Esta guía se construyó en formato Rmarkdown y se publica como Rpub en página web. La misma será actualizada en esta dirección: http://rpubs.com/quetjaune/435985, por lo que se recomienda volver a revisar la semana previa al inicio del curso.

REVISAR instalación de lo requerido

PROGRAMAS REQUERIDOS:

R version al menos 3.4.1 (en la elaboración de esta guía se uso R version 3.4.1 (2017-06-30) – “Single Candle” en la plataforma GNU-linux: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit). Si bien es posible usar otras versiones de R y sistemas operativos (como Windows y Mac), se recomienda probar la compatibilidad con los paquetes a usar previo al curso)

Si necesita descargar e instalar, revisar las instrucciones aquí

RStudio Version 1.1.453

Si necesita descargar e instalar revisar las instrucciones aquí. Para actualizar, ver acá

PAQUETES REQUERIDOS (se recomienda instalarlos previo al curso, dado que no se dispondrá de buena conexión a internet)

en caso de que ya tenga instalados algunos paquetes, se puede revisar versiones mediante:

sessionInfo()

limma version 3.34.9

packageVersion("limma")

Si ya lo tienen, cargar el paquete con:

library("limma")

en caso de no tenerlo, instalar con el siguiente comando:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

edgeR version 3.20.9

packageVersion("edgeR")

Si ya lo tienen, cargar el paquete con:

library("edgeR")

en caso de no tenerlo instalar con el siguiente comando:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")

rgl_0.99.16, para instalar:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rgl")

para cargar:

library(rgl)

shiny_1.1.0, para instalar:

install.packages('shinyHeatmaply')

para cargarlo

library(shiny)

plotly_4.7.1, para instalar:

install.packages('plotly')

para cargarlo:

library(plotly)

heatmaply_0.14.1, para instalar:

install.packages('heatmaply')

para cargar:

library(heatmaply)
library(shinyHeatmaply)

gplots_3.0.1, para instalar usar:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(gplots)

para cargarlo:

library(gplots)

RColorBrewer_1.1-2, para instalar:

install.packages("RColorBrewer")

para cargarlo:

library (RColorBrewer)

para la sección de análsis de enriquecimiento funcional es necesario instalar goseq 1.32.0, qvalue 2.10.0 y GO.db 3.5.0

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("goseq")
biocLite("qvalue")
biocLite("GO.db")

cargar paquetes

library(goseq)
library(qvalue)
library(GO.db)

Temas a tratar durante la sección práctica del curso:

Primera sección: Introducción a R. Ejercicios básicos

Segunda sección: Análisis de expresión génica diferencial con edgeR.