Dados de usos de terra

Contexto

Para esta atividade eu usei os dados de quatro diferentes usos de solo:

  • Fragmento florestal: por mais que ainda seja uma área natural, já sofreu com ações antrópicas e tem seu domínio vegetacional reduzido;

  • Borda de mata: enquanto o anterior diz respeito ao fragmento em si, este se refere à borda, portanto, a área de transição entre o fragmento de vegetação e a matriz circundante e suas respectivas mudanças físico-químicas e biológicas;

  • Área de pastagem: a retirada gradual de nutrientes pelo gado e o pisoteio do solo provoca o processo de compactação, inviabilizando possíveis usos e até a sucessão ecológica;

  • Cana-de-açúcar: além de receber os danos do cultivo intensivo, também sofre com as constantes queimas realizadas antes do corte manual da cana.

Importante salientar que cada um dos usos obteve valores de abundância e amostragens diferentes.

Upload de dados

Pacotes utilizados

Para dar início à atividade, foi necessária a instalação do Rtools, uma extensão do R para ser usada no Windows, servindo como um conjunto ou compilado de pacotes que podem ser usados pelo RStudio. Após isso, intalei o pacote ‘devtools’ através do comando install.packages("devtools"). O devtools permite o meu acesso ao pacote feito pelo professor da disciplina para a realização da atividade. E para finalmente conseguir os dados, no formato de ‘ecodados’, tive que istalar o devtools::install_github("paternogbc/ecodados"), sendo que antes tive de pôr outro códido para que a instalação de fato ocorresse options(download.file.method = "wininet"). Também instalei o pacote ‘vegan’ pelo comando install.packages("vegan"). E também instalei o pacote ‘ggplot2’ pelo comando install.packages("ggplot2"), para que os gráficos necessários sejam construídos. Outros pacotes foram os ‘nlme’, ‘dplyr’, ‘piecewiseSEM’ e ‘iNEXT’.

## Carregando pacotes exigidos: permute
## Carregando pacotes exigidos: lattice
## This is vegan 2.6-4
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following object is masked from 'package:nlme':
## 
##     collapse
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union
## 
##   This is piecewiseSEM version 2.1.0.
## 
## 
##   Questions or bugs can be addressed to <LefcheckJ@si.edu>.
## 
## Attaching package: 'kableExtra'
## The following object is masked from 'package:dplyr':
## 
##     group_rows
## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.2 --
## v tibble  3.1.8     v purrr   0.3.5
## v tidyr   1.2.1     v stringr 1.5.0
## v readr   2.1.3     v forcats 0.5.2
## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::collapse()        masks nlme::collapse()
## x dplyr::filter()          masks stats::filter()
## x kableExtra::group_rows() masks dplyr::group_rows()
## x dplyr::lag()             masks stats::lag()

Data Frame

Base de dados para a curva de rarefação baseada no indivíduo.

Fragmento Pasto Borda Cana
sp1 5 0 6 0
sp2 4 5 1 0
sp3 4 0 3 0
sp4 1 25 5 20
sp5 6 0 12 12
sp6 1 0 5 0
sp7 0 4 3 100
sp8 5 0 4 0
sp9 14 0 1 0
sp10 8 20 12 0
sp11 5 0 11 0
sp12 3 1 3 0
sp13 1 0 15 0
sp14 1 1 2 0
sp15 1 2 15 15
sp16 7 0 3 0
sp17 25 2 5 5

Rarefação Individual-based

Este tipo de rarefação leva em consideração o número de indivíduos das comunidades para tentar estimar a sua riqueza.

Por conseguinte, analizando o gráfico pode-se inferir que a riqueza dos usos de Fragmento florestal e borda de mata não diferiram significativamente, dado que os intervalos de confiança de ambas as curvas ainda se sobrepõem, resultado este que é observado tanto na interpolação quanto na extrapolação. No entanto, o mesmo não se repete nos usos de pasto e de cana-de-açúcar, onde o pasto obteve diferença significativa na riqueza se comparado aos demais, assim como para a cana, que apresentou a menor riqueza. Mas também é possível inferir que com um maior esforço amostral os usos de de cana e pasto tenderiam a logo mais se sobrepor, demonstrando uma mesma riqueza.

## Scale for colour is already present.
## Adding another scale for colour, which will replace the existing scale.
## Scale for fill is already present.
## Adding another scale for fill, which will replace the existing scale.

Referências