Introducción a ggplot2

El material de este taller ha sido creado por R-luminatis para estudiantes de biología de la Universidad Nacional de Costa Rica (e interesados en aprender).

Si usted quiere ser partícipe de los talleres, o quiere organizar este mismo taller en su centro de estudio o grupo de trabajo, puede contactarnos a los correos:

Contacto: ronny.hernandez@gmail.com / alvarovh95@gmail.com

Temas de la sesión

• ¿Por qué usar ggplot?
• Componentes de la gramática de capas

¿Por qué usar ggplot?

ggplot permite generar gráficos 2D basados en capas, que se pueden adicionar en infinitas combinaciones, empoderando al científico para que pueda realizar gráficos imposibles para otros programas tradicionales. Como comprobación de esto, se le puede ver citado en artículos científicos de alto impacto, en los cuales jamás hubieran podido usar programas tradicionales o la versión básica de gráficos de R-base

Problemas en otros programas:

• Pocas opciones especiales y populares en botones
• Poca capacidad de edición gráfica

Solución:
Grammar of graphics (Wilkinson, 2005)

Fuente: https://www.sylvaindurand.org/spatial-data-analysis-with-R/

Problema en alternativa “R base”:

• Gráficos guardados como imágenes
  • Compuestas de elementos “crudos” difíciles de editar y combinar

plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width, col=iris$Species, 
     xlab="Sepal length",ylab="Sepal width",pch=16)

Solución:

Programación de gráficos por capas.

library(ggplot2)
ggplot(iris, aes(Sepal.Length,Sepal.Width,colour=Species))+
  geom_point()+
  geom_smooth()+
  xlab("Sepal length")+
  ylab("Sepal width")

## `geom_smooth()` using method = 'loess'

plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width,xlab="Sepal length",
     ylab = "Sepal or petal width")
points(iris$Sepal.Length, iris$Petal.Width, col = "red")

ggplot(iris,aes(Sepal.Length, Sepal.Width))+
xlab("Sepal length")+ ylab("Sepal or petal width")+
geom_point()+
geom_point(aes(Sepal.Length, Petal.Width),col="red")

Componentes de la gramática de capas

• Siempre se inicia con ggplot(), incluyendo dataset y aesthetics (opcional)

ggplot(iris,aes(Sepal.Length, Sepal.Width))

Otra opci?n: qpot()
* Funciona parecido a plot de r-base, pero es muy limitada

Componentes de la gramática de capas

• Data
• Aesthetic mapping
• Geometric object
• Statistical transformations
• Scales
• Coordinate system
• Position adjustments

• Faceting

• Condición: tipo de dato Dataframe
  • Más fácil de guardar y reproducir

• Usualmente se usa dplyr antes de graficar

Aesthetic mapping

• Se definen con aes()
• Significado de aesthetic en ggplot: “Algo que se puede ver”
• Cada geom acepta un conjunto de aesthetics
• Ejemplos:
  • position (i.e., en el eje “x” y “y”)
  • color (color “exterior”)
  • fill (color “interior”)
  • shape (de los puntos)
  • linetype
  • size
• Ejemplos

ggplot(iris,aes(Sepal.Length,Sepal.Width,col=Species))+
  geom_point()+
  stat_smooth()

## `geom_smooth()` using method = 'loess'

ggplot(iris,aes(Sepal.Length,Sepal.Width,col=Species))+
  geom_point()+
  geom_smooth(method = "lm",se=F)

ggplot(iris,aes(Sepal.Length,Sepal.Width,col=Species))+
  geom_point()+
  geom_smooth(method = "lm",se=T)

Más ejemplos en http://www.cookbook-r.com/Graphs/Scatterplots_(ggplot2)/

Referencias

Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer.

http://tutorials.iq.harvard.edu/R/Rgraphics/Rgraphics.html

https://rpubs.com/hadley/ggplot2-layers