MODULO 5 - Estatística Multivariada - PCoA - Análise de Coordenadas Principais / Escalonamento Multidimensional
Leonardo Reffatti
8 de junho de 2019
Aula 5.27
PCoA - Análise de Coordenadas Principais da Matriz de distância de variáveis com Presença/Aunsência + Abundância através de Bray-Curtis
Objetivo: Desenvolver uma PCoA através de uma matriz de distâncias da composição de espécies do conjunto de dados “dune” pelo método Bray-Curtis para entender qual o grau de semelhança das unidades amostrais de acordo com a composição/abundância de espécies.
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PCoA da Matriz de Distância da composição de espécies pelo método Bray-Curtis (Presença/Ausência + Abundância) com os dados dune. Carregar conjunto de dados dune, criação da matriz de distâncias pelo método Bray-Curtis com a função vegdist(), plotagem da PCoA, avaliar quais espécies mais explicaram os resultados da das UA na PCoA.
library(permute)
library(lattice)
library(vegan)## This is vegan 2.5-2library(ape)#Carregando um primeiro conjunto de dados do pacote vegan
data("dune")
str(dune)## 'data.frame': 20 obs. of 30 variables:
## $ Achimill: num 1 3 0 0 2 2 2 0 0 4 ...
## $ Agrostol: num 0 0 4 8 0 0 0 4 3 0 ...
## $ Airaprae: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
## $ Alopgeni: num 0 2 7 2 0 0 0 5 3 0 ...
## $ Anthodor: num 0 0 0 0 4 3 2 0 0 4 ...
## $ Bellpere: num 0 3 2 2 2 0 0 0 0 2 ...
## $ Bromhord: num 0 4 0 3 2 0 2 0 0 4 ...
## $ Chenalbu: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
## $ Cirsarve: num 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 ...
## $ Comapalu: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
## $ Eleopalu: num 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 ...
## $ Elymrepe: num 4 4 4 4 4 0 0 0 6 0 ...
## $ Empenigr: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
## $ Hyporadi: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
## $ Juncarti: num 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 ...
## $ Juncbufo: num 0 0 0 0 0 0 2 0 4 0 ...
## $ Lolipere: num 7 5 6 5 2 6 6 4 2 6 ...
## $ Planlanc: num 0 0 0 0 5 5 5 0 0 3 ...
## $ Poaprat : num 4 4 5 4 2 3 4 4 4 4 ...
## $ Poatriv : num 2 7 6 5 6 4 5 4 5 4 ...
## $ Ranuflam: num 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 ...
## $ Rumeacet: num 0 0 0 0 5 6 3 0 2 0 ...
## $ Sagiproc: num 0 0 0 5 0 0 0 2 2 0 ...
## $ Salirepe: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
## $ Scorautu: num 0 5 2 2 3 3 3 3 2 3 ...
## $ Trifprat: num 0 0 0 0 2 5 2 0 0 0 ...
## $ Trifrepe: num 0 5 2 1 2 5 2 2 3 6 ...
## $ Vicilath: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 ...
## $ Bracruta: num 0 0 2 2 2 6 2 2 2 2 ...
## $ Callcusp: num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...#criar a matriz de distância
dist.bray<-vegdist(dune, method = "bray")
resultado.pcoa <- pcoa(dist.bray)
summary(resultado.pcoa)## Length Class Mode
## correction 2 -none- character
## note 1 -none- character
## values 6 data.frame list
## vectors 280 -none- numeric
## trace 1 -none- numericresultado.pcoa$values## Eigenvalues Relative_eig Rel_corr_eig Broken_stick Cum_corr_eig
## 1 1.716266188 0.3992224835 0.295383959 0.194172671 0.2953840
## 2 1.022398050 0.2378210860 0.182338369 0.138617115 0.4777223
## 3 0.461464091 0.1073416477 0.090950529 0.110839338 0.5686729
## 4 0.382249161 0.0889153796 0.078044764 0.092320819 0.6467176
## 5 0.279134546 0.0649297805 0.061245243 0.078431930 0.7079629
## 6 0.236630925 0.0550429684 0.054320517 0.067320819 0.7622834
## 7 0.169120371 0.0393392674 0.043321640 0.058061560 0.8056050
## 8 0.096245175 0.0223876913 0.031448750 0.050125052 0.8370538
## 9 0.074491756 0.0173276057 0.027904665 0.043180608 0.8649584
## 10 0.061711999 0.0143548929 0.025822576 0.037007768 0.8907810
## 11 0.054940459 0.0127797580 0.024719351 0.031452212 0.9155004
## 12 0.019174290 0.0044601518 0.018892296 0.026401707 0.9343927
## 13 0.016118974 0.0037494514 0.018394521 0.021772078 0.9527872
## 14 0.004000912 0.0009306563 0.016420236 0.017498574 0.9692074
## 15 0.000000000 0.0000000000 0.011463200 0.013530320 0.9806706
## 16 -0.026425126 -0.0061467765 0.008786106 0.009826616 0.9894567
## 17 -0.042856993 -0.0099690103 0.006851066 0.006354394 0.9963078
## 18 -0.054734175 -0.0127317739 0.003692212 0.003086420 1.0000000
## 19 -0.074123061 -0.0172418431 0.000000000 0.000000000 1.0000000
## 20 -0.096785671 -0.0225134168 0.000000000 0.000000000 1.0000000
## Cumul_br_stick
## 1 0.1941727
## 2 0.3327898
## 3 0.4436291
## 4 0.5359499
## 5 0.6143819
## 6 0.6817027
## 7 0.7397643
## 8 0.7898893
## 9 0.8330699
## 10 0.8700777
## 11 0.9015299
## 12 0.9279316
## 13 0.9497037
## 14 0.9672023
## 15 0.9807326
## 16 0.9905592
## 17 0.9969136
## 18 1.0000000
## 19 1.0000000
## 20 1.0000000biplot(resultado.pcoa, dune)