Segunda Clase
Tere Parra
2023-02-17
Tu primer comando
comando pwd -> Permite ubicarnos dentro de los
directorios linux
comando ls -> Despliega la lista de archivos y carpetas
dentro de un directorio
comando cd -> Movernos entre directorios
comando man -> Saber para que sirve ese comando y sus
opciones de uso
Permisos
‘d’ indica que es un directorio (una carpeta).
‘r’ que tenemos permiso de lectura en esa carpeta o archivo.
‘x’ tambíen tenemos permiso de ejecucción sobre la carpeta.
Crear archivos y directorios
comando mkdir -> Crea nuevos directorios
comando rmdir -> Elimina directorios
comando nano, cat, less y touch
–> Manipulación y creación de archivos
comando rm -> Elimina archivos
Moviendo archivos
comando cp -> Copiar un archivo a otro directorio
comando mv -> Mover un archivo a otro directorio. Tambíen
permite cambiar el nombre del directorio o archivo
Descargando archivos
comando curl -> curl puede acceder a sitios web a través
de HTTP y HTTPS y puede manejar FTP en ambas direcciones. Es compatible
con LDAP e incluso acciones de Samba.
Comando wget -> Permite descargar todo en una página o
todos los archivos en un directorio FTP a la vez.
Descomprimiendo archivos
Archivos .tar:
#Descomprimir archivos tar
tar xvzf nombre_del_archivo.tar
donde:
c: crear un archivo
x: extraer de un archivo
t: listar los contenidos de un archivo
v: ver un reporte de las acciones a medida que se van realizando
f: empaquetar contenidos de archivos
z: para comprimir a la vez que se empaqueta
Descomprimiendo archivos
Archivos .zip
#Descomprimir archivos zip
unzip archivo_comprimido.zip
Comprimiendo archivos
#Comprimir archivos tar
tar czvf nombre_del_archivo.tgz archivo_a_comprimir
#Comprimir archivos zip
zip -r archivo_comprimido carpeta-a-comprimir
Ejemplo 1
Crea una carpeta llamada: practica1 y dentro de esa carpeta
genera dos documentos con extensión *.txt , uno llamado prueba1.txt y
otro prueba2.txt.
Mueve ambos documentos afuera de la carpeta que creaste (ve que
sucede). ¿cambio el nombre?
Copia el archivo creado dentro de la carpeta practica1
Ejemplo 2
- Descargemos la carpeta
wget https://892a30b0-82e8-4dde-9018-5c35800cfd0e.filesusr.com/archives/
dfa257_3142900e2fc4493a376bc83c75e0229.gz?dn=codigo.tar.gz
Descomprimamos la carpeta
Eliminemos los archivos que no terminen en .fasta
Intentalo tu
Con ayuda de la guía de comandos 1, realiza los siguiente:
Crea una carpeta llamada Archivos_fasta
Descarga en esa carpeta los archivos del anterior
ejercicio
Copia todos los archivos fasta que se encuentran en la carpeta
codigo a la carpeta Archivos_fasta
Elimina la carpeta codigo
2. Bases de datos biologicas
Bases de datos biologicas | ¿Cómo se generan?
- Bases de datos orientadas a objetos
- Todo son objetos conectados
-Hace que sea más fácil conectar datos
Bases de datos biologicas | ¿Cómo se generan?
- Bases de datos relacionales
- Se generan a través del lenguaje Structure Query Languages (SQL).
