R + AWS Memo
@yamano357
2014.07.14 Mon
状況確認
- AWSのアカウントの取得済み
- EC2インスタンスの起動とか管理を忘れたときはこちら
http://recipe.kc-cloud.jp/archives/20 - RStudio Server版だけをAWSで手軽に使いたいときはこちら
http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/3309_43edf277bce44d179d38858ba3725baf.html - TeraTermでAmazon EC2に接続する方法を忘れたときはこちら
http://ds729.jp/life/archives/4563 - AndroidタブレットでAmazon EC2にSSH接続する方法を忘れたときはこちら
http://sudoovi.hatenablog.com/entry/2013/10/12/171444
作成環境
- AMI: Amazon Linux AMI 2014.03.2
- Instance Type: t2.micro
- R: 3.1.1
- RStudio Server版: 0.98.953-x86_64
- Shiny Server版: 1.2.0.359-x86_64
Rをソースからインストール
とりあえず必要そうなパッケージをかたっぱしからyumコマンドでいれる（CentOSだともっと多い）
> sudo yum install automake bison tetex texlive-latex texinfo-tex texlive* gcc gcc-c++ gcc-gfortran readline-devel cairo-devel libgfortran gcc-objc openssl-devel cpp libX* xorg-x11* java-1.7.0-openjdk-develCRANからソースをダウンロードしてきて最適化とかスルーしてRをビルド
> curl -O http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz > tar -zxvf R-3.1.1.tar.gz > rm R-3.1.1.tar.gz > cd R-3.1.1 > ./configure --enable-R-shlib --enable-R-static-lib --enable-BLAS-shlib > make # > make check > sudo make install起動確認
> R
OpenBLASで高速化したいとき（未検証）
http://cran.r-project.org/doc/manuals/r-devel/R-admin.html#Goto-and-OpenBLAS
http://r.789695.n4.nabble.com/R-with-openblas-and-atlas-td4679504.html http://www.kde.cs.tut.ac.jp/~atsushi/?p=263# Rのディレクトリから移動しておく > sudo yum install git > git clone git://github.com/xianyi/OpenBLAS > cd OpenBLAS > make # デフォルトだと/opt/OpenBLAS/libに > sudo make install # ダウンロードして解凍したソースのディレクトリへ戻っておく # with-blasのオプションが正しいか確認していない（「-L/opt/OpenBLAS/lib」も必要か） > ./configure --with-blas="-lopenblas" --enable-R-shlib --enable-R-static-lib --enable-BLAS-shlib
RStudio Server版をインストール
とりあえず必要そうなパッケージを（略）して、rpmファイルをダウンロード
http://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/> sudo yum install python-devel rrdtool libcrypto.so.6 openssl098e > curl -O http://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.98.953-x86_64.rpm- Amazon Linuxだと公式サイト通りにやるとlibR.so()が見つからないと言われる
https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200654056-Rstudio-server-does-not-work-on-a-fresh-Amazon-linux-instance
https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200639598-Running-rstudio-server-with-locally-compiled-R- ファイル検索すると見つかるのでR用に適当なファイルを作成してpathを書いておく
http://htrick.exblog.jp/5198045/
http://www.pictnotes.jp/wp/?p=292# ファイル検索 # > find /usr/local/ | grep R.so > vim /etc/ld.so.conf.d/R.conf # 「/usr/local/lib64/R/lib」だけ記入して保存Rstudio Server版をインストールして、お好みで設定する
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552306-Getting-Started> sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-0.98.953-x86_64.rpm > sudo rstudio-server verify-installation # CentOSでやったときはiptablesの設定が必要だったが、設定なしでもアクセスできた # http://<server-ip>:8787 # <server-ip>は「Public DNS」か、Elastic IP（紐づけていれば）
Rstudio Serverの起動と停止
> sudo start rstudio-server > sudo end rstudio-server
Shiny Server版をインストール
公式サイト通りでエラーなく通るはず（アプリ作成して確認していない）
http://www.rstudio.com/products/shiny/download-server/> sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\"" > curl -O http://download3.rstudio.org/centos-5.9/x86_64/shiny-server-1.2.0.359-x86_64.rpm > sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.2.0.359-x86_64.rpmお好みで設定する
http://rstudio.github.io/shiny-server/latest/ http://tech-sketch.jp/2014/03/shiny-rweb.html
ECインスタンスで設定しておくこと
http://www.agilegroup.co.jp/technote/ec2-initial-settings.html
# タイムゾーン設定を日本に変更
> sudo cp /usr/share/zoneinfo/Japan /etc/localtime
# 個人用アカウント作成
> sudo useradd yamano357
> sudo passwd yamano357