PROGRAMAS REQUERIDOS:
R version al menos 3.4.1 (en la elaboración de esta guía se uso R version 3.4.1 (2017-06-30) – “Single Candle” en la plataforma GNU-linux: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit). Si bien es posible usar otras versiones de R y sistemas operativos (como Windows y Mac), se recomienda probar la compatibilidad con los paquetes a usar previo al curso)
Si necesita descargar e instalar, revisar las instrucciones aquí
RStudio Version 1.1.453
Si necesita descargar e instalar revisar las instrucciones aquí. Para actualizar, ver acá
PAQUETES REQUERIDOS (se recomienda instalarlos previo al curso, dado que no se dispondrá de buena conexión a internet)
limma version 3.34.9
packageVersion("limma")
Si ya lo tienen, cargar el paquete con:
library("limma")
en caso de no tenerlo, instalar con el siguiente comando:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
edgeR version 3.20.9
packageVersion("edgeR")
Si ya lo tienen, cargar el paquete con:
library("edgeR")
en caso de no tenerlo instalar con el siguiente comando:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")
rgl_0.99.16, para instalar:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rgl")
para cargar:
library(rgl)
shiny_1.1.0, para instalar:
install.packages('shinyHeatmaply')
para cargarlo
library(shiny)
plotly_4.7.1, para instalar:
install.packages('plotly')
para cargarlo:
library(plotly)
heatmaply_0.14.1, para instalar:
install.packages('heatmaply')
para cargar:
library(heatmaply)
library(shinyHeatmaply)
gplots_3.0.1, para instalar usar:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(gplots)
para cargarlo:
library(gplots)
RColorBrewer_1.1-2, para instalar:
install.packages("RColorBrewer")
para cargarlo:
library (RColorBrewer)
para la sección de análsis de enriquecimiento funcional es necesario instalar goseq 1.32.0, qvalue 2.10.0 y GO.db 3.5.0
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("goseq")
biocLite("qvalue")
biocLite("GO.db")
cargar paquetes
library(goseq)
library(qvalue)
library(GO.db)