los niveles de ozono.

library(ggplot2) # loads the ggplot2 package
ggplot(airquality, aes(Temp, Ozone)) + # creates a scatterplot of Temp and Ozone
  geom_point() + # adds points to the scatterplot
  geom_smooth(method = "loess") + # adds a loess line to the scatterplot
  theme_minimal() + # changes the theme of the plot to minimal
  labs(x = "Temperature") # changes the x-axis label to "Temperature"

Chunk Phyton

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

r = np.arange(0, 2, 0.01)
theta = 2 * np.pi * r
fig, ax = plt.subplots(
  subplot_kw = {'projection': 'polar'} 
)
ax.plot(theta, r)
ax.set_rticks([0.5, 1, 1.5, 2])
ax.grid(True)
plt.show()

Ficheros HTML

format:
  html:
    echo: false
    toc: true
    number-sections: true
    toc-location: left

• Son los más comúnmente utilizados y se pueden visualizar en cualquier navegador (por ejemplo, Chrome, Safari, Edge).

• Por ejemplo Tendencias en SST en la costa valenciana

Articulos PDF

format:
  pdf:
    template: mytemplate.tex

Ver detalles de Journal Articles en https://github.com/quarto-journals/

----
title: "My Document"
toc: true
format:
   acm-pdf: default
   acm-html: default
---

Documentos Word

Si deseas personalizar la apariencia del resultado de MS Word, Pandoc admite Word templates.

Aquí hay un ejemplo de cómo especificar un documento de referencia personalizado para docx:

format:
  docx:
    toc: true
    echo: false
    cache: false
     reference-doc: custom-reference-doc.docx

Presentaciones

• Quarto supports a variety of formats for creating presentations, including:

  • revealjs — reveal.js (HTML)

  • pptx — PowerPoint (MS Office)

  • beamer — Beamer (LaTeX/PDF)

Fondo de diapositivas

Establezca el atributo background en una diapositiva para cambiar el color de fondo (se admiten todos los formatos de color CSS).

Hay diferentes transiciones de fondo disponibles a través de la opción background-transition.

Media Backgrounds

Puedes también usar como fondo:

• Una imagen: background-image

• Un video: background-video

• An iframe: background-iframe

Listas incrementales

Las listas pueden ser mostradas de manera incremental opcionalmente:

Tablas

Se pueden insertar col el editor visual.

Table 12. Fish abundance and biomass.

Tablas knitr

Tablas modelos estadísticos

La Tabla 2 muestra un ejemplo de un model linear mixto usando library(sjPlot) .

library(sjPlot)
library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
tab_model(fm1)

Tablas interactivas con DT

library(DT)
datatable(iris)

LaTeX Equations

MathJax renderizando ecuaciones a HTML

\begin{gather*}
a_1=b_1+c_1\\
a_2=b_2+c_2-d_2+e_2
\end{gather*}
\begin{align}
a_{11}& =b_{11}&
  a_{12}& =b_{12}\\
a_{21}& =b_{21}&
  a_{22}& =b_{22}+c_{22}
\end{align}

Referencias

• Quarto utiliza la representación estándar de markdown para las citas (por ejemplo, [@citation])

• Las citas van dentro de corchetes y se separan por punto y coma.

• Se pueden insertar usando el modo editor visual

Referencias formato bib

• Usando una fuente de datos bibliográficos, por ejemplo, un archivo BibLaTeX (.bib) o BibTeX (.bibtex).

title: "Informe DeepFish2: análisis de datos"
author:
  - name: Javier Atalah 
    url: https://scholar.google.co.nz/citations?user=DsgqR_oAAAAJ&hl=es
    affiliation: Departamento de Ciencias del Mar y Biología Aplicada, Universidad de Alicante
    affiliation-url: https://dcmba.ua.es/
date: "16 March, 2023"
lang: es
bibliography: references.bib
biblio-title: "Referencias"

Gráficas interactivas con plotly

Interactive widgets

Interactive maps based on Copernicus satellite data download using library(Copernicus Marine)

Publicaciones

Los documentos Quarto se pueden subir facilmenet a la red para compartir.

• Rpubs: facil con le boton de Publish en RStudio o usando quarto::quarto_publish_doc()

• Quarto Pubs: nueva plataforma. Utiliza el Terminal

  Quarto publish Quarto pub document.Qmd

• RStudio connect

rsconnect::connectUser()

• GitHub

usethis::use_git()

usethis::use_github()

Algunos ejemplos

• Tutorial de Copernius en R

• Informe proyecto DeepFish2

• Cuadro de mando DeepFish2

• Escape massive de peces por sabotaje

• Tendencias en SST en la costa Valenciana

Chat GPT

La revolución de ChatGPT y OpenAI está en Rstudio y Quarto.

require(devtools)
install_github("MichelNivard/gptstudio")

Algunos ejemplos:

{{https://raw.githubusercontent.com/MichelNivard/gptstudio/main/media/prompt_code.gif}}

{{https://raw.githubusercontent.com/MichelNivard/gptstudio/main/media/comments.gif}}

Gracias!

Documentos

• Quarto docs: Documents
• Quarto Gallery: Articles + Reports
• Quarto Journal Articles
• “Quarto titlepages”: https://nmfs-opensci.github.io/quarto_titlepages/

Presentaciones

• Quarto docs: Presentations
• Quarto Gallery: Presentations
• Emil Hvitfeldt’s Slidecraft 101: Colors and Fonts
• Meghan Hall’s Quarto Slides
• Andrew Heiss’ Quarto slides on APIs and webscraping with R