## Pacotes
library(devtools)
## Carregando pacotes exigidos: usethis
library(ecodados)
library(vegan)
## Carregando pacotes exigidos: permute
## 
## Attaching package: 'permute'
## The following object is masked from 'package:devtools':
## 
##     check
## Carregando pacotes exigidos: lattice
## This is vegan 2.6-4
library(ggplot2)
library(BiodiversityR)
## Carregando pacotes exigidos: tcltk
## BiodiversityR 2.15-1: Use command BiodiversityRGUI() to launch the Graphical User Interface; 
## to see changes use BiodiversityRGUI(changeLog=TRUE, backward.compatibility.messages=TRUE)
library(hillR)


## ## Ver os dados das comunidades
#>       sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7 sp8 sp9 sp10
#> Com_1  10  10  10  10  10  10  10  10  10   10
#> Com_2  91   1   1   1   1   1   1   1   1    1
#> Com_3   1   3   6  25   1   0   0   0   0    0
#> Com_4   0   0   0   0   0  15  15  18  17   16
#> Com_5   0   9   0   6   0  11   0   2  12    0
#> Com_6   3   0   5   0  12   1   0  13  12    0
#> ## Calculando a Riqueza observada de espécies para cada comunidade

#>  Com_1  Com_2  Com_3  Com_4  Com_5  Com_6  Com_7  Com_8  Com_9 Com_10 
#>     10     10      5      5      5      6      2      4      6      4
#>     ## Calculamos a abundância total para cada comunidade

#>  Com_1  Com_2  Com_3  Com_4  Com_5  Com_6  Com_7  Com_8  Com_9 Com_10 
#>    100    100     36     81     40     46      4     20     15     11
#>    ## Índice de Margalef
# A função round é para limitar o resultado para duas casas decimais.

#>  Com_1  Com_2  Com_3  Com_4  Com_5  Com_6  Com_7  Com_8  Com_9 Com_10 
#>   1.95   1.95   1.12   0.91   1.08   1.31   0.72   1.00   1.85   1.25
#>   ## Índice de Menhinick
#>  Com_1  Com_2  Com_3  Com_4  Com_5  Com_6  Com_7  Com_8  Com_9 Com_10 
#>   1.00   1.00   0.83   0.56   0.79   0.88   1.00   0.89   1.55   1.21
#>   

anuros<-ecodados::anuros_composicao 

anuros<-t(anuros)
riq<-specnumber(anuros)

# Carregar a planilha com os dados 
anuros <- ecodados::anuros_composicao 
 
# Transpor o data frame para as espécies ficarem nas colunas e as localidades nas linhas 
anuros_t <- data.frame(t(anuros)) 
 
## Calculando a riqueza observada de espécies para cada comunidade 
Riqueza <- specnumber(anuros_t) 
 
## Calculando o Índice de Margalef para cada comunidade 
Margalef <- round((Riqueza - 1)/log(apply(anuros_t, 1, sum)), 2) 
 
## Calculando o Índice de Menhinick para cada comunidade 
Menhinick <- round(Riqueza/sqrt(apply(anuros_t, 1, sum)), 2) 
 
## Calculando o Índice de Shannon-Wiener para cada comunidade 
Shannon <- round(diversity(anuros_t, index = "shannon", MARGIN = 1), 2) 
 
## Calculando o Índice de Gini-Simpson para cada comunidade 
Gini_Simpson <- round(diversity(anuros_t, index = "simpson", MARGIN = 1), 2) 
 
## Calculando o Índice de Equitabilidade de Pielou para cada comunidade 
Pielou <- round(Shannon/log(Riqueza), 2) 
 
# Criando data frame 
resultados <- data.frame(Riqueza, Margalef, Menhinick, Shannon, Gini_Simpson, Pielou) 

# Gráfico de dispersão para comparar a riqueza observada com os diferentes índices
ggplot(resultados, aes(x = Riqueza, y = Margalef)) +
  geom_point() +
  ggtitle("Riqueza vs Margalef") +
  xlab("Riqueza observada") +
  ylab("Índice de Margalef") 

ggplot(resultados, aes(x = Riqueza, y = Menhinick)) +
  geom_point() +
  ggtitle("Riqueza vs Menhinick") +
  xlab("Riqueza observada") +
  ylab("Índice de Menhinick") 

ggplot(resultados, aes(x = Riqueza, y = Shannon)) +
  geom_point() +
  ggtitle("Riqueza vs Shannon-Wiener") +
  xlab("Riqueza observada") +
  ylab("Índice de Shannon-Wiener") 

ggplot(resultados, aes(x = Riqueza, y = Gini_Simpson)) +
  geom_point() +
  ggtitle("Riqueza vs Gini-Simpson") +
  xlab("Riqueza observada") +
  ylab("Índice de Gini-Simpson") 

ggplot(resultados, aes(x = Riqueza, y = Pielou)) +
  geom_point() +
  ggtitle("Riqueza vs Equitabilidade de Pielou") +
  xlab("Riqueza observada") +
  ylab("Índice de Equitabilidade de Pielou")

A partir dos resultados obtidos, podemos observar que a Mata Atlântica possui uma grande diversidade de espécies de anuros, sendo que a riqueza de espécies varia consideravelmente entre as comunidades estudadas. O índice de Margalef indica que as comunidades com maior abundância de indivíduos apresentam uma riqueza de espécies menor em relação às comunidades com menor abundância, indicando uma maior concentração de espécies em locais menos abundantes. O índice de Menhinick, por sua vez, indica que as comunidades com maior abundância apresentam uma diversidade específica maior em relação às comunidades com menor abundância. O índice de Shannon-Wiener nos dá uma medida da diversidade de espécies e equitabilidade em cada comunidade. Notamos que a diversidade varia consideravelmente entre as comunidades, sendo que algumas apresentam uma diversidade muito alta e outras uma diversidade relativamente baixa. O índice de Gini-Simpson, por sua vez, indica que algumas comunidades apresentam uma grande concentração de indivíduos em poucas espécies, enquanto outras possuem uma distribuição mais equilibrada entre as espécies. Por fim, o índice de equitabilidade de Pielou nos dá uma medida da distribuição equilibrada da abundância entre as espécies em cada comunidade. Notamos que algumas comunidades apresentam uma distribuição mais equilibrada entre as espécies, enquanto outras apresentam uma concentração de indivíduos em poucas espécies. Em geral, esses resultados indicam a importância de se preservar a diversidade de ambientes na Mata Atlântica, uma vez que diferentes comunidades apresentam diferentes padrões de diversidade e concentração de espécies.