Información en tablas, se encuentran conectadas por columnas, finalmente
las tablas están relacionadas con las columnas
Principales bases de datos
Otras bases de datos
Por secuencias:
GENBANK
European Nucleotide Archive
DNA Database of Japan
GenPept
5 Protein information resources
Otras bases de datos
Compuestas:
- Uniprot
Secundarias:
PROSITE
PRINTS
Pfam
InterPro
Continuación de comandos | Opciones
ls
Las opciones son:
l -Muestra los detalles de archivos y directorios
a -Muestra los archivos y directorios ocultos
d -Muestra solo el nombre de los directorios, sin el contenido
s -Muestra el tamaño de los archivos (k o Mb)
Continuación de comandos | Opciones
mkdir
p -Crea varios directorios a manera de arbol
rmdir
p -Elimina varios directorios a manera de arbol
Continuación de comandos | Opciones
rm
f -Forzar al sistema eliminar ese archivo
i -Preguntar al sistema si desea eliminar ese archivo
r -Remueve directorios
Continuación de comandos | Opciones
cat
Tambíen sirve para concatenar archivos
“>” almacena el texto a otro archivo
“>>” Añade el texto a otro archivo
Continuación de comandos | Tips
Tips para recordar los comandos:
-Utilizar la función TAB
-Utilizar la función –help
-Utilizar la función man
Continuación de comandos
La finalidad de aprender estos comandos es para poder analizar los
archivos vistos en la anterior clase de manera masiva, por ello
descargaremos el genoma de referencia de Arabidopsis Thailana y
lo analizaremos
#Descargando el archivo gff con wget
wget https://www.arabidopsis.org/download_files/Genes/TAIR10_genome_release/TAIR10_gff3/TAIR10_GFF3_genes.gff
Continuación de comandos | echo
Función: Imprime palabras en la términal y
variables
Variables de entorno:
$HOME $USER $SHELL $PATH
Operaciones aritmeticas
(+) <- mas (-) <- menos (*) <- multiplicación (/) <-
división
** <- potenciación
Ejemplo:
x=1
y=2
sum= $(($x+$y))
echo $sum
Continuación de comandos | cut
comando cut
Función: Delimita o corta columnas
c -Delimita caracteres
f -Selecciona/Delimita columnas
d -Delimita por algún patrón
Continuación de comandos | wc
Función: Imprime caracteres, archivos, etc
m -Imprime caracteres de ese archivo
l -Imprime lineas de ese archivo
w -Imprime las palabras de ese archivo
Continuación de comandos | head y Tail
Por defecto Cuando vemos un archivo bash nos imprime el archivo,
usamos head para ver las primeras 10 lineas del archivo y tail para ver
las últimas 10
Opciones:
n -Imprime un numero “n” de lineas
c -Imprime caracteres
Continuación de comandos | nl
Función: Enumera lineas de un archivo
opciones:
v -Indica cuantas lineas y en que orden
Continuación de comandos | sort
Ordena palabras en orden alfabetico
Opciones:
r -Por línea
k -Por campo
Continuación de comandos | El pipe (tuberias)
Las tuberias permiten redireccionar comandos. Es importante que esta
redirección tenga congruencia. Por ejemplo ver las imprimir solo las
primeras 10 lineas de un archivo
Recordamos que cat imprime palabras y
head muestra las primeras 10 lineas
#Imprimir las primeras 10 líneas
cat TAIR10_GFF3_genes.gff | head
Continuación de comandos | uniq
Elimina palabras repetidas
D -Imprime todas las lineas repetidas
c -Cuenta el numero de ocurrencias
#¿cuantos cromosomas tiene el genoma de referencia?
cat TAIR10_GFF3_genes.gff | cut -f 1 | uniq
Continuación de comandos | grep
Función: Imprime patrónes de busqueda
opciones:
i -Imprime mayusculas y minusculas
n -Donde esta la palabra (línea)
w - Solo esa palabra
c - ¿Cuantas veces esta esa palabra?
#¿cuantos genes tiene el genoma de referencia?
cat TAIR10_GFF3_genes.gff |cut -f 3 | grep gene | wc -l
Continuación de comandos | sed
Función: permite cambiar el texto de archivos.
Introducción a entrez | efetch
Entrez es un sistema de base de datos de biología molecular que
brinda acceso integrado a datos e secuencias de nucleótidos y proteínas,
información de mapeo genómico y centrado en genes, datos de estructura
3D, PubMed MEDLINE y más.
El sistema Entrez comprende 39 bases de datos moleculares y
bibliográficas. Contiene dos herramientas: efetch y
esearch
Efetch permite descargar secuencias de manera masiva en diferentes
formatos
efetch -db=nuccore -format=gb -id=AF086833 | head
Introducción a entrez | esearch
Permite buscar en bases de datos
Sintaxis
esearch -db [Database] -query “DDT [GENE/PROT] AND mouse [ORGN]”
Ejemplo:
#Ejemplo de busqueda
esearch -db pubmed -query "tn3 transposition immunity" |
efetch -format medline
Introducción a entrez | efilter & elink
elink -> Redirecciona
efilter -> acepta muchos más filtros que esearch
#Busqueda de un artículo en pubmed
esearch -db pubmed -query "opsin gene conversion" |
elink -related |
efilter -query "tetrachromacy"
Existen otras opciones más como xtract, nquire, transmut, etc.